Halaman 1

FUNPEC-RP www.funpecrp.com.br Genetika dan Molekuler Penelitian 10 (3): 2078-2092 (2011) Morfometrik dan molekul analisis makarel (Rastrelliger spp) dari barat pantai Semenanjung Malaysia MN Darlina 1,2 , AR Masazurah 3 , P. Jayasankar 4 , AFJ Jamsari 1 dan AMN Siti 1,2 1 Sekolah Biological Sciences, Universiti Sains Malaysia, Minden, Penang, Malaysia 2 Pusat Studi Pesisir dan Laut, Universiti Sains Malaysia, Muka Kepala, Penang, Malaysia 3 Departemen Perikanan Malaysia, Perikanan Research Institute, Batu Maung, Penang, Malaysia 4 Central Institute of Budidaya Air Tawar, Kausalyaganga, Bhubaneswar, Orissa, India Sesuai penulis: MN Darlina E-mail: darlinamdn@usm.my Genet. Mol. Res. 10 (3): 2078-2092 (2011) Diterima 7 Januari 2011 Yang diterima 16 Juni 2011 Diterbitkan September 16, 2011 DOI http://dx.doi.org/10.4238/vol10-3gmr1249 ABSTRAK Makarel (Scombridae; Rastrelliger). Adalah com-kecil ikan pelagis secara komersial penting yang ditemukan di daerah tropis. Mereka melayani sebagai sumber protein hewani murah dan biasanya digunakan sebagai hidup umpan. Dengan menggunakan truss morfometrik protokol dan analisis RAPD, kami memeriksa morfologi dan genetik variasi antara 77 individu makarel yang tertangkap menggunakan garis panjang dan pukat di 11 lokasi

sepanjang pantai barat Semenanjung Malaysia. Sembilan belas morphometciri Ric dievaluasi dan informasi genetik diperkirakan menggunakan lima 10-basis acak primer RAPD. Total DNA diekstraksi dari jaringan otot. Diskriminan analisis fungsi morfometrik mengungkapkan bahwa dua morfologis berbeda kelompok Rastrelliger kanagurta
Halaman 2

2079 FUNPEC-RP www.funpecrp.com.br Genetika dan Molekuler Penelitian 10 (3): 2078-2092 (2011) Struktur populasi Rastrelliger spp dan satu kelompok dari R. brachysoma dapat ditemukan di sepanjang barat pantai Semenanjung Malaysia. Kami juga menemukan bahwa kepala terkait karakter dan mereka yang berasal dari bagian anterior tubuh Rastrelliger spp secara signifikan berkontribusi pada penilaian saham dari populasi ini. Analisis RAPD menunjukkan kecenderungan yang sama dengan yang ada pada morfometrik analisis, menunjukkan komponen genetik pada fenotipik yang diamati diferensiasi. Data ini akan berguna untuk mengembangkan konservasi strategi untuk spesies tersebut. Kata kunci: Variasi genetik; RAPD, analisis multivariat; Morfometrik; Rastrelliger spp PENDAHULUAN Strategi konservasi dan pemanfaatan berkelanjutan sumber daya hayati di pesisir zona sangat penting untuk pemeliharaan jangka panjang perikanan di wilayah ini (Laikre et al. 2005). Relevansi khusus untuk manajemen perikanan adalah identifikasi geografis kisaran unit saham karena mereka merupakan dasar untuk dinamika populasi (Bailey, 1997). Manunit pengelolaan adalah populasi yang berbeda dari ikan yang memiliki ukuran populasi yang berbeda, perekrutan pola, dan pemijahan dan pembibitan alasan, dan karena itu perlu dikelola secara terpisah untuk penangkapan ikan komersial berkelanjutan (Smith dan Jamieson, 1986; Begg dan Waldman, 1999; Abaunza et al, 2008.). Morfometri adalah salah satu metode yang digunakan dalam bidang multidisiplin saham identifikasi, dan dengan mengukur bentuk, studi morfometrik memungkinkan pemahaman morfologi (atau fenotipik) variasi antara populasi (Ihssen et al., 1981). Sementara variasi fenotipik yang biasanya berhubungan dengan potensi adaptif populasi (Hoffmann dan Willi, 2008), penanda genetik seperti DNA dan protein mendeteksi kadar genetik

variasi. Informasi ini sangat penting untuk strategi konservasi sebagai kelangsungan hidup jangka panjang dan evolusi dari setiap spesies tergantung pada pemeliharaan keragaman genetik dan erat kaitannya dengan distribusi geografis dari genotipe (Frankham, 1995;. Reed et al, 2002; Reed, 2004). Dalam beberapa dekade terakhir, kemajuan teknik marka molekuler, terutama pengembangan polymerase chain reaction (PCR), ditambah dengan barubaru ini ledakan program komputer yang kuat dan penggunaan sistem informasi geografis (SIG), telah sangat membantu dalam pengambilan sampel, survei dan penilaian keragaman genetik populasi dan lebih tinggi tingkat taksa (Rao dan Hoskela, 2001), sehingga menawarkan berbagai kemungkinan untuk mempelajari biologi evolusi dan perilaku organisme yang dulunya dianggap tidak mungkin (Schlotterer, 2004;. Galtier et al, 2009). Beberapa molekul spidol sering digunakan untuk penilaian populasi meliputi panjang fragmen restriksi polimorfisme (RFLPs), DNA polimorfik acak diperkuat (RAPD), diperkuat fragment length polymorphism (AFLP), dan mengulangi urutan tunggal (RSK) juga dikenal sebagai microsatellites (Lowe et al., 2004). Makarel (Rastrelliger spp) adalah salah satu ikan komersial yang paling penting mendarat oleh perikanan purse seine-dan pukat di Malaysia (FAO, 2010). Ikan pelagis kecil terdiri dari tiga spesies utama: R. brachysoma (Indo Pasifik mackerel), R. kanagurta (India makarel) dan R. faughni (pulau mackerel) (Matsui, 1967; Froese dan Pauly, 2009). Mereka
Halaman 3

