ASAM AMINO

IKATAN PEPTIDA DAN PROTEIN

Bab ini membahas tentang asam amino dan polimer yang mereka bentuk,
disebut peptida dan protein. Protein menarik perhatian dalam keragaman peran yang
mereka mainkan dalam sistem kehidupan: sutra, rambut, kulit, otot, dan jaringan ikat
adalah protein. Kebanyakan reaksi biologis yang dikatalisis oleh protein disebut
enzim.
Hubungan antara struktur dan fungsi diungkapkan secara luas dan mendasar
dalam kimia asam amino, peptida, dan protein. Bab ini akan mengekplorasi aspek
struktur protein pertama yang berpusat blok dasar yang mereka bangun, - asam
amino. Kemudian, setelah mengembangkan prinsip-prinsip struktur peptida dan
konformasi, Anda akan melihat bagaimana wawasan yang diperoleh dari molekulmolekul yang lebih kecil membantu pemahaman kita tentang protein.
1. STRUKTUR ASAM AMINO
Asam amino adalah asam karboksilat yang mengandung gugus fungsional
amina. Meskipun lebih dari 700 asam-asam amino alami yang berbeda telah
ditemukan, hanya 20 asam-asam amino yang mendapat perhatian khusus. Ini 20
adalah asam amino yang biasanya terdapat dalam protein dan ditampilkan dalam
table. (lihat daftar nama asam amino). Semua asam amino yang berasal dari
protein merupakan turunan -asam amino, kecuali satu, semuanya mengandung
satu gugus fungsi amino primer dengan struktur umum sebagai berikut:
R O
| ||
H3 N+ C C O
|
H

Asam amino, Ikatan Peptida dan Protein

Satu pengecualian tadi adalah prolin, yaitu suatu amina sekunder di mana nitrogen
amino dimasukkan dalam anggota cincin segi lima
Rumus struktur, nama - asam amino dan singkatan
Asam amino dengan rantai samping non polar

N
|
H

H O
| ||
H3 N+ C C O
|
H

H O
| ||
+
H3 N C C O
|
CH3

H O
| ||
H3 N+ C C O
|
CH3-CH-CH3

Glycine (Gly / G)

Alanine (Ala / A)

Valine (Val / V)

H O
| ||
+
H3 NO C C O
O
|| |
|| 2
H3 N+ CH C CH
O
H3 N+ CH C| O
|
| CH3-CH-CH3
CH2
CH2
| Leucine (Leu /L)
|

H2C

H O
| ||
H3 N+ C C O
|
CH CH3

H O
| ||
H3 N+ C C O
|
CH2
|

CH2 - CH3
Isoleucine (Ileu / I)

CH2 S CH3
Methionine (Met / M)

NH2+

H2C
H2C

CHCO2

Proline (Pro / P )

Phenylalanine
( Phe / F )

Asam amino, Ikatan Peptida dan Protein

Tryptopan
(Trp / W )

Asam amino dengan rantai samping polar tetapi nonionionisasi

H O
| ||
H3 N+ C C O
|
CH2
|
O= C NH2
Asparagine (Asn / N)

O
H O
| ||
||
+
H
N

C
CO
H3 N+ CH C O 3
|
|
HOCH2
CH2
|
Serine (Ser / S)
CH2
|
O = C NH2
Glutamine
( Gln / Q )

H O
| ||
+
H3 N C C O
|
HOCH
|
CH3
Threonine (Thr / T)

CO2
|
H3 N+ C H
|
CH2SH
Cysteine (Cys/S)

Asam amino dengan rantai samping asam

O
NH3+ O
||
|
||

O C CH2 CH C O
Aspartic acid (Asp/D)

HO

NH3+ O
|
||
CH2 CH C O
Tyrosine (Tyr/Y)

O
NH3+ O
||
|
||
O C CH2 CH2 CH C O
Glutamic acid (Glu/E)

Asam amino, Ikatan Peptida dan Protein

Asam amino dengan rantai samping basa

O
||
+
H3 N CH C O
|
CH2
|
CH2
|
CH2
|
CH2 +NH3
Lysine
( Lys / K )

O
||
H3 N+ CH C O
|
CH2
|
CH2
|
CH2
|
NH

O
||
H3 N+ CH C O
|
CH2
|

H2N C= +NH2
Arganine( Arg/R )

NH

Histidine
(His / H )

Daftar nama - asam amino mencakup tiga huruf dan satu huruf singkatan untuk
asam amino. Kedua bentuk ini banyak digunakan. Tubuh kita dapat membuat
beberapa asam amino yang ditunjukkan dalam tabel. Yang lain yang disebut asam
amino esensial, yang kita dapatkan dari makanan.
2. STEREOKIMIA DARI ASAM AMINO
Glisin adalah asam amino yang paling sederhana dan satu-satunya dalam
tabel yang akiral. Atom -karbon adalah pusat stereogenic gugus yang lainya.
Konfigurasi asam amino biasanya dilambangkan dengan notasi D-L. Semua asamNH2
C
R

asam amino yang diperoleh dari protein kiral memiliki konfigurasi L pada -atom
karbonnya.

CO2 m

CO2
|
+
H3 N C H
|
H
Glycine (Gly / G)
achiral

CO2
|
+
H3 N C H =
|
R
Fischer projection
of an L-amino acid

Asam amino, Ikatan Peptida dan Protein

Contoh Soal
Bagaimanakah konfigurasi yang benar (R/rectus kanan atau S/sinister kiri)
pada atom - karbon di setiap L - asam amino berikut?
CO2
|
+
H3 N C H
|
CH2OH
(a).

L- Serine

CO2
|
H3 N+ C H
|
CH2CH2SCH3
(c)

CO2
|
H3 N+ C H
|
CH2SH
(b).

L-Methionine (Met / M)

L- Cysteine

Penyelesaian (a)
a. Pertama identifikasi empat gugus yang terikat langsung dengan pusat khiral
dan mengurutkannya dalam penurunan urutan berdasarkan dari tingkat yang
lebih tinggi, untuk L serine gugus-gugusnya adalah sebagai berikut:
NH2+
-NH3+ > -CO2 > -CH2OH > H
H
C
CO2 m ubahlah proyeksi Fischer dari L-serine ke dalam bentuk 3 dimensi,
b. Selanjutnya,
C
H
dan arahkan substituent tingkat terendah pada pusat khiral menjauhi anda
HOCH2
NH2 CO2 m
CO2

HOCH2
|
+
H3 N C H
| urutan menurun tiga kelompok peringkat tertinggi berlawanan arah
b. Berdasarkan
CH2OH
jarum jam.
.

HOCH2

Konfigurasi yang benar dari L-serine

adalah memutar kekiri

C CO2 m
Walaupun semua asam amino khiral dapat diperoleh dari protein yang
mempunyai
konfigurasi L, pada -karbon, tidak dapat diambil kesimpulan bahwa
NH2
D-asam amino tidak dikenal. Kenyataannya sesungguhnya sejumlah D-asam

Asam amino, Ikatan Peptida dan Protein

amino terbentuk seara alami. D-Alanine contohnya, bagian utama bakteri diding
sel. Intinya adalah bahwa D-asam amino bukan termasuk anggota protein
3. PERILAKU ASAM-BASA ASAM AMINO
Sifat-sifat fisik ciri khas asam amino, seperti glisine berdasarkan rumus
H2NCH2CO2H menunjukkan bahwa zat tersebut sangat polar, bahkan lebih polar
dari pada yang diperkirakan. Glisine suatu zat padat kristal tidak mencair, tetapi
terurai pada pemanasan 233oC. Glisine mudah larut dalam air, tetapi praktis tidak
dapat larut pada pelarut organik non polar. Sifat-sifat tersebut dianggap berasal
dari kenyataan bahwa bentuk glisine stabil berupa zwiterion atau garam inner
H O
|
||
H2 N C C OH
|
H
Glycine (Gly / G)

H O
|
||
H3 N+ C C O
|
H
Ion Zwitter dari Glycine (Gly / G)

Glysin dan asam amino yang lain adalah amfortir, mereka dapat bertindak
sebagai

asam

maupun

basa.

Gugus

fungsional

asam

adalah

ion

ammonium,H3N+ ; gugus fungsional basa adalah ion karboksilat, CO2 .

Glysine dalam pelarut air pH nya berubah. Dalam larutan asam kuat (pH rendah)
spesies yang lebih berpengaruh/dominan, yaitu dalam bentuk asam amino
karboksilat terprotonasi. Sebaliknya jika pH dinaikkan, gugus karboksil
mengalami deprotonasi, pada larutan yang mendekati netral membentuk ion
H O
H OH O
zwitter. Pada larutan
yang lebih basa nitrogen pada ion zwitter memberikan
-||H
|
||
|
|| |
-H
sebuah
proton
untuk
membentuk
sebuah
ion
aminokarboksilat.
+H
H3 N+
C
OH
+H H2 N C C O
H3 C
N+
C
C
O
|
|
|
H
H
H
Species
present
in
Asam
amino,
Ikatan Peptida
dan Protein
Zwitterion
predominant
species 6in
strong acid

present in
solutionsSpecies
near neutrality
strong base

Harga pH larutan yang mempunyai konsentrasi ion zwitter maksimal disebut

isoelectric point atau pI, dari asam amino. Masing-masing asam amino mempunyai
karakteristik isoelektric point. Contoh glysin, mempunyai pI = 5,97.
Beberapa asam amino pada tabel mengandung asam atau basa pada rantai
samping. Keberadaan gugus yang dapat mengalami ionisasi mempunyai efek yang
luar biasa (menarik) pada harga isoelectric point pada asam amino. Contohnya
asam aspartat mempunyai rantai sisi yang mengandung gugus asam karboksilat
dan isoelectric pointnya adalah 2,77. Lysin pada sisi yang lain dengan rantai
samping mengandung gugus fungsional amina, mempunyai isoelectric point 9,74.

4. SINTESIS ASAM AMINO

Salah satu metode tertua untuk sintesis asam amino berawal abad
kesembilan belas dan hanyalah substitusi nukleofilik di mana amonia bereaksi
dengan asam -halo karbosilat
H
H
|
|
C H3 C CO2H
+
2NH3 C H3 C CO2
+
NH4Br
|
|
Br
NH3+
Asam 2-Bromopropanoat Amonia
Alanine (65-75%)
Amonium Bromida
Pada sintesis Strecker, satu aldehid diubah menjadi asam amino dengan
satu atau lebih atom karbon dengan dua tahap prosedur dimana satu amino nitril
sebagai hasil antara. amino nitril dibentuk oleh reaksi aldehid dengan ammonia

Asam amino, Ikatan Peptida dan Protein

atau garam ammonium dan sumber ion sianida. Hidrolisis gugus nitril
menghasilkan gugus fungsi asam karboksilat.
O
||
CH3CH

NH4Cl
NaCN CH3CHCN

H2O. HCl
OH

|
NH2

Asetaldehida
2-Aminopropanenitrile

CH3CHCO2
|
NH2+
Alanine

Sifat optis aktif, asam amino mungkin disebabkan oleh adanya pemisahan
campuran suatu rasemik atau oleh enantioselektif sintesis. Suatu sintesis
enantioselektif menghasilkan satu enantiomer dari senyawa khiral yang jumlahnya
lebih besar dari pada bayangan cermin. Para ahli kimia telah berhasil membuat
asam -amino dengan teknik lebih besar dari 95% enantioselektif. Walaupun
memerlukan keberanian dan keahlian, kita harus tidak melupakan fakta bahwa
reaksi tersebut menghasilkan asam amino, yang dalam system hidup dilakukan
dengan 100 % enantioselektif (satu dari pasangan substansi isometrik, struktur
yang merupakan bayangan cermin dari substansi lainnya).
5. PEPTIDA
Kunci reaksi biokimia dari asam amino, adalah perubahan menjadi peptida,
polipeptida dan protein. Zat-zat ini semua merupakan asam amino yang
dihubungkan dengan ikatan amida. Ikata amida terjadi antara gugus amino dengan
gugus karboksil yang disebut dengan ikatan peptida. Seperti yang digambarkan
Alanylglycine berikut :
H OH
H O
|
|||
|
||
C- Terminal amino acids
N-Terminal amino acids
H3 N+ C CN C C O
|
|
CH3
H
Asam amino, Ikatan Peptida dan Protein

Alanyglycine
Ala-Gly
Sesuai kesepakatan struktur peptida seperti gugus amino (H3N+atau H2N)
ditulis disebelah kiri dan gugus karboksil (CO2 atau CO2H) ditulis sebelah kanan.
Diujung kiri dan kanan peptida berturut-turut disebut dengan N terminus (amino
terminus) dan C terminus (karboxyl terminus). Alanine sebagai N-terminal asam
amino pada alanylglycine; glycine sebagai C-terminal asam amino. Kita dapat
menyebutkan urutan susunan asam amino dengan tepat pada ikatan peptida.
Susunan asam amino dengan yang serasi khusus menggunakan tiga huruf asam
amino yang disingkat.untuk masing-masing asam amino dan dihubungkan tanda
hubung atau menggunakan satu huruf singkatan. Komponen asam amino secara
khusus sering disebut sebagai asam amino residu

Gambar 5.1
Struktur fitur dari Lalanylglycine seperti yang
ditentukan oleh
kristalografi sinar X

Gambar diatas adalah struktur dari Ala-Gly yang ditentukan bersadarkan

kristalografi sinar X. Bentuk penting geometri Ala-Gly adalah planar yang
terkait dengan ikatan peptida dan bentuk ini paling stabil sehubungan dengan
ikatan ini dua atom -karbon anti satu terhadap yang lain. Rotasi pada sambungan
amida berjalan lambat karena delokalisasi pasangan elektron nitrogen tidak dapat
dibagi kedalam gugus karbonil untuk memberikan sebagian karakter ikatan
rangkap pada ikatan karbon nitrogen.
Satu turunan dipeptida secara luas digunakan pada bahan pemanis tiruan
dimana pada atom C terminal dari Asp-Phe berikatan dengan metil ester.

Asam amino, Ikatan Peptida dan Protein

CH3

O
||
N CH C O
|
|
H
CH2
|

O
NH3+ O
||
|
||
O C CH2 CH C
Aspartic acid (Asp/D)

Asp-Phe
Phenylalanine
Beberapa tahun yang lalu para ahli kimia
berhasil mensitesa senyawa ini dalam
( Phe / F )
hubungannya dengan penelitian enzim pencernaan. Para ahli kimia mencatat
bahwa zat baru mempunyai rasa yang manis; zat tersebut mempunyai tingkat
kemanisan 200 kali dari pada gula. Pemanis tiruan diberi nama umum aspartame
dan nama dagangnya adalah Nutrasweet. Nutrasweet ditemukan pada jenis
minuman ringan dan makanan diet.
Sampai saat ini kita telah berhubungan dengan dipeptida. Suatu tripeptida
mengandung 3 asam amino residu dan begitu juga seterusnya. Polipeptida
mengandung lebih banyak unit asam amino. Protein adalah polipeptida biasanya
mengandung 100-300 asam amino.
Jumlah asam amino residu tidak diperlukan untuk memperbesar peptida
tapi untuk mempertahankan aktivitas biologi yang penting. Gambar 5.2
menunjukkan struktur dari leucine enkephalin, sebuah pentapeptida. Enkephalins
merupakan komponen endorphins yaitu zat penekan rasa sakit yang dilepaskan
oleh otak bila syaraf tertentu dirangsang oleh akupuntur, keberadaan polipeptida di
dalam otak bertindak sebagai obat untuk menghilangkan rasa sakit, seperti morfin,
aspirin pada tubuh manusia. Zat kedua, yang diketahui sebagai methionin
enkephalin, keberadaannya juga sebagai endorphins. Methionin ekephalins

Asam amino, Ikatan Peptida dan Protein

10

berbeda dari leucine enkephalins hanya pada atom C terminal asam amino yang
dimiliki methionin.

Gambar 5.2

Peptida memiliki struktur ramping (gambar atas 5.2 b) berbeda dari yang
digambarkan pada gambar 5.2 a yang diketahui. Salah satu jenis yang tampak pada
nonapeptida oksitosin (gambar 5.3). Oksitosin adalah hormone yang disekresikan
oleh kelenjar pituitary yang menstimuli kontraksi rahim selama proses kelahiran
dan selama masa penyusuan. Dari pada gugus karboksil terminal, residu glysin
terminal pada oksitosin dimodifikasi sehingga tidak ada amida yang sesuai. Dua
unit sistein, satu dari mereka, N terminal asam amino, bergabung dengan ikatan
belerang-belerang membentuk unit cincin lingkar besar disulfide. Berikut ini
adalah struktur umum modifikasi pada polipeptida dan protein yang mengandung
residu sistein. Senyawa tersebut menyediakan ikatan kovalen antar bidang (daerah)

Asam amino, Ikatan Peptida dan Protein

11

dari rantai peptida yang mungkin banyak mengandung residu asam amino
digantikan oleh yang lain.
Gambar 5.3

H O
H O
|
||
|
||
HN C C
HN C C
|
|
CH2S
CH2SH
CH2S dan protein, tidak hanya
Jembatan
disulfide cukup umum pada polipeptida
CH2SH
|
|
dalam bentuk cincin,
seperti pada oksitosin, tetapi menjaga rantai polipetida yang
C C NH
Cbersama.
C NH

terpisah tetap
Contoh
insulin, mempunyai|| dua|rantai polipeptida dijaga
||
|
bersama-sama dengan jembatan disulfide.seperti yang
O Hdigambarkan pada skema
O H
Systein
berikut. Two systeins

Jembatan dari sepasang sistein yang disebut residu sistein

Asam amino, Ikatan Peptida dan Protein

12

6. MENENTUKAN STRUKTUR PEPTIDA : ANALISIS ASAM AMINO

Para ahli kimia dan biologi menggolongkan/ membedakan antara beberapa
tingkatan peptida dan struktur protein.

