BAB I

PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang
DNA merupakan materi genetic yang akan membawa informai genetic. Informasi tidak hanya
mencakup bentuk,tetapi juga pola perilaku jaringan-jaringan : sel-sel pada manusia dewasa
bereaksi terhadap perubahan-perubahan kimiawi maupun fisik lingkungan sekitarnya sebagai
jawaban atas perintah inti sel. Untuk semua itu hanya diperlukan 6 pikogram, 6x10 2 g, asam asam
deoksiribonukleat (DNA) yang mengandung informasi,baik untuk struktur maupun untuk
fungsinya.
Tidak ada satu kemampuan pun sepanjang sejarah kehidupan manusia yang dapat menandingi
kemampuan DNA dalam menyimpan begitu banyak informasi. Mikrochip,silicon yang cukup
canggih fengan ukuran panjang 5mm dan tebal 0,2 mm dapat memiliki rangkaian elemen listrik
sebanyak 100.000 buah. Dengan ukuran sekecil ini ruangan yang ditempati oleh 200 elemen
seperti itu cukup untuk dapat menampung DNA yang diperlukan untuk mengatur pembuluh dan
pemeliharaan 180.000 manusia.

1.2. Rumusan Masalah

1. Apa yang dimaksud dengan DNA dan RNA?
2. Bagaimana proses transkripsi DNA menjadi RNAm?
3. Bagaimana proses translasi RNAm?
4. Bagaimana proses sintesis protein?
5. Bagaimana control sintesis protein?

1.2 Tujuan
Tujuan dari pembuatan makalah ini agar pembaca daoat mengerti dan mengetahui tentang
kompartemen cairan tubuh diantaranya:
1. untuk mengetahui semua tentang DNA dan RNA
2. dapat mengetahui dan mampu menjelaskan proses transkripsi
3. dapat mengetahui dan mampu menjelaskan proses translasi
4. dapat mengetahui dan mampu menjelaskan proses sintesis protein
5. dapat mengetahui dan mampu menjelaskan proses sintesis protein

BAB II
TINJAUAN PUSTAKA
2.1 DNA
Studi mengenai eksistensi asam nukleat pertama kali dilakukan oleh friedrich Miescher dari
Jerman yang mengisolasi inti dari sel darah putih pada tahun 1869. Miescher menemukan bahwa
didalam inti sel tersebut terdapat senyawa yang mengandung fosfat yang kemudian dinamakan
nuklein. Selanjutnya pada akhir abad ke-19 telah berhasil dilakukan pemisah antara DNA
( deoxyribonucleic acid) dan RNA (ribonucleic acid) dari protein-protein yang melekatkan
molekul asam nukleat tersebut pada sel, pada awal tahun 1930-an, P. levene, W.Jacobs, dan
kawan-kawan menunjukkan bahwa RNA tersusun atas satu gugus gula ribose dan empat basa
yang mengandung nitrogen,sementara DNA tersusun atas gugus gula yang berbeda yaitu
deoksiribosa.
Asam nukleat adalah suatu polimer nukleotida yang berperan dalam penyimpanan serta
pemindahan informasi genetic. Satu nukleotida terdiri atas tiga bagian yaitu:
1. Cincin purin dan primidin yaitu basa nitrogen yang terikat pada atom c nomor 1 suatu
molekul gula(ribose atau deoksiribosa) melalui ikatan N-glukosidik. Ada dua macam basa
nitrogen yang menyusun asam nukleat yaitu basa purin yang terdiri dari Adenin,
guanine,serta basa pirimidin yang terdiri dari thymine cytosine dan urasil. Baik
DNA(deoxyribonucleic acid) maupun RNA (ribonucleic acid) tersusun atas A,G,C, tetapi
T hanya ada pada DNA sedangkan U hanya ada pada RNA. Akan tetapi ada perkecualian
yaitu bahwa pada beberapa molekul tRNA terdapat basa T.
2. Molekul gula dengan 5 atom C (pentose)
Pada RNA gulanya adalah ribose sedangkan pada DNA gulanya adalah deoksiribosa.
Perbedaan antara kedua bentuk gula tersebut terletak pada atom C nomor 2. Pada RNA

atom C nomor 2 berikatan dengan gugus hidroksil (OH) sedangkan pada DNA atom C
nomor 2 berikatan dengan atom H
3. Gugus fosfat yang terikat pada atom c nomor 5 molekul ikatan fosfoester.
Suatu basa yang terikat pada satu gugus gula disebut nukleosida sedangkan nukleotida adalah
satu nukleosida yang berikatan dengan gugus fosfat. Didalam molekul DNA atau RNA,
nukleotida berikatan dengan nukleotida yang lain melalui ikatan fosfodiester. Basa purin dan
primidin tidak berikatan secara kovalen satu sama lain. Oleh karena itu, suatu polinukleotida
tersusun atas kerangka gula fosfat yang berselang-seling dan mempunyai ujung 5P dan 3OH.
Asam nukleat yang mempunyai ujung demikian umum terdapat di alam,meskipun asam nukleat
yang mempunyai ujung 5OH dan 3P dapat disintesis secara kimiawi.