2080 FUNPEC-RP www.funpecrp.com.br Genetika dan Molekuler Penelitian 10 (3): 2078-2092 (2011) MN Darlina dkk. menghuni perairan pantai, membentuk sekolah besar dan cenderung berkumpul di sekitar ikan menggabungkan perangkat. Rastrelliger brachysoma umumnya didistribusikan di dekat pantai wilayah pesisir sedangkan R. kanagurta dan R. faughni lebih samudera (FAO, 2000). Mereka dapat ditemukan seluruh Indo-Pasifik Barat, Laut Merah dan Afrika Timur ke Indonesia, utara ke Ryukyu

Kepulauan dan Cina, selatan ke Australia, Melanesia dan Samoa, memasuki Mediter-timur ranean Laut melalui Terusan Suez (FAO, 2000). Para eksploitasi berlebihan dari perikanan pelagis sumber daya, termasuk spp Rastrelliger, terutama karena pemanfaatan memancing efisien pembuluh alat tangkap dan lebih besar di pantai barat Semenanjung Malaysia telah disorot di Malaysia (FAO, 2000). Selain itu, perluasan lahan perikanan menjadi baru dan nonwilayah tradisional di Zona Ekonomi Eksklusif Malaysia (ZEE) juga memberikan kontribusi untuk masalah ini. Namun, Rastrelliger spp tetap menjadi tulang punggung dari perikanan laut pada pantai barat Semenanjung Malaysia (FAO, 2000). Upaya awal yang dibuat untuk menggambarkan struktur stok Rastrelliger spp (yaitu, R. kanagurta) dari pantai timur dan barat India dilakukan oleh Seshappa (1985) berdasarkan yang morfometri tradisional dan meristics. Menyadari pentingnya truss morfometrik protokol sistem, yang lebih berguna daripada metode morfometrik tradisional, Jayasankar dkk. (2004) adalah yang pertama untuk membedakan saham fenotipik R. kanagurta di Semenanjung India. Para pekerja ini menggunakan pendekatan holistik, yang menggabungkan satu fenotipik dan dua genotipik (protein dan RAPD) metode untuk menganalisis perbedaan populasi mungkin dalam yang makarel India sampel dari pantai timur dan barat India. Di Malaysia, ada beberapa mencatat data pada variasi genetik R. kanagurta berdasarkan mitochondrium dan RAPD penanda (Mohd Nor et al, 2008;. Jamaluddin dkk, 2010.), namun, sampai saat ini, tidak relevan informasi tentang definisi saham telah diproduksi mengenai Rastrelliger genus di Malaysia. Dengan demikian, penentuan unit manajemen dipandang perlu untuk melestarikan saham dari spp Rastrelliger di Malaysia. Tujuan penelitian ini meliputi: penentuan) variasi genetik di dalam dan antara spesies R. kanagurta dan R. brachysoma dan b) untuk memberikan penilaian awal pada saham unit yang mungkin dibentuk oleh spesies di sepanjang pantai barat Semenanjung

Malaysia. Penelitian ini memiliki aplikasi potensial dalam estimasi ikan saham dan mengusulkan langkah-langkah untuk manajemen berkelanjutan. Jika tingkat aliran gen cukup rendah untuk saham untuk dikelola sebagai populasi panmictic tunggal, akan dianjurkan untuk mengelola mereka sebagai tunggal unit. MATERIALAND METODE Pengambilan sampel Pengambilan sampel dilakukan di 11 lokasi terletak di sepanjang pantai barat Peninsular Malaysia selama dua kapal pesiar sampling (Februari dan Maret 2006; Gambar 1). Ikan adalah tertangkap menggunakan garis panjang dan pukat. Segera setelah hasil tangkapan, ikan diisolasi dan keduanya R. kanagurta dan R. brachysoma diidentifikasi menggunakan identifikasi morfologi berdasarkan pada deskripsi Fisher dan Bianchi (1984). Untuk analisis genetik, sirip dipotong adalah ditempatkan dalam buffer pelestarian baik TNES-urea atau etanol 95%. Seluruh sisa ikan disampaikan dalam kotak dingin ke laboratorium pada setiap sesi sampling untuk morphometRic analisis.
Halaman 4

2081 FUNPEC-RP www.funpecrp.com.br Genetika dan Molekuler Penelitian 10 (3): 2078-2092 (2011) Struktur populasi Rastrelliger spp Truss morfometrik Sembilan belas pengukuran truss morfometrik, bergabung homolog poin, diambil di sisi kanan ikan (Humphries et al., 1981), termasuk panjang standar untuk standardization variabel (Gambar 2). Pengukuran dilakukan dengan menempatkan ikan di air tahan karton dan menusuk kertas dengan jarum diseksi vertikal sesuai dengan titik-titik pengukuran. Semua pengukuran dilakukan dengan menggunakan kaliper digital ke pusat milimeter. Untuk menghapus tergantung ukuran dan variasi untuk membandingkan perbedaan bentuk, sebuah allopendekatan metrik (Palma dan Andrade, 2002) ini dimanfaatkan oleh transformasi data menggunakan rumus berikut: M trans = Log M - (log SL - log SL

berarti ), Di mana M trans adalah mengubah langkahPakar, pengukuran; M, pengukuran asli; , regresi kemiringan dalam kelompok dari log M vs Gambar 1. Sampling situs Rastrelliger kanagurta (lingkaran hitam) dan R. brachysoma (lingkaran abu-abu) di utara dan tengah pantai barat Semenanjung Malaysia. Angka menunjukkan jarak dan nomor dalam kurung menunjukkan sampel ukuran (n) untuk setiap jarak.
Halaman 5

2082 FUNPEC-RP www.funpecrp.com.br Genetika dan Molekuler Penelitian 10 (3): 2078-2092 (2011) MN Darlina dkk. log SL; SL, panjang standar ikan, dan SL berarti , Rata-rata keseluruhan dari panjang standar. Setelah koreksi ukuran, korelasi antara variabel truss dan panjang total ikan harus delipatan, yang menyatakan bahwa pengaruh ukuran secara efektif dihilangkan. Gambar 2. Body-bentuk ukuran Rastrelliger spp untuk analisis morfometrik. Langkah-langkah adalah sebagai berikut: A1, ujung moncong hingga sirip punggung pertama; A2, punggung pertama sirip perut; A3, ujung moncong hingga sirip perut; A4, punggung dorsal pertama yang kedua; A5, punggung kedua ke asal sirip dubur; A6, punggung kedua penyisipan sirip dubur; A7, panggul asal sirip dubur; A8, punggung sirip kedua untuk finlets unggul lebih dulu; A9; finlets unggul pertama yang finlets rendah pertama; A10, asal dubur sirip untuk finlets rendah pertama; A11, finlets unggul pertama yang finlets unggul kelima; A12, finlets rendah pertama yang unggul kelima finlets; A13, finlets unggul pertama yang finlets rendah kelima; A14, finlets rendah pertama yang finlets rendah kelima; B1, pertama punggung ke asal sirip dubur; B2, sirip perut untuk sirip punggung kedua; B3, punggung kedua untuk finlets rendah pertama, B4, asal dari sirip dubur untuk finlets unggul lebih dulu; SL, panjang standar. RAPD primer dan amplifikasi PCR DNA genomik total dari jaringan otot diekstraksi menggunakan Kit DNA Jaringan (Genispin). Sepuluh 10-basis RAPD primer acak (Operon Technologies Inc, Amerika Serikat) adalah digunakan untuk memulai amplifikasi PCR dan secara acak dipilih berdasarkan pada konten GC dan

anil suhu untuk RAPD-PCR amplifikasi. Setelah pemeriksaan awal dengan semua 10 primer, hanya lima (OPC-1, OPC-4, OPC-5, OPC-9, dan OPC-13) digunakan dalam studi akhir. PCR terdiri dari buffer PCR 10X, 0,4 mM dNTP campuran, 3,5 mM MgCl 2 , 5 pmol RAPD primer, 2,0 U polimerase Taq DNA, DNA template 30 ng, dan air suling dalam akhir volume 25 uL. Sebuah kontrol negatif (tanpa DNA template) juga termasuk dalam setiap reaksi. Amplifikasi DNA dilakukan menggunakan Cycler Peltier Thermal, PTC200 (MJ-Research Inc) yang diprogram pada 35 siklus selama 30 detik dari denaturasi pada 94 C, 30 detik dari annealing pada 36 C, 1 menit perpanjangan pada 72 C, dan 2 menit perpanjangan akhir pada 72 C Kemudian, 5 uL PCR produk dijalankan berdampingan dengan 100-bp PCR tangga (Promega) pada agarosa 2% gel pada 100 V selama 20 menit dan diwarnai dengan etidium bromida (pada konsentrasi akhir 0,5 mg / mL). Pola diperkuat divisualisasikan pada Transilluminator UV dan difoto oleh gel dokumentasi sistem (Alpha-Innotech, USA). Analisis data Sebuah diskriminan stepwise fungsi analisis multivariat (DFA) dilakukan pada berubah morfometrik variabel untuk mengidentifikasi kombinasi karakter yang mengoptimalkan
Halaman 6

2083 FUNPEC-RP www.funpecrp.com.br Genetika dan Molekuler Penelitian 10 (3): 2078-2092 (2011) Struktur populasi Rastrelliger spp diferensiasi di antara populasi. Output yang dihasilkan dari analisis ini digunakan untuk menilai efektivitas diskriminatif dari persentase yang benar ulang klasifikasi dalam analisis diskriminan. Mahalanobis jarak antara centroid populasi dan berpasangan F-statistik dihitung untuk mengevaluasi tingkat signifikan perbedaan populasi. Spapemisahan esensial antara centroid diwakili oleh generasi scatter plot. Semua analisis statistik dilakukan dengan menggunakan SPSS ver. 11,5. Fragmen RAPD dicetak oleh baik kehadiran (1) atau tidak (0) dari fragmen pada foto-foto gel untuk setiap individu. Matriks Data yang dimasukkan ke ver Paket statistik multivariat. 3.13 (Kovach Computing Services) dan pasanganperbandingan bijaksana antara dan di dalam populasi dibuat. Indeks kesamaan

(SI) nilai antara profil RAPD dari dua individu pada gel yang sama adalah dihitung dengan menggunakan persamaan Nei dan Li (1979): SI = 2 n xy / (N x +N y ), Dimana n xy adalah jumlah fragmen bersama oleh individu x dan y, dan n x dan n y adalah jumlah fragKASIH mencetak gol untuk setiap individu (Nei, 1978). Metode ini dipilih karena penekanan yang lebih besar ditempatkan pada pertandingan fragmen dibandingkan yang non-pertandingan (Nei, 1978). Unweighted pasangan-kelompok metode aritmatika mean (UPGMA, Sneath dan Sokal, 1973) diimplementasikan dalam program Tetangga dari program PHYLIP ver. 3.57c (Felsenstein, 1989) adalah digunakan untuk menganalisis hubungan data prosedur resampling genetik (1000 ulangan) dan matriks perhitungan untuk analisis bootstrap dilakukan dengan menggunakan WinBoot, sebuah UPGMAberbasis program (Yap dan Nelson, 1996). Kami mempertimbangkan nilai di atas 75% sebagai signifikan dan persentase polimorfisme penanda RAPD diperkirakan menggunakan PopGene ver. 1,31 (Yeh et al., 1999). HASIL Demografi parameter Secara total, 77 ikan itu sampel sepanjang pantai barat Semenanjung Malaysia during Februari dan Maret 2006, yang berhubungan dengan 53 spesimen R. kanagurta dan 24 spesimen R. brachysoma (Gambar 1). Data pengambilan sampel secara rinci disajikan pada Tambahan Bahan 1. Seperti yang diharapkan, ukuran rata-rata sampel dari R. kanagurta (6,63 3,79 SD) dan R. brachysoma (8,0 3,10 SD) berbeda secara signifikan (t-test, t = 0,5547, df = 9, P <0,05). Perhatikan bahwa frekuensi sampling sukses R. kanagurta (N = 8) lebih besar dari pada R. brachysoma (N = 3) pada periode yang sama sampling.

