DI

KTAT

DTK

201
5

tEKNOLOGIBI
OPROSES
Semes
t
er2dan4

Akademi
sI
MTK201
5

#T
anggapBer
manf
aat

DAFTAR ISI

I.

Kimia Organik

II.

Biologi Molekuler

III.

Mekanika Fluida dan Partikel

IV.

Perpindahan Kalor

V.

Rekayasa Biokimia

VI.

Komputasi Numerik

JANGAN TERPAKU PADA DIKTAT INI.

Diktat ini dijawab oleh mahasiswa.
Pemikiran dosen mungkin berbeda. Untuk
penggunaan diktat yang efektif,
berkonsultasilah dengan asisten dosen.
Kritik dan Saran : Dimas Nurwansyah TK 14
( 081934165726 )
Rickson Mauricio TK 14
( 085692962606 )

SOAL KIMIA ORGANIK

1. Berilah nama nama senyawa di bawah ini

2.

Berilah nama nama senyawa di bawah ini

3. Pridiksilah hasil reaksi berikut ini beserta diagram energinya

4. Gambarlah langkah langkah mekanisme pembentukan poly(tert-butil vinil eter)

JAWABAN
1. Nama senyawa
a. 1,4-dimetil sikloheksana
b. 3-metil-1-propil siklopentana
c. 3-siklobutil-pentana
d. 1-bromo-4-etil-siklodekana
e. 1-isopropil-2-metil-sikloheksana
f. 4-bromo-2-metil-1-tertbutil-sikloheptana
2. Nama senyawa
a. 2 metil-5-fenil-heksana
b. Asam 3 bromo benzoat
c. 5 bromo-1,3-dimetil-benzena
d. 1 bromo-2-propil-benzena
e. 1-fluoro-2,4-dinitro-benzena
f. P-cloro-anilin
3. Reaksi

Diagram energi

4. mekanisme pembentukan poly (tert-butil vinil eter)

UTS Kimia Organik 1 A

1. Within the last month an experimental drug (now just called PDX 101 structure shown
in the box below) entered into phase 2 clinical trials for treatment of patients with
advanced multiple myloma or lymphoma (types of cancer). How many carbon atoms are
present in PDX 101? (A) 11 (B) 12 (C) 15 (D) 16 (E) 17

Jawab : 15.(C)
Jumlah atom karbon pada PDX 101
Setiap titik sudut pada gambar merupakan penggambaran atom karbon gambar detailnya
adalah:

Jadi, banyaknya atom karbon adalah 15.

2. How many hydrogen atoms are present in PDX 101? (A) 8 (B) 11 (C) 12 (D) 14 (E) 15
Jawab: 14.(D)

Jumlah atom hidrogen pada PDX 101 dihitung berdasarkan jumlah tangan yang tersisa
dari setiap dari setiap atom C.
Jadi, jumlah atom hidrogen adalah 14.

3. What is the relationship of the molecule shown in the box below to PDX 101?
(A) It is identical molecule
(B) It is constitutional isomer
(C) It is conformational isomer
(D) It is configuration isomer

Jawab : Isomer konfigurasi(D)

Hubungan antara

10

dengan

Maka hubungan antara keduanya adalah isomer konfigurasi.

Penjelasan mengenai jenis-jenis isomer:
1.) Molekul identik
Molekul identik adalah dua molekul yang sama namun dalam penggambarannya
terlihat seperti isomer.
(Lengkap baca Fessenden halaman 87)
2.) Isomer konstitusi
Isomer konstitusi adalah isomer rangka atau isomer posisi awal, missal:
a.) Isomer rangka
b.) Isomer posisi
3.) Isomer konformasi
Isomer konformasi adalah isomer yang disebabkan oleh rotasi pada atom karbon.
Misalnya bentuk eclipse dan stuggard.

11

(Lengkap baca Fessenden halaman 121)

4.) Isomer konfigurasi
Isomer konfigurasi adalah isomer salah satu bentuk isomer geometri. Contohnya
isomer cis, trans dan E,2.
(Lengkap baca Fessenden halaman 112)

In this set of five species, identify the nucleophiles and the electrophiles, then answer the
two following question.

4. How many are electrophiles? (A) 1 (B) 2 (C) 3 (D) 4 (E) All five
Jawab : 1.(A)
Elektrofil adalah suatu senyawa yang memiliki kecenderungan untuk menarik elektron.
Contoh elektrofil adalah kation. Jadi hanya ada satu elektrofil yaitu CH3CH2+.

5. How many nucleophiles? (A) 1 (B) 2 (C) 3 (D) 4 (E) All five
Jawab : 2.(B)
Nukleofil biasanya berada dalam bentuk anion atau senyawa yang memiliki pasangan
elektron bebas [biasanya ada atom O].
Contoh nukleofil:
H2 O

ROH Cl-

Br- OH-

-OR

Jadi, yang bersifat nukleofil adalah CH3O- dan

12

For question 6, 7, and 8 select your question from the following a) selection may beused
more than once, if necessary: (A) configurational isomers (B) constitutional isomers (C)
conformational isomers (D) they are same molecule (just drawn differently)

6. What is the relationship between n-octane and 2,2,3,3-tetramethylbutane?

Jawab: Hubungan antara n-oktana dan 2.2.3.3 tetrametil butane

Jadi, hubungan keduanya adalah isomer rangka.(D)

7. What is the relationship between molecule (1) and molecule (2) shown in the box below?
Jawab: Molekul 1 dan 2 adalah sama yaitu anti-bromo propana.(E)

13

8. What is the relationship between molecule (2) and molecule (3) shown in the box below?

Hubungan isomer antara molekul 2 dan 3 adalah isomer konformasi.(C)

9. Which of the figure (1-5) in the box above represents a gauche form?
(A) 1 dan 2 (B) 3 (C) 4 dan 5 (D) 1,2,dan 3 (E) 3, 4, dan 5
Jawabannya adalah 3.(B)

Molekul 1) adalah tipe anti yaitu kondisi staggered yang paling stabil.
2) adalah molekul yang sama dengan molekul
3) adalah tipe gauche yaitu tipe staggered dengan 2 gugus fungsi yang tidak saling
berjauhan.
4) dan 5) bukan merupakan isomer konformasi karena gugus fungsi berada
pada atpm C yang sama.

14

10. Why is the anti-conformation more stabil (lower energy) than the syn- (eclipsed)
conformation?
(A) Eclipsed groups increase the energy of the conformation due to steric repulsion
between the groups on adjacent carbon atoms
(B) Eclipsed conformations have higher energy due to electron repulsion of adjacent
sigma bonds
(C) The anti- conformation is lower in energy due to the opposed bond dipoles present
in this conformation
(D) The anti- conformation is lower in energy because bond lengthns between
tetrahedral carbon atoms in this conformation are shorter
(E) Anti- conformation are not energetically favored over eclipsed conformations
Jawab: Eclipsed groups increase the energy of the conformation due to steric repulsion
between the groups on adjacent carbon atoms..(A)
Anti lebih stabil daripada eclipse karena pada posisi eclipse terdapat rintangan sterik
antara atom yang diikat oleh karbon sehingga menyebabkan peningkatan energi.

11. How many quartenary carbon atoms are present in the molecule above?
(A) none (B) 1 (C) 2 (D) 3 (E) 4
Jawab: 2(C)

dibuat dalam bentuk lain:

15

Jadi terdapat dua atom karbon kuartener:

-

Karbon primer (1) yaitu karbon yang mengikat satu karbon lain

Karbon sekunder (2) yaitu karbon yang mengikat dua karbon lain

Karbon tersier (3) yaitu karbon yang mengikat tiga karbon lain

Karbon kuarterner (4) yaitu karbon yang mengikat empat karbon lain

12. The orientation of the chloro- sunstituent is..

(A)

axial (B) equatorial (C) eclipsed (D) gauche (E) anti

Jawab: Axial(A)
Lengkap baca Fessenden halaman 129

13. How many hydrogen atoms are in equatorial position?

(A) 3 (B) 5 (C) 7 (D) 10 (E) 15
Jawab: 7..(C)
Banyaknya hidrogen pada posisi ekuatorial, posisi axial atau ekuatorial hanya untuk siklo
heksana jadi gugus lain kita sebut sebagai

16

Jadi terdapat 7 buah atom H equatorial.

14. Using the three structures shown in the box below, which of these compounds would be
classified as 2 alkyl bromides?
(A) compound 1 (B) compound 2 (C) compound 3 (D) compound 1 and 2

(E)

compound 2 and 3

Jawab: Compound 2 and 3.(E)

Jadi, molekul 1 gugus Br berada pada

atom primer

17

Jadi, molekul 2 gugus Br

berada

pada

atom

sekunder

Jadi, molekul 2 gugus Br

berada

pada

karbon

sekunder

15. Which of the following generic class is likely to be the most nucleophilic?
(A) weak acid (B) ions carrying a positive charge (cations) (C) conjugate bases of weak
acids (D) strong acids (E) H2 and halogen gases
Jawab: Conjugate bases of weak acids..(C)
Gugus yang bersifat paling nukleofil adalah CN yang merupakan basa konjugasi dari
asam lemah HCN.

