MOLECULAR GEOMETRY OPTIMAZION : SERINE-ZW

KIMIA KOMPUTASI
Diajukan sebagai salah satu syarat untuk menempuh mata kuliah kimia komputasi



Oleh :
1aka Hendari 091810301041




1URUSAN KIMIA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS 1EMBER
2011

Pada percobaan ini dilakukan optimasi geometri terhadap asam amino serin-zw (zwitter
ion) menggunakan kalkulasi mekanika kuantum dengan computational engine Gamess dalam
Webmo. Perhitungan dengan Gamess menghasilkan 5 complete basis data yaitu Minimal: STO-
3G, Basic: 3-21G, Routine 6-31G(d), Accurate 6-311G(d,p), MNDO, AM1, dan PM3. Adapun
basis data cc-VDZ dan cc-VTZ tidak sesuai (illegal) dengan molekul serin. Dalam
pengerjaannya, digunakan metode RHF(Regular Hartree Fock) dengan multiplisitas singlet.
Data eksperimen berupa parameter struktural L-Serin-ZA wujud padat dan hasil
pengukuran spektra IR dan Raman dari L-Serin monohidrat dalam pelarut air dan deuterium
dioksida. Jika dibandingkan dengan hasil perhitungan, maka pada jarak ikatan hasil perhitungan
mendekati nilai hasil eksperimen, sebagian nilai hitungnya lebih besar, sebagian lebih kecil
dibandingkan nilai eksperimen. Semakin kompleks basis yang digunakan maka, hasil yang
diperoleh semakin kecil. Semakin banyak jumlah step, maka akan diperoleh tingkat energi
molekul terkecil, menurut nilai jarak ikatan yang digunakan.
Tabel 1. Perbandingan Nilai Panjang Ikatan dan Energi Minimum
Energi min. (H) .......... -391.531 -394.507 -396.6793011 -396.810438 -60.82998025
Panjang Ikatan
(A)
Exp. STO-3G 3-21G 6-31G(d) 6-311G(d,p) MNDO
N3 C2 1.493 1.48709 1.469867 1.5065346 1.5037282 1.5201585
C 2 C7 1.534 1.565439 1.529914 1.5668629 1.5647254 1.6363545
C 7 O9 1.254 1.375593 1.332726 1.2367529 1.2361544 1.2496329
C 7 O8 1.256 1.221105 1.207742 1.2161624 1.2097512 1.239417
C 2 H 10 1.099 1.092783 1.082867 1.0812685 1.0819712 1.1170221
N3 H4 1.031 1.030319 1.963406 1.0467843 1.054271 1.0245923
N3 H5 1.029 1.927913 1.006487 1.0075054 1.0051807 1.0239239
N3 H6 1.038 1.031929 1.003227 1.0051894 1.0027284 1.0213531
C 2 C1 1.529 1.560751 1.535041 1.5280648 1.5279905 1.5635765
C 1 H 13 1.104 1.09443 1.079201 1.0856018 1.0866484 1.1246005
C 1 H 14 1.097 1.098764 1.086247 1.0911231 1.0919267 1.121483
C 1 O11 1.422 1.428654 1.42841 1.3813942 1.3814782 1.3884513
O11 H12 0.959 0.992293 0.970282 0.9575535 0.9498829 0.9485711

Berdasarkan data yang diperoleh, basis data dengan total energi geometri terkecil adalah
basis Accurate: 6-311G(d,p). Sehingga dapat disimpulkan bahwa basis terbaik untuk
memperoleh struktur paling stabil (energi terkecil) adalah basis Accurate: 6-311G(d,p) dalam
perhitungan menggunakan computational engine Gamess dalam Webmo.



Energi min. (H) -60.5845 -55.3544
Panjang Ikatan
(A)
AM1 PM3
N3 C2 1.488396 1.483839
C 2 C7 1.603868 1.647044
C 7 O9 1.257428 1.243022
C 7 O8 1.243685 2.239692
C 2 H 10 1.124989 1.117093
N3 H4 1.049298 1.003695
N3 H5 1.017753 1.002025
N3 H6 1.015121 0.99975
C 2 C1 1.015121 1.540731
C 1 H 13 1.12423 1.105517
C 1 H 14 1.12295 1.109384
C 1 O11 1.404653 1.389717
O11 H12 0.974615 0.970036

Berikutnya dibandingkan perbedaan antara panjang ikatan hasil ekssperimen dengan data
hasil perhitungan beberapa basis. Pembandingan dilakukan dengan menghitung STDEV.
Semakin kecil nilai STDEV, maka semakin mendekati nilai eksperimen.
Tabel 2. Nilai Standar Error: Basis data dengan data eksperimen
Basis STDEV Kesimpulan
STO-3G 0.722434 Paling jauh dari dari data
eksperimen.
3-21G 0.235862
6-31G(d) 0.037221
6-311G(d,p) 0.041204
MNDO 0.037203 Paling mendekati hasil eksperimen.
AM1 0.111742
PM3 0.279166

Jika dibandingkan dengan data eksperimen maka basis data yang paling bagus atau
mendekati adalah basis data MNDO.