LAPORAN TETAP PRAKTIKUM

DASAR-DASAR MIKROBIOLOGI AKUATIK

KARAKTERISASI FISIKA DAN BIOKIMIA BAKTERI

Kelompok 1B
Sintya Dwika Putri
05061181520009

PROGRAM STUDI BUDIDAYA PERAIRAN DAN

TEKNOLOGI HASIL PERIKANAN
FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS SRIWIJAYA
2016
BAB 1

Universitas Sriwijaya

PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang
Bakteri adalah kelompok organisme yang tidak memiliki membran inti sel.
Organisme ini termasuk ke dalam domain prokariota dan berukuran sangat kecil
(mikroskopik), serta memiliki peran besar dalam kehidupan di bumi. Beberapa
kelompok bakteri dikenal sebagai agen penyebab infeksi dan penyakit, sedangkan
kelompok lainnya dapat memberikan manfaat dibidang pangan, pengobatan, dan
industri. Struktur sel bakteri relatif sederhana: tanpa nukleus/inti sel, kerangka sel,
dan organel-organel lain seperti mitokondria dan kloroplas. Hal inilah yang
menjadi dasar perbedaan antara sel prokariot dengan sel eukariot yang lebih
kompleks (Adam, 2012).
Bakteri merupakan organisme prokariot. Umumnya ukuran bakteri sangat
kecil, bentuk tubuh bakteri baru dapat dilihat dengan menggunakan mikroskop
dengan pembesaran 1.000 X atau lebih (Waluyo, 2004). Sel bakteri memiliki
panjang yang beragam, sel beberapa spesies dapat berukuran 100 kali lebih
panjang dari pada sel spesies yang lain. Bakteri merupakan makhluk hidup dengan
ukuran antara 0,1 sampai 0,3 m. Bentuk bakteri bermacam macam yaitu elips,
bulat, batang dan spiral. Bakteri lebih sering diamati dalam olesan terwarnai
dengan suatu zat pewarna kimia agar mudah diamati atau dilihat dengan jelas
dalam hal ukuran, bentuk, susunan dan keadaan struktur internal dan butiran. Sel
sel individu bakteri dapat berbentuk seperti bola/elips, batang (silindris), atau
spiral (heliks) (Pelczar & Chan, 2011).
Mikroorganisme dapat mempertahankan hidupnya pada media yang sesuai.
Lingkungan yang tidak mendukung akan menyebabkan mikroorganisme sulit
untuk menyesuaikan diri atau bahkan mati. Untuk menyesuaikan diri
mikroorganisme merombak dan menggunakan bahan-bahan kimia yang ada
dilingkungannya sebagai sumber energi dan zat pembangun. Pengujian sifat
biokimia dari suatu mikrobia meliputi semua aktivitas yang dapat menyebabkan
antara lain: perubahan-perubahan karbohidrat, hidrolisis lemak, peruraian protein,
reduksi bermacam-macam unsur, pembentukan pigmen, dan pengujian sifat
biokimia khusus lainnya (Adam, 2012).

Universitas Sriwijaya

Sifat metabolisme bakteri dalam uji biokimia biasanya dilihat dari interaksi
metabolit-metabolit yang dihasilkan dengan reagen-reagen kimia. Selain itu
dilihat kemampuannya menggunakan senyawa tertentu sebagai sumber karbon
dan sumber energi (Waluyo, 2014).
Mikroorganisme yang tumbuh pada media tertentu dapat diketahui sifatnya
dari penentuan bahan dari medium tumbuhnya. Dengan mengetahui sifat dari
suatu mikroorganisme yang dilakukan melalui uji enzimatik, maka identifikasi
genus bahkan spesies dari mikroorganisme tersebut dapat dengan mudah diketahui
( Sutedjo, 2011)
Ciri fisiologi ataupun biokimia merupakan kriteria yang amat penting di
dalam identifikasi spesimen bakteri yang tak dikenal karena secara morfologis
biakan atau pun sel bakteri yang berbeda dapat tampak serupa, tanpa hasil
pengamatan fisiologis yang memadai mengenai organik yang diperiksa maka
penentuan spesiesnya tidak mungkin dilakukan. Karakteristik dan klasifikasi
sebagian mikroba seperti bakteri berdasarkan pada reaksi enzimatik ataupun
biokimia. Mikroba dapat tumbuh pada beberapa tipe media memproduksi tipe
metabolit tentunya yang dideteksi dengan interaksi mikroba dengan reagen test
yang mana menghasilkan perubahan warna reagen (Murray, 2013)
Karakteristik