16. The product of the reaction shown is:

18

The next seven question refer to the diagram below (a plot energy vs degree of bond
reaction about the C2-C3 bond in butane). As appropriate, choose your answer from the
drawings at the top of the next page.

Jawab: (C)

19

17. Which drawing represents the conformation of the butane at the highest energy
transition state?
Jawab: (A)
Posisi paling tidak stabil (energi yang paling tinggi) adalah posisi eclipse dengan gugus
metal berimpit.

18. Which drawing represents the conformation of butane at (3) in the diagram?
Jawab: (E)
Untuk mengetahui posisi pada diagram maka harus diurutkan berdasarkan energi
tertinggi.
1.) Energi paling tinggi yaitu eclipse dengan metal berimpit
2.) Minimum lokal yaitu posisi gauche
3.) Maksimum lokal yaitu eclipse dengan metal tidak saling berhimpit
4.) Minimum global yaitu posisi anti

20

19. Which drawing represents the conformation of butane at the global minimum energy?
Jawab: (C)
Global minimum energi pada posisi anti.

20. Which drawing represents an anti conformation of butane?

Jawab: (C)

21. Which conformation represents a gauche conformation of butane?

Jawab: (B) dan (D)

22. Which number on the diagram indicates the energy (and the angle of rotation) of a global
minimum? (A) 1 (B) 2 (C) 3 (D) 4
Jawab: 4..(D)

23. Which number on the diagram indicates the energy (and the angle of rotation) of local
minimum? (A) 1 (B) 2 (C) 3 (D) 4
Jawab: 3.(C)
Lengkap baca Fessenden halaman 121-124

24. Which of the following physical properties will be different for the constitutional
isomers?
(A) Boiling point (B) Solubility in acetone (C) Melting point (D) Vapour pressure at STP
(E) All of these
Jawab: All of these..(E)
Isomer rangka menyebabkan beberapa perbedaan sifat fisika:
1.) Kenaikan titk didih, semakin panjang rantai utama maka, titik didih semakin tinggi.
Hal ini dikarenakan oleh semakin sulitnya ikatan antar molekul pada molekul yang
memiliki rantai lebih panjang.
21

2.) Kelarutan pada aseton,. Semakin panjang rantai utama maka semakin bersifat
nonpolar sehingga rantai yang lebih panjang semakin tidak laurt dalam pelarut
aseton.
3.) Titik leleh. Semakin panjang rantai menyebabkan semakin kuat ikatan antar molekul
sehingga titk leleh senyawa yang memiliki rantai utama yang lebih panjang memiliki
titik leleh yang lebih tinggi.
4.) Tekanan uap pada STP. Suatu zat dikatakan mendidih ketika tekanan uap sama
dengan tekanan udara (1 atm pada STP). Karena semakin panjang rantai
menyebabkan semakin tinggi titik didih maka berbanding terbalik dengan hal itu
berarti semakin panjang rantai utama maka tekanan uap semakin kecil.

25. Which of the following organic compound contain a nucleophilic site?

Jawab: None of the other selections contains a nucleophilic site.(E)

26. Which of the following is trans-1,3-diclorocyclohexane?

22

Jawab: (C)

27. In cis-1,3-dichlorocyclohexane yhe cholrine would be:

(A)

eq,eq (B) ax,ax (C) one would be ax and one would be eq

Jawab: One would be ax and one would be eq..(C)

Posisi cis pada sikloheksana didasarkan pada posisi subsituen trans terjadi apabila salah
satu substituent mengarah ke bawah dan substituent lainnya ke arah atas.
23

Posisi trans pada sikloheksana terjadi apabila subsituen memiliki arah yang sama.
Lengkap baca Fessenden halaman 137-183.

28. Tuliskan mekanisme reaksi dari reaksi radikal bebas pada monoklorinasi etana. Tentukan
produk samping dari reaksi tersebut!

Jawab:
Ada tiga tahap mekanisme reaksi:

Tahap 1: Inisiasi

Tahap 2: Propagasi

Tahap 3: Terminasi

Jadi,

24

29. Tuliskan mekanisme reaksi dari reaksi adisi air dengan katalis asam dari 2-butena!
Jawab:
Ada tiga tahap mekanisme reaksi:

Tahap 1: Serangan H+

Tahap 2: Serangan H2O

Tahap 3: Pelepasan H

25

UTS Kimia Organik 1 B

30.Alkena merupakan suatu senyawa hidrokarbon yang mengandung ikatan rangkap. Alkena
bisa diperoleh dari hasil sintesis ataupun hasil alam.
-

Jelaskan 3 sumber alkena dari hasil alam yang Anda ketahui.

Jelaskan sifat fisika dan kimia alkena.

Sumber alkena dari hasil alam:

Minyak atsiri, selanjutnya

diolah menjadi

limoene.

Perbedaan

kiralitas

menyebabkan limonene dapat dibedakan menjadi limoene (R) dan limoene (S),
masing-masing memiliki kegunaan berbeda dalam kehidupan sehari-hari. Jika
limoene (R) aman untuk dikonsumsi, maka Limonene (S) adalah racun. Contoh:
Limonene (R) untuk obat-obatan beraroma jeruk, Limonene (S) untuk pengharum
ruangan beraroma jeruk.
Dalam reaksi suhu kamar, limonene berwujud cair.

Dari organisme di alam, seperti daun kutu. Kutu daun menghasilkan feromon
(sebuah alkena) yang digunakan sebagai tanda bahaya.

Dari minyak bumi, tetapi presentasenya relatif kecil.

Sifat fisika alkena:

Sebetulnya hampir sama dengan alkana, dimana alkena dengan nomor atom C
terendah C7H14 berwujud gas pada suhu kamar, C8H16-C17H34 berwujud cair pada
suhu kamar dan C18H36-C dengan nomor atom di atasnya berwuud padat pada suhu
kamar.

Titik didih bertambah seiring dengan pertambahan jumlah nomor atom, hal ini
erat kaitannya dengan gaya Van der Walls.

Sifat kimia alkena:

26

Dapat mengalami reaksi adisi, dimana ikatan pi pada ikatan rangkap menarik
elektrofil dan karbokation berikatan dengan nukleofil sehingga alkena mengalami
perubahan menjadi alkana.

Dapat mengalami reaksi eliminasi

Dapat mengalami reaksi ozonisasi

Akena + Ozon
Aldehid + Keton

31.Berikut ini persamaan reaksi eliminasi alkil halida untuk mendapatkan senyawa alkena.

Jelaskan perbedaan E1, E2, dan ECB.

Reaksi E1, E2, dan ECB sama-sama menghasilkan akena tetapi mekanismenya berbedabeda.
E1 : Sebuah gugus yang disebut leaving group meninggalkan senyawa atom C yang
awalnya mengikat LG selanjutnya menjadi karbokation. Keadaan ini disebut keadaan
transisi. Selanjutanya salah satu atom H yang berikatan dengan C di sebelah
karbokation akan berikatan dengan senyawa lain berupa basa. Lalu, senyawa
tersebut lepas dari hidrokarbon sehingga terjadi ikatan rangkap pada hidrokarbon.
E2 : Lepasnya LG bersamaan dengan lepasnya H+ yang ada pada atom C di sebelah atom
C yang mengikat LG. Pada proses selanjutnya dua atom C yang telah ditinggali LG
dan H+ membentuk ikatan rangakap sehingga membentuk alkena.

27

ECB : -H+ terlebih dahulu lepas bersama basa yang mengikatnya. Fase ini disebut transisi.
Selanjutnya LG meninggalkan senyawa hidrokarbon dan dua atom C yang
ditinggalkan H+ dan LG membentuk alkena.

32.Berikut ini adalah beberapa cara membuat alkena dengan mensintesisnya dari bahan
lain.

Jelaskan perbedaan reaksi 1 dan 2.

Reaksi 1 : mengadisi ikatan rangkap 3 menjadi 2, berlangsung pada suhu rendah (-72C),
katalis2 eq. Red-Al, reaksinya cukup lama (25 min).
Reaksi 2 : mengeliminasi 2 atom Br dari alkana hingga terbentuk alkena berlangsung pada
suhu tinggi (135C) katalis (pmlm) BF4, reaksinya cukup singkat (5 min).

33.Senyawa diena terkonjugasi dapat mengalami reaksi adisi 1,2 dan 1,4. Jelaskan
perbedaan antara 2 jenis reaksi adisi tersebut. Jelaskan juga tentang reaksi Diels-Alder.