Struktur primer dari peptida atau protein adalah susunan asam amino
ditambah beberapa jembatan disulfide. Penentuan struktur primer suatu peptida
merupakan tugas yang berat, karena jumlah kemungkinan kombinasi asam amino
mengejutkan (luar biasa). Jika diberikan struktur peptida yang belum diketahui,
bagaimana menentukan susunan asam amino.
Tahap pertama, tentukan asam amino yang ada dan masing-masing
jumlahnya relatif sama. Zat peptida yang tidak dikenal dihidrolisis dengan
menggunkan katalis-asam. Dibawah kondisi tersebut masing-masing ikatan amina
akan terlepas, menghasilkan larutan yang mengandung seluruh asam amino yang
ada pada senyawa peptida semula. Contoh, hidrolisis leusin enkephalin
menghasilkan larutan yang mengandung 2 mol glisin dan 1 mol masing-masing,
tirosin,penilalanin, dan leusin.
Leusin enkephalin

H3O+
heat

2 Gly + Tyr + Phe + Leu

Asam amino, Ikatan Peptida dan Protein

13

Campuran hasil hidrolisis kemudian dipisahkan, dan jumlah masingmasing asam amino ditentukan dengan reaksi ninhidrin. Reaksi ninhidrin dengan
asam amino menghasilkan senyawa yang memberikan warna violet. Jumlah relatih
mol masing-masing asam amino yang ada pada peptida semula sebanding dengan
intensitas warna violet tersebut. Pemisahan dan identifikasi asam amino yang
terdapat pada peptida biasanya dilakukan secara otomatis dengan menggunakan
penganalisis asam amino.
7. PENENTUAN

STRUKTUR

PEPTIDA:

CARA

KERJA

ANALISIS

SUSUNAN
Penentuan komposisi asam amino suatu polipeptida hanyalah langkah awal
dalam penentuan struktur secara lengkap. Susunan asam amino pada rantai peptida
harus menentukan struktur yang lengkap. Jumlah kemungkinan rangkaian asam
amino sangat menakjubkan. Contoh: asam amino yang diperoleh dari hidrolisis
leusin enkephalin (2Gly,Tyr,Phe,Leu) dapat digunakan untuk menyusun 60
polipeptida yang berbeda. Hanya satu dari mereka yang benar yaitu struktur dari
leusin enkephalin.
Beberapa cara yang digunakan untuk menentukan susunan asam amino
pada rantai peptida. Termasuk hidrolisis parsial peptida menggunakan katalisenzim, dan analisis gugus terakhir. Metode ini akan kita bahas setelah bagian ini.
8. HIDROLISIS PARSIAL PEPTIDA
Karena hidrolisis peptida dengan menggunakan katalis-asam memutus
ikatan amida tanpa pandang bulu, dan akhirnya merusak semuanya, berkenaan
dengan enzim hidrolisis jauh lebih selektif dan metode ini digunakan untuk
merubah peptida menjadi potongan-potongan yang lebih kecil.
Enzim-enzim yang berfungsi sebagai katalis pada hidrolisis peptida
disebut; peptidases, proteases, atau enzim proteolytic. Satu gugus enzim
Asam amino, Ikatan Peptida dan Protein

14

pancreatic, diketahui sebagai karboksipeptidasis. Hanya sebagai katalis hidrolisis

peptida pada ikatan atom C-terminal asam amino. Contoh; Trypsin suatu enzim
disgestive (berhubungan dengan pencernaan, berfungsi sebagai pencerna makanan,
membantu pencernaan) terdapat pada usus, hanya sebagai katalis pada hidrolisis
ikatan peptida yang melibatkan gugus karboksil, dari lysine atau residu arginine.
Chymotrypsin, enzyme disgistive yang lain, lebih selektif untuk ikatan peptida
yang melibatkan gugus karboksil pada asam amino dengan sisi rantai aromatic
(phenylalanine, tryrosine, tryptophan). Disamping itu, beberapa enzim digestive
yang lain diketahui besifat lebih selektif, pada hidrolisis peptida.
H O
H OH
H OH
|
||
|
|| |
|
|||
H N C C N C C N C C
|
|
|
R2
R
R1
Kedudukan katalis chymotrypsin pada hidrolisis, jika R1 sisi rantai aromatik

Hidrolisis parsial enzim dan non enzim kedua-duanya terutama digunakan

pada penentuan susunan peptida. Potongan-potongan peptida yang dihasilkan
mempunyai panjang yang bervariasi dan digunakan untuk mengidentifikasi
potongan-potongan yang saling tumpang tindih (overlap), dapat ditarik kesimpulan
dari susunan asam amino semula.
Sebagai contoh perhatikanlah potongan-potongan yang diperoleh dari
hidrolisis pentapeptida berikut: Ala-Gly-Phe + Gly-Phe-Leu + Phe-Leu-Gly.
Dengan menjajarkan potongan-potongan dimana mereka overlap, akan diperoleh
susunan asam amino yang benar.

Asam amino, Ikatan Peptida dan Protein

15

Ala -Gly Phe

Potongan-potongan
yang saling overlap

Hidrolisis
Fragment

Gly Phe Leu

Phe Leu Gly
Ala Gly Phe Leu Gly

Original
peptide

9. ANALISIS GUGUS TERAKHIR

Susunan suatu asam amino rancu (ambigu) jika kita tidak mengetahui dari
mana arah membacanya, dari kiri ke kanan atau dari kanan ke kiri. Kita perlu
mengetahui yang mana diakhiri dengan N-terminal dan yang mana dengan Cterminal.

Seperti

yang

kita

lihat

pada

bagian

sebelumnya,

katalis

karboksipeptidase pada hidrolisis pemutusan C-terminal asam amino dan juga

dapat digunakan untuk identifikasi adanya C-terminal. Bagaimana dengan Nterminal.
Beberapa metode kimia telah dibuat untuk mengidentifikasi N-teminal
asam amino. Mereka semua mempunyai keunggulan pada kenyataan bahwa Nterminal gugus amino bebas dan dapat bertindak sebagai donor proton. Gugus amino dari semua asam amino yang lain yang dihubungkan dengan ikatan amida,
mereka tidak bebas dan asam-asam amino banyak kehilangan nuleofilik.
Degradasi Edman, dikembangkan oleh Pher Edman (University of Lund,
Sweden), kebanyakan sebagian besar digunakan untuk metode penentuan Nterminal asam amino. N-terminal asam amino direaksikan dengan phenyl
isothiocyanate (C6H5N=C=S), menghasilkan turunan phenylthiohydantoin (PTH).
Turunan PTH dipisahkan dan diidentifikasi dengan membandingkan dengan
turunan PTH yang sudah diketahui asam aminonya. Kebanyakan ciri khas yang
C6H5
sangat berarti
H O dari degradasi Edman diikuti| pelepasan N-terminal asam
C6H5N=C=S
amino sebagai
derivat PTH, sisanya
dari rantai peptida
|
||
N yang tidak berubah.
HCl
Peptida
H3 N+ C C NH
H3 N+ P
eptida
S=C
C=O +
|
R
Asam amino, Ikatan Peptida dan Protein
16 HN CH
R

PTH Derivate

Remainder of
Peptide

Peptida yang baru telah berkurang satu residu asam amino dibandingkan
peptida semula dan N-terminal asam amino yang baru,adalah berasal dari rantai
kedua pada peptida semula. Prosedur Edman yang diulang-ulang baru-baru ini
diakui secara terbuka bahwa N-terminal dapat diidentifikasi dan juga seterusnya.
Dengan jelas susunan materi 20 asam amino yang teratur pertama berasal
dari N-terminal merupakan pengulangan siklus Edman dan 60 residu telah
ditentukan dari satu sampel protein myoglobin. Seluruh prosedur otomatis telah
digabung menjadi alat yang disebut dengan Edman Sequenator yang melakukan
semua operasi di bawah control computer.
10. LANGKAH-LANGKAH SINTESIS PEPTIDA
Salah satu cara untuk membuktikan bahwa struktur peptida yang
diusulkan dengan mensitesis suatu peptida yang mempunyai susunan spesifik
dari asam amino dan keduanya dibandingkan. Ini dilakukan seperti contoh, pada
kasus bradykinin suatu peptida yang terdapat pada darah yang bertindak untuk
menurunkan tekanan darah. Bradykinin akan bertindak, sebagai bentuk respon
rasa sakit yang disebabkan sengatan tawon dan serangga lainnya, racun yang
dikandungnya mendorong bradykinin dilepskan, menyebabkan sakit parah local.
Bradykinin dalam bentuk asalnya diperkirakan sebagai oktapeptida yang
mengandung 2 residu proline; namun demikian suatu nonapeptida mengandung 3

Asam amino, Ikatan Peptida dan Protein

17

prolins pada sususan berikut dapat disintesis dan ditentukan dengan identifikasi
bradykinin alami dalam segala hal termasuk aktivitas biologis.
Arg-Pro-Pro-Gly-Phe-Ser-Pro-Phe-Arg
Bradykinin
Sebuah reevaluasi urutan asli data yang tak dapat dipungkiri bahwa
bradykini alami sesungguhnya nonapeptida seperti yang ditunjukkan. Sintesis
peptida ini tidak lebih dari mengkonfirmasi struktur, sintesis adalah alat untuk
menentukan struktur,
Ahli-ahli kimia dan biologi juga mensitesa peptida untuk lebih
memahami bagaimana mereka berperilaku. Dengan mengubah urutan secara
sistematis,boleh jadi dapat diketahui yang mana asam amino yang erat terlibat
pada reaksi khususnya peptida. Banyak sintesis peptida telah dipersiapkan untuk
untuk menemukan obat-obatan yang baru
Pada sintesis peptida secara objektif mungkin secara sederhana
dinyatakan: untuk menghubungkan asam-asam amino pada susunan yang sesuai
aturan melalui pembentukan ikata amida diantara mereka. Sejumlah metode dan
pereaksi sangat efektif telah dirancang untuk menentukan susunan ikatan peptida,
juga bahwa penggabungan asam-asam amino oleh pertalian amida tidak sulit.
Kesulitannya memastikan letak urutan yang benar apa yang dikandungnya.
Berikut ini dapat memberikan ilustrasi dengan mengingat sintesis yang
digambarkan dipeptida, Phe-Gly. Secara acak susunan ikatan peptida pada
campuran yang mengandung phenylalanine dan glycine akan mengharapkan
petunjuk kepada empat dipeptida.
Sintesis secara langsung juga hanya pada pembentukan Phe-Gly, gugus
amino pada phenylalanine dan gugus karboksil pada glycine harus diproteksi
agar mereka tidak dapat bereaksi dibawah kondisi formasi ikatan peptida. Kita
dapat menyatakan langkah formasi ikatan peptida oleh persamaan berikut,
dimana X dan Y berturut-turut gugus pelindung amina dan karboksil.
Asam amino, Ikatan Peptida dan Protein

18

H O
|
||
HN C C O
|
H
O
Phe-Glye
||
H3 N+ CH C
|
CH2
|
H O
|
||
HN C C Y
|
H
O
Protected
Phe-Glye
||
X-H N CH C
|
CH2
|

Dengan demikian sintesis suatu dipeptida dari susunan yang memenuhi

aturan memerlukan paling sedikit langkah.
1.
2.

O
Proteksi gugus amino dari N-terminal asam
|| amino dan gugus karnoksil
X-H N CH C OH
pada C-terminal asam amino.
|
Pasangkan dua asam amino terproteksi
dengan formasi ikatan amida
CH2
|
diantara keduanya.

3. Deproteksi gugus amino pada N-terminal dan gugus karboksil pada HC- O
|
||
terminal.
Sebagai analogi semakin tinggi peptida, yang dipersiapkan, cara

H2 N+ C C Y
|
yang diperlukan
H

juga semakin panjang, secara garis besar untuk sintesis seperti dipeptida.
C-protected Glycine

11. GUGUS TERPROTEKSI DAN FORMASI IKATAN PEPTIDA

Kereaktifan suatu gugus amino, terpendam dengan perubahan bentuk
menjadi amida, dan gugus amino lebih sering
diproteksi Phenylalanine
dengan asilasi. Gugus
N-protected

Asam amino, Ikatan Peptida dan Protein

19

benziloksikarbonil (C6H5CH2OCO ) salah satu yang sering digunakan

memproteksi gugus amino. Gugus benziloksikarbonil akan melekat dengan
asilasi pada asam amino dengan benziloksikarbonyl klorida.
H
O
O
|
||
||
C6H5CH2OCOCl+ H3 N+ CHCO
C6H5CH2OCO
N CHCOH
|
|
CH2C6H5
CH2C6H5
Benziloksilkarbonil Phenylalanin
N-Benziloksolkarbonilphenylalanine
Klorida
Biasanya seperti itu untuk mengidentifikasi asam amino tunggal dengan
singkatan begitu juga dengan asam amino terproteksi. Disepakati banyak orang
singkatan untuk gugus benziloksikarbonil dengan huruf Z. Jadi Nbenziloksikarbonilphenylalanine dilambangkan sebagai :
O
||
ZH N CH C OH
|
CH2C6H5

Atau lebih sederhana Z-Phe

Gugus karboksil umumnya diproteksi sebagai ester; benzyl ester yang

sering digunakan
H3N+CH2CO + C6H5CH2OH

H+

H2NCH2CO2CH2C6H5

H2O

Glysine

Benzyl alkohol

Glysinebenzilester

Keberhasilan pembentukan ikatan peptida diantara suatu asam amno Nterproteksi dan C-terproteksi satunya sering disebabkan oleh penggunaan agen
aktivasi, DCCl (N,N disikloheksilkarbodiimide)

Asam amino, Ikatan Peptida dan Protein

20

O
||
ZH N CH C OH
|
CH2C6H5

O
DCCl
||
Chloroform
H2NCH2COCH2C6H5
+
Glysinebenzileste

Z-Phe

O
O
||
||
ZH N CH C NHCH2COCH2C6H5

|
CH2C6H5
Z-Protected Phe-Gly benzyl ester 83%

N-N Dicychlohexylcarbodiimide mempunyai struktur berikut ini

-N=C=NN-N -Dicychlohexylcarbodiimide DCCl

Jumlah gugus Z yang digunakan dan gugus benzyl ester terproteksi dapat
dengan mudah kembali (deproteksi) dengan reaksi selain hidrolisis. Perlakuan
pada Z-protected peptida benzyl ester dengan hidrogen dengan menggunakan
katalis palladium merubah kedua gugus pelindung mengalami hidrogenasi
menghasilkan dipeptida.
Peptida yang lebih besar dipersiapkan setiap langkah pengembangan
rantai peptida satu asam amino setiap waktu, atau oleh pasangan yang
mengandung bagian-bagian beberapa residu.(pendekatan pemadatan bagianbagian), Kelenjar lendir hormon adrenocorticotropic (ACTH) pada manusia
mempunyai 39 asam amino dan disitesis menjadi pasanganpasangan peptida
yang lebih kecil mengandung residu 1-10, 11-16, 17-24, dan 25-39. Peranan
penting yang menarik dari pendekatan ini adalah variasi potongan-potongan

Asam amino, Ikatan Peptida dan Protein

21

peptida terproteksi, mungkin secara individu murni, yang dimurnikan secara

sederhana pada hasil akhir.

Diantara zat-zat yang telah disintesis dengan

menggunakan fragmen kondensasi adalah insulin (51 asam amino) dan protein
ribonuklease A (124 asam amino)
12. STRUKTUR SEKUNDER DARI PEPTIDA DAN PROTEIN
Ingat bagian F, bahwa struktur primer dari satu peptida itu disusun
ditentukan oleh susunan(urutan) asam amino. Kita juga membicarakan struktur
sekunder dari peptida yaitu konfirmasi tetangga terdekat asam amino dengan
hubungannya satu sama yang lain. Ikatan hidrogen antara N-H pada gugus satu
asam amino residu dan C=O gugus yang lain saling mempengaruhi bahwa
peranan terbesar struktur sekunder dari suatu peptida adalah protein.

..

.
:O
.

Hidrogen bond

Biasanya dua protein struktur sekunder yang ditemui yaitu heliks dan
pleated sheet. Contoh sebuah protein heliks yang ditunjukkan pada gambar..
Struktur heliks distabilkan oleh ikatan hidrogen didalam rantai Bentuk helik
sebelah kanan tentang 3.6 asam amino per putaran yang diijinkan setiap karbonil
oksigen menjadi ikatan hidrogen pada proton amida.
heliks yang terdapat pada beberapa protein. Pada prinsipnya protein
yang terdapat pada otot (myosin) dan wool (-kerotin), sebagai contoh
mengandung prosentase heliks yang tinggi. Jika serat wool direntangkan,
bagian helik tersebut memanjang dan tipis oleh rusaknya ikatan hidrogen. Setelah

Asam amino, Ikatan Peptida dan Protein

22

kekuatan perenggangan dikembalikan, ikatan hidrogen secara sepontan terbentuk

kembali dan serat wool kembali terbentuk seperti semula.
Struktur sekuder dari pleated sheet sama sekali berbeda dari heliks.
Ikatan hidrogen yang terbentuk antara gugus-gugus karbonil dan proton amida
berdekatan dengan rantai peptida. Yang ditunjukkan pada gambar 12.