Truss morfometrik analisis Dalam DFA bertahap, semua variabel memberikan kontribusi signifikan terhadap multivariat discriminant analisis populasi. Dua fungsi yang memberikan kontribusi signifikan dengan analisis diskriminan menyumbang 84,1% dari variabilitas antara kelompok (Tabel 1). Berdasarkan pada DF1 (yang menjelaskan 70% varians) (Tabel 1), empat elemen truss sangat informatif bagi perbedaan R. kanagurta dari R. brachysoma (A1, A2, A5, dan B3). Dalam setiap spesies diferensiasi adalah bersama DF2 (A2, A5, B3) (Tabel 1). Untuk kedua intra dan antarspesies diskriminasi kepala terkait dan bagian anterior tubuh tampaknya important untuk diskriminasi.
Halaman 7

2084 FUNPEC-RP www.funpecrp.com.br Genetika dan Molekuler Penelitian 10 (3): 2078-2092 (2011) MN Darlina dkk. DF1 DF2 DF3 A1TRAN 0.769 0.223 -0.163 A2TRAN 1.253 0.508 -0.273 B1TRAN -0.510 0.036 -0.024 B2TRAN 0.396 0.134 0.556 A3TRAN -0.264 -0.274 -0.257 A4TRAN -0.055 -0.069 -0.014

A5TRAN 0.577 0.352 -0.086 A7TRAN 0.268 -0.448 0.736 A8TRAN -0.231 -0.215 0.440 A9TRAN 0.260 -0.075 -0.304 A10TRAN 0.439 -0.611 0.798 A11TRAN -0.023 -0.075 0.535 A12TRAN 0.180 0.238 -0.193 B3TRAN 0.526 0.330 0.280 Eigenvalue 14.68 2.94 0.86 % Varians 70.00 14.1 4.1 Tabel 1. Tiga pertama vektor eigen dan persentase total varian dijelaskan oleh nilai eigen yang diperoleh dari koefisien diskriminan analisis fungsi.

Keberhasilan reklasifikasi secara keseluruhan rata-rata dalam populasi adalah tinggi pada 82,5% (SupBahan pelengkap 2). Jarak Mahalanobis umum (D2) dan F-statistik untuk dua spesies disajikan pada Tabel 2. F-statistik menunjukkan perbedaan yang sangat signifikan pada jarak elemen truss Mahalanobis dengan gradien Utara-Selatan geografis. Dua kelompok kelompok homogen yang diamati dalam R. kanagurta: i) mengangkut 1, 3, 6, lepas pantai Kedah dan Penang di utara dan mengangkut 12, 14 dan 15 di lepas pantai pusat di Perak pusat Semenanjung Malaysia, dan ii) mengangkut 19 dan 20 yang terletak di lepas pantai Semenanjung pusat Malaysia tapi ke arah selatan (Gambar 3). Mengangkut 1 3 4 6 7 12 14 15 19 20 23 1 F 3.09 27.622 1.244 22.572 2.021 1.709 0.537 8.349 9.53 18.272 Sig. 0.022 0 0.301 0 0.102 0.159

0.709 0 0 0 3 F 3.09 49.77 1.52 25.292 2.03 1.758 9.035 13.878 13.94 24.903 Sig. 0.022 0 0.207 0 0.101 0.149 0 0 0 0 4 F 27.622 49.77 33.538 2.043 42.529 30.948 58.371 51.135 47.278 5.651 Sig. 0 0 0 0.099

0 0 0 0 0 0.001 6 F 1.244 1.52 33.538 22.473 0.36 0.126 4.176 5.403 6.389 18.48 Sig. 0.301 0.207 0 0 0.836 0.973 0.005 0.001 0 0 7 F 22.572 25.292 2.043 22.473 25.804 20.903 41.05 26.157 23.083 2.166 Sig. 0 0 0.099

0 0 0 0 0 0 0.083 12 F 2.021 2.03 42.529 0.36 25.804 0.174 6.896 5.948 7.255 22.61 Sig. 0.102 0.101 0 0.836 0 0.951 0 0 0 0 14 F 1.709 1.758 30.948 0.126 20.903 0.174 5.48 4.22 5.262 16.59 Sig. 0.159

0.149 0 0.973 0 0.951 0.001 0.004 0.001 0 15 F 0.537 9.035 58.371 4.176 41.05 6.896 5.48 20.094 21.967 40.253 Sig. 0.709 0 0 0.005 0 0 0.001 0 0 0 19 F 8.349 13.878 51.135 5.403 26.157 5.948 4.22 20.094 0.453 24.971

Sig. 0 0 0 0.001 0 0 0.004 0 0.77 0 20 F 9.53 13.94 47.278 6.389 23.083 7.255 5.262 21.967 0.453 21.707 Sig. 0 0 0 0 0 0 0.001 0 0.77 0 23 F 18.272 24.903 5.651 18.48 2.166 22.61 16.59 40.253

24.971 21.707 Sig. 0 0 0.001 0 0.083 0 0 0 0 0 Tabel 2. Perbandingan kelompok Berpasangan berdasarkan jarak Mahalanobis umum dan F-statistik untuk linier diskriminan fungsi untuk semua karakter truss selama 8 populasi Rastrelliger kanagurta dan 3 populasi R. brachysoma. Mengangkut 1, 3, 6, 12, 14, 15, 19, 10 = R. kanagurta. Mengangkut 4, 7, 23 = R. brachysoma Penting (Sig.). kadarnya disesuaikan untuk beberapa perbandingan dengan mengalikan dengan jumlah perbandingan.
Halaman 8