Reaksi adisi adalah reaksi penambahan atom pada tom pusat yang memiliki ikatan
rangkap. Karbon berikatan rangkap terurai ikatannya menjadi ikatan tunggal karena
mengikat atom baru.
Reaksi adisi 1,2 adalah peristiwa tertariknya elektrofil ke ikatan pi pada salah satu
ikatan rangkap diena terkonjugasi. Pada reaksi ini hanya salah satu ikatan rangkap
diena terkonjugasi yang berubah menjadi tunggal.
Reaksi adisi 1,4 dalah terurainya dua ikatan rangkap pada senyawa diena terkonjugasi
akibat tertariknya elektron dan nukleofil ke ikatn pi yang berbeda.
Reaksi Diels-Alder adalah reaksi suatu diena dengan dienofil membentuk cincin
segienam.

28

34.Jelaskan pengertian masing-masing istilah di bawah ini.

*Silakan cari sendiri jawabannya di buku yaaah..

29

SOAL BIOLOGI MOLEKULER

1. Gambarlah struktur DNA double helix berikut ini : CCGGTTAA

2. Jelaskan prinsip kerja sekuensi DNA metode Sanger!
3. Jelaskan perbedaan proses biosintesis RNA di sel prokariotik dan sel eukariotik !
4. Jelaskan prinsip kerja microRNA di dalam menjalankan fungsinya !
5. Jelaskan tahapan post transisi pada sel eukariotik.
6. Jelaskan apa yang anda ketahui tentang kolagen !
7. Jelaskan prinsip kerja analisis berat molekul dengan menggunakan Sodium dodesil sulfat
poliakrilamid gel elektroforesis?
8. Sebutkan dan jelaskan jenis-jenis ikatan yang terdapat di dalam struktur tersier suatu
protein?

JAWABAN
1. Struktur DNA double helix

Note: Ini cuma masang-masangin basa aja kok, C-G, A-T, terus dibuat dalam bentuk dua
strand.
2. Prinsip kerja metode sekuensing Sanger
DNA yang ingin diketahui sekuensnya diinkubasi dalam tabung bersama dengan
bahan lain seperti primer, DNA polymerase, deoxyribonucleotides, dan sejumlah
tertentu dideoxyribonucleotides yang dibutuhkan untuk sintesis DNA. Inkubasi

dilakukan dalam tabung-tabung yang berbeda, dimana masing-masing tabung hanya

berisi salah satu jenis ddNTP (ddATP, ddCTP, ddTTP, ddGTP).

Sintesis DNA akan berlangsung dan berhenti jika dideoksiribonukleotida digunakan.

Proses ini menghasilkan DNA dengan panjang yang bervariasi sesuai urutan
nukleotida

Contoh untuk nukleotida guanine yang terdapat di bagian dekat ujung 3 DNA
template dan di dekat ujung 5, ddC dapat masuk dan berpansangan ke bagian
tersebut, mengakibatkan pemanjangan DNA terhenti.

Penjelasan: Dideoxyribunucleotides (ddNTP) adalah deoxyribonucleotides (dNTP)

yang mana oksigen pada gula pentosa yang digunakan untuk berikatan dengan gugus
fosfat dari nukleotida lain dihilangkan. Akibatnya, ketika polimerasi DNA sedang
berlangsung, jika yang berpasangan dengan nukleotida pada strand induk adalah
ddNTP dan bukannya dNTP, pemanjangan DNA terhenti pada titik tersebut. Lebih
jelasnya, perhatikan gambar

Campuran kemudian dielektroforesis dengan gel polyacrilamide. Fluoresensi dari

dideoksiribonukleotida yang digunakan dideteksi oleh detektor

Prinsipnya sama dengan elekroforesis biasa. Sampel yang dielektroforesis berasal

dari masing-masing tabung reaksi yang memiliki ddNTP yang berbeda (misal, tabung
yang berisi ddG dimasukkan ke dalam well 1, sampel yang berisi ddA dimasukkan ke
dalam well 2, dst). Dari hasil elektroforesis diperoleh sekuens utuh dengan
menggabungkan hasil elektroforesis dari keempat sampel tersebut.
3. Perbedaan transkripsi di organisme eukariotik dan prokariotik
Prokariot
Eukariot
Translasi dilakukan ketika proses
Translasi dan transkripsi dilakukan di
transkripsi masih berlangsung
tempat yang berbeda
Transkripsi dilakukan di sitoplasma
Tidak ada fase definit kapan terjadi
transkripsi

Transkripsi dilakukan di nukleus

Terjadi pada fase G1 dan G2 di siklus sel

Sebuah RNA polymerase mensintesis

ketiga tipe RNA (mRNA, tRNA, rRNA)

RNA polymerase I, II, dan III secara

berturut turut mensintesis rRNA, mRNA,
dan tRNA

Tidak membutuhkan protein atau faktor

inisiasi

Membutuhkan faktor transkripsi untuk

mengenali TATA box dan menginisiasi
transkripsi (TFIIA, TFIIB, TFIID, TFIIF,
dan TFIIH) .

Lengkapi sendiri ya :D
4. Prinsip kerja microRNA
Micro RNA atau miRNA berfungsi untuk meregulasi ekspresi gen, baik dengan merepresi
atau menginterferensi, pada proses translasi dengan cara mengadakan base pairing dengan
mRNA sehingga memblok proses translasinya oleh ribosom. Berbeda dengan siRNA,
mekanisme bloking transkripsi dari miRNA tidak melibatkan proses degradasi mRNA.

Gambar yang lebih baik bisa diakses di http://bit.ly/1mTMgVq

5. Post translasi pada eukariotik
Protein Folding
Polipeptida yang terbentuk dari hasil translasi masih dalam bentuk inaktif. Pelipatan
polipeptida kedalam bentuk aktifnya dapat terjadi bersamaan dengan proses translasi.
Beberapa jenis protein dapat melipat dirinya sendiri, namun sebagian besar jenis
protein lainnya memerlukan bantuan dari molekul yang disebut chaperone.
Komponen terkait dalam proses pelipatan protein adalah chaperone, kalsium, dan
beberapa enzim terkait (glukosidase, Enzim GT (UDP glucose glycoprotein
glucosyltransferase), dll.

Chaperone merupakan protein yang membantu pelipatan protein sehingga protein

dapat berada pada bentuk fungsionalnya. Fungsi dari chaperone yaitu:
o Membantu proses folding protein
o Melambatkan kecepatan folding protein sehingga dapat mencegah terjadinya
agregasi protein
o Melindungi protein dari kondisi stres misal perubahan suhu drastis yang
mendadak
o Menjaga homeostasis kalsium di dalam lumen RE
Terdapat beberapa jenis Chaperon pada eukariot, sesuai dengan fungsinya masingmasing. Diantaranya yang cukup fungsional adalah chaperone yang berfungsi
melindungi protein dari degradasi saat masih dalam proses sintesis yaitu Hsp70
Chaperon lain yang berperan penting adalah Hsp100 dan Hsp60 yang berperan dalam
folding protein.

Fosforilasi
Fosforilasi adalah modifikasi protein dengan penambahan fosfat. Tujuannya adalah
untuk mengatur aktivitas biologis protein dan bersifat sementara. Selain itu juga
sebagai aktivitas reseptor faktor pertumbuhan. Gugus fosfat dapat ditambahkan dan
dihapuskan kembali. Enzim yang memfosforilasi protein disebut kinase Sedangkan
enzim untuk menghapus fosfat disebut fosfatase. Jenis jenis fosforilasi ada tiga
yaitu Phosphoserine, Phosphothreonin dan Phosphotyrosine sesuai dengan jenis asam
amino yang terfosforilasi.

Sulfonasi
Sulfonasi adalah modifikasi protein dengan penambahan gugus sulfat. Terjadi pada
residu tirosin. Penambahan sulfat untuk tirosin berperan dalam modulasi interaksi
antar protein. Proses sulfonasi pada tirosin penting untuk proses pembekuan darah,
fungsi kekebalan berbagai peradangan intraseluler, dan pengenalan ligan oleh
beberapa G-protein-coupled receptors (GPCRs). Contoh : protein koagulasi faktor
VIII, dan usus peptida gastrin dan cholecystokinin (CCK).

Isoprenylasi
Isoprenylasi adalah modifikasi protein dengan penambahan gugus isoprenyl.
Mekanisme isoprenylasi adalah pembentukan ikatan thioether antara gugus isoprenyl
dan residu Cys pada protein. Gugus isoprenyl terbentuk dari pyrophosphorylated
intermediate pada biosintesis kolestrol, seperti farnesyl pyrophosphate. Jenis protein
dari modifikasi ini diantaranya protein Ras (produk dari rasoncogenes dan protoonkogen), G protein, lamins (protein yang ditemukan dalam matriks nuklir).
Kelompok isoprenyl berfungsi membantu protein melekat pada membran sel.