mikroorganisme

dapat

dilakukan

dengan

beberapa

metode seperti pengamatan mikroskopik koloni, pewarnaan mikroba untuk

mengetahui penampakan mikroskopik sel maupun membedakan golongangolongan mikroorganisme, serta karakteristik dengan serangkaian uji-uji
biokimia yang mencerminkan aktivitas metabolism enzimatik mikroorganisme.
(Murray, 2013)
1.2 Tujuan
Adapun tujuan dari percobaan ini adalah untuk dapat mengetahui
karakteristik fisika dan biokimia bakteri melalui beberpa uji

BAB 2
TINJAUAN PUSTAKA

Universitas Sriwijaya

2.1.

Karakteristik Bakteri
Karakterisasi dan klasifikasi sebagian besar mikrobia seperti bakteri

berdasarkan pada reaksi enzimatik ataupun biokimia. Mikroba dapat tumbuh pada
beberapa tipe media, memproduksi tipe metabolit tertentu yang dideteksi dengan
interaksi mikrobia dengan reagen test yang menghasilkan warna reagen. Reaksireaksi dalam sel akan teridentifikasi dengan melakukan pengujian-pengujian
tertentu. Sel akan memberikan respon sesuai dengan kemampuan yang
dimilikinya, misalnya menghasilkan enzim katalase, enzim gelatinase atau
kemampuan untuk menghidrolisis lemak (Pelczar dan Chan, 2012).
Secara morfologis, biakan maupun sel bakteri yang berbeda dapat tampak
serupa. Karena itu ciri fisiologis atau biokimiawi merupakan kriteria yang amat
penting di dalam identifikasi spesimen yang tidak dikenal. Tanpa hasil
pengamatan fisiologis yang memadai mengenai organisme yang diperiksa maka
penentuan spesiesnya tidaklah mungkin dilakukan. Oleh karena itu percobaan ini
penting dilakukan, karena dengan melakukan uji biokimia kita dapat
mengidentifikasi organisme tak dikenal (Hadieotomo, 2013).
Ciri fisiologi ataupun biokimia merupakan kriteria yang amat penting di
dalam identifikasi spesimen bakteri yang tak dikenal karena secara morfologis
biakan atau pun sel bakteri yang berbeda dapat tampak serupa, tanpa hasil
pengamatan fisiologis yang memadai mengenai organik yang diperiksa maka
penentuan spesiesnya tidak mungkin dilakukan. Karakteristik dan klasifikasi
sebagian mikroba seperti bakteri berdasarkan pada reaksi enzimatik ataupun
biokimia. Mikroba dapat tumbuh pada beberapa tipe media memproduksi tipe
metabolit tentunya yang dideteksi dengan interaksi mikroba dengan reagen test
yang mana menghasilkan perubahan warna reagen (Murray, 2013)
Karakterisasi merupakan salah satu kegiatan yang dilakukan untuk
mengobservasi bakteri maupun kapang hasil isolasi (isolat). Kegiatan karakterisasi
dapat dilakukan berdasarkan sifat sitologi (bentuk sel, gerak atau motilitas, sifat
Gram dan endospora), sifat morfologi, dan sifat fisiologi. Uji sifat morfologi
mencakup sifat-sifat koloni, seperti ukuran, bentuk, warna dan tepian, sedangkan

Universitas Sriwijaya

uji sifat fisiologi diantaranya uji hidrolisis pati, hidrolisis lemak, hidrolisis protein
dan uji katalase (Nurjanna, 2012).
2.1.1 Fisika
Uji