2085 FUNPEC-RP www.funpecrp.com.br Genetika dan Molekuler Penelitian 10 (3): 2078-2092 (2011) Struktur populasi Rastrelliger spp Rastrelliger brachysoma menunjukkan gradien yang sama dengan mengangkut utara 4 dan 7 menampilkan beberapa tingkat perbedaan dari Haul lebih selatan 23 ditemukan di lepas pantai Selangor (Gambar 3). Namun, penyesuaian untuk perbandingan kelompok menunjukkan beberapa non-significance untuk semua perbandingan. Haul 15 secara signifikan berbeda dari populasi lain dalam Surat klaster tapi setelah penyesuaian serupa centroid kelompok adalah tidak berbeda nyata mengangkut 1, 6 dan 14 (Gambar 3). Analisis genetik Dari 10 primer RAPD disaring dari Kit OPC (Operon Technology Inc, USA), lima produk amplifikasi diproduksi berulang yang menghasilkan total 47 penanda scorable dengan ukuran molekul yang berkisar 300-1200 bp. Jumlah band scorable ampli-

fied oleh masing-masing primer bervariasi 8-9 dalam R. brachysoma dan dari 8 sampai 10 dalam R. kanagurta. Persentase lokus polimorfik menunjukkan nilai yang tinggi dari 87,2% pada R. kanagurta tetapi rendah dari 36,34% pada R. brachysoma (data tidak ditunjukkan). Seperti yang diharapkan, UPGMA klaster analisis menggunakan Nei dan kesamaan koefisien Li (Nei dan Li, 1979) menunjukkan dua utama clusters terdiri R. kanagurta dan R. brachysoma (Gambar 4) Dalam spesies terakhir,. sebuah tingkat wajar penataan diamati, meskipun dengan beberapa tumpang tindih, yang sebagian besar adalah Gambar 3. Plot koordinat individu Rastrelliger spp menurut dua fungsi diskriminan pertama (70 vs variasi 14,1%) yang diperoleh untuk data morfometrik.
Halaman 9

2086 FUNPEC-RP www.funpecrp.com.br Genetika dan Molekuler Penelitian 10 (3): 2078-2092 (2011) MN Darlina dkk. antara individu di daerah utara di mengangkut 4 dan 7 (Gambar 4). Luasnya penataan lebih jelas dalam R. kanagurta, hampir sebangun dengan yang diamati pada analisis morfometrik dengan populasi tersebut ke utara dan selatan lepas pantai bagian Perak yang membentuk kelompok kohesif yang terpisah (Gambar 3 dan 4). Perbedaan utama adalah ditemukan di Haul 15, yang menunjukkan data morfometrik yang berbeda (di mana ia dikelompokkan dengan utara kelompok), tetapi dalam analisis filogenetik, tiga individu yang berkerumun dengan selatan mengangkut 19 dan 20, sedangkan satu individu itu berkerumun dengan Haul 12 di pusat pantai barat Semenanjung Malaysia (Gambar 4). Hal ini menunjukkan bahwa Haul 15 lebih genetik yang terkait dengan populasi selatan meskipun aliran gen ke tetangga Pengangkutan dari 12 dan 14 masih terjadi. Analisis koordinat utama (PCOA) grafik (Gambar 5) membenarkan temuan ditunjukkan oleh UPGMAanalysis tersebut. Koordinat sumbu utama pertama, yang mencapai 39,6% dari total varian, memisahkan kedua spesies, tetapi tidak pada tingkat intraspesies. Namun, kedua koordinat sumbu, yang menjelaskan 11,7% dari variasi total (data tidak ditunjukkan), tidak hanya dibedakan populasi utara pantai Perak dari lebih selatan populasi

tions, tetapi juga untuk sebagian besar dari populasi utara (mengangkut 1 dan 3) dan dari pusat populasi (mengangkut 12 dan 14). Gambar 4. UPGMA dendrogram dari 77 orang dari 11 populasi dari dua Rastrelliger spp berdasarkan Nei dan Li koefisien.
Halaman 10

2087 FUNPEC-RP www.funpecrp.com.br Genetika dan Molekuler Penelitian 10 (3): 2078-2092 (2011) Struktur populasi Rastrelliger spp PEMBAHASAN Hasil hadir pada analisis truss morfometrik menunjukkan adanya kemungkinan dari dua kelompok berbeda secara morfologis R. kanagurta sepanjang pantai barat Semenanjung Malaysia. Kelompok pertama terdiri dari populasi di utara dan wilayah tengah di lepas pantai pusat Perak dan yang kedua populasi hanya lebih jauh ke selatan di lepas pantai dari selatan Perak. Dalam setiap area distribusi tumpang tindih sampel mungkin atributbisa migrasi yang luas di perairan ini. Kecenderungan yang sama diamati untuk R. brachysoma (Meskipun tidak ditandai, mungkin karena ukuran sampel yang terbatas). Pola paralel differentiation ditunjukkan oleh kedua spesies menunjukkan adanya geografis alami atau buatan barriers (Palumbi, 1994), yang telah memberikan kontribusi besar pada munculnya perbedaan antara populasi yang ada antara daerah di utara dan selatan lepas pantai pusat Perak. Penelitian ini menunjukkan kontribusi yang signifikan kepala yang berhubungan dengan karakter dan bagian anterior tubuh untuk diferensiasi saham di R. kanagurta. Jayasankar dkk. (2004) melaporkan komponen beban tinggi untuk kedalaman daerah yang mencakup antara asal dubur sirip dan sirip punggung kedua dan kedalaman batang ekor dalam spesies yang sama dari India. Rastrelliger kanagurta dan R. brachysoma pangsa karakter morfologi yang sama, tetapi menunjukkan perbedaan dalam kepala-variabel terkait dan bagian depan tubuh. Seperti kepala yang berhubungan berbedaences biasanya akan menyarankan pengaruh perbedaan habitat antara populasi (Palma dan Andrade, 2002). Variasi dalam pola morfologi kepala sering dikaitkan dengan

Gambar 5. Koordinat analisis Kepala Data RAPD, berdasarkan profil RAPD dari 77 individu dari Rastrelliger spp.
Halaman 11

2088 FUNPEC-RP www.funpecrp.com.br Genetika dan Molekuler Penelitian 10 (3): 2078-2092 (2011) MN Darlina dkk. eksploitasi relung ekologi yang berbeda sebagai akibat dari ketersediaan pangan dan jenis mangsa (Hyndes et al, 1997;. Delariva dan Agostinho, 2001). Suhu air, lama berenangming dan arus (SARA et al, 1999.) juga telah disarankan untuk memperhitungkan perbedaan-perbedaan meskipun suhu mungkin tidak memiliki bantalan dalam penelitian ini. Seperti morfologi ini terutama tergantung pada kondisi lingkungan selama awal kehidupan sejarah tahap (Lindsey, 1988; Turan, 2004), diferensiasi fenotipik dapat menunjukkan bahwa sebagian besar ikan menghabiskan seluruh hidup mereka di daerah yang terpisah (Turan, 2004;. Turan et al, 2006). Deteksi diferensiasi morfometrik yang tinggi menunjukkan bahwa pencampuran luas tidak terjadi antara dua zona di utara dan selatan pantai pusat Perak. Hal ini diperkuat oleh nilai-nilai Mahalanobis sangat signifikan jarak diamati antara daerah (Tabel 2). Namun demikian, secara umum, ikan menunjukkan varians yang lebih besar dalam morfologi sifat-sifat baik di dalam dan antara populasi dari vertebrata lainnya, dan lebih rentan untuk variasi morfologi lingkungan diinduksi (Allendorf dan Leary, 1988; Wimberger, 1992) seperti yang disebutkan di atas. Namun, meskipun faktor lingkungan memainkan peran utama dalam discreteness fenotipik agregasi, gerakan terbatas juga dapat menyebabkan reproduksi isolasi mengakibatkan diferensiasi genetik (Bailey dkk, 1999;. Begg dan Waldman, 1999). Truss analisis morfometrik menunjukkan tingkat tinggi homogenitas di antara populasi dari India makarel dari tiga lokasi geografis yang berbeda (Jayasankar et al., 2004). Metode RAPD menunjukkan bahwa ada komponen genetik dengan fenotipik diferensiasi diamati antara wilayah geografis. Analisis profil penanda RAPD diperoleh untuk R. sampel kanagurta menunjukkan kecenderungan yang sama untuk studi morfometrik, meskipun struktur penduduk lebih jelas dan spasial berkorelasi. Baik UPGMA

(Gambar 4) dan analisis PCO (Gambar 5) menunjukkan tiga cluster (utara, tengah dan lain-clus ter di selatan cluster kedua di lepas pantai selatan Perak), menunjukkan adanya genetik demarkasi populasi di utara dan selatan Tengah Semenanjung Malaysia. Sebuah istirahat dalam kontinum pesisir dan kompleksitas sistem saat ini lokal, yang mungkin menghambat penyebaran larva, dapat menjelaskan tingkat heterogenitas diamati (Russell dkk, 1993.; Collins et al, 1994.). Oseanografi (arus) dan topografi fitur, hambatan fisik, spatio-temporal waktu pemijahan adalah beberapa faktor yang telah diusulkan untuk mencegah gen aliran antara populasi yang berdekatan dan bersebelahan (Wimberger, 1992). Penilaian faktor tersebut dapat bertindak sebagai titik awal untuk penyelidikan masa depan. Dalam penelitian yang dilaporkan dari India, penanda RAPD tidak bisa membedakan populasi dari tiga lokasi geografis (Jayasankar et al., 2004). Fitur lain yang menarik dari data kami adalah bahwa struktur genetik dari individu di Haul 15 yang terletak di perbatasan antara dua zona yang tumpang tindih (Gambar 5). Hal ini tentu menimbulkan masalah pembentukan populasi "transient 'dalam sampling daerah, yang dianggap bergerak pada rentang geografis yang lebih luas (Dahlheim et al, 1997;. Ford et al, 1998;. Hoelzel et al, 2007).. Kecenderungan (meskipun tidak signifikan) juga diamati dalam R. brachysoma dengan lebih tumpang tindih individu dari mereka yang dekat (mengangkut 4 dan 7, mengangkut 7 dan 23) (Angka 4 dan 5). Namun, mekanisme yang tepat (s) yang mendasari Fenomena tetap tidak diketahui, tetapi bisa diselidiki oleh sampling yang lebih intensif sekitar daerah ini dalam kombinasi dengan penelitian lain. Data variasi genetik kini diakui sebagai prasyarat penting menuju perencanaan konservasi strategi (Darlina et al., 2009). Kekayaan genetik dapat dinilai dengan mengestimasi parameter keragaman genetik seperti persentase lokus polimorfik dan gen
Halaman 12

2089 FUNPEC-RP www.funpecrp.com.br Genetika dan Molekuler Penelitian 10 (3): 2078-2092 (2011) Struktur populasi Rastrelliger spp

indeks keanekaragaman (Yeh, 2000). Tingginya persentase polimorfisme dalam R. kanagurta dibandingkan R. brachysoma menunjukkan bahwa spesies pertama memiliki tingkat yang sehat variasi genetik almeskipun langkah harus dilakukan untuk mencegah erosi. Variabilitas genetik tinggi di antara indiperorangan R. kanagurta juga terlihat dalam studi oleh Jayasankar dkk. (2004) dan Jamaluddin et al. (2010). Namun, dalam kasus R. brachysoma, tingkat variasi yang mengkhawatirkan rendah (Walaupun hanya berdasarkan lima primer RAPD). Homogenitas yang diamati, yang umumnya akan menyarankan migrasi luas antara wilayah utara dan pantai selatan off Perak, tersebut diberikan untuk berbagi penanda monomorfik banyak. Para eksploitasi berlebihan terus-menerus sumber ini telah menyebabkan penurunan drastis dalam ukuran populasi, sebagai konsekuensi dari monomorphism. Selama survei, populasi jumlah dan ukuran yang diamati sangat rendah untuk R. brachysoma (Bahan Tambahan 1). Adanya keragaman dalam spesies (antara populasi, dan juga antara individu dalam populasi) adalah penting untuk kemampuan mereka untuk bertahan hidup dan untuk berhasil menanggapi perubahan lingkungan (Ryman et al. 1995). Jadi, langkah segera harus diambil untuk mengatasi situasi saat ini. Tulisan ini lebih lanjut mendukung kebutuhan untuk mengumpulkan dan menggabungkan genetik dengan physiembriologis informasi, ekologi dan oseanografi ketika menilai struktur genetik yang sangat melimpah, gen didistribusikan secara luas dan tinggi aliran laut ikan untuk memfasilitasi-devel bangan rekomendasi manajemen. Tambahan DNA penanda, seperti mtDNA cytochrome b dan mikrosatelit harus digunakan untuk menganalisis polimorfisme genetik pada makarel populasi dari daerah ini. Singkatnya, dengan kombinasi dari protokol morfometrik dan genetika molekuler (RAPD) metode, dua cukup mandiri saham yang diamati bersama pantai barat Semenanjung Malaysia di utara lepas pantai selatan Perak untuk R. kanagurta. Dengan demikian, strategi konservasi harus bertujuan melestarikan keanekaragaman di setiap daerah, seperti mungkin sudah ada adaptasi lokal yang akan hilang jika populasi dicampur dengan orang lain. UCAPAN TERIMA KASIH Penelitian ini merupakan proyek kolaborasi antara Sekolah Ilmu Hayati, Uni-

versiti Sains Malaysia dan Perikanan Research Institute, yang didanai oleh Rencana Malaysia Kesembilan di bawah Departemen Perikanan, Malaysia. Kami juga berterima kasih kepada rekan-rekan kami untuk mereka bantuan teknis. REFERENSI Abaunza P, Murta AG, Campbell N dan Cimmaruta R (2008). Pertimbangan pada strategi sampling untuk sebuah holistik pendekatan untuk identifikasi stok: contoh proyek HOMSIR Ikan.. Res 89:. 104113. Allendorf FW dan RF Leary (1988). Konservasi dan distribusi variasi genetik dalam spesies polytypic, kejam yang trout. ConsERV. Biol 2:. 170-184. Bailey KM (1997). Struktural dinamika dan ekologi populasi flatfish. J. Laut Res 37:. 269-280. Bailey KM, Quinn TJ II, Bentzen P dan Grant WS (1999). Penduduk struktur dan dinamika walleye Pollock, Theragra chalcogramma Adv.. Maret Biol 37:. 179-255. Begg GA dan Waldman JR (1999). Pendekatan holistik untuk ikan identifikasi saham. Ikan. Res 43:. 35-44. Collins TM, Wimberger PH dan Naylor GJP (1994). Komposisi bias, karakternegara bias, dan karakter-negara rekonstruksi menggunakan parsimoni. Syst. . Biol 43: 482-496. Dahlheim ME, Ellifrit D dan J Swenson (1997). Paus pembunuh Tenggara Alaska: Sebuah Katalog Foto Diidentifikasi Individu. Hari Bulan Tekan, Seattle. Darlina MN, Kemp SJ, Telfer S dan PC Watts (2009). Isolasi dan karakterisasi mikrosatelit 10 lokus dalam umum tikus Muscardinus avellanarius. Mol. Ecol. Res 9:. 1010-1012.
Halaman 13

2090 FUNPEC-RP www.funpecrp.com.br Genetika dan Molekuler Penelitian 10 (3): 2078-2092 (2011) MN Darlina dkk. Delariva RL dan Agostinho AA (2001). Hubungan antara morfologi dan diet enam loricariids Neotropical. J. Ikan Biol. 832-847. FAO (2000). Laporan: Lokakarya Perikanan dan Pengelolaan Makarel Pendek (Rastrelliger spp.) Di Pantai Barat Semenanjung Malaysia. Organisasi Pangan dan Pertanian, Roma. FAO (2010). Laporan: Lokakarya Pertama tentang Penilaian Status Perikanan Saham di Asia Selatan dan Asia Tenggara. Makanan dan Pertanian Organisasi, Roma.

Felsenstein J (1989). Program PHYLIP, filogeni gangguan paket (versi 3.2) Cladistics 5:. 164-166. Fisher W dan Bianchi G (1984). FAO Species Identification Sheets for Fishery Purposes. Western Indian Ocean (Fishing Area 51). Vol. 4. Food and Agricultural Organization, Rome. Ford JKB, Ellis GM, Barrett-Lennard LG and Morton AB (1998). Dietary specialization in two sympatric populations of killer whales ( Orcinus orca ) in coastal British Columbia and adjacent water. Can. J. Zool. 76: 1456-1471. Frankham R (1995). Conservation genetics. Annu. Rev. Genet. 29: 305-327. Froese R and Pauly D (2009). FishBase. World-Wide Web Electronic Publication. Available at [http://www.fishbase.org/ search.php]. Accessed October 2009. Galtier N, Nabholz B, Glemin S and Hurst GD (2009). Mitochondrial DNA as a marker of molecular diversity: a reappraisal. Mol. Ecol. 18: 4541-4550. Hoelzel AR, Hey J, Dahlheim ME and Nicholson C (2007). Evolution of population structure in a highly social top predator, the killer whale. Mol. Biol. Evol. 24: 1407-1415. Hoffmann AA and Willi Y (2008). Detecting genetic responses to environmental change. Nat. Rev. Genet. 9: 421-432. Humphries SE, Whittall R, Minty A and Buckingham M (1981). There are approximately 20 acting genes in the human genome. Nucleic Acids Res. 9: 4895-4908. Hyndes GA, Platell ME and Potter IC (1997). Relationships between diet and body size, mouth morphology, habitat and movement of six sillaginid species in coastal waters: implications for resource partitioning. Mar. Biol. 128: 585-598. Ihssen PE, Bodre HF, Casselman JM and McGlade JM (1981). Stock identification: materials and methods. Can. J. Fish Aquat. Sci. 38: 1838-1855. Jamaluddin JAF, Ahmad AT, Basir S and Rahim MA (2010). Rastrelliger systematics inferred from mitochondrial cytochrome b sequences. Afr. J. Biotechnol. 9: 3063-3067. Jayasankar P, Thomas PC, Paulton MP and Mathew J (2004). Morphometric and genetic analyzes of Indian mackerel ( Rastrelliger kanagurta ) from peninsular India. Asian Fish. Sci. 17: 201-215. Laikre L, Palm S and Ryman N (2005). Genetic population structure of fishes: implications for coastal zone management. Ambio 34: 111-119. Lindsey CC (1988). Factors Controlling Meristic Variation. Academic Press, San Diego. Lowe A, Harris S and Ashton P (2004). Ecological Genetics: Design, Analysis, and Application. Blackwell Publishing,