Glikosilasi
Glikosilasi adalah proses modifikasi protein dengan karbohidrat (terutama sakarida).
Proses ini adalah modifikasi post translasi yang terbesar dan penting. Tujuannya
adalah membentuk glikoprotein. Monosakarida yang biasa ditambahkan adalah

glukosa (Glc), galaktosa (Gal), Mannosa (Man), Fukosa (Fuc),

acetylgalactosamine (GalNAc), N-acetylglucosamine (GlcNAc) dan
acetylneuraminic acid (NANA) / sialic acid (Sia).
Macam Glikosilasi

Keterangan

N- Linked Glikosilasi

Glycan mengikat gugus amino asparagine di RE

O- Linked Glikosilasi

Monosakarida mengikat gugus hidroksil pada Serine atau Threonine

pada RE, golgi, sitosol, dan nukleus

C- Linked Glikosilasi

Manosa terikat dalam cincin trytophan

Glipiasi

Glycan menghubungkan fosfolipid dan protein

NN-

Metilasi
Metilasi merupakan proses transfer gugus Metil (CH3) ke Nitrogen (N) atau Oksigen
(O) pada rantai asam amino secara irreversibel. Tujuannya untuk meningkatkan
hydrophobisitas protein dan bisa menetralkan muatan negatif asam amino ketika
terikat dengan asam karboksilat. Enzim yang terlibat dalam proses metilasi adalah
methyltransferases, metionin S-adenosyl (SAM).
Lipidasi
Lipidasi adalah proses modifikasi protein dengan menambahkan gugus lipid.
Tujuannnya adalah untuk membentuk sistem yang mengatur kegiatan dan peredaran
protein dalam sel dan jaringan. Lipidasi biasanya terjadi pada protein target di
membran mel (endoplasma [ER], Badan Golgi, mitokondria), vesikula (endosomes,
lisosom) dan membran plasma.
Proteolisis
Proteolisis adalah proses pemecahan protein menjadi polipeptida yang lebih kecil
atau asam amino secara irreversibel. Proteolisis berfungsi sebagai pengaturan penting
beberapa proses fisiologis dan seluler, serta mencegah akumulasi protein dalam sel
yang tidak diinginkan atau abnormal. Enzim yang terlibat dalam proses proteolisis
adalah protease. Penyebab lain dari proses proteolisis adalah hidrolisis ikatan peptida,
pencernaan intra molekul, pengaruh panas dan mineral lain.
Fungsi proteolisis dan contohnya:
Proteolitik degradative menghilangkan subunit protein yang belum dirakit,
protein yang gagal melipat, serta mempertahankan konsentrasi protein pada
konsentrasi homeostatik dengan mengurangi protein yang diberikan dengan
peptida (tingkat kecil) dan asam amino tunggal.
Protease berperan dalam biosintesis Penghilangan sinyal peptida dari protein
baru dan mengaktifkan zymogens (prekursor enzim yang tidak aktif yang
memerlukan pembelahan di situs tertentu untuk fungsi enzim). Dalam hal ini,
protease bertindak sebagai molekul switch untuk mengatur aktivitas enzim.

6. Kolagen

Kolagen adalah salah satu protein yang menyusun tubuh manusia. Keberadaannya mencapai
30% dari seluruh protein yang terdapat di tubuh. Kolagen juga merupakan struktur organik
pembangun tulang, gigi, sendi, otot, dan kulit. Serat kolagen memiliki daya tahan yang kuat
terhadap tekanan. Kolagen menjadi komponen pembangun utama pada dermis, salah satu
lapisan terendah pada kulit. Kolagen penting untuk menjaga kulit tetap kencang dan lentur.
Kolagen membantu untuk memberikan kekuatan untuk berbagai struktur tubuh dan juga
melindungi struktur seperti kulit dengan mencegah penyerapan dan penyebaran patogen zat,
racun-racun lingkungan, mikro - organisme dan sel-sel kanker.

7. Prinsip kerja SDS PAGE

SDS PAGE merupakan metode identifikasi, pemisahan, dan purifikasi molekul selular
berdasarkan ukurannya dengan menggunakan medan listrik yang melalui medium gel
poliakrilamid. SDS PAGE menggunakan prinsip dasar elektroforesis, yakni teknik pemisahan
komponen atau molekul bermuatan berdasarkan perbedaan tingkat migrasinya dalam sebuah
medan listrik. Kecepatan molekul yang bergerak pada medan listrik tergantung pada muatan,

bentuk dan ukuran. Protein dengan Mr kecil (lebih ringan)bergerak lebih cepat dan menempuh
jarak yang lebih jauh pada agar. DNA yang bermuatan negatif akan bergerak menuju kutub
positif dari gel yang telah dialiri listrik. Gel yang digunakan, sodium dodesil sulfat, berfungsi
mendenaturasi protein, memutus ikatan disulfida, dan menambah muatan negatif pada
protein.
8. Jenis ikatan yang terdapat pada struktur tersier protein
Struktur tersier terjadi karena pelipatan struktur sekunder akibat adanya interaksi antar gugus
alkil (R) satu sama lain, yaitu interaksi hidrofobik, ionik, ikatan hidrogen, gaya dispersi van
der waals dan jembatan disulfida. Sehingga, membentuk struktur tiga dimensi. Dalam struktur
ini, ikatan hidrofobik sangat penting bagi protein. Asam amino yang memiliki sifat hidrofobik
akan berikatan di bagian dalam protein yang tidak berikatan dengan air, sementara asam
amino yang bersifat hidrofilik akan berada di permukaan luar yang berikatan dengan air.

UJIAN TENGAH SEMESTER BIOLOGI MOLEKULER 2012/2013 PSTK Paralel

Rabu, 27 Maret 2013
Pengajar Muhamad Sahlan

1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.
8.

Soal
Gambarlah struktur sekunder RNA yang mungkin dari rantai RNA berikut ini;
AAAUACCCUGUUUCGGUAUCGUAUUU!
Jelaskan teknik penelusuran manusia dengan menggunkan teknik polymerase chain
reaction!
Jelaskan perbedaan proses biosintesis RNA di sel prokariotik dan sel eukariotik !
Salah satu fungsi nukleat adalahsebagai katalis, sebutkan satu contoh dari asam
nukleat yang mempunyai peran sebagai katalis beserta jenis reaksi yang dikatalisnya.
Jelaskan tahapan post transisi pada sel eukariotik.
Jelaskan mekanisme kerja protein G dalam merespon suatu rangsangan dari luar.
Jelaskan prinsip kerja analisis konsentrasi protein dengan metode Lowry
Jelaskan fenomena denaturasi dan renaturasi pada protein! Faktor-faktoe apa sajakah
yang mempengaruhi?

Jawaban UTS BIOMOL, 27 Maret 2013

1.

2. Garis keturunan dapat diselidiki dari asam nukleat sampel jaringan dengan
menggunakan teknik PCR dalam pelaksanaannya. Sampel dari individu
diambil/ekstrak asam nukleatnya, kemudian dipilih area/wilayah DNA yang akan
diidentifikasi. Kemudian maisng-masing DNA dari tiap individu diperbanyak dengan
pelaksanaan PCR meliputi :
- Persiapan
Membuat primer PCR, menentukan suhu leleh & suhu enneding. Sampel DNA,
dNTPs dan enzim DNA polymerase beserta buffernya dicampurkan adalam
tabung PCR.
- Pelaksanaan PCR
PCR dilaksanaakan pada alat thermometer selama durasi tertentu dan suhu
tertentu. Pelaksanaan PCR meliputi proses denaturasi DNA doble strand,
enneding primer ke DNA template, dan extension primer menjadi rantai
komplemen template hingga diperoleh sekuens yang diinginkan.
- Menghentikan proses PCR dan mememurnika DNA hasil PCR
Setelah DNA diperbanyak dengana PCR, DNA sample dipotong dengan enzim
restriksi yang sama untuk semua individu yang dibandingkan (mosalnya ayah, ibu,
anak). Kemudian pembandingan kesamaan dilakukan dengan elektroforesis DNA
untuk melihat fragmen-fragmen DNA yang terpotong dan menarik kumpulan
tentang garris keturunan.
3. Jawaban sama seperti di atas.
4. rRNA berfungsi mengkatalis reaksi pembentukan pdipeptidandan asam amino.
5.
6.
7.
8. Denaturasi merupakan rusaknya struktur protein yang menyebabkan protein tersebut
kehilangan fungsinya. Renaturasi adalah pembentukan kembali struktur fungsional
dari protein yang telah didenatursi. Faktor yang mempengaruhi adalah suhu dan pH.

SOAL DAN JAWABAN BIOLOGI MOLEKULER

Problems:

1. Explain, how the following DNA is formed, chemically from nucleotides. The from
double he;ix structure! ATGCC

1.