DNA merupakan salah satu makromolekul yang mempunyai peranan sangat penting pada
jasad hidup. DNA adalah polimer asam nukleat yang tersusun secara sistematis dan merupakan
pembawa informasi genetic yang diturunkan kepada jasad keturunannya. Informasi genetic
disusun dalam bentuk kodon yang berupa tiga pasang basa nukleotida dan menentukan
bentuk,struktur,maupun fisiologi suatu jasad

Struktur molekul DNA pertama kali diungkapkan oleh James Watson dan Francis Crick pada
tahun 1953 berdasarkan atas foto difraksi sinar x yang dibuat oleh Rosalind Franklin dan Maurice
Wilkins. Berdasarkan atas data kimia dan fisik, Watson dan Crick membuat model struktur DNA
yang disebut untai-ganda(double helix). Untai-ganda DNA tersusun oleh dua rantai
polinukleotida yang berpilin. Kedua rantai mempunyai orientasi yang berlawanan (antiparalel) :
rantai yang satu mempunyai orientasi 5 3, sedangkan rantai yang lain berorientasi 3 5 .
Kedua rantai tersebut berikatan dengan adanya ikatan hydrogen antara basa adenine(A) dengan
thymine (T) dan antara guanine (G) dengan cytosine (C). ikatan antara A-T berupa dua ikatan
hydrogen,sedangkan antara G-C berupa tiga ikatan hydrogen sehingga ikatan G-C lebih kuat.
Spesifisitas pasangan basa semacam ini disebut sebagai komplementaritas(complementarity).
Proporsi basa A dan T serta G dan C selalu sama sehingga komposisi DNA dapat dinyatakan
dengan kandungan G+C (G+C content) yang berkisar dari 26% sampai 74%. Hal ini dikenal
sebagan hokum Chargaff.
Kerangka gula deoksiribosa dan fosfat yang menyusun DNA terletak di bagian luar molekul,
sedangkan basa purin dan primidin terletak disebelah dalam untaian helix. Basa-basa purin dan
primidin yang berpasangan terletak pada bidang datar yang sama dan tegak lurus terhadap aksis
untaian DNA. Diameter untaian DNA adalah 20 angstrom. Diameter untaian bersifat konstan
karena basa purin akan selalu berpasangan dengan paa pirimidin. Pasangan-pasangan basa yang
berurutan berjarang 3,4 angstrom satu sama lain dan berotasi sebesar 36 derajat. Struktur untaian
berulang setiap 10 bosa atau dengan kata lain ada 10 pasangan basa setiap putaran untaian.
Untaian DNA mempunyai dua lekukan eksternal yaitu lekukan besar(major groove) dan lekukan
kecil(minor groove) dan mempunyai peran sebagai tempat melekatnya molekul protein tertentu

LETAK DNA
DNA berfungsi sebagai bahan genetic untuk sel, baik prokariotik maupun eukariotik karena
prokariotik tidak memiliki system membrane internal, DNA tidak dipisahkan dari isi sel
lainnya(gambar 11.2). pada eukariot, DNA terletak diinti, dipisahkan dari sitoplasma oleh
selubung inti(gambar.11.3) DNA eukariotik terikat keprotein, membentuk suatu kompleks yang
dikenal sebagai kromatin. Selama interfase (sewaktu sel tidak membelah), kromatin dapat
berbentuk padat (heterokromatin) atau difus (eukromatin), tetapi tidak diamati adanya struktur
yang jelas. Namun, selama mitosis (saat sel berada dalam proses membelah) kromatin memadat
membentuk kromosom yang dapat dilihat dan mempunyai cirri tersendiri, masing-masing terdiri
dari dua kromatid bersaudar(sister chromatids) identik yang disatukan diregio sentromer
(gambar.11.4)

Mitokondria mengandung DNA namun dalam jumlah yang sangat sedikit(kurang dari 0,1%
DNA total dalam sel rata-rata).
Mitokondria sel eukariotik serupa dengan sel prokariotik. System pembentuk protein dan
DNA dalam mitokondria lebih mirip dengan system dalam bakteri daripada dengan sitoplasma
eukariotik. Diperkirakan bahwa mitokondria berasal dari penyerbu bakteri zaman purba dari sel
eukariotik primordial.
KONSEP PEMBENTUKAN PASANGAN-BASA
Untuk menjelaskan data chargaff, watsonm dan crick mengajukan bahwa masing-masing
molekul DNA terdiri dari dua rantai polinukleotida yang disatukan oleh ikatan hydrogen antar
basa. Adenine pada satu untai membentuk pasangan basa dengan timin pada untai yang lain
(gambar.11.9) pasangan basa ini distabilkan oleh dua ikatan hydrogen. Jenis kedua pasangan basa
pada DNA yang terbentuk antar guanine dan sitosin, distabilkan oleh tiga ikatan hydrogen. Akibat
pembentukan pasangan-basa ini, dua untai DNA saling melengkapi (bersifat komplementer).
Adenine pada satu untai dicocokkan atau dipasangkan dengan timin pada untai yang lain, dan
guanine dicocokkan dengan sitosin.

Konsep pembentkan pasangan-basa terbukti penting untuk menentukkan mekanisme replikasi

DNA (dimana bentuk salinan DNA yang didistribusikan kesel-seldan digunakan untuk
mengarahkan proses sintesis protein). Jelaslah, seperti yang disarankan oelh Watson dan crick,
adanya pembentuka pasangan-basa memungkinkan satu untai DNA berfungsi sebagai cetakan
untuk sintesis untai yang lain.pembentukan pasangan basa juga memungkinkan satu untai DNA
berfungsi sebagai cetakan untuk sintesis untai RNA yang saling melengkapi (bersifat
komplementar)

DNA berdasarkan bentuknya terbagi menjadi 3, yaitu:

1. DNA bentuk B
Suatu heliks yang berputar kekanan (right handed helix) yang jarak antar pasangan basa
3.4 amstrong dan 10 pasangan basa untuk setiap putaran.
2. DNA bentuk A
Yang predominan pada hybrid DNA-RNA, serupa dengan bentuk B, tetapi lebih tersusun
rapat.
3. DNA bentuk Z
Basa pada kedua untai DNA terletak kearah perifer heliks yang berputar kekiri. Bentuk
heliks ini ditandai z karena pada masing-masing untai,garis yang menghubungkan
fosfat adalah berliku-liku (zig dan zag)

RNA
RNA ( ribonucleic acid ) atau asam ribonukleat merupakan makromolekul yang berfungsi sebagai
penyimpan dan penyalur informasi genetik.RNA sebagai penyimpan informasi genetik misalnya
pada materi genetik virus, terutama golongan retrovirus.RNA sebagai penyalur informasi genetik
misalnya pada proses translasi untuk sintesis protein.RNA juga dapat berfungsi sebagai enzim
( ribozim ) yang dapat mengkalis formasi RNA-nya sendiri atau molekul RNA lain.
Struktur RNA
RNA merupakan rantai tungga polinukleotida.Setiap ribonukleotida terdiri dari tiga gugus
molekul, yaitu :
a. 5 karbon
b. basa nitrogen yang terdiri dari golongan purin (yang sama dengan DNA) dan golongan
pirimidin yang berbeda yaitu sitosin (C) dan Urasil (U)
c. gugus fosfat

Purin dan pirimidin yang berkaitan dengan ribosa membentuk suatu molekul yang dinamakan
nukleosida

atau

ribonukleosida,

yang

merupakan

prekursor

dasar

untuk

sintesis

DNA.Ribonukleosida yang berkaitan dengan gugus fosfat membentuk suatu nukleotida atau
ribonukleotida.RNA merupakan hasil transkripsi dari suatu fragmen DNA, sehingga RNA
merupakan polimer yang jauh lebih pendek dibandingkan DNA.
Tipe RNA
RNA terdiri dari tiga tipe, yaitu:
1. mRNA ( messenger RNA ) atau RNAd ( RNA duta )
RNAd merupakan RNA yang urutan basanya komplementer dengan salah satu urutan
basa rantai DNA.RNAd membawa pesan atau kode genetik (kodon) dari kromosom
(di dalam inti sel) ke ribosom (di sitoplasma).Kode genetik RNAd tersebut kemudian
menjadi cetakan utnuk menetukan spesifitas urutan asam amino pada rantai
polipeptida.RNAd berupa rantai tunggal yang relatif panjang
2. tRNA ( transfer RNA ) atau RNAt ( RNA transfer )
RNAt merupakan RNA yang membawa asam amino satu per satu ke ribosom.Pada
salah satu ujung RNAt terdapat tiga rangkaian baa pendek ( disebut antikodon ).Suatu
asam amino akan melekat pada ujung RNAt yang berseberangan dengan ujung
antikodon.Pelekatan ini merupakan cara berfungsinya RNAt, yaitu membawa asam
amino spesifik yang nantinya berguna dalam sintesis protein yaitu pengurutan asam
amino sesuai urutan kodonnya pada RNAd.
3.

rRNA ( ribosomal RNA ) atau RNAr ( RNA ribosomal ).

RNAr merupakan komponen struktural yang utama di dalam ribosom.Setiap subunit

ribosom terdiri dari 30 46% molekul RNAr dan 70 80% protein.

DENATURASI DAN RENATURASI DNA

Denaturasi

Bagian-bagian tertentu struktur untai gandanya membuka dan menutup membentuk struktur
gelembung untai-tunggal(single-stranded bubbles). Fenomena semacam ini disebut sebagai
breathing. Dalam aktivitas fisiologis jasad hidup,keadaan semacam ini disebut sebagai breathing.
dalam aktivitas fisiologis jasad hidup, keadaan semacam ini sangat penting artinya karena DNA
dapat berinteraksi dengan banyak protein, misalnya dalam proses replikasi dan transkripsi.
Fenomena breathing lebih banyak terjadi pada bagian yang kandungan A-Tnya lebih tinggi.
Dengan adanya breathing maka protein-protein yang terlibat didalam proses replikasi dan
transkripsi dapat berinteraksi dengan molekul DNA.
Banyak protein yang dapat menyebabkan terjadinya denaturasi DNA in vivo. Protein-protein
tersebut dikenal sebagai helix destabilizing protein atau melting protein. Salah satu contoh
protein semacam ini adalah protein yang dikode oleh gen 32 pada bakteriofag t4. Protein-32
berikatan erat dengan untai tunggal DNA pada waktu terjadi breathing. keberadaan ikatan
tersebut menyebabkan pasangan basa yang ada didekatnya menjadi tidak stabil sehingga ikatan
hydrogen melemah sampai akhirnya pasangan basanya terlepas. Setelah pasangan basa itu
terlepas maka molekul protein-32 yang lain dapat melekat pada molekul DNA. Proses semacam
ini terjadi secara terus-menerus sampai akhirnya DNA mengalami denaturasi total.

Transkripsi tidak dapat terjadi kalau molekul DNA tidak membuka,oleh karena itu, proses
denaturasi DNA in vivo mempunyai arti fisiologis yang sangat penting sebab hal ini akan
mempengaruhi aktivitas sel secara keseluruhan.

Renaturasi

Renaturasi adalah proses pembentukan kembali struktur untai ganda dari keadaan
terdenaturasi. Renaturasi dapat terjadi secara in vivo maupun in vitro. renaturasi merupakan
proses yang terjadi secara lambat dan berlangsung dalam dua tahap. Pertama, untai-tunggal
DNA(sense) bertemu dengan untai tunggal lainnya(antisense) secara acak. Kedua, jika urutan
nukleotida kedua untai tunggal tersebut komplementer, maka akan terjadi ikatan hydrogen dan
terbentuk struktur untai-ganda pada suatu bagian. Pembetukan ikatan hydrogen tersebut
kemudian akan dilanjutkan pada bagian yang lain secara cepat sehingga terbentuk struktur untaiganda yang lengkap. Tahapan yang menentukan kecepatan renaturasi bukan proses pembentukan
untai gandanya. Melainkan proses tumbukan antara molekul untai tunggal dengan molekul untai
tunggal yang lain. Dengan kata lain, renaturasi dipengaruhi oleh hambatan friksional. Proses ini
berlangsung secara acak sehingga ditentukan oleh konsentrasi molekul DNA.
Jika suatu molekul untai-tunggal DNA mempunyai urutan nukleotida yang dapat berpasangan
dengan urutan nukleotida pada bagian lain dari molekul yang sama,maka dapat terbentuk struktur
sekunder intra-strand yang berupa lengkung jepit rambut (hair-hin loop). Pembentukan struktur
sekunder semacam ini dapat menghambat renaturasi karena akan memperkecil kemungkinan
suatu molekul untai tunggal menemukan untaian DNA pasangannya.
2.2 Transkripsi
Transkripsi terjadi pada nukleus. Menggunakan DNA sebagai template untuk membuat
molekul RNA. RNA kemudian meninggalkan inti dan pergi ke ribosom dalam sitoplasma, di

mana proses translasi terjadi. Transkripsi adalah bagian pertama dari dogma sentral biologi
molekuler: DNA RNA. Ini adalah transfer instruksi genetik dalam DNA ke RNA (mRNA).
Selama transkripsi, sehelai mRNA dibuat untuk melengkapi sebuah untai DNA. Gambar di
bawah ini menunjukkan bagaimana hal ini terjadi.

Langkah Transkripsi. Transkripsi terjadi dalam tiga langkah inisiasi, elongasi, dan terminasi
ditampilkan di sini.
1. Inisiasi adalah awal dari transkripsi. Hal ini terjadi ketika enzim polimerase RNA
mengikat ke wilayah gen yang disebut promotor. Ini menandakan DNA untuk melepas
sehingga enzim dapat membaca basa di salah satu untai DNA. Enzim ini sekarang siap
untuk membuat untai mRNA dengan urutan komplementer basa.
2. Elongasi atau pemanjangan adalah penambahan nukleotida untuk untai mRNA. RNA
polimerase membaca untai DNA yang dilepas dan membangun molekul mRNA,
menggunakan pasangan basa komplementer. Ada waktu yang singkat selama proses ini
ketika RNA yang baru terbentuk terikat dengan DNA yang terbuka. Selama proses ini,
adenin (A) dalam DNA mengikat ke urasil (U) pada RNA tersebut.

3. Terminasi adalah akhir dari transkripsi, dan terjadi ketika RNA polimerase melintasi
urutan gen stop (terminasi). Untai MRNA selesai, dan melepaskan dari DNA.
PENGOLAHAN mRNA
Pada eukariota, mRNA yang baru belum siap untuk ditranslasi. Ini harus melalui proses
tambahan sebelum meninggalkan inti. Ini mungkin termasuk splicing, editing, dan poliadenilasi.
Proses ini mengubah mRNA dengan berbagai cara. Modifikasi tersebut memungkinkan gen
tunggal yang akan digunakan untuk membuat lebih dari satu protein.
1. Splicing adalah menghilangkan intron dari mRNA (lihat Gambar di bawah). Intron
merupakan daerah yang tidak mengkode untuk protein. mRNA lainnya hanya terdiri dari
daerah yang mengkode untuk protein, yang disebut ekson. Ribonucleoproteins adalah
nukleoprotein yang mengandung RNA. Ribonuklearprotein nuklir kecil yang terlibat
dalam splicing pra- mRNA.
2. Editing mengubah beberapa nukleotida dalam mRNA. Misalnya, protein manusia yang
disebut apoB, yang membantu transportasi lipid dalam darah, memiliki dua bentuk yang
berbeda karena editing. Salah satu bentuknya adalah lebih kecil daripada yang lain karena
editing menambah sinyal stop lebih awal pada mRNA.
3. Poliadenilasi adalah menambahkan ekor ke mRNA. Ekor terdiri dari serangkaian As
(basa adenin). Ini menandai akhir dari mRNA. Hal ini juga terlibat dalam mengekspor
mRNA dari inti. Selain itu, ekor melindungi mRNA dari enzim yang mungkin
memecahnya.
2.3 Tranlasi

KOMPONEN YANG DIBUTUHKAN UNTUK TRANSLASI

1. Asam amino
Semua asam amino yang akhirnya muncul didalam protein terbentuk harus tersedia saat
sintesis protein(jika satu asam amino hilang). Contoh: jika diet tidak mengandung asam
amino essensial), asam amino tersebut akan tersedia dalam jumlah terbatas didalam sel
sehingga, translasi akan berhenti pada kodon yang menentukan asam amino tersebut. Hal
ini menunjukkan pentingnya memiliki semua asam amino essensial dalam jumlah yang
cukup didalam makanan untuk memastikan bahwa sintesis protein harus berlanjut
2. RNA transfer (tRNA)
Setidaknya satu jenis tRNA spesifik dibutuhkan untuk setiap asam amino. Pada manusia,
terdapat sedikitnya 50 jenis tRNA, sedangkan bakteri mempunyai 30 sampai 40 jenis.
Karena hanya terdapat 20 asam amino berbeda yang umumnya dibawa oleh tRNA yang
spesifik. Hal ini khususnya terdapat pada asam amino yang dikode oleh beberapa kodon
a. Tempat pelekatan asam amino: setiap molekul tRNA mempuntai satu tempat
pelekatan untuk setiap asam amino spesifik diujung 3 nya. Gugus karboksil asam
amino berada dalam ikatan ester dengan gugus 3-hidroksil pada bagian ribose
adenosine nukleotida diujung-3tRNA. Catatan: jika tRNA mempunyai asam amino
yang melekat secara kovalen,tRNA ini dianggap bermuatan, jika tRNA tidak berikatan
dengan asam amino,tRNA ini dianggap tidal bermuatan, asam amino yang melekat
pada molekul tRNA dianggap teraktivasi.
b. Antikodon: setiap molekul tRNA juga mengandung rangkaian nukleotida tiga-basaantikodon-yang mengenali kodon spesifik pada mRNA. Kodon ini menentukan insersi
kedalam rantai peptide asam amino yang sedang tumbuh. Karena kemampuannya
membawa asam amino yang spesifik dan mengenali kodon untuk asam amino
tersebut. tRNA disebut sebagai molekul adaptor.
c. Aminoasil-tRNA sintetase
Family enzim ini dibutuhkan untuk melekatkan asam amino pada tRNA yang sesuai.
Setiap anggota family enzim ini mengenali asam amino yang spesifik dan tRNA yang

berhubungan

dengan

asam

amino

tersebut.

Karena

itu,enzim-enzim

ini

mengimplementasikan kode genetic karena enzim ini bertindak sebagai kamus

molecular yang dapat membaca kode 3-huruf asam nukleat dank ode 20-huruf asam
amino. Setiap aminoasil-tRNA sintetase mengatalisis reaksi dua tahap yang
menghasilkan perlekatan kovalen gugus karboksil dari asam amino keujung-3 tRNA
yang sesuai. Keseluruhan reaksi ini membutuhkan ATP,yang diuraikan menjadi AMP
dan PPi. Sifat sintetase yang sangat spesifik dalam mengenali asam amino dan tRNA
spesifiknya sangat berperan dalam tingginya tingkat ketelitian tranlasi pesan genetic.
d. DNA messenger(mRNA)
mRNA khusus yang dibutuhkan sebagai cetakan untuk sintesis rantai polipeptida yang
diinginkan harus tersedia.
e. Ribosom yang kompeten secara fungsional
Ribosom adalah kompleks protein dan rRNA yang besar. Ribosom terdiri dari 2 sub
unit, 1 besar dan 1 kecil yang ukurannya relative diberikan sesuai koefisien sedimen
atau nilai S
f. Faktor protein
Faktor inisiasi,elongasi dan terminasi dibutuhkan untuk sintesis peptide. Beberapa
faktor protein ini melaksanakan fungsi katalisis,sementara faktor lainnya menstabilkan
pengangkat sintesis.
g. ATP dan GTP dibutuhkan sebagai sumber energy
Pemutusan empat ikatan berenergi-tinggi dibutuhkan untuk penambahan satu asam
amino kedalam rantai polipeptida yang sedang tumbuh: 2 dari ATP dalam reaksi
aminoasil-tRNA sintetase-satu dari pembuangan pirofosfat (PP) dan satu dari
hidrolisis PP, menjadi fosfat anorganik oleh pirofosfatase dan dua dari GTP (satu
untuk pengikatan aminoasil-tRNA pada tempat A dan satu untuk tahap
translokasi(catatan: molekul ATP dan GTP tambahan dibutuhkan untuk inisiasi dan
terminasi sintesis rantai polipeptida)

Translasi adalah proses sintesis protein yang disutradarai oleh template mRNA. Proses
translasi terjadi pada sitoplasma dalam ribosom. Ribosom adalah subunit kecil dan besar yang
mengelilingi mRNA. Translasi adalah proses di mana, messenger RNA yang dihasilkan oleh
transkripsi yang menafsirkan untuk menghasilkan rantai asam amino atau polipeptida yang
nantinya akan melipat ke protein aktif.
Setelah sintesis mRNA dengan proses transkripsi mRNA menjalani serangkaian modifikasi
sebelum masuk ke dalam proses translasi.
Dalam urutan mRNA, ada bagian atau urutan nukleotida yang bukan kode untuk asam amino,
urutan ini dikenal sebagai intron dan akan dihapus. Untuk molekul mRNA ini ekor poli-A, yang
terdiri dari basa adenin melekat pada salah satu ujung mRNA dan ke ujung GTP (guanosin
trifosfat) cap ditambahkan. Rangkaian modifikasi mRNA menghilangkan bagian yang tidak
diinginkan dari mRNA dan juga melindungi ujung molekul. mRNA siap untuk menjalani semua
proses translasi dengan selesainya modifikasi ini.

Proses translasi dibagi menjadi tiga langkah,yaitu:

1. Inisiasi
Molekul mRNA yang dimodifikasi akan masuk ke proses translasi. Molekul mRNA
mengikat ribosom pada situs tertentu. Ribosom terdiri dua unit, satu subunit kecil dan satu
subunit besar. Ribosom juga memiliki situs khusus untuk pengikatan mRNA dan dua
lokasi untuk mengikat molekul tRNA. molekul Inisiator tRNA yang mengenali urutan
kodon spesifik pada molekul mRNA dan mengikat urutan yang sama dari mRNA. Sebuah
subunit besar ribosom mengikat kompleks yang baru dibentuk ini. molekul Inisiator tRNA
mengikat dan berada pada lokasi P ribosom meninggalkan yang lain situs A terikat atau
terbuka. Saat molekul tRNA mengenali kodon berikutnya pada molekul mRNA,
menempel ke situs A pada ribosom. Ada pembentukan ikatan peptida yang
menghubungkan asam amino dari tRNA di situs P dengan asam amino dari tRNA terikat
di situs A.
2. Elongasi
Saat ribosom bergerak sepanjang urutan molekul mRNA, molekul tRNA terikat di lokasi
P tidak terikat atau dilepaskan dan tRNA terikat di situs A akan translokasi ke situs P dari
ribosom tersebut. Translokasi ini membuat situs A ribosom kosong, tetap begitu sampai
molekul tRNA lain mengenali urutan kodon mRNA yang baru dan mengikat ke posisi

terbuka. Proses ini adalah pola yang terus-menerus dengan molekul tRNA dilepaskan dari
tRNA kompleks dan molekul baru mengikat ribosom dan rantai asam amino tumbuh.

3. Terminasi
Proses translasi pada ribosom dengan menerjemahkan mRNA sampai mencapai kodon
terminasi pada molekul mRNA. Ada pertumbuhan yang berkelanjutan dari rantai protein
selama proses ini, protein ini disebut rantai polipeptida dan dilepaskan dari molekul tRNA
dan ribosom mendapatkan kembali ke subunit besar dan kecil. Rantai polipeptida yang
baru terbentuk mengalami beberapa modifikasi sebelum menjadi protein yang berfungsi
penuh.
2.4 SINTESIS PROTEIN
Sintesis protein adalah salah satu proses biologis yang paling mendasar di mana sel-sel
individual membangun protein khusus mereka. Dalam proses yang terlibat baik DNA (asam
deoksiribonukleat) dan berbeda dalam fungsi asam ribonukleat (RNA).
Proses ini dimulai pada inti sel, di mana enzim tertentu melepas bagian yang diperlukan dari
DNA, yang membuat DNA di daerah ini dapat diakses dan salinan RNA dapat dibuat. Molekul

RNA ini kemudian bergerak dari nukleus ke sitoplasma sel, di mana sebenarnya proses sintesis
protein berlangsung.
KODE GENETIK
Kode genetik adalah urutan basa nukleotida DNA dan RNA, kode ini untuk rantai asam
amino. Tiga basa nukleotida untuk asam amino atau mereka kode untuk inisiasi dan terminasi
sintesis protein. Asam amino dihubungkan bersama untuk membentuk protein.
Kode genetik adalah informasi yang dikodekan dengan materi genetik dan diterjemahkan
menjadi protein oleh sel-sel hidup. Decoding ini dilakukan dengan ribosom yang
menghubungkan satu asam amino yang lain menggunakan molekul tRNA.
KODON
Kodon biasanya disajikan dalam bahasa messenger RNA sebagai adenine(A) guanine(G) sitosin
(S) urasil (U). rangkaian nukleotidanya selalu ditulis dari ujung 5 ke ujung 3. Keempat basa
nukleotida tersebut digunakan untuk menghasilkan kodon tiga basa. Karena itu, terdapat 64
kombinasi yang berbeda, masing-masing berjumlah 3 basa seperti yang diperlihatkan pada
gambar 31.2
Akibat-akibat perubahan sekuens nukleotida:
Perubahan satu basa nukleotida pada rantai mRNA (mutasi titik) dapatt menyebabkan, yaitu:
1. Silent mutation: kodon yang mengandung basa yang telah berubah dapat mengkode asam
amino yang sama. Contohnya jika kodon serin UCA diberikan basa ketiga yang berbeda
U- sehingga menjadi UCU, kodon tersebut akan tetap mengkode serin.

2. Missense mutation: kodon yang mengandung basa yang telah berubah dapat mengode
asam amino yang berbeda. Contohnya, jika kodon serin UCA diberikan basa pertama
yang berbeda C- sehingga menjadi CCA, kodon tersebut akan mengode asam amino
yang berbeda, pada keadaan ini, prolin.
3. Nonsense mutation: kodon yang megandung basa yang telah berubah dapat menjadi
kodon terminasi. Contohnya, jika kodon serin UCA diberikan basa kedua yang berbeda
A- sehingga menjadi UAA, kodon yang baru menyebabkan terminasi translasi pada titik
tersebut.
4. Mutasi lainnya: mutasi-mutasi berikut dapat mengubah jumlah atau struktur protein yang
dihasilkan melalui translasi
a. Ekspansi berulang trinukleotida: kadang-kadang, suatu rangkaian tiga basa yang
diulang secara berangkaian akan mengalami amplifikasi dalam hal jumlah, sehingga
terlalu banyak salinan triplet yang terbentuk. Jika hal ini terjadi pada regio pengkode
suatu gen,protein ini akan mengandung banyak salinan tambahan dari satu asam
amino. Contoh, amplifikasi kodon CAG menyebabkan insersi banyak residu
glutamine tambahan pada protein huntingtin, yang menyebabkan penyakin
neurodegenerative,
b. Mutasi tempat penggabungan: Mutasi pada tempat penggabungan dapat mengubah
cara pembuangan intron dari molekul pra-mRNA sehingga menghasilkan protein yang
keliru
c. Frame-shift mutation: jika satu atau dua nukleotida dihilangkan atau ditambahkan
kebagian dalam sekuens pesan(message), dapat terjadi frame-shift mutation dan
pembacaan frame pun berubah. Sekuens asam amino yang dihasilkan mungkin sangat
berbeda mulai dari sekuens ini. Catatan: jika tiga nukleotida ditambahkan satu asam
amino baru ditambahkan kepeptida atau jika tiga nukleotida dihilangkan,satu asam
amino akan lenyap. Pada keadaan ini, pembacaan frame tidak efektif.

TAHAPAN SINTESIS PROTEIN

Pada tahun 1950, Paul Zamecnik melakukan percobaan untuk mengetahui tahapan dan tempat
terjadinya sintesis protein. Paul menginjeksikan asam amino radioaktif ke tubuh tikus dan
berhasil menjelaskan tempat terjadinya sintesis protein, yaitu di dalam ribosom. Selanjutnya,
penelitian dilakukan bersama dengan Mahlon dan menyimpulkan bahwa molekul RNA pemindah
(RNA t) berperan dalam sintesis protein. Akhirnya, Francis Crick menemukan bahwa RNA
pemindah harus mengenali urutan nukleotida untuk disusun sebagai asam amino sesuai
pemesanan, yang kemudian dibawa oleh RNA pembawa pesan.
Tahapan sintesis protein mengikuti aturan dogma sentral, dimana informasi genetik
dipindahkan dari DNA ke DNA melalui tahap replikasi. Dari DNA ke RNA melalui tahap
transkripsi. Selanjutnya dari RNA ke protein melalui sintesis protein. Sebelum terjadi sintesis
protein, DNA pada struktur nukleosom akan lepas dari protein histon oleh bantuan kerja enzim
polimerase.

Secara umum, proses sintesis protein meliputi tiga tahapan utama, antara lain:
a. Replikasi DNA
Setiap sel dapat memperbanyak diri dengan cara membelah. Sebuah sel membelah
menjadi 2 sel, 2 sel membelah menjadi 4 sel, 4 sel membelah menjadi 8 sel dan
seterusnya. Sebelum sel membelah, terjadi perbanyakan komponen-komponen di dalam
sel termasuk DNA. Perbanyakan DNA dilakukan dengan cara replikasi. Dengan
demikian, replikasi adalah proses pembuatan (sintesis) DNA baru atau penggandaan DNA
di dalam nukleus. Pada saat replikasi berlangsung, DNA induk membentuk kopian DNA

anak yang sama persis sehingga DNA induk berfungsi sebagai cetakan untuk
pembentukan DNA baru.
Replikasi merupakan tahapan rumit yang mengawali sintesis protein. Oleh karena itu, kalian
perlu menyimak dengan saksama.

Gambar 1. Tahapan replikasi DNA.

Proses replikasi dimulai pada beberapa daerah spesifik dari rantai DNA, disebut pangkal
replikasi. Beberapa tahapan dan enzim yang berperan dalam sintesis protein, antara lain:
1. DNA helikase, berfungsi untuk membuka rantai ganda DNA induk.
2. Enzim primase, membentuk primer yang merupakan segmen pendek dari RNA sebagai
pemula untuk terjadinya sintesis protein.
3.

Dari ujung 3 RNA primer, DNA polimerase menambahkan pasangan basa nitrogen (dari
nukleotida-nukleotida) pada rantai tunggal DNA induk dan terbentuk rantai DNA yang
bersambungan secara kontinyu (tanpa terpisah-pisah) yang disebut leading strand.

4. Pada rantai tunggal DNA induk yang lain, DNA polimerase membentuk lagging strand
(merupakan keseluruhan rantai kopian DNA yang pertumbuhannya tidak kontinyu)
dengan memperpanjang RNA primer-RNA primer di beberapa tempat sehingga
membentuk segmen-segmen DNA baru yang saling terpisah. Segmen-segmen itulah yang
disebut fragmen Okazaki.

5. DNA polimerase yang lainnya, menggantikan RNA primer dengan DNA dan enzim ligase
menghubungkan segmen-segmen okazaki, sehingga terbentuk salinan DNA baru. Nah,
DNA baru yang telah terbentuk (identik dengan DNA induk) akan melanjutkan tahapan
untuk mensintesis protein yaitu tahapan transkripsi dan translasi.
b. Transkripsi
Pada tahapan ini, DNA akan membentuk RNA dengan cara menerjemahkan kode-kode
genetik dari DNA. Proses pembentukan RNA ini disebut transkripsi, yang menghasilkan 3
macam RNA seperti yang telah kalian ketahui sebelumnya, yaitu mRNA, tRNA, dan
rRNA. Transkripsi terjadi di dalam sitoplasma dan diawali dengan membukanya rantai
ganda DNA melalui kerja enzim RNA polimerase. Sebuah rantai tunggal berfungsi
sebagai rantai cetakan atau rantai sense, rantai yang lain dari pasangan DNA ini disebut
rantai anti sense. Tidak seperti halnya pada replikasi yang terjadi pada semua DNA,
transkripsi ini hanya terjadi pada segmen DNA yang mengandung kelompok gen tertentu
saja. Oleh karena itu, nukleotida nukleotida pada rantai sense yang akan ditranskripsi
menjadi molekul RNA dikenal sebagai unit transkripsi.

Transkripsi meliputi 3 tahapan, yaitu tahapan inisiasi, elongasi, dan terminasi.

1) Inisiasi (Permulaan)
Jika pada proses replikasi dikenal daerah pangkal replikasi, pada transkripsi ini dikenal
promoter, yaitu daerah DNA sebagai tempat melekatnya RNA polimerase untuk memulai
transkripsi. RNA polimerase melekat atau berikatan dengan promoter, setelah promoter
berikatan dengan kumpulan protein yang disebut faktor transkripsi. Nah, kumpulan antara

promoter, RNA polimerase, dan faktor transkripsi ini disebut kompleks inisiasi transkripsi.
Selanjutnya, RNA polimerase membuka rantai ganda DNA.
2) Elongasi (Pemanjangan)
Setelah membuka pilinan rantai ganda DNA, RNA polimerase ini kemudian menyusun
untaian nukleotida-nukleotida RNA dengan arah 5 ke 3. Pada tahap elongasi ini, RNA
mengalami pertumbuhan memanjang seiring dengan pembentukan pasangan basa nitrogen
DNA. Pembentukan RNA analog dengan pembentukan pasangan basa nitrogen pada
replikasi. Pada RNA tidak terdapat basa pirimidin timin (T), melainkan urasil (U). Oleh
karena itu, RNA akan membentuk pasangan basa urasil dengan adenin pada rantai DNA. Tiga
macam basa yang lain, yaitu adenin, guanin, dan sitosin dari DNA akan berpasangan dengan
basa komplemennya masing-masing sesuai dengan pengaturan pemasangan basa. Adenin
berpasangan dengan urasil dan guanin dengan sitosin (Gambar 2).

Gambar 2. Tahap elongasi transkripsi.

3) Terminasi (Pengakhiran)
Penyusunan untaian nukleotida RNA yang telah dimulai dari daerah promoter berakhir di
daerah terminator. Setelah transkripsi selesai, rantai DNA menyatu kembali seperti semula
dan RNA polimerase segera terlepas dari DNA. Akhirnya, RNA terlepas dan terbentuklah
RNA m yang baru.

Pada sel prokariotik, RNA hasil transkripsi dari DNA, langsung berperan sebagai RNA m.
Sementara itu, RNA hasil transkripsi gen pengkode protein pada sel eukariotik, akan menjadi
RNA m yang fungsional (aktif) setelah malalui proses tertentu terlebih dahulu. Dengan
demikian, pada rantai tunggal RNA m terdapat beberapa urut-urutan basa nitrogen yang
merupakan komplemen (pasangan) dari pesan genetik (urutan basa nitrogen) DNA. Setiap
tiga macam urutan basa nitrogen pada nukleotida RNA m hasil transkripsi ini disebut sebagai
triplet atau kodon.
c. Translasi

Setelah replikasi DNA dan transkripsi mRNA di dalam nukleus, mRNA dari nukleus
dipindahkan ke sitoplasma sel. Langkah selanjutnya adalah proses translasi RNA m untuk
membentuk protein. Translasi merupakan proses penerjemahan beberapa triplet atau kodon
dari RNA m menjadi asam amino-asam amino yang akhirnya membentuk protein. Urutan
basa nitrogen yang berbeda pada setiap triplet, akan diterjemahkan menjadi asam amino yang
berbeda. Misalnya, asam amino fenilalanin diterjemahkan dari triplet UUU (terdiri dari 3 basa
urasil), asam amino triptofan (UGG), asam amino glisin (GGC), dan asam amino serin UCA.

Sebanyak 20 macam asam amino yang diperlukan untuk pembentukan protein merupakan
hasil terjemahan triplet dari mRNA. Selanjutnya, dari beberapa asam amino (puluhan,
ratusan, atau ribuan) tersebut dihasilkan rantai polipeptida spesifik dan akan membentuk
protein spesifik pula.

Gambar 3. Tahapan transkripsi RNA.

Lalu, bagaimana mekanisme translasi tersebut? Langkah-langkah pada proses translasi adalah
sebagai berikut:
1) Inisiasi Translasi
Ribosom sub unit kecil mengikatkan diri pada mRNA yang telah membawa sandi bagi
asam amino yang akan dibuat, serta mengikat pada bagian inisiator tRNA. Selanjutnya,
molekul besar ribosom juga ikut terikat bersama ketiga molekul tersebut membentuk
kompleks inisiasi. Molekul-molekul tRNA mengikat dan memindahkan asam amino dari
sitoplasma menuju ribosom dengan menggunakan energi GTP dan enzim. Bagian ujung
tRNA yang satu membawa antikodon, berupa triplet basa nitrogen. Sementara, ujung yang
lain membawa satu jenis asam amino dari sitoplasma. Kemudian, asam amino tertentu
tersebut diaktifkan oleh tRNA tertentu pula dengan menghubungkan antikodon dan kodon
(pengkode asam amino) pada mRNA.

Gambar 4. Tahap inisiasi translasi.

Kodon pemula pada proses translasi adalah AUG, yang akan mengkode pembentukan asam
amino metionin. Oleh karena itu, antikodon tRNA yang akan berpasangan dengan kodon pemula
adalah UAC. tRNA tersebut membawa asam amino metionin pada sisi pembawa asam aminonya.

2) Elongasi
Tahap pengaktifan asam amino terjadi kodon demi kodon sehingga dihasilkan asam
amino satu demi satu. Asam-asam amino yang telah diaktifkan oleh kerja tRNA
sebelumnya, dihubungkan melalui ikatan peptida membentuk polipeptida pada ujung
tRNA pembawa asam amino. Misalnya, tRNA membawa asam amino fenilalanin, maka
antikodon berupa AAA kemudian berhubungan dengan kodon mRNA UUU. Fenilalanin
tersebut dihubungkan dengan metionin membentuk peptida. Nah, melalui proses elongasi,
rantai polipeptida yang sedang tumbuh tersebut semakin panjang akibat penambahan
asam amino.

Gambar 5. Tahap elongasi translasi.

Keterangan :
a. tRNA membawa antikodon AAA dan asam amino (fenilalanin)
b. antikodon AAA berpasangan dengan kodon mRNA
c.

pembentukan ikatan peptide

d. pemanjangan rantai polipeptida & ribosom siap menerima tRNA selanjutnya.

3) Terminasi
Proses translasi berhenti setelah antikodon yang dibawa tRNA bertemu dengan kodon
UAA, UAG, atau UGA. Dengan demikian, rantai polipeptida yang telah terbentuk akan
dilepaskan dari ribosom dan diolah membentuk protein fungsional.

Gambar 6. Terminasi translasi.

2.5 KONTROL SINTESIS PROTEIN

A. Mekanisme Pengaturan Ekspresi Gen
Produk-produk gen tertentu seperti protein ribosomal, rRNA, tRNA, RNA polimerase, dan
enzim-enzim yang mengatalisis berbagai reaksi metabolisme yang berkaitan dengan fungsi
pemeliharaan sel merupakan komponen esensial bagi semua sel. Gen-gen yang menyandi
pembentukan produk semacam itu perlu diekspresikan terus-menerus sepanjang umur individu di
hampir semua jenis sel tanpa bergantung kepada kondisi lingkungan di sekitarnya. Sementara itu,
banyak pula gen lainnya yang ekspresinya sangat ditentukan oleh kondisi lingkungan sehingga
mereka hanya akan diekspresikan pada waktu dan di dalam jenis sel tertentu. Untuk gen-gen
semacam ini harus ada mekanisme pengaturan ekspresinya.
Pengaturan ekspresi gen dapat terjadi pada berbagai tahap, misalnya transkripsi, prosesing
mRNA, atau translasi. Namun, sejumlah data hasil penelitian menunjukkan bahwa pengaturan
ekspresi gen, khususnya pada prokariot, paling banyak terjadi pada tahap transkripsi.
Mekanisme pengaturan transkripsi, baik pada prokariot maupun pada eukariot, secara garis
besar dapat dibedakan menjadi dua kategori utama, yaitu (1) mekanisme yang melibatkan
penyalapadaman (turn on and turn off) ekspresi gen sebagai respon terhadap perubahan kondisi

lingkungan dan (2) sirkit ekspresi gen yang telah terprogram (preprogramed circuits).
Mekanisme penyalapadaman sangat penting bagi mikroorganisme untuk menyesuaikan diri
terhadap perubahan lingkungan yang seringkali terjadi secara tiba-tiba. Sebaliknya, bagi eukariