M

Analisis Protein dengan Menggunakan PDB (Protein Data Bank)

1. Buka situs www.rcsb.org

2. Pada bagian menu, dapat dipilih menu yang sesuai untuk mengolah atau menganalisis protein
yang dimiliki.

Praktikum Biologi Molekuler - M

3. Misalkan kita memiliki suatu sekuens yang ingin kita identifikasikan, dapat langsung arahkan
pointer pada menu Search lalu klik pilihan Sequences.

Klik

Praktikum Biologi Molekuler - M

4. Lakukan proses input sekuen ke dalam kolom pencarian.

Kolom Input

Klik

5. Hasil

Tidak Terdapat Hasil Yang Sesuai

Praktikum Biologi Molekuler - M

Rekomendasi

PDB ID

6. Misalnya dilakukan pemilihan protein teratas

Praktikum Biologi Molekuler - M

Beberapa tampilan pada bagian Molecular Description

Praktikum Biologi Molekuler - M

7. Analisis protein melalui PDB dapat pula dilakukan apabila sudah mengetahui PDB ID dari
protein yang akan dianalisis. Misalnya diketahui bahwa PDB ID dari myoglobin adalah
1MBN.

Praktikum Biologi Molekuler - M

dan seterusnya seperti penjelasan sebelumnya

8. Untuk memvisualisasikan protein, dapat digunakan menu Visualize dan dilanjutkan dengan
mengklik opsi lainnya, misalnya Jmol.

Praktikum Biologi Molekuler - M

9. Hasil

Hasil rotasi

10. Dapat dilakukan pembandingan dengan model yang diberikan oleh NCBI dan Swiss-Model.
Sisi Ikatan Heme Binding Site

Praktikum Biologi Molekuler - M