LAPORAN PRAKTIKUM TEKNIK BIOLOGI MOLEKULER

PCR DAN ELEKTROFORESIS

DOSEN :
Dr. Ir. BADRUZSAUFARI, M.Sc

OLEH :
NAMA

: ONE SAFITRI

NIM

: J1C113047

KELOMPOK

: III (TIGA)

KEMENTERIAN RISET TEKNOLOGI DAN PENDIDIKAN TINGGI

UNIVERSITAS LAMBUNG MANGKURAT
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
PROGRAM STUDI BIOLOGI
BANJARBARU
2016

I.

PENDAHULUAN
A. Latar belakang
PCR adalah metode untuk mengamplifikasi sequen gen target
secara eksponensial in vitro. Kegiatan PCR ini dilakukan karena
merupakan solusi terbaik untuk menyediakan jumlah DNA suatu
yang banyak dari sampel suatu segmen DNA yang tersedia dalam
jumlah

sedikit.

Elektroforesis

dilakukan

untuk

memisahkan,

mengidentifikasi, dan dan purifikasi dari molekul DNA. Prinsip kerja

Elektroforesis

dengan bantuan sinar ultraviolet. Cara pemisahan

dengan elektroforesis ini merupakan alat pendukung yang sangat

terkenal dalam teknologi DNA rekombinan. Oleh karena itu, dengan
menggunakan

PCR

dan

Elektroforesis

diharapkan

dapat

mengkonfirmasi kualitas dan pengukuran DNA.

B. Tujuan
Tujuan dari praktikum ini adalah agar mahasiswa mampu
melakukan PCR dan elektroforesis.

II.

METODELOGI
A. Waktu dan Tempat
Praktikum ini dilaksanakan pada hari kamis, 19 Mei 2016 pada
pukul 08.00-12.00 WITA, bertempat di Laboratorium Biologi
Molekuler dan Biokimia Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan
Alam Universitas Lambung Mangkurat, Banjarbaru
B. Alat dan Bahan
Bahan-bahan yang digunakan dalam praktikum ini antara lain
sampel E. Coli, B. Coreus, DNA kontrol (+/-) dan buffer TBE 50 mL,
gel agarose 2 %, gel-red 15 L, loading dye 6 L, & air bebas ion 50
L.
Alat-alat yang digunakan dalam praktikum ini antara lain tube
pipet, mikropipet, tip pipet, vortex, thermal cycler, gel case, gel comb,
alat elektroforesis, PCR dan freezer.
C. Prosedur Kerja
Prosedur kerja praktikum ini adapun sebagai berikut :

PCR :
Sama seperti modul praktikum 9
Elektroforesis :
1. Gel agarose 2 % ditimbang sebanyak 0,5 gram.
2. Gel agarose 2 % dan buffer TBE 50 mL dimasukkan ke tabung
3.
4.
5.
6.

erlenmeyer dan dihomogenkan.

Tabung erlenmeyer kemudian ditutup dengan parafilm.
Larutan gel agarose dipanaskan dalam microwave selama 3 menit.
Larutan gel agarose kemudian didinginkan sampai bisa disentuh.
Sisir dipasang ke gel case kemudian larutan gel agarose dituangkan
ke dalam gel case dan didiamkan sampai membeku selama 30

menit.
7. Gel agarose dipindahkan ke kotak elektroforesis dan dituangkan
TBE sampai gel agarose tenggelam.
8. Semua sampel dipipet 5 l diletakkan pada parafilm
9. Larutan loading buffer 1 l diletakkan pada parafilm yang sudah
berisi sampel kemudian dipipeting sampai homogen.
10. Loading dye 6 l dan sampel yang telah homogen 5 l dipipet dan
dimasukkan ke sumur gel pertama secara berurutan (sampel E.
Coli, B. Coreus, DNA kontrol +/- ).
11. Ladder 100 bp kemudian ditambahkan vivantis 5 l.
12. Alat elektroforesis dinyalakan dengan memasang kabel merah
untuk muatan positif dan kabel hitam untuk muatan negatif pada
mesin elektroforesis.
13. Kabel merah untuk muatan positif dan kabel hitam untuk muatan
negatif pada sisi lainnya dipasang ke kotak elektroforesis.
14. Running pada elektroforesis 45 menit dengan tegangan 80 volt.
15. Staining menggunakan gel red 15 l kemudian diadd dengan air
bebas ion 50ml.
16. Setelah 40 menit gel agarose diambil dan diamati band-band yang
terbentuk di bawah sinar x.
17. Band-band yang terbentuk di bawah sinar x di dokumentasikan dan
di analisis.

III.

HASIL
DAN

PEMBAHASAN
A. Hasil

2
1

Gambar 1. Band hasil elektroforesis hasil PCR

56 7

Keterangan:
1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.

3 4
Marker vivantis
Escherichia coli
Escherichia coli
Bacillus cereus
Bacillus cereus
Kontrol positif (+ DNA)
Kontrol negatif

Marker Vivantis

Panjang ben
(cm)

Log 10

3000

2,1

3,477121

2500

2,45

3,39794

2000

2,7

3,30103

1500

3,3

3,176091

1200

3,8

3,079181

1000

4,35

900

4,65

2,954243

800

5,1

2,90309

700

5,35

2,845098

600

5,95

2,778151

500

6,45

2,69897

400

7,2

2,60206

300

7,9

2,477121

200

8,9

2,30103

100

10,3

Tabel 1. Analisis panjang

marker

Marker Vivantis Log 10

4
f(x) = - 0.17x + 3.77
R = 0.99

3
2
1
0
1

10

11

Gambar 2. Scatter Plot

Marker Vivantis Log 10
Tabel 2. Analisis Produk PCR
No.
1
2
3
4
5
6

Produk PCR
E.coli
E.coli
Bacillus cereus
Bacillus cereus
Kontrol Positif
Kontrol Negatif

Panjang ben

Hasil

(cm)
3,5
3,6
3,3
3,5
3,6
-

perhitungan
3.1789
3.1621
3.2124
3.1789
3.1621
-

Antilog
1509.56
1452.45
1630.61
1509.56
1452.45
-

B. Pembahasan
Teknik elektroforesis bertujuan untuk mengetahui ukuran dan bentuk suatu
partikel baik DNA, RNA dan protein. Praktikum PCR dan elektroforesis ini
praktikan melakukan Polimerase Chain Reaction (PCR) DNA Gen 16S rRNA
Bakteri dengan GoTaq Green Master Mix. Sampel yang telah diamplifikasi
dengan PCR kemudian dilakukan uji kualitatif dengan metode elektroforesis.
Bahan-bahan yang digunakan ektroforesis antara lain loading dye, red-gel,
sampel dan DNA ladder dengan panjang basa berbeda. Loading dye berfungsi
sebagai pewarna dan sebagai pemberat yang mengandung sukrosa agar untai
DNA sampel tidak keluar dari gel. Red-gel berfungsi sebagai pewarna,
sedangkan DNA ladder berfungsi sebagai penanda untuk mengetahui urutan
basa sampel.
Berdasarkan hasil elektroforesis didapatkan band-band bervariasi. Pada
gambar 1, visualisasi DNA PCR menggunakan pendekatan elektroforesis

terlihat bahwa pada sampel yang 3,4,5, pita-pita DNA hasil PCR terlihat jelas
tetapi terdapat banyak kontaminan ditandai dengan pita-pita samar dan pendek
menunjukkan band DNA sampel masih baik, tetapi sampel PCR tidak
memperlihatkan band DNA nya. Hal ini dikarenakan primer yang digunakan
tidak spesifik dengan DNA sampel. Pada sampel control positif 6 juga terdapat
kontaminan dibuktikan dengan adanya pita-pita samar, menunjukkan band
DNA sampel masih baik, tetapi sampel PCR tidak memperlihatkan band DNA
nya. Hal ini kemungkinan primer yang digunakan tidak spesifik dengan DNA
sampel. Sedangkan pada control negative 7, pita-pita tidak

terlihat

sama

sekali karena banyaknya kontaminan dan tidak menunjukkan adanya band

DNA. Kemunculan kontaminan disebabkan oleh kurang terampilnya ketika
melakukan perlakuan. Kontaminan akan mengganggu proses PCR dan
visualisasi elektroforesis.
IV.

KESIMPULAN
1. Praktikum PCR dan elektroforesis ini dengan melakukan
Polimerase Chain Reaction (PCR) DNA Gen 16S rRNA Bakteri
dengan GoTaq Green Master Mix
2. Bahan-bahan yang digunakan ektroforesis antara lain loading dye,
red-gel, sampel dan DNA ladder dengan panjang basa berbeda
3. Sampel 3,4,5, pita-pita DNA hasil PCR terlihat jelas tetapi terdapat
banyak kontaminan ditandai dengan pita-pita samar.