Mekanisme lagging dan leading

a. Pembentukan Leading strand. Pada replikasi DNA, untaian pengawal (leading strand)
ialah untaian DNA disintesis dengan arah 53 secara berkesinambungan. Pada
untaian ini, DNA polimerase mampu membentuk DNA menggunakan ujung 3-OH
bebas dari sebuah primer RNA dan sintesis DNA berlangsung secara
berkesinambungan, searah dengan arah pergerakan garpu replikasi.
b. Pembentukan Lagging strand. Lagging strand ialah untaian DNA yang terletak pada
sisi yang berseberangan dengan leading strand pada garpu replikasi. Untaian ini
disintesis dalam segmen-segmen yang disebut fragmen Okazaki. Panjang fragmen

okazaki mencapai sekitar 2.000 nukleotides panjang dalam sel-sel bakterial dan
sekitar 200 panjang nukelotides dalam sel-sel eukaryotic. Pada untaian ini, primase
membentuk primer RNA. DNA polimerase dengan demikian dapat menggunakan
gugus OH 3 bebas pada primer RNA tersebut untuk mensintesis DNA dengan arah
53. Fragmen primer RNA tersebut lalu disingkirkan (misalnya dengan RNase H
dan DNA Polimerase I) dan deoksiribonukleotida baru ditambahkan untuk mengisi
celah yang tadinya ditempati oleh RNA. DNA ligase lalu menyambungkan fragmenfragmen Okazaki tersebut sehingga sintesis lagging strand menjadi lengkap.
2. Inaktivasi RNAi
Interferensi RNA (RNAi) merupakan salah satu mekanisme pada sel hidup untuk
mengendalikkan aktivitas gen. proses transkripsi terjadi dan RNA dapat mengalami
penyuntingan dan dibawa keluar dari inti sel untuk memasuki sitoplsm, karena kekhasan
bentuk molekulnya, suatu mRNA akan mengalami proses degradasi sebelum sempat dibaca
oleh ribosom untuk ditranslasi. Degradasi terjadi karena Mrna tidak berupu pilin tunggal
namun double stranded RNA berpilin ganda ini dapat berasal dari virus atau individu
eukariotik itu sendiri. Individu eukariotik dapat menghasilkan RNA berpilin ganda apabila
dua sekuens yang saling komplementer, (dicari selengkapnya di beberapa sumber yang telah
dikasih asisten)

3. Mekanisme PCR
1. Denaturasi
Pada tahap ini molekul DNA dipanaskan sampai suhu 94oC yang menyebabkan terjadinya
pemisahan untai ganda DNA menjadi untai DNA tunggal. Untai DNA tunggal inilah yang
menjadi cetakan bagi untai DNA baru yang akan dibuat.
2.
Penempelan (Annealing)
Enzim Taq polimerase dapat memulai pembentukan suatu untai DNA baru jika ada seuntai
DNA berukuran pendek (DNA yang mempunyai panjang sekitar 10 sampai 30 pasang basa)
yang menempel pada untai DNA target yang telah terpisah. DNA yang pendek ini disebut
primer. Agar suatu primer dapat menempel dengan tepat pada target, diperlukan suhu yang
rendah sekitar 550C selama 30-60 detik.
3.
Pemanjangan (Ektension)
Setelah primer menempel pada untai DNA target, enzim DNA polymerase akan
memanjangkan sekaligus membentuk DNA yang baru dari gabungan antara primer, DNA
cetakan dan nukleotida.
Ketika tiga tahap di atas dilakukan pengulangan, maka untai DNA yang baru dibentuk
akan kembali mengalami proses denaturasi, penempelan dan pemanjangan untai DNA
menjadi untai DNA yang baru. Pengulangan proses PCR akan menghasilkan amplifikasi DNA
cetakan baru secara eksponensial.

4. Struktur protein
1. Struktur Primer
Struktur primer merupakan susunan linear asam amino. Susunan tersebut merupakan suatu
rangkaian unik dari asam amino yang menentukan sifat dasar dari berbagai protein dan secara
umum menentukan bentuk struktur sekunder dan tersier.
2) Struktur Sekunder
Kekuatan menarik di antara asam amino dalam rangkaian protein menyebabkan struktur
utama membelit, melingkar, dan melipat diri sendiri. Bentuk-bentuk yang dihasilkan dapat
spriral, heliks, dan lembaran. Bentuk ini dinamakan struktur sekunder. Dalam kenyataannya
struktur protein biasanya merupakan polipeptida yang terlipat-lipat dalam bentuk tiga dimensi
dengan cabang-cabang rantai polipeptidanya tersusun saling berdekatan.

Contoh bahan yang memiliki struktur sekunder ialah bentuk -heliks pada wol, bentuk
lipatan-lipatan (wiru) pada molekul-molekul sutra, serta bentuk heliks pada kolagen.
Perhatikan bentuk -heliks protein di bawah ini.

Gambar 1. Skema Alfa - Heliks. (Sumber: Kimia Pangan dan Gizi)

Pada struktur ini ikatan peptida, dan ikatan hidrogen antara gugus N - H dan C = O berperan
sebagai tulang punggung struktur.

3) Struktur Tersier
Kebanyakan protein mempunyai beberapa macam struktur sekunder yang berbeda. Jika
digabungkan, secara keseluruhan membentuk struktur tersier protein. Bagian bentuk-bentuk

sekunder ini dihubungkan dengan ikatan hidrogen, ikatan garam, interaksi hidrofobik, dan
ikatan disulfida. Ikatan disulfida merupakan ikatan yang terkuat dalam mempertahankan
struktur tersier protein. Ikatan hidrofobik terjadi antara ikatan-ikatan nonpolar dari molekulmolekul, sedang ikatan-ikatan garam tidak begitu penting peranannya terhadap struktur tersier
molekul. Ikatan garam mempunyai kecenderungan bereaksi dengan ion-ion di sekitar molekul.
Perhatikan ikatan-ikatan pada struktur tersier protein berikut.

GambarIkatan pada Struktur Tersier Protein a. Interaksi Elektrostatik; b. Ikatan Hidrogen;

c. Interaksi Hidrofobik; d. Interaksi Hidrofilik; e. Interaksi Disulfida. (Sumber: Kimia Pangan
dan Gizi)
4) Struktur Kuartener
Struktur primer, sekunder, dan tersier umumnya hanya melibatkan satu rantai polipeptida.
Akan tetapi bila struktur ini melibatkan beberapa polipeptida dalam membentuk suatu protein,
maka disebut struktur kuartener. Pada umumnya ikatan-ikatan yang terjadi sampai
terbentuknya protein sama dengan ikatan-ikatan yang terjadi pada struktur tersier.

5. Translasi eukariot: terjadi di sitoplasma setelah transkripsi selesai (karena eukariot

nukleolusnya diselubung nucleus sehingga transkripsi harus selesai terlebih dahulu
kemudian selanjutnya MRNA keluar dari nucleus melalui pori-pori nucleus ke
sitoplasma
Translasi prokariot: terjadi di sitoplasma sebelum transkripsi selesai (nucleolus
prokariot tersebar di sitoplasma sehingga ketika transkripsi selesai MRNA langsung
menuju ke ribosom (CARI SELENGKAPNYA PADA SUMBER LAIN)
6. INAKTIVASI ANTIGEN
Antibodi dapat menginaktivasi agen penginvasi melalui salah satu dari beberapa cara berikut :
1) Aglutinasi, terjadi pada banyak partikel besar dengan antigen di permukaannya,
seperti bakteri atau sel darah merah, berkumpul menjadi satu.

2) Presipitasi, terjadi pada molekul kompleks antigen terlarut (seperti toksin tetanus)
dan antibodi menjadi sangat besar sehingga menjadi tidak larut dan mengendap.
3) Netralisasi, jika antibodi menyelubungi area toksik dari agen antigenik
4) Lisis, beberapa antibodi potensial biasanya mampu menyerang membran sel agen
secara langsung dan menyebabkan rupturnya agen.
5) Aksi langsung ini seringkali tidak cukup kuat untuk berperan sebagai pelindung
utama melawan penginvasi. Perlindungan banyak dilakukan dengan sistem
komplemen.

7. Identifikasi Protein/ analisis protein

A. Uji Biuret
Biuret terdiri dari campuran larutan NaOH 0,1 M dan larutan CuSO 4 1%. Larutan digunakan
untuk mengetahui adanya ikatan peptida pasa suatu senyawa. Jika dalam senyawa yang diuji
banyak terdapat ikatan peptida,maka dengan uji biuret akan memberikan warna ungu,misalnya
protein. Jika senyawa yang diuji mengandung ikatan peptida sedikit, maka dengan uji biuret
akan memberikan warna merah muda, misalnya urea.
B. Uji Xantoproteat
Larutan xantoproteat terdiri dari campuran larutan HNO3 pekat atau campuran larutan asam cuka pekat
dengan asam sulfat pekat. Uji ini digunakan untuk mengetahui adanya inti benzena dalam molekul
protein. Protein yang mengandung inti benzena jika dipanaskan dengan larutan HNO 3 pekat akan
memberikan warna kuning atau jingga.

C. Uji Timbal sulfide

Larutan yang digunakan pada uji timbal sulfida terdiri dari larutan NaOH 40% dan laruan Pb(NO 3)2
atau Pb-asetat. Larutan tersebut digunakan untuk mengetahui adanya unsur belerang dalam suatu
protein.Protein yang mengandung belerang jika dipanaskan dengan larutan NaOH 40% akan
menghasilkan Na2S dan zat lain. Kemudian, ditetesi dengan Pb(NO3)2 atau Pb-asetat yang akan
memberikan warna cokelat sampai hitam dari PbS terbentuk.

SOAL MEKANIKA FLUIDA DAN PARTIKEL

1.

Air 20oC dialirkan dari titik 1 ke titik 2 melalui sistem perpiaan seperti pada gambar
dibawah in. pada aliran diberikan pompa dengan daya listrik 40 watt (efisiensi 60 %).
a.

Jika diketahui laju alir volum air yang keluar pada titik 2 adalah sebesar 100 liter /
menit, hitung ketinggian H!

b.

Jika laju alir yang diinginkan menjadi 200 liter / menit (pada harga H yang sama),
berapa daya pompa yang harus diberikan (dalam watt) ?

Diketahui pipa adalah jenis commercial steel pipe

2.

Air dalam tangka pada suhu 25oC dialirkan melalui sistem perpiaan seperti yang
ditunjukkan gambar pipa dibawah ini. Pipa adalah commercial steel dengan diameter
pipa untuk seluruh perpiaan sama yaitu adalah 4 cm. jika diasumsikan aliran adalah
turbulen dan faktor friksi pipa sebesar 0,01 :
a.

Hitung laju volumetric air dalam (lt/min) di titik 2 dan 3!

b.

Apakah asumsi yang diberikan sudah benar? Jika tidak apa yang harus dilakukan
selanjutnya?

JAWABAN
1) Diketahui:
T air = 20 oC
Q = 100 L/menit = 100 . 10-3 / 60 = 1,67 . 10-3 m3/s
= 0,6
air = 998,23 kg/m3
air = 1,005 . 10-3 kg/m.s
P = 40 Watt
Pipa : D = 4 cm = 4 . 10-2 m
= 4,6 . 10-5 m
A=
V=

1
4
Q
A

D2 =

1
4

(4 . 10-2)2 = 1,26 . 10-3 m2

= 1,325 m/s

Asumsi:

Fluida inkompresibel

Steady state

Neraca energi:
EK + EP + Ws + F +
1
2x

=0

(V22 V12) + g . H + Ws + F + 0 = 0

Menghitung F
F1 = kontraksi tangki pipa
Kc = 0,55 ( 1 -

Ap
At

) ; At >> Ap

Kc = 0,55
F1 = Kc .

= 0,55 .

(1,325)
2

= 0,48 J/kg

F2 = friction loss pada pipa lurus (10 + 50 + 5 + 100 = 165 m)

F2 = 4f2 .

Nilai f2 =>

V
2

=> Re =

4,6.10
4.10

= 1,15 . 10-3 = 0,00115

.. (998,23)(1,325)(4.102 )
=
= 5,3 . 10-4
1,005.10

Dari grafik moody, f2 = 0,0063

F2 =

4(0,0062)(165)(1,325)
2.4.102

= 89,8 J/kg

F3 = friction loss pada 3 elbow

F3 = 3 . Kf .

V
2

3
2

. 0,75 . (1,325)2 = 1,975 J/kg

F4 = friction loss pada valve

F4 = Kf .

V
2

= 9,5 .

(1,325)
2

= 8,34 J/kg

F = F1 + F2 + F3 + F4 = 0,48 + 89,8 + 1,975 + 8,34 = 100,595 J/kg

Ws pompa
Ws = - Wp ; Wp =

P
m

P
Q.

40
(1,67.10)(998,23)

= 24 J/kg

Ws = - 0,6 . 24 = -14,4 J/kg

a.) Neraca energi

1
2
1
2

(V22) + g . H + F + Ws = 0
(1,325)2 + 9,806 (H) + 100,595 14,4 = 0

0,88 + 9,806 H + 86,195 = 0

9,806 H = 87, 075
H = 8,88 m

b.) Q2 = 200 L/menit =

V2 = Q2 / A =

200.10
= 3,3 . 10-3 m3/s
60

3,3.10
1,26.10

= 2,62 m/s

Menghitung F
F1 = kontraksi tangki pipa
Kc = 0,55
F1 = Kc .

V
2

= 0,55

(2,62)
2

= 1,89 J/kg

F2 = friction loss pada pipa lurus (165 m)

F2 = 4f2 .

Nilai f2 =>

V
2

= 0,00115

=> Re =

.. (998,23)(2,62)(4.102 )
=
= 1,04 . 105
1,005.10

Dari grafik moody, f2 = 0,0055

F2 =

4(0,0055)(165)(2,62)
4.102 .2

= 311,47 J/kg

F3 = friction loss pada 3 elbow

F3 = 3 . Kf .

V
2

3
2

. 0,75 . (2,62)2 = 7,7 J/kg

F4 = friction loss pada valve

F4 = Kf .

V
2

= 9,5 .

(2,62)
2

= 32,6 J/kg

F = F1 + F2 + F3 + F4 = 353,66 J/kg

Neraca energi:
1
2
1
2

(V22) + g . H + F + Ws = 0
(2,62)2 + (9,806)(8,88) + 353,66 + Ws = 0

3,43 + 87,1 + 353,66 + Ws = 0

Ws = - 444,2 J/kg
Ws = - Wp
- 444,2 = - 0,6 Wp
Wp = 740,33 J/kg
Daya pompa: P = m . Wp
= Q . . Wp
= 3,3 . 10-3 . 998,23 . 740,33
= 2438,77 Watt

2) Diketahui
= 25

Pipa = = 4. 102

= 2 =
4

1,26. 103 2
= 997, 08

= 0,8937. 103

Asumsi

= 4.16105

= 0.01

- Aliran Turbulen
- Fluida inkompresible
- Steady state

1. Meninjau system titik acuan 2 dan 3

Neraca energi :
+ + + +
1
2

=0

(22 12 ) + 9. + + 0 + 0 = 0

1
2

(22 12 ) + 9. + =0

Menghitung Friction loss ()

1 =
= 0,55 (1

);

= 0,55
1 = 0,55.

22
2

= 0.275(2 )2

2 = 170
2 = 42 .

22
170 22

.
= 4. 102 .
.
= 85(2 )2
2
4. 102 2

3 = 3
22
3 = 3. .
2
3

= 2 . 0,75. (2 )2

3 = 1,25. (2 )2
4 =
22
4 = .
2
= 6.

22
2

4 = 3(2 )2
= 1 + 2 + 3 + 4
= (0,275 + 85 + 1,125 + 3)(2 )2

= 89,4(2 )2

Neraca energi :
1
2
1
2

(22 12 ) + 9 + = 0
(2 )2 + (9,806)(30) + 89,4(2 )2 = 0

89,9(2 )2 = 196,12
(2 )2 = 2,2
2 = 1,48
2 = . 2
= 1,26. 103 . 1,48
3

2 = 1,86. 103 . 103

103

2 = 1,86. 103 . 1

60

2 = 111,6
2. Meninjau system titik acuan 1 dan 2
Neraca Energi :

+ + + +
1
2

=0

(32 12 ) + 9. (30) + = 0

Menghitung friction loss (F)

1 =

);

= 0,55

= 0,55. (1

1 = 0,55.

(3)2
2

= 0,257(3)2

2 = 1
2 = .

(3)2
(3)2

= 0,75
= 0,375. (3)2
2
2

3 = (160)
(3)2
160 (3)2
.
= 4.0,01.
.
= 80(3)2

2
4. 102
2
4 =
(3)2
4 = .
= 3(3)2
2

= 1 + 2 + 3 + 4 = 83,65(3)2
3 = 4.

Neraca energi :
1
( )2 + (9,806)(30) + 83,65(3 )2 = 0
2 3
84,15(3 )2 = 294,18
(3 )2 = 3,5
3 = 1,87
3 = 3 .
3

3 = 1,87. 1,26. 103

3

3 = 2,36. 103
3

10
3 = 2,36. 103 . 1
60

3 = 141,6
a. Laju volumetric
Titik 2 = 111,6
Titik 3 = 141,6

b. Asumsi :

Turbulen
Friction factor = 0,01

= 0,01
4,6.105

=
= 1,15. 103 = 0,0015

4.102

>
=

..

4,5103 =

997,08.4.10 2 .
0,8937.103

4,02

= 39,9 = 0,1
= 4

>

= 4

2
160

= 4(0,01). 4.102 .

102
2

= 0,8 >

2
160

= 4(0,01). 4.102 .

1,872
2

= 279,75 >

# asumsi belum tepat, karena perhitungan friction loss pada pipa harus menggunakan V
asumsi dengan perhitungan berbeda, maka diperlukan asumsi lain.