fisiologis

bakteri

dilakukan

untuk

mengidentifikasi

bakteri

berdasarkan aktivitas selnya. Bakteri yang dapat menghidrolisis pati mempunyai

aktivitas amilolitik, yaitu menghasilkan enzim amilase yang dapat mengubah pati
menjadi moleul-molekul gula sederhana (monosakarida) untuk kebutuhan
metabolisme sel. Aktivitas tersebut ditandai dengan adanya zona bening di
sekeliling koloni pada uji hidrolisis pati (Hadioetomo, 2013).
Uji fisiologi biasanya identik dengan uji biokimia. Uji-uji biokimia yang
biasanya dipakai dalam kegiatan identifikasi bakteri atau mikroorganisme yang
antara lain uji katalase, koagulase, uji nitrit, hidrolisis gelatin, uji hidrolisis kanji,
uji hidrogen sulfit dan lain-lain. Pengujian biokimia merupakan salah satu hal
yang sangat penting dalam dunia mikrobiologi (Nurjanna, 2012).
2.1.2 Biokimia
Biokimia merupakan ilmu yang mempelajari tentang senyawa-senyawa
yang ada dalam sistem hidup, penyusunan senyawa-senyawa tersebut ke dalam
sel-sel dan interaksi kimia yang terjadi. Sel-sel pada makhluk hidup tersusun dari
biomolekul. Untuk dapat mempertahankan hidup, sel-sel mengalami metabolisme
(reaksi pada sel). Dalam metabolisme sel menyerap energi dari makanan atau
nutrisinya, energi ini digunakan untuk membentuk biomolekul penyusun sel
(Lehninger, 2013).
Karakterisasi dan klasifikasi sebagian besar mikrobia seperti bakteri
berdasarkan pada reaksi enzimatik ataupun biokimia. Mikroba dapat tumbuh pada
beberapa tipe media, memproduksi tipe metabolit tertentu yang dideteksi dengan
interaksi mikrobia dengan reagen test yang menghasilkan warna reagen. Reaksireaksi dalam sel akan teridentifikasi dengan melakukan pengujian-pengujian
tertentu. Sel akan memberikan respon sesuai dengan kemampuan yang
dimilikinya, misalnya menghasilkan enzim katalase, enzim gelatinase atau
kemampuan untuk menghidrolisis lemak (Pelczar dan Chan, 2012).

Universitas Sriwijaya

Biokimia bertujuan untuk memahami bagaimana interaksi biomolekul satu

dengan lainnya membawa sifat-sifat keadaan hidup ini. Belum pernah dalam
pengamatan dalam logika molekul sel hidup, kita menemukan suatu pelanggaran
terhadap hukum hukum fisis yang telah dikenal, seiring dengan itu pula, kita
belum pernah memerlukan pendefinisian hukum baru. Mesin organik lunak sel
hidup berfungsi di dalam kerangka hukum hukum yang sama yang mengatur
mesin buatan manusia, akan tetapi, reaksi reaksi kimia dan proses pengaturan
sel telah maju demikian pesat, melampaui kemampuan kerja mesin buatan
manusia (Lehninger, 2013).
Uji fisiologi biasanya identik dengan uji biokimia. Uji-uji biokimia yang
biasanya dipakai dalam kegiatan identifikasi bakteri atau mikroorganisme yang
antara lain uji katalase, koagulase, uji nitrit, hidrolisis gelatin, uji hidrolisis kanji,
uji hidrogen sulfit dan lain-lain. Pengujian biokimia merupakan salah satu hal
yang sangat penting dalam dunia mikrobiologi (Nurjanna, 2012).
Uji-uji biokimia yang biasanya dipakai dalam kegiatan identifikasi bakteri
atau mikroorganisme yaitu antara lain adalah uji koagulase, uji katalase, uji
MRVP, uji nitrit, hidrolisis gelatin, uji H2S dan lain-lain. Salah satu uji yaitu
adalah uji hidrolisis urea. Uji ini sangat penting dalam identifikasi bakteri-bakteri
patogen penghuni usus, begitu pula uji yang lain sebenarnya digunakan untuk
mengidentifikasi bakteri dengan karakter tertentu, yang mana dengan karakter
tersebut ia dapat dibedakan dengan jelas dari bakteri-bakteri yang lain yang hidup
disekitarnya (Dwidjoseputro, 2014).
2.2 Uji Katalase
Uji katalase digunakan untuk mengetahui aktivitas katalase pada bakteri
yang diuji. Kebanyakan bakteri memproduksi enzim katalase yang dapat
memecah H2O2 menjadi H2O dan O2. Enzim katalase diduga penting untuk
pertumbuhan aerobik karena H2O2 yang dibentuk dengan pertolongan berbagai
enzim pernafasan bersifat racun terhadap sel mikroba. Beberapa bakteri yang
termasuk katalase negatif adalah Streptococcus, Leuconostoc, Lactobacillus, dan
Clostridium (Nurjanna, 2012).

