UTS MATA KULIAH BIOREGULATOR

diajukan sebagai salah satu syarat untuk menempuh mata kuliah bioregulator

Oleh: Jaka Hendari Nomer Urut NIM 09181031010141 : 37

Dosen Pengajar Mata Kuliah: Ir. Neran M.Kes

JURUSAN KIMIA FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM UNIVERSITAS JEMBER 2011

UTS MATA KULIAH BIOREGULATOR Jaka Hendari- 091810301041, no urut: 37 SOAL UTS BIOREGULATOR 37

1. Jelaskan dan beri contoh istilah dibawah ini: a. Apoenzyme :

b. Haloenzyme : c. Coenzyme d. Active Site : : :

e. Allosteric Enzymes

2. Bagaimana pH mempengaruhi kerja enzim, beri contoh! 3. Jelaskan pengertian konsep Lock And Key dan berikan contohnya. 4. Sebuah reaksi enzimatik dengan asumsi. a. Reaksinya adalah b. Jika inhibitor I1 bekerjanya c. Kemungkinan kedua bekerjanya E + S ----- ES, kadar [S]>>[E} E + S - ES + I1---ESI1 E + I2 --- EI2 + S-----ESI2

d. Bagaimana menentukan bahwa sebuah inhibitor (I1 dan I2) bersifat kompetitif atau non kompetitif. 5. Sebutkan gugus aktif, gugus kalitik dan prediksikan mekanisme kerja enzim lipoprotein lipase. JAWABAN

1. a. Apoenzim adalah komponen protein dari enzim nonaktif yang memerlukan kofaktor untuk menjadi aktif (haloenzim), namun tidak terdapat satupun kofaktor yang terikat dengannya. Contohnya: apoenzim piruvat dekarboksilase memerlukan koenzim vitamin-B biotin untuk aktif. b. Haloenzim adalah kompleks (enzim) lengkap yang mengandung seluruh sub-unit yang diperlukan agar menjadi aktif, yaitu gabungan apoenzim dengan kofaktornya. Contoh enzim yang mengandung kofaktor adalah karbonat anhidrase, dengan kofaktor seng yang terikat sebagai bagian dari sisi aktifnya. c. Koenzim adalah kofaktor berupa biomolekul organik non-protein berukuran kecil (makromolekul) yang mentranspor gugus kimia atau elektron dari satu enzim ke enzim lainnya. Contoh koenzim yaitu NADH, NADPH dan adenosin trifosfat. Beberapa koenzim seperti riboflavin, tiamina, dan asam folat adalah vitamin (vitamin B kompleks adalah koenzim).

UTS MATA KULIAH BIOREGULATOR Jaka Hendari- 091810301041, no urut: 37 d. Sisi aktif (active site) adalah bagian dari enzim, di mana substrat terikat dan mengalami reaksi kimia. Contohnya pada enzim kimotripsin memiliki sisi aktif berupa triad asam amino yaitu Asp-102, His-57, dan Ser-195. e. Enzim Alosterik adalah enzim metabolik yang aktivitas katalitiknya diatur melalui perubahan konformasional dari struktur tiga dimensinya oleh suatu efektor. Alosterisme merupakan mekanisme efektif di mana aktivitas enzimatik dapat dikendalikan, untuk menjamin bahwa proses biologi tetap terkoordiansi setiap saat untuk segera memenuhi kebutuhan metabolik dari suatu sel. Contohnya pada beberapa kasus, pengendalian aktivitas enzimatik dapat dicapai melalui modifikasi kimiawi dari residu asam amino tertentu dari suatu enzim, melibatkan penambahan atau pengangkatan dari suatu gugusan spesifik. Misalnya pada enzim glutamin sintetase bakterial dan glikogen fosforilase mamalia.

2. pH dapat mempengaruhi kerja enzim karena pH menentukan muatan dan keadaan ionisasi gugus asam dan basa dari suatu residu asam amino. Asam amino memiliki gugus fungsi karboksil sebagai gugus bersifat asam dan gugus fungsi amina sebagai gugus basanya, digambarkan sebagai berikut.
H H2N R OC C O OH
-

H H2N R OH C C O
+

H H
+

H3N R

C C OH

H+

OH-

Apabila muatan dan keadaan ionik dari asam amino dalam protein berubah, maka akan merubah ikatan ionik yang menentukan struktur tiga dimensi enzim. Akibatnya struktur tiga dimensi dari enzim akan berubah, di mana struktur dan keadaan enzim tidak sama dengan kondisinya semula. Hal tersebut tentu berdampak pada aktivitas katalitik enzim tersebut, bahkan mungkin membuat enzim menjadi tidak aktif. Perubahan pH tidak hanya mempengaruhi bentuk enzim namun juga dapat merubah bentuk ataupun muatan dari substrat sehingga substrat tidak bisa terikat pada sisi aktif enzim atau tidak dapat mengalami katalisis. Secara umum setiap enzim memiliki pH optimum tertentu, yang nilainya tidak sama untuk setiap enzim tertentu. pH optimum tergantung pada nilai pKa (tetapan keasamaan) dari asam amino dan gugus-gugus penyusun suatu enzim, khususnya gugus aktif enzim tersebut. Contohnya enzim lipoprotein lipase pada Rhizopus japonicus. memiliki pH optimum 8.3, dengan gugus aktif Histidin memiliki pKa gugus COOH = 1.82, -NH3+ = 9.17, dan R = 6.0 diukur pada suhu 20C, artinya gugus NH2 dari histidin yang paling berperan dalam aktivitas katalitik karena nilai pKa yang dimiliki dekat dengan pH optimum enzim, yaitu pada daerah pH basa.

UTS MATA KULIAH BIOREGULATOR Jaka Hendari- 091810301041, no urut: 37 3. Konsep Lock and Key (Kunci-Gembok) merupakan konsep yang menjelaskan bahwa enzim sangat spesifik, sehingga hanya bekerja untuk suatu substrat tertentu saja. Hal tersebut terjadi karena baik enzim maupun substrat memiliki bentuk geometris tertentu di mana bentuknya saling melengkapi dan cocok satu sama lain, ibarat kunci dan gemboknya sehingga konsep tentang spesifitas enzim ini disebut sebagai konsep Lock and Key (Kunci-Gembok). Contohnya: enzim amilase memiliki struktur geometris yang hanya cocok dan sesuai dengan struktur amilum sebagai substratnya, sehingga keduanya dapat saling berikatan mirip kunci dengan gemboknya. Dalam menjelaskan konsepnya, bentuk geometris enzim dan substrat digambarkan sebagai suatu struktur yang kaku. Model ini sementara dapat menjelaskan spesifisitas enzim, namun gagal untuk menjelaskan stabilisasi dari keadaan transisi yang dicapai oleh enzim tersebut. Suatu modifikasi dari model Lock and Key yaitu model Induced Fit (kecocokan yang ditimbulkan dari induksi) menambahkan sifat dinamis dengan mempertimbangkan adanya perubahan dalam konfirmasi struktur enzim-substrat, bukannya struktur kaku untuk menghasilkan kecocokan enzim-substrat (ES) yang tepat. Berikut adalah skema dari konsep Lock and Key dengan modifikasi konsep Induced Fit.

4. Suatu inhibitor bersifat kompetitif, apabila inhibitor dan substrat bersaing untuk berikatan dengan enzim (yaitu, mereka tidak dapat mengikat pada waktu yang sama). Seringkali inhibitor kompetitif sangat mirip dengan substrat suatu enzim. Selain berikatan dengan substrat, sisi aktif enzim juga akan berikatan dengan inhibitor ini sehingga menghalangi aktivitas katalitik enzim terhadap substrat. Inhibisi jenis ini dapat reversibel (dibalik) dan dapat diatasi dengan peningkatan konsentrasi substrat. Jadi, inhibitor kompetitif dapat dikenali dari berkurangnya aktivitas inhibisinya, ketika konsentrasi substrat ditingkatkan. Reaksi inhibisinya ada pada reaksi (c.):
E + I2 EI2 + S ESI2

UTS MATA KULIAH BIOREGULATOR Jaka Hendari- 091810301041, no urut: 37 Sebagai contoh, methotrexate adalah suatu penghambat kompetitif dari enzim reduktase dihydrofolate, yang mengkatalisis pengurangan dihydrofolate ke tetrahidrofolate. Inhibitor bersifat non-kompetitif, apabila inhibitor tidak dapat berikatan dengan enzim bebas, tetapi terikat kepada kompleks ES membentuk kompleks EIS. Inhibitor jenis ini berupa senyawa yang tidak mempunyai hubungan struktural (tidak mirip) dengan substrat. Inhibitor ini ditunjukkan dari sifatnya yang irreversible atau tidak dapat dibalik oleh adanya peningkatan konsentrasi substrat. Reaksi inhibisinya seperti pada reaksi (b): E + S ES + I1 ESI1 Sebagai contoh adalah adalah inhibitor logam berat seperti Ag+, Hg2+, atau Pb2+. 5. Adapun sisi aktif dari enzim lipo protein lipase (LPL) terdiri dari rangkaian tiga atau triade asam amino yaitu Ser-132, Asp-156, dan His-241. Sisi penting lainnya terdapat pada wilayah domain N-terminal yang diprediksi sebagai sisi katalitik antara lain pada oxyanion hole (Trp-55, Leu-133), lid region (residues 216-239), juga 5 loop (residues 54-64). Adapun struktur enzim LPL berdasarkan prediksi tampak pada gambar disebelah kanan berikut.

Reaksi yang dikatalisis oleh enzim lipoprotein lipase adalah sebagai berikut.
Triasilgliserol + H2O Diasilgliserol + asam karboksilat

UTS MATA KULIAH BIOREGULATOR Jaka Hendari- 091810301041, no urut: 37 Adapun prediksi mekanisme enzim yang terjadi adalah sebagai berikut. a. Serangan nukleofilik terhadap karbonil C dari substrat, oleh O dari Serin 132.

His 241 O 132 Ser H2 C R O C O H O N N H OC Asp 156

CH2 HC H2C O O

O C C O R R

b. Keadaan transisi tetrahedral tidak stabil

His 241
(Z)

O N O H OC Asp 156

132 Ser

H2 C R

O C
(R)

H O

N CH2 HC H2C O O

O-

C C O

R R

UTS MATA KULIAH BIOREGULATOR Jaka Hendari- 091810301041, no urut: 37 c. Dihasilkan produk diasilgriserol dan perantara enzim-asil (Ser 132-asil)

His 241 O 132 Ser H2 C R O C O HO N CH2 HC H2C O O N O C C O R R (Produk diasilgliserol) H OC Asp 156

d. Masuknya air dan serangan nukleofilik pada C karbonil oleh O air.

His 241 O 132 Ser H2 C O C O H N H O R N H OC Asp 156

UTS MATA KULIAH BIOREGULATOR Jaka Hendari- 091810301041, no urut: 37 e. Keadaan transisi tetrahedral tidak stabil kedua.

His 241
(Z)

132 Ser

H2 C R

O N H OC Asp 156

O C OO

H H

f. Dihasilkan asam karboksilat.

His 241 O 132 Ser H2 C O R C OH O H N N H OC Asp 156

(Asam karboksilat)