z 24 Dasar-Dasar Biokimia STRUKTUR ASAM AMINO DAN PROTEIN Kata Kunci Asam Amino Semua protein disusun oleh

20 jenis asam amino standard. Suatu asam amino memiliki gugus amina, gugus karboksilat, atom hidrogen, dan rantai samping (gugus radikal R) yang berikatan dengan atom karbon (C ) membentuk asam amino primer. Prolin merupakan asam amino sekunder. Stereoisomer Semua 20 jenis asam amino standard tersebut, kecuali glisin, memiliki 4 gugus yang berbeda yang berikatan dengan atom C sehingga dapat mem-bentuk konfigurasi D atau L. Hanya konfigurasi L saja yang ditemukan di dalam protein. Ionisasi Gugus -amina dan gugus -karboksilat pada asam amino dapat bertindak sebagai gugus asam-basa, dapat memberikan atau menerima proton ter-gantung kondisi pH. Pada pH rendah, kedua gugus tersebut secara penuh dapat memberikan proton, tetapi sejalan dengan peningkatan pH pertama kali gugus karboksil dan kemudian gugus amina ke-hilangan ion Hidrogen. Untuk 20 jenis asam amino standard tersebut, pH (yaitu kondisi pH dimana gugus asam amino setengahnya terdisosiasi) berkisar antara 1,8 2,9 untuk gugus -karboksilat dan 8,8 10,8 untuk gugus amina. Ikatan Peptida Suatu protein merupakan untaian dari asam amino yang saling berikatan melalui suatu ikatan peptida. Ikatan peptida merupakan suatu ikatan kovalen antara gugus -amino dari suatu asam amino dengan gugus -karboksilat dari asam amino lainnya. Ketika dua asam amino bergabung dengan satu ikatan peptida maka dinamakan dipeptida. Penambahan sejumlah asam amino menghasilkan Struktur Asam Amino dan Protein 25

rantai yang panjang dari gabungan asam-asam amino yang dinamakan oligopeptida dan polipeptida. Struktur Suatu urutan linier asam amino yang bergabung Primer Protein melalui ikatan peptida disebut struktur primer suatu protein. Struktur Struktur sekunder dari suatu protein meliputi suatu Sekunder pelipatan Protein pada rantai polipeptida. Secara umum ada dua bentuk umum dari struktur sekunder yaitu -helix dan -pleated sheet (konformasi ). Bentuk -helix adalah silindris, terjadi karena adanya ikatan hidrogen yang parallel sepanjang sumbu helixnya. Pada tipe konformasi , ikatan hidrogen terbentuk diantara rantai polipeptida yang berdekatan atau berdampingan secara parallel atau anti parallel. Struktur Struktur tersier protein adalah bentuk atau susunan Tersier tiga Protein dimensi dari semua asam amino di dalam polipeptida. Bentuk protein secara alamiah atau bentuk protein aktif berada dalam bentuk struktur tersier yang ditentukan oleh banyak ikatan non kovalen. Struktur Jika suatu protein terdiri dari dua atau lebih poli-peptida. Quarterner dinamakan struktur quarterner. 1. Asam Amino Asam amino merupakan monomer penyusun protein. Protein pada semua spesies, dari bakteri sampai manusia, disusun atas rangkaian 20 jenis asam amino standard yang sama. 19 dari asam amino tersebut termasuk asam amino primer yang memiliki gugus amina (-NH3) dan asam karboksilat (-COOH) yang berikatan pada atom karbon utama, yang disebut atom C sebab atom tersebut ber-batasan dengan gugus karboksilat (Gb.4.1). Pada atom C juga berikatan atom Hidrogen dan gugus samping R yang berbeda. Kecuali asam amino prolin yang berbeda dengan 26 Dasar-Dasar Biokimia

struktur asam amino, karena prolin digolongkan sebagai asam amino sekunder dan biasa disebut asam imino. Nama-nama asam amino biasanya disingkat, misalnya untuk alanin disingkat Ala atau A, prolin disingkat Pro atau P. Gb. 4.1: Struktur umum asam amino memperlihatkan empat gugus yang berbeda yang berikatan dengan atom karbon (C ) 2. Strereoisomer Semua asam amino, kecuali glisin, memiliki empat gugus yang berbeda yang membentuk tetrahedral di seputar atom C , sehingga atom C tersebut disebut atom C asimetrik (Gb. 4.1). Atom karbon asimetrik karenanya, merupakan pusat khiral. Seperti diketahui bahwa senyawa yang memiliki pusat khiral terdapat dalam dua bentuk isomer yang berbeda, yang bersifat identik dalam semua sifat-sifat kimia dan fisiknya, kecuali satu, yakin arah perputaran sinar terpolarisasi di dalam polarimeter. Semua 20 jenis asam amino, kecuali glisin, bersifat optic aktif; yakni senyawa-senyawa ini dapat memutar sinar bidang polarisasi menuju ke suatu arah atau kebalikannya. Senyawa-senyawa tersebut dapat diklasifikasikan menjadi senyawa yang dapat memutar bidang polarisasi ke arah kanan (dextrorotatory, D; dari bahasa Yunani dextro artinya kanan) dan ke arah kiri Struktur Asam Amino dan Protein 27

(levorotatory, L; dari bahasa Yunani levo artinya kiri). Hanya L-asam amino yang terdapat di dalam protein. D-asam amino jarang terdapat di alam, kecuali pada dinding sel bakteri dan antibiotik tertentu. Contoh struktur L-alanin dan D-alanin seperti pada Gambar 4.2. COOH COOH H2N C H H C NH2 CH3 CH3 L alanin D - alanin Gb. 4.2 Bentuk stereoisomer L alanin dan D alanin 3. Penggolongan Asam Amino Berdasarkan Gugus R Struktur ke 20 asam amino penyusun protein dapat digolongkan berdasarkan sifat-sifat kandungan gugus R, terutama polaritasnya (Tabel 4.1), yakin kecenderungan molekul untuk berinteraksi dengan air pada pH biologis (dekat pH 7). Gugus R pada asam amino bervariasi polaritas-nya, mulai dari gugus R yang sama sekali tidak polar atau hidrofobik (tidak menyukai air) sampai sifat sangat polar atau hidrofilik (menyukai air). Tabel 4.1 Penggolongan Asam amino Berdasarkan Polaritas Kandungan Gugus R (pada pH 7) Gugus R non Polar Gugus R polar, tetapi tidak bermuatan Gugus R bermuatan negative Gugus R bermuatan positif : : : : Alanin, Leusin, Metionin, Fenilalanin Isoleusin, Prolin, Triftophan, Valin Asparagin, GlutaminGlisin, Serin, Treonin Sistein, Tirosin Asam aspartat Asam Glutamat Arginin, Histidin, Lisin