Universitas Sriwijaya

Keberadaan H2O2 pertama kali dideteksi pada kultur Pneumococcus, sebuah

organisme yang tidak memproduksi katalase dan sedikit sensitif terhadap
peroksida. Organisme yang tidak memproduksi katalase dilindungi oleh
penanaman dengan jaringan hewan atau tumbuhan atau organisme lain yang
mempunyai kemampuan memproduksi enzim. Katalase diproduksi oleh beberapa
bakteri. Beberapa bakteri diantaranya memproduksi katalase lebih banyak
daripada yang lain. Ini ditunjukkan dengan jumlah yang banyak pada bakteri
aerob. Sedangkan enzim tidak diproduksi oleh bakteri anaerob obligat karena
mereka tidak memerlukan enzim tidak diproduksi oleh bakteri anaerob obligat
karena mereka tidak memerlukan enzim tersebut ( Waluyo, 2014)
Bakteri katalase positif seperti S. Aureus bisa menghasilkan gelembunggelembung oksigen karena adanya pemecahan H2O2 (hidrogen peroksida) oleh
enzim katalase yang dihasilkan oleh bakteri itu sendiri. Komponen H 2O2 ini
merupakan salah satu hasil respirasi aerobik bakteri, misalnya S. aureus, dimana
hasil respirasi tersebut justru dapat menghambat pertumbuhan bakteri karena
bersifat toksik bagi bakteri itu sendiri. Oleh karena itu, komponen ini harus
dipecah agar tidak bersifat toksik lagi. Bakteri katalase negatif tidak menghasilkan
gelembung-gelembung. Hal ini berarti Hidrogen peroksida yang diberikan tidak
dipecah oleh bakteri katalase negatif, misalnya, L.casei sehingga tidak
menghasilkan oksigen. Bakteri katalase negatif tidak memiliki enzim katalase
yang menguraikan hidrogen peroksida. Mekanisme enzim katalase memecah
Hidrogen peroksida yaitu saat melakukan respirasi, bakteri menghasilkan berbagai
macam komponen salah satunya hidrogen peroksida. Bakteri yang memiliki
kemampuan memecah hidrogen peroksida dengan enzim katalase maka segera
membentuk suatu sistem pertahanan dari toksik hidrogen peroksida yang
dihasilkannya sendiri. Bakteri katalase positif akan memecah hidrogen peroksida
menjadi air dan oksigen dimana parameter yang menunjukkan adanya aktivitas
katalase tersebut adalah adanya gelembung-gelembung oksigen seperti pada
percobaan yang telah dilakukan. Dengan enzim katalase, hidrogen peroksida dapat
diuraikan (Dwidjoseputro, 2014).
Uji katalase merupakan suatu pengujian terhadap bakteri tertentu
untuk mengetahui apakah bakteri tersebut merupakan bakteri aerob, anaerob

Universitas Sriwijaya

fakultatif, atau anaerob obligat. Bakteri yang memerlukan oksigen manghasilkan

hidrogen peroksida (H2O2) yang sebenarnya beracun

bagi

bakteri

sendiri.