Fig. 12

Substituen sisi rantai dari masing-masing rantai bergantian berselangseling di atas dan di bawah bidang yang dibentuk oleh ikatan hidrogen gugus
amida, memberikan bukit pada lipatan. Struktur pleated- sheet biasanya hanya
stabil pada protein yang mempunyai prosentasi yang besar dari rantai sisi kecil
seperti H (glysin), CH3 (alanine), atau CH2OH (serine). Ini memungkinkan rantai
peptida menjadi cukup dekat pada ikatan hidrogen yang dibentuk.
13. STRUKTUR TERSIER DARI PEPTIDA DAN PROTEIN

Fig. 13.1

Asam amino, Ikatan Peptida dan Protein

23

Struktur tersier dari peptida atau protein memberi petunjuk lipatan pada
rantai. Cara rantai terlipat akan mempengaruhi keduanya baik sifat fisik dari
protein dan fungsi biologi. Structur protein, misalnya yang terdapat pada kulit,
rambut, otot, wool, dan sutra mungkin mempunyai salah satu struktur sekunder
helik atau pleated-sheet, tetapi pada umumnya mereka bentuknya memanjang,
dengan sebuah rantai panjang berkali lipat diameter cicinnya. Mereka
digolongkan sebagai protein berserabut dan sesuai dengan peran strukturnya,
cenderung tidak larut dalam air. Beberapa protein yang lain, termasuk
kebanyakan enzim berfungsi pada media air. Beberapa yang larut, tapi kebayakan
mereka terdispersi sebagai koloid. Protein-protein yang jenis ini disebut protein
globular. Protein globular diperkirakan berbentuk bola. Gambar 13 menunjukkan
karboksipeptidase A sebuah gabungan protein yang mengandung 307 asam
amino. Ciri khas protein misalnya karboksipeptidase A gabungan unsur-unsur
sejumlah struktur sekunder, beberapa bagian adalah struktur helik yang lain
pleated-sheet; dan masih berhubungan satu dengan yang lain tidak mudah untuk
dijelaskan.
Bentuk protein yang besar dipengaruhi beberapa factor, termasuk
rangkain struktur primer dan sekunder. Ikatan disulfida ditunjukkan gambar 13
dihubungkan Cys 138 dari karboksipeptida A ke Cys 161 dan berperan pada
struktur primer. Karboksipeptidase A mengandung satu ion Zn2+ yang penting
bagi aktivitas katalitis dari enzim, dan mempengaruhi keberadaan struktur tersier.
Ion Zn2+, terletak dekat pusat enzim, berikatan koordinanasi pada nitrogen
imedazole dari dua residu histidine (His-69, His-196) dan pada sisi rantai
karboksilat dar Glu-72.
Protein struktur tersier, juga dipengaruhi oleh lingkungan. Di dalam air
protein globular biasanya mengikuti bentuk tempat gugus hydrophobic ke arah
bagian dalam, dengan gugus polar tersebut pada permukaan dimana mereka
terlarut dalam molekul-molekul air. Sekitar 65%, dari massanya, kebanyakan
adalah air, dan protein yang berada di dalam sel dikatakan sebagai penduduk
Asam amino, Ikatan Peptida dan Protein

24

asli - struktur tersier yang mana mereka memperlihatkan aktivitas bilogi. Ketika
struktur protein diganggu oleh penambahan zat-zat yang menyebabkan cincin
protein terbuka, protein menjadi rusak (denaturasi) dan kehilangan sebagian
besar semua aktivitasnya. Bukti yang mendukung pandangan bahwa struktur
tersier ditentukan oleh struktur primer termasuk eksperimen di mana protein
denaturasi dan didiamkan dimana mereka diserap secara spontan readopt
penduduk asli konfirmasi dengan pemulihan aktivitas biologi secara penuh.
Kebanyakan protein tersier ditentukan dengan kristalografi sinar X,
Pertama, myoglobin oksigen disimpan protein pada otot, ditentukan pada tahun
1957. Sejak seribu tahun atau lebih telah ditemukan. Pada bentuk koordinat
kristalografi data-datanya dismpan pada Protein Data Bank, dan mereka tersedia
dengan bebas. Struktur tiga dimensi karboksi peptidase bisa dilihat pada gambar
13, sebagai contoh pengiriman data koordinasi yang dihasilkan dari protein data
bank dan diubah menjadi sebuah model molekul. Saat ini protein data bank ratarata sekitar satu struktur protein baru setiap hari.
Untuk mengetahui bagaimana cincin protein terlipat adalah kunci resep/
rumus di dalam memahami mekanisme sebuah reaksi yang menggunakan sebuah
katalis enzim. Ambil karboksipeptidase sebagai contoh. Katalis enzim pada
hidrolisis ikatan peptida pada atom C terminal.Ini dipercaya bahwa ikatan ionik
antara muatan positif sisi rantai sebuah argininresidu (Arg-145), dari enzim dan
muatan negatif gugus karboksilat, endapan asam amino terminal terikat peptida
active site (tampak aktif), wilayah enzim bagian dalam dimana katalistis gugus
fungsional yang penting ditemukan. Dalam hal ini ion Zn2+, bertindak sebagai
asam Lewis menuju oksigen karbonil dari substrat peptida, meningkatkan
kerentanan terhadap serangan molekul air.
Sistem kehidupan megandung ribuan perbedaaan enzim. Seperti yang
telah kita lihat, semua struktur sangat komplek, dan tidak ada pengaruh
generalisasi untuk mencakup semua aspek enzimickatalisis. Pada kasus

Asam amino, Ikatan Peptida dan Protein

25

karboksipeptidase A. ilustrasinya satu model dari tindakan / aktivitas enzim,

membawa bersama-sama reactans dan katalisis berfungsi aktif pada active site.

..
O:

Zn2+
O

H2N

H3N+ peptida
C NH CH
+ C Arg 145
| C
R
H
O H2N
:O :
H
Gambar 13.2 .Rancangan mekanisme hidrolisis sebuah katalis peptida oleh
karboksipeptidase A. Ikatan peptida active site oleh ikatan ionik antara atom C
terminal asam amino dan muatan positif sisi rantai dari arginine 145. Ikatan
koordinasi dari Zn2+ ke oksigen membuat karbon pada gugus karbonil lebih
positif dan menaikkan kecepatan pasangan elektron air untuk menyerang
14. COENZIM
Jumlah proses kimia pada rantai sisi protein mampu menyerang agak
terbatas. Kebanyakan diantara donor proton yang penting adalah , proton abstrak
dan penambahan nucleofilik pada gugus karbonil. Pada beberapa proses biologi
banyak variasi yang memerlukan kereaktifan, dan protein sering bertindak dalam
kombisasi dengan molekul organik non protein untuk dibawa pada keperluan
kimia. Pembantu molekul ini, memberi petunjuk pada coenzim, cofactor, atau
gugus prostetic, berinteraksi dengan keduanya

enzim dan substrat untuk

menghasilkan perubahan kimia yang penting. Bekerja sendiri seperti contoh,

protein yang tidak mempunyai gugus fungsional yang penting untuk menjadi
bahan efektif oksidasi atau reduksi. Mereka dapat sebagai katalis biologi baik
oksidasi maupun reduksi, meskipun, dengan adanya koenzim yang cocok.

Asam amino, Ikatan Peptida dan Protein

26

Fig. 14. 1

Heme (gambar 14.1) merupakan gugus prostetik yang penting di mana

ion besi (II) berikatan kovalen koordinat dengan empat atom nitrogen jenis
tetrasiklik aromatik yang diketahui sebagi porphyrin. Oksigen disimpan protein
pada otot, myoglobin, digambarkan menurut sekema pada gambar 14.2

14.2

terdiri atas sebuah gugus heme disekitar sebuah protein dari 153 asam
amino..Empat atau enam lokasi ikatan koordinasi disediakan oleh Fe 2+ diambil
oleh nitrogen dari porphyrin, satu oleh residu histidin dari protein, dan yang
terakhir oleh molekul air. Oksigen yang disimpan pada myoglobin dari darah
dengan bentuk Fe O2 kompleks, Oksigen diganti air dan enam ligan pada besi
terikat pada besi sampai mereka diperlukan. Protein bekerja sebagai wadah
(container) untuk heme dan mencegah oksidasi Fe2+ menjadi Fe3+, dan tempat
oksidasi pada besi yang kekurangan kemampuan untuk mengikat oksigen. Secara
terpisah, tidak satupun protein mengikat oksigen dalam larutan air; bersama,
bekerja dengan mereka dengan baik.

Asam amino, Ikatan Peptida dan Protein

27

15. STRUKTUR PROTEIN QUARTERNER: HEMOGLOBIN.

Dari pada yang ada sekarang ini sebagai polipeptida rantai tungga,
beberapa protein disusun dari dua atau lebih rantai. Cara ini dimana subunitsubunit disusun secara teratur yang disebut struktur quartener dari protein.
Hemoglobin adalah protein pembawa oksigen dalam darah. Hemoglobin
memgikat oksigen pada paru-paru dan dikirim menuju ke otot-otot, dimana
oksigen disimpan oleh myoglobin. Hemoglobin mengikat oksigen sangat banyak
sama seperti myoglobin, digunakan heme seperti gugus prostetik. Hemoglobin
jauh lebih besar dari pada myoglobin, tetapi mempunyai sebuah molekul seberat
64,500, sedangkan myoglobin 17,500; hemoglobin mengandung empat unit heme
sedangkan myoglobin hanya satu. Hemoglobin disusun oleh empat heme dan
empat rantai protein, termasuk dua rantai teridentifikasi yang disebut dengan
rantai alfa dan dua teridentifikasi yang disebut rantai beta.
Beberapa zat, seperti CO, membentuk ikatan yang kuat dengan besi pada
heme, cukup kuat untuk menggeser O2 yang berikatan dengan besi. Karbon
monooksida mengikat 30-50 kali lebih efektif dari pada oksigen ke myoglobin
dan 100 kali lebih baik dari pada oksigen ke hemoglobin. Kekuatan ikatan CO
pada bertentangan dengan active site dengan kemampuan heme melakukan/
mengerjakan tugas biologis transportasi dan menyimpan oksigen dengan
potensi/kemungkinan berakhir dengan kematian.
Bagaimana kegunaannya tergantung pada struktur dapat dilihat pada
kasus ketidak teraturan genetik sel anemia seperti sabit. Perubahan ini bersifat
melemahkan, kadang-kadang fatal, penyakit pada sel darah merah menjadi
berubah bentuk ( bentuk-sabit) dan berlawanan dengan aliran darah sepanjang
kapiler. Kondisi ini dihasilkan dari keberadaan hemoglobin yang tidak normal
orang yang terkena dampak. Struktur prima pada rantai beta adalah normal dan
sel sabit hemoglobin berbeda dengan sebuah asam amino tunggal dari 149; sel
sabit hemoglobin yang memiliki valine ditempat asam glutamate sebanyak enam
residu dari N terminal. Sebuah perubahan sangat kecil pada urutan asam amino

Asam amino, Ikatan Peptida dan Protein

28

dapat mengancam kehidupan! Perubahan genetika mengontrol dan kemungkinan

menjadi kolam gen karena pembawa sifat memiliki resistensi pembawa malaria

Asam amino, Ikatan Peptida dan Protein

29

Daftar Pustaka

Atkins, R. C. (2002). Organik Chemistry: A Brief Course. North America: The

McGraw-Hill Companies, Inc.

Asam amino, Ikatan Peptida dan Protein

30