Oxford. Matsui T (1967). Review of the mackerel genera Scomber and Rastrelliger with description of a new of Rastrelliger . Copeia 1: 71-83. Mohd Nor SA, Abu Talib A, Mohd Ghows MA and Samsudin B (2008). A preliminary genetic investigation of Rastrelliger kanagurta based on RAPD and mitochondrial ND2 gene. Wetland Sci. 6: 518-525. Nei M (1978). Estimation of average heterozygosity and genetic distance from a small number of individuals. Genetics 89: 583-590. Nei M and Li WH (1979). Mathematical model for studying genetic variation in terms of restriction endonucleases. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 76: 5269-5273. Palma J and Andrade JP (2002). Morphological study of Diplodus sargus , Diplodus puntazzo , and Lithognathus mormyrus (Sparidae) in the Eastern Atlantic and Mediterranean Sea. Fish. Res. 57: 1-8. Palumbi SR (1994). Genetic divergence, reproductive isolation, and marine speciation. Ann. Rev Ecol. Syst. 25: 547-572. Rao R and Hoskela J (2001). Actions Plan and Research Needs to Conserve Forest Genetic Resources in Asia. In: Forest Genetic Resources: Status, Threats and Conservation Strategies (UmaShaanker R, Ganeshaiah KN and Bawa KS, eds.). Oxford and IBH Publishing Co. Pvt. Ltd., Calcutta, 283-301. Reed DH (2004). Extinction risk in fragmented habitats. Anim. Conserv. 7: 181191. Reed DH, Briscoe DA and Frankham R (2002). Inbreeding and extinction: the effect of environmental stress and lineage. Genetics 3: 301-307. Russell JR, Hosein F, Johnson E, Waugh R, et al. (1993). Genetic differentiation of cocoa ( Theobroma cacao L.) populations revealed by RAPD analysis. Mol. Ecol. 2: 89-97. Ryman N, Jorde PE and Laikre L (1995). Supportive breeding and variance effective population size. Conserv. Biol. 9: 1619-1628. Sar M, Favarolo E and Mazzola A (1999). Comparative morphometrics of sharpsnout seabream ( Diplodus puntazzo
Halaman 14

2091 FUNPEC-RP www.funpecrp.com.br Genetics and Molecular Research 10 (3): 2078-2092 (2011) Population structure of Rastrelliger spp Cetti, 1777), reared in different conditions. Aquacult. Eng. 19: 195-209. Schlotterer C (2004). The evolution of molecular markers - just a matter of fashion? Nat. Rev. Genet. 5: 63-69.

Seshappa G (1985). On the homogeneity of the mackerel population at Calicut during the years1969 to 1976 as determined on the basis of C/L, C/W and TL/SL ratios. Indian J. Fish. 32: 359-374. Smith PJ and Jamieson A (1986). Stock discreteness in herrings: a conceptual revolution. Fish. Res. 4: 223-234. Sneath PHA and Sokal RR (1973). Numerical Taxonomy: The Principles and Practice of Numerical Classification. WH Freeman & Co., San Francisco. Turan C (2004). Stock identification of Mediterranean horse mackerel ( Trachurus mediterraneus ) using morphometric and meristic characters. ICES J. Mar. Sci. 61: 774-781. Turan C, Oral M, ztrk B and Dzgnes E (2006). Morphometric and meristic variation between stocks of Bluefish ( Pomatomus saltatrix ) in the Black, Marmara, Aegean and northeastern Mediterranean Seas. Fish. Res. 79: 139-147. Wimberger PH (1992). Plasticity of fish body shape: the effects of diet, development, family and age in two species of Geophagus (Pisces: Cichlidae). Biol. J. Linn. Soc. Lond. 45: 197-218. Yap IV and Nelson RJ (1996). WinBoot: A Program for Performing Bootstrap Analysis of Binarydata to Determine the Confidence Limits of UPGMA-Based Dendrograms. International Rice Research Instititute, Manila. Yeh FC (2000). Population Genetics. In: Forest Conservation Genetics (Young A, Boshier D and Boyle T, eds.). CSIRO Publishing, United Kingdom. Yeh FC, Boyle TYZ and XIYAN JM (1999). POPGENE Version 131. Microsoft Window-Based-Freeware for Population Genetic Analysis. University of Alberta and Center for International Forestry Research, Edmonton, 29. Tersedia di [http://www.ualberta.ca/fyeh/]. Accessed August 19, 2006.
Halaman 15

2092 FUNPEC-RP www.funpecrp.com.br Genetics and Molecular Research 10 (3): 2078-2092 (2011) MN Darlina et al. SUPPLEMENTARY MATERIAL Jenis Ukuran sampel Location (Haul No.) Date of capture Rastrelliger kanagurta 2 1 24/02/06

14 3 25/02/06 4 6 27/02/06 7 12 04/03/06 4 14 05/03/06 4 15 05/03/06 9 19 08/03/06 9 20 10/03/06 Total specimens 53 Rastrelliger brachysoma 10 4 26/02/06 4 7 27/02/06 10 23 13/03/06 Total specimens 24 Grand total of specimens 77 -

Supplementary Material 1. Sampling details of Rastrelliger kanagurta and R. brachysoma used in the study. Mengangkut Predicted group membership (%) 1 3 4 6 7 12 14 15 19 20 23 1 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 13 0 0 0 1 0 0 0 0 0 4 0 0 10 0

0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 12 0 1 0 0 0 6 0 0 0 0 0 14

0 0 0 0 0 2 2 0 0 0 0 15 0 0 0 0 0 1 0 3 0 0 0 19 0 0 0 0 0 2 0 0 5 2 0 20 0 1 0 0 0 0 0 0

1 7 0 23 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 7 1 100.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 3 0.0 92.9 0.0 0.0 0.0 7.1 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 4 0.0 0.0 100.0 0.0

0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 6 0.0 0.0 0.0 100.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 7 0.0 0.0 0.0 0.0 100.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 12 0.0 14.3 0.0 0.0 0.0 85.7 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 14

0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 50.0 50.0 0.0 0.0 0.0 0.0 15 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 25.0 0.0 75.0 0.0 0.0 0.0 19 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 22.2 0.0 0.0 55.6 22.2 0.0 20 0.0 11.1 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0

11.1 77.8 0.0 23 0.0 0.0 0.0 0.0 30.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 70.0 Supplementary Material 2. Percentage of individuals reclassified in each group.