PRAKATA Biologi molekular sekarang berkembang sangat pesat. Banyak kemajuan yang dicapai yang pada akhirnya membantu kita untuk secara Jangsung maupun tidak langsung memahami berbagai misteri kehidupan. Dalam perke: saat ini mulai banyak ditemukan alat dan teknik baru untuk mempelajari biologi molckular. Meskipun begitu, teknik biologi molekular dasar, seperti isolasi asam nukleat, PCR, digesti enzim restriksi dan elektroforesis bukannya menjadi ditinggalkan dengan keberadaan alat dan teknik baru tersebut, namun malah menjadi teknik dasar yang mutlak harus dipelajari dan dikuasai, bahkan sebelum kita menggunakan teknik maupun alat baru tersebut. Banyak tahap awal teknik biologi molekular, baik untuk tujuan penelitian maupun diagnostik yang memanfaatkan atau justra diawali dengan teknik biologi molekular dasar tersebut di atas. ‘Buku ini sebenarnya disusun untuk membantu mahasiswa Fakultas Kedokteran UNS dalam memahami praktikum Teknik Biologi Molekular Dasar yang diambil Ketika menjalani Blok Biomedik, dan juga bagi mahasiswa S2 Biomedik UNS, S2 Biosains UNS, maupun S2 Gizi ketika mengikuti mata kuliah Biomedik, Bioteknologi, atau Nutrigenomik. Meskipun begitu, buku ini juga dapat dimanfaatkan oleh siapapun yang saat ini sedang dan akan mempelajari teknik biologi molekular dasar. Dalam buku ini disajikan penjelasan tentang Frimaty Sacer, leolast “sees ratios, PCR: Analisis coins _ teste resis, dengan menggunakan penjelasan yang sederhana dan mma Sostons beh bahkan oleh mereka yang baru saja mempelajari biologi molekular sekalipun. Semua metode yang terdapat dalam buku in tela telah dicoba dan digunakan secara rutin di Laboratorium Biomedik Fakultas Kedokteran Universitas Sebelas Maret, Surakarta, sehingga terjamin realibilitas dan reproduksibilitasnya. Akhir Kata, semoga ku inf Bermantaathagh ‘kita semua. Surakarta, 8 Oktober 2010 Penulis —_— SS Afiono Agung Prasetyo, dr., Ph.D. Fakultas Kedokteran UNSINFORMASI ISI BUKU Teknik Biolog! Molekular Dasar seperti isolast asam nukleat, PCR (Polymerase Chain Reaction), penggunaan enzim endonuklease restriksi, dan elektroforesis, merupakan sebagian dari teknik dasar yang harus dipabami dan dikuasai sebelum mempelajari teknik Diologi molekular lainnya, Dengan mempelajari teknik dasur tersebut sccara tidak langsung. akan dapat membantu proses pemahaman biologi molekular, suatu ilmu yang sering ‘menjadi momok bagi sebagian dari kita. Berbeda dari buku sejenis yang biasanya membahas dengan “sangat teknis", buku ini menjelaskan prinsip dasar dari teknik-teknik tersebut dengan cara penyampalan yang mudah dimengerti balan oleh mereka yang sedang mulai elajar biologi molekular sekalipun. Buku ini akan membantu kita memahami teknik-teknik tersebut di atas sehingga kita tidak hanya akan bisa melakukan tekniknya, namun juga memahami penuh maksud dan tujuan masing-masing tahap. Buku ini ditulis oleh seorang ‘peneliti yang menggunakan teknik-teknik tersebut dalam keschariannya. Serua teknik yang terdapat di dalam buku ini juga merupakan teknik yang biasa dipakai dalam keseharian. -penulis buku ini ‘Afiono Agung Prasetyo, dr.. Ph.D. Fakultas Kedokteran UNSDAFTAR ISI JUDUL PRARATA ii DAFTAR IST iii BAB I. EKSTRAKSI ASAM NUKLEAT ‘A. Pendahuluan 1 B. Asam nukleat 1 ©, Ekstraksi DNA 6 D. Ekstraksi RNA 8 E. Analisis asam nukleat 9 F. Penyimpanan asam nukleat 10 G, Ekstraksi DNA dengan pelarut organik n H. Ekstraksi DNA genomik dari jaringan mamalia 15 1. Isolast DNA genomik sel bakierial 8 J. Isolasi DNA plasmid 20 K. Ekstraks! DNA genomik dengan pelarut anorganik 22 L, Ekstraksi DNA dari darah metode kawasaki untuk aplikasi PCR 24 ‘M. Ekstraksi DNA dengan metode berbasis pemanfaatan silika 24 Referensi 29 BAB II. PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION) ‘A. Penjelasan umum 30 B. Hubungan antara struktur DNA dan fungsinya 30 €. Prinsip dasar reaksi PCR a0 D. Alat dan bahan yang dibutubkan untuk reakst PCR 4 E. Reaksi PCR 39 F, Analisis dan visualisasi produk PCR 48 G. Positif palsu dan negatif palsa 48 H. Aplikasi POR di bidang kdinis 50 1. Pencegahan terhadap Kontaminast 53 J. Contoh aplikasi PCR 56 Referens! 6 BAB III. ENZIM RESTRIKSI DAN ELEKTROFORESIS A. Enzim restriksi dan ligase 62 B. Elektroforesis gel 65 C. Elektroforesis produk PCR dengan gel agarosa 2 D. Contoh kloning 75 Referensi 76 INDEKS. 7 Afiono Prasetyo, dr., Ph.D. iBABI EKSTRAKSI ASAM NUKLEAT Afiono Agung Prasetyo, dr., Ph.D, Fakuitas Kedokteran UNS Email: afieagp@yahoo.com; afie.agp-la@gmail.com A. PENDAHULUAN Ekstraksi atau isolasi asam nukleat adalah salah satu teknik biologi molekular dasar yang harus dikuasai dalam mempelajari biologi molekular. Tuvan dari ekstraksi atau isolasi asam nukleat adalah membuang dan. atau memisabkan asam nukleat dari komponen sel Isinnya (protein, karbohidrat, lemak, dll) sehingga asam nukleat yang diperoleh cukup murni untuk dapat dianalisis dan atau dimodifikasi lebih lanjut dengan. teknik biologi molekular lainnya. Saat ini kita dapat menemukan berbagai metode ektraksi / isolasi asam nukleat, baik secara konvensional (dengan bufer / reagen yang kita buat sendiri) atau menggunakan kit komersial. Para peneliti selaluberusaha menyederhanakan thapan yang digunakan dan atan mengorangi jumiah perlakuan. Tahapan atau perlakuan yang terlalu panjang dan terlalu kompleks sering meningkatkan resiko kegagalan, terutama bagi pemula. Tahapan. atau perlakuan dalam ekstraksi / isolasi asam nukleat juga dipengaruhi asal sel / Jaringan target, Pada buku ini akan dibahas prinsip dasar ekstraksi / isolasi DNA seeara umum, dan tentu saja diawali dengan penjelasan sekilas tentang asam nuldeat. B. ASAM NUKLEAT Asam nukleat adalah molekul makro yang tersusun dari rantai nukleotida monomerik. Molekul ini dapat ditemukan di sel dan virus. Molekul ini membawa informasi genetik atau berperan dalam pembentukan struktur di dalam sel. Asam nukleat yang sangat berkaitan dengan teknik biologt molekular dasar adalah DNA (deoxyribonucleic acid) dan RNA (ribaruieleic acid). DNA dan RNA tersusun dari dua kelas basa yang mengandung nitrogen, yaitu purin dan pirimidin. Purin yang dapat ditemukan pada DNA adalah Adenin {Adenine / A) dan Guanin (Guanine / G) (Gambar 1). Pirimidin yang terdapat ‘Aflono Agung Prasetyo, dr, Ph.D. Fakultas Kedokteran UNS 1