Namun mereka dapat tetap hidup dengan adanya antimetabolit tersebut

karena

mereka

menghasilkan

enzim

katalase

yang

dapat mengubah

hidrogen peroksida menjadi air dan oksigen dengan reaksi sebagai berikut : 2H2O
2H2O + O2 (Waluyo, 2014).
2.3 Uji Motilitas
Motalitas merupakan salah satu ciri penting pengkarakterisasian bakteri.
Sifat ini diakibatkan oleh adanya alat moler cambut yang disebut flagella sehingga
sel bakteri dapat berenang didalam lingkungan air. Motilitas sebagaian besar jenis
bakteri motil pada suhu relative rendah 15-25c dan mungkin tidak motil pada
suhu 37c. Namun, suatu resiko tersendiri bagi organisme berukuran kecil untuk
menerima kenyataan bahwa dengan ukuran tersebut sel bakteri dapat dipengaruhi
oleh aktifitas molekul air atau pelarut disekitarnya yang dinamakan Brownian
movement (Dwidjoseputro, 2014).
Gerakan brown adalah gerak partikel koloid yang bergerak dengan arah
tak beraturan, gerak acak molekul ini dapat membuat sel bakteri bergoyanggoyang cepat atau lebih tepatnya bergetar tak beraturan sehingga bagi mata yang
awas akan terlihat motil. Sel yang berpengaruh gerak brown diamati pada
perbesaran 1000x dengan mikroskop cahaya, tentunya dengan preparat sederhana
dan media kaldu atau koloni yang dicampur air. Sel yang bergerak dengan
dorongan flagella akan bergerak lebuh aktif. Jika suatu sel tersebut motil, akan
menciptakan jalur gerak yang tak beraturan. Namun untuk gerak brown sel tampk
pasif dan seperti bergerak sendiri, mirip pada saat menggetarkan batang pensil
dengan memutarkan pergelangan tangan (Waluyo, 2014).
Uji motilitas berperan dalam mengetahui pergerakan bakteri. Bakteri yang
dinyatakan positif motil atau bergerak akan ditunjukan dengan adanya kekeruhan
pada media uji yang menunjukan pertumbuhan koloni (Waluyo, 2014).
BAB 3
PELAKSANAAN PRAKTIKUM

Universitas Sriwijaya

3.1. Tempat dan Waktu

Praktikum Sterilisasi Alat ini dilaksanakan dilaboratorium Teknologi Hasil
Perikanan Fakultas Pertanian Universitas Sriwijaya pada hari Kamis, 21 April
2016, pada pukul 13.00 WIB sampai dengan selesai.
3.2.

Alat dan Bahan

Tabel 1 alat yang digunakan pada saat praktikum isolasi jamur

Nama alat
Erlenmeyer
Bunsen
Korek api
Tisu
Plastik Wrap
Kertas biasa

Fungsi
Wadah
Pemanas dan juga pensteril
Menghidupkan bunsen
Mengelap meja
Perekat dan penutup cawan yang sudah ada media
Penutup atau pengunci cawan agar tidak terkontaminasi

Tabel2 Bahan yang digunakan saat praktikum pembuatan media agar yaitu,
Bahan
PDA (Potato dextrose agar)

Sumber nutrisi mikroba

Fungsi

Tempe
Ikan Asin

Sumber nutrisi mikroba

NA ( Natrium Agar)

3.3.

Prosedur Kerja
Adapun prosedur kerja dalam praktikum Isolasi Jamur menggunakan ikan

asin, yaitu
1.
2.
3.
4.

Potong ikan asin dan tempe dengan ukuran kurang lebih 0,05 cm
Masukkan kedalam cawan petri yang sudah terdapat aquadest didalamnya
Goyang pelan cawan petri lalu buang aquadest
Masukkan alkohol kedalam cawan petri goyangkan cawan dengan pelan lalu

buang alkohol
5. Masukkan aquadest kedalam cawan petri goyangkan cawan dengan pelan lalu
buang aquadest
6. Masukkan sampel ikan asin sebanyak 2 sampel kedalam cawan petri dan 3 sampel
untuk tempe

Universitas Sriwijaya

BAB 4
HASIL DAN PEMBAHASAN

4.1. Hasil
Tabel 4.1.1 Hasil Praktikum Karakterisasi Fisika dan biokimia bakteri
No
1

Uji
Uji Katalase

Gambar

Keterangan
Bakteri Gram Positif

Universitas Sriwijaya

Uji Motilitas

4.2. Pembahasan
Pada praktikum karakterisasi fisika dan biokimia bakteri kali ini bertujuan
untuk mengetahui karakteristik fisika dan biokimia dari bakteri melalui beberapa
pengujian. Pengujian tersebut diantaranya adalah uji gula, uji katalase, dan uji
motilitas. Tetapi yang kami lakukan hanya uji katalase dan uji motilitas. Uji

Universitas Sriwijaya

katalase berfungsi untuk membedakan bakteri gram positif dan gram negatif. Hal
yang pertama dilakukan pada uji katalase adalah memanaskan jarum ose dan kaca
preparat lalu jarum ose yang telah dipanaskan tadi didiamkan beberapa saat
sampai warna merah dari jarum tersebut hilang. Jarum ose tadi digoreskan ke
media agar yang terdapat bakteri yang telah diisolasi setelah itu goreskan lagi ke
kaca preparat. Kaca preparat yang sudah digores tersebut lalu diteteskan 2-3 tetes
hidrogen peroksida dan terlihat ada sedikit gelembung udara disana. Hal ini
menandakan bahwa bakteri tersebut termasuk kedalam bakteri gram positif. Uji
katalase merupakan suatu pengujian terhadap bakteri tertentu untuk mengetahui
apakah bakteri tersebut merupakan bakteri aerob, anaerob fakultatif, atau anaerob
obligat. Bakteri yang memerlukan oksigen manghasilkan hidrogen peroksida
(H2O2) yang sebenarnya beracun bagi bakteri sendiri. Namun mereka dapat tetap
hidup dengan adanya antimetabolit tersebut karena mereka menghasilkan enzim
katalase yang dapat mengubah hidrogen peroksida menjadi air dan oksigen
dengan reaksi sebagai berikut : 2H2O2 2 H2O + O2 ( Adam, 2012)
Kebanyakan bakteri aerobik dan anaerobik fakultatif akan memproduksi
hidrogen peroksida yang bersifat toksik terhadap bakteri yang masih hidup. Untuk
menjaga kelangsungan hidupnya, sejumlah bakteri mampu menghasilkan enzim
katalase yang memecah H2O2 menjadi air dan oksigen sehingga sifat toksiknya
hilang (Pelczar dan Chan, 2011).
Matinya bakteri-bakteri anerobik obligat bila ada oksigen disebabkan
karena tidak adanya pembentukan enzim katalase sehingga H2O2 meracuni
bakteri itu sendiri. Ada tidaknya pembentukan enzim katalase dapat membantu
pembedaan kelompok-kelompok bakteri tertentu. Pada uji katalase, kebanyakan
bakteri aerob dan anaerob menggunakan oksigen H2O2 yang sesungguhnya
bersifat racun bagi sistem-sistem enzim sendiri (Pelczar dan Chan, 2011).
BAB 5
KESIMPULAN DAN SARAN

5.1. Kesimpulan

Universitas Sriwijaya

Kesimpulan yang dapat kita peroleh dari praktikum yang telah dilakukan
yaitu sebagai berikut :
1.

Karakterisasi fisika dan biokimia bakteri dapat dilakukan dengan uji gula,

uji katalase, dan uji motilitas

2. Uji katalase digunakan untuk membedakan bakteri gram positif dan gram
negatif
3. Prinsip uji katalase adalah mengubah hidrogen peroksida menjadi air dan
oksigen
4. Kemampuan suatu organisme bergerak sendiri disebut motilitas.
5. Bakteri yang berbentuk kokus bersifat tidak bergerak (non motil).
Gerak brown adalah gerak praktikel koloid yang bergerak dengan zig-zag.
5.2 Saran
Agar praktikum berjalan dengan baik, praktikum sebaiknya dilakukan
tepat waktu dan pemanfaatan waktu sebaiknya dilakukan sebaik mungkin.

DAFTAR PUSTAKA

Adam. 2012. Mikrobiologi Dasar. Jakarta: Erlangga. Mutiara, T, dkk. 2006. Ilmu
Pengetahuan Alam. Jakarta: Erangga.
Dwidjoseputro. 2014. Mikrobiologi untuk Universitas. Ganesha Expect. Bandung.

Universitas Sriwijaya

Hadioetomo, R.S., 2013, Teknik dan Prosedur Dasar Laboratorium Mikrobiologi,

Gramedia, Jakarta.
Lehninger. 2013. Dasar dasar Biokimia, Jilid I. Erlangga. Jakarta.
Murray, 2015, Biokimia Harper, EGC, Jakarta.
Pelczar, M.J. Dan Chan, E.C.S., 2011, Dasar-Dasar Mikrobiologi, UI Press,
Jakarta.
Sutedjo, M., 2011, Mikrobiologi Tanah, Rineka Cipta. Jakarta.
Waluyo, L. 2014. Mikrobiologi Umum. Malang : UMM Press.

Universitas Sriwijaya