SOAL PERPINDAHAN KALOR

1. (35%) Sebuah tangki dari bahan stainless steel (K= 16 W/mK) berbentuk
bola dengan diameter 2 m dan tebal dinding 100 mm, digunakan untuk
menyimpan gas pada suhu -10C. Tangki berada pada lingkungan
bersuhu 30 C dengan koefisien perpindahan kalor konveksi darii udara
pada suhu tersebut = 15 W/m2K . untuk menjaga suhu penyimpanan gas,
dinding tangki bagian luar diinsulasi dengan bahan perlite (k 1,37 x 10-1
W/mK)
a. Berapakah suhu di dinding tangki jika tidak dilakukan insulasi?
b. Hitunglah tebal minimal dari insulasi agar suhu gas dapat terjaga
dengan baik
c. Jika insulasi yag digunakan merupakan material dengan nilai tahanan
termal lebih rendah dari perlite apakah pengaruhnya terhadap desain
insulasi?
2. (30%) sebuah dinding silinder memiliki diameter luar dan dalam masingmasing Ro dan Ri . kedua sisinya tersebut dipertahankan pada suhu T0 dan
Ti. Nilai konduktivitas termal suatu bahan sangat tergantung pada suhu
dan dinyatakan dalam K = K0 ( 1 + T) dimana K0 dan adalah konstan.
Tentukanlah laju perpindahan panas per satuan panjang dan nilai
resistensi termal dari dinding tabung.
3. (35%) sepotong daging dengan tebal 2 cm dan suhu 25 C (K= 0,08
W/Mk ; = 0,81 g/cm3 ; Cp 2,80 KJ / Kg C) diletakan diatas piring
pemanas yang memberikan panas sebesar 6000 W/m2. Proses pemanasan
terhadap daging dilakukan selama 20 menit. Selama proses pemanasan
berlangsung potongan daging menempel dengan baik diatas piring
pemanas, dan tidak ada perlakuan tambahan lain terhadap daging.
a. Berapakah suhu dibagian atas daging setelah 20 menit pemanasan?
b. Jika piring pemanas memberikan panas yang lebih besar jelaskan
dampaknya untuk proses pemanasan daging

JAWABAN UJIAN TENGAH SEMESTER GENAP 2012/2013

JAWABAN

PERPINDAHAN KALOR

1. A.
q

Ti

r1
T?
ro

Ti = -10 C
T = 30C
ro = r1 + tebal dinding
1 m + 0,1 m = 1,1
m

q konduksi = q konveksi
q konduksi bola = q konveksi udara
4 k (TTi)
= h A (T -T)
1 1

r1 ro
4 k (TTi)
1 1

r1 ro

= h 4 r 2 (T - T)

16 (T(10))

= 15 12 (30 - T)

1 1

1 1,1

16 (T + 10)
= 450 15T
0,091
16 T +160 = 40,95 1,365T
17,37T = -119,05

T =

119,05
17,37

= - 6,85 C

B.
ro

ro
rc

rL

rc = tebal krilis
rL = tebal insulator
ri = 1 m
ro = 1,1 m

 =
=

rL = rc - ro

h
2 (16)

rL = (2,134 1,1) m

15

= 2,134 m

= 1,034 m

C.
- Nilai Tahanan Termal berbanding terbalik dengan nilai konduktivitas termal (K). Semakin
kecil nilai tahanan terml, maka nilai konduktivitas termal semakin besar. Apabila bahan
perlite diganti dengan material dengan nilai tahanan termal yang lebih rendah, maka material
tersebut merupakan material insulasi yang lebih buruk, karena dengan nilai konduktivitas
yang lebih besar pula, material tersebut tidak dapat menahan kalor sebaik bahan perlite.
- Dikaitkan dengan desain, maka yang berhubungan dengan tahanan termal adalah tebal
kritis. Seperti yang telah diketahui, tahanan termal besar = konduktivitas kecil (begitu pula
sebaliknya) maka sesuai dengan rumus tebal kritis bola,

2
h

Dapat disimpulkan bahwa tebal bahan yang menggantikan perlite akan lebih tebal dari
perlite, karena nilai k yang lebih besar akan berbanding lurus dengan nilai tebal kritisnya.

2.

T1

T0
r1

ro
K = K0 (1 + T ).....(1)
Persamaan dasar perpindahan panas

q = - KA .........(2)

persamaan (1) dan (2) disubstitusi

q = - Ko(1 + T) 2r

dr = - [Ko 2L dT + K0 2LT dT ]

q ln

= - [ K0 2L (T0 T1) + K0 2L 2 (T02 T12)

0 2 [ 0 + (0 2 2 )
2
(laju perpindahan kalor per satuan waktu)=
0

ln

Nilai Resistensi Termal

q=

Rth

ln 0

0 2 [ 0 + 2 0 2 2 ]

ln 0

Rth =

0 2

3. Diketahui

Tebal = 2cm = 0.02 m

Ti = 25C = 298,15 K
K = 0,08 kl/mk
= 0,81 g/cm3 = 810 kg/m3
Cp = 2,80 Kj/Kg C = 2800 J/Kg C
T = 20 menit = 1200 s

= 6000 kl / m2

a. Suhu bagian Atas (T)

0,02 m

DAGING

Menggunakan persamaan Flux Panas semi-tak berhingga solid

T Ti =
=

e p(

0,08
2800 810

)-(

) ( 1 erf

= 3,53 x 10-8

T 298,15 =
(

1200

3,58 10 8 3,14

2 6000

0,081

e p(

6000 (0,02)

0,02

0,08

2 1200 3,53 10 8

) ( 1 erf

(0,02)2
4(3,53 10 8 1200

T = 314, 09 K = 41,09 C
b. Berdasarkan persamaan

T Ti =
(1)

(2)

e p(

)-(

) ( 1 erf

Dengan mengasumsikan Ti, t, K , x, , dan A tetap, sedangkan

hanya q yang bertambah besar, maka tentu saja suhu pada
permukaan daging setelah 20 menit adalah lebih tinggi di banding
suhu 41,09C.
Namun bila semua variabel dianggap tidak konstan maka banyak
hal dapat terjadi bila piring pemanas memberikan panas yang lebih
besar. Misal :
- Waktu yang diperlukan daging untuk mencapai suhu 41,09C.
Bisa lebih cepat
- Bisa saja bila panas yang diberikan sangat besar, proses
pemanasan daging dalam waktu 20 menit bisa jadi gosong
- Peningkatan pemanas tersebut dapat juga dipengaruhi oleh nilai
K yang lebih besar
- Dengan panas yang besar kita dapat memanaskan daging
dengan ketebalan yang lebih besar dalam waktu 20 menit
- Peningkatan panas pemanas tersebut harus disesuaikan dengan
besar dan tebal daging agar pemanasnya efisien serta juga
penjagaan suhu supaya tidak gosong

SOAL REKAYASA BIOKIMIA

1. (40%)
Buktikan bahwa pada reaksi enzimatis competitive inhibition berlaku persamaan:
1

1
[]

2. (60%)
Pade reaksi urea menjadi amonia dan karbondioksida berlaku persamaan reaksi berikut ini
2

urea + urease (urea.urease)

2 NH3 + CO2 + urease
+2
1
Tabel berikut ini memperlihatkan data laju reaksi awal dari reaksi enzimatis tersebut:
Curea (mol/L) x 103
-rurea (mol/L.s) x
102

200
108

20
55

10
38

5
20

2
9

Jika pada awal reaksi terdapat 0,1 mol/L urea dan 0,001 g/L urease, dan reaksi dilakukan pada suhu
tetap, tentukan berapa lama waktu dibutuhkan untuk meng-konversi 80% urea.
Diketahui:
t=

ln

1
1

.x

JAWABAN
1. Inhibisi Kompetitif
Pada inhibisi kompetitif, terjadi persaingan antara inhibitor dengan substrat sehingga
mengurangi jumlah enzim bebas. Reaksi yang terjadi adalah sebagai berikut:

Pake teori PSSH yaaa....

PSSH :

d[ ES ]
0 k1 [S ] [ E] k2 [SE] k5 [SE]
dt

PSSH :

d[ EI ]
0 k3 [ I ] [ E] k4 [ EI ]
dt

[ EI ]

[ ES ]

k1
[S ] [ E]
k2 k5

k3
[ I ] [ E]
k4

Neraca Enzim

[ E]t [ E] [ EI ] [ ES ] [ E]t [ E]
[ E]

k3
k [ E] [S ]
[ I ] [ E] 1
k4
k2 k5

[ E]t
k3
k
1 [ I ] 1 [S ]
k4
k2 k5

Widiiiih..... panjang bener... pusing ga?? Kalo belom, lanjutin yaa. Tapi kalo pusing break
dulu laah jangan dipaksain, ingat! Kuncinya yaitu belajar dengan pelan-pelan dan niatkan
dalam hati untuk menguasai kinetika enzimatik ini yaa :D, ini gue lanjutin yaa, jangan
kaget.

 rp k5 [ ES ]
rp k5

k1
[S ] [ E]
k 2 k5

k
k k
[ E ]t
k5 k1 [S ] [ E ]t

5 1 [S ]
: 1
k 2 k5
1 k3 [ I ] k1 [S ] (k k ) (k k ) k3 [ I ] k [S ]
k1
2
5
2
5
1
k4

k 2 k5
k4
rp

k5 [S ] [ E ]t
k 2 k5 k 2 k 5 k 3

[ I ] [S ]
k1
k1
k4

Sebenernya ketika lo udh sampai tahap ini, sedikiiiit lagi lu sukses menaklukan kinetika
enzimatik ini, ayooo lanjutkan, dikit lagii, ganbatte kudasai! Jangan patah semangat! Inget
ortu dirumah #apahubungannya? haha

KM
rp

rp

k2 k5
k1
k5 [ E]t [S ]
k
K M K M 3 [ I ] [S ]
k4

Vmax [S ]
[I ]
K M 1 [S ]
KI

rp Vmax

Ki

k4
k3

Vmax k5 [E]t

KM

app

[I ]
K M 1
KI

K M app [S ]
[S ]
1

rp
Vmax[S ]
K M app [S ]

K M app
[S ]
1

rp Vmax[S ] Vmax[S ]

1 KM app
1

V Vmax[S ] Vmax

Widiiiih tuh udah nemu jawabannya yang dikotakin kan??? Kalo udah sampai tahap ini,
SELAMAT!!! Anda berhasil. Tapi jangan puas dulu.... masih ada no 2 yang lebih ngeselin
lagi #kayaknya #asik

2. Buat no 2 ini lu bikin tabel dulu yee biar gampang (kunci ngerjain soal ini adalah
pelan-pelan step by step)
Curea

-rurea

1/Curea

1/-rurea

0.2

1.08

0.925926

0.02

0.55

50

1.818182

0.01

0.38

100

2.631579

0.005

0.2

200

0.002

0.09

500

11.11111

Terus, masing-masing lu plot antara Curea dan -rurea buat bikin grafik persamaan michaelis
menten yang ini nih (sebenernya sih ga penting-penting amat, buat bandingin grafik aja yaa)

Michaelis Menten Plot

1.2
y = 4.1973x + 0.261
R = 0.8553

-rurea

0.8

0.6

Series1

0.4

Linear (Series1)

0.2
0
0

0.05

0.1

0.15

0.2

0.25

Curea

Nah terus lu buat deh yang satunya lagi pake persamaan lineweaver burk yeee, pake
kalkulator yg udah kita pelajarin bareng kemaren yaa, awasss!!!! Plotnya jangan salah guys,
pake 1/Curea dan 1/-rurea. Kalo sampe salah plot kan gajadi dapet cepe dooong

Lineweaver Burk Plot

12
y = 0.0207x + 0.7531
R = 0.9992

10
1/-rurea

8
6

Series1

Linear (Series1)

2
0
0

200

400

600

1/Curea

Yang kita pake yang mane???? Yang LINEWEAVER BURK ye coooy!!!

yang persamaan ini nih
y = 0.0207x + 0.7531

1
K
1
1

(yaiyalah tau kan ini buat bikin grafik
m.
rs Vmax Vmax [S ]

you know persamaan ini kan?

lineweaver burk wkwk)
yaudah

= 0.7531 = 1.33

lu nyari Km yee dari slope yang udah lu dapet tinggal gini doang nih

= 0.0207 =

0.027
NAHHHH, udah dapet tinggal lo bikin persamaan seperti ini
1 1 = 2 2
Kok bisa begitu? Darimana? Sabaaaar..... semuanya ada di fogler halaman 406 yaaa, nah buat
lo nentuin Et1 coba lu pahamin alurnya Example 7.3 halaman 401-403 yaaa...
Nah, kalo udah ayok kita plot!
1.33 5 = 2 0.001
2 = 0.000266 . 3

Lalu, akhirnya sampe juga di penghujung acara #yeaaay

Kita pake ini nih

t = ln 1 +

.x

0.0266
1
0.1 . 0.80
ln
+
0.000266 0.2 0.000266
= 462

Dapet juga kan jawabannya? yeeeeyyy

Mari sama-sama kita panjatkan syukur kepada Tuhan Yang Maha Esa karena akhirnya kita
bisa menyelesaikannya.
Sebelum mengakhiri belajar diktat rekayasa biokimia, mari kita berdoa menurut kepercayaan
masing-masing, berdoa... mulai....
Selesai...
Terima kasih yaa yang sempeti baca dan nyoba ngerjain modul ini... senior selalu mendoakan
semoga kalian lancar menghadapi kuis, UTS, UAS mata kuliah apapun khususnya rekayasa
biokimia semoga lulus semua dan dapet nilai A. Aamiin.
Mohon maaf yaa apabila bahasanya kurang formal.
Lenteng Agung, 8 Maret 2015

Ibnu Maulana Hidayatullah

SOAL KOMPUTASI NUMERIK

Soal 1. (25%)
Sekumpulan data yang mengkorelasikan antara x dan y dapat dilinearisasikan membentuk persamaan
Y = a+bx. Untuk menentukan harga konstanta a dan b dalam persamaan tersebut, maka perlu metode
numerik yang disebut penjumlahan dari kuadrat residual error SSE ( Sum of Square Error) yang
minimum sehingga didapat

2
2
=
=1 = =1( ) = =1( + )
Lanjutkanlah bagaimanakah pada akhirnya mendapatkan harga a dan b sebagai berikut,

=
b=

=1 =1 =1 =1

2
2

=1 1 =1 (=1 )

=1 1 =1 =1 =1

2
2

=1 1 =1 (=1 )

Soal 2. (25%)
Sedangkan untuk mencari konstanta terhadap dua atau lebih variabel independen (X1, X2, X3... Xn),
diformulasikan dalam persamaan regresi umum adalah :
Y = bo + b1X1 + b2X2 + ... + bnXn
Sedangkan untuk dua variabel lineair dengan persamaan Y = b o + b1X1 + b2X2, nilai- nilai bo , b1 dan
b2 dicari dari sistem persamaan :
Y = bo n + b1 X1 + b2 X2
X1Y = bo X1 + b1 X12 + b2 X1X2
X2Y = bo X2 + b1 X1X2 + b2 X2
Dapatkah anda menjabarkan bagaimanakah bo, b1 dan b2 bisa didapatkan>
Soal 3. (25%)
Sudahkah anda mencoba menyelesaikan PR anda tentang linerisasi dengan metode minimalisasi
Jumlahan kuadrat error minimum (metode least square). Coba sajikan dalam jawaban Buku UTS ini
disertai soal yang anda jawab.
Soal 4. (25%)
Reaksi Steam Reforming Isooktana dengan menggunakan katalis komersial berbasis logam Ni
menghasilkan produk Syngas melalui reaksi CnHm + n H2O n CO + ( n + m/2) H2
Laju reaksinya dapat diformulasikan berdasarkan power rate dengan persamaan sebagai berikut.

Suhu
Reaksi
(oC)

Isooctane
partial
pressure
(kPa)

Steam
partial
pressure
(kPa)

Rate x
107
(mol
gcat -1
s-1)

r = ko e-E/(RT) pAa pBb

r adalah laju reaksi isooktana steam reforming (satuan

mol gcat-1 s-1 ), k adalah konstanta laju reaksi pseudo rate
(satuan mol gcat -1 s-1 kPa -(a + b) ) , PA dan PB adakah
tekanan parsial masing-masing untuk isooktana dan uap air (steam), sedangkan a dan b adalah order
reaksi masing-masing terhadap isooktana dan steam. Dari hasil eksperimen uji rekasi steam reforming
yang diklaim dr Praharso mendapatkan data-data seperti
310
1.12
23.81
12.80
terlihat pada tabel disamping kiri ini.
310
1.15
31.16
15.72
310
1.16
39.56
17.22
310
1.15
49.71
19.98
Dan dari Praharso memperoleh besaran-besaran
310
1.01
56.92
21.09
parameter konstanta kinetika sebagai berikut
310
0.28
6.15
5.55
310
0.57
12.31
6.87
Ko
= 0.0026( 0.0001) mol gcat-1 s310
1.18
23.99
9.81
1 kPa -0.71
310
0.86
17.78
10.81
310
1.47
29.83
12.20
E
= 44.0 (2.2) kJ mol-1
330
1.17
23.79
18.76
a (isooctane order) = 0.17 (0.01)
330
1.18
32.02
21.64
330
1.19
40.45
24.30
b (steam order)
= 0.54 (0.03)
330
1.21
50.21
28.88
Dengan pengalaman perhitungan anda belajar metode
330
1.14
56.31
33.44
numerik Linerisasi dan Least Square Minimalization,
330
1.51
29.31
23.62
dapatkah anda lebih meyakinkan hasil data perhitungan
330
0.27
6.07
9.98
parameter kinetika yang didapat dari Bapak Praharso
330
0.53
12.04
12.22
tersebut?
330
0.93
17.52
19.81
350
1.23
23.77
34.55
350
1.30
31.97
41.22
350
1.30
39.94
43.89
350
1.35
50.18
46.25
350
1.27
53.86
53.32
350
1.54
29.84
39.64
350
0.96
17.76
38.15
350
0.30
6.14
15.60
350
0.57
12.04
19.98

Scanned by CamScanner

Scanned by CamScanner

Scanned by CamScanner

Scanned by CamScanner

Scanned by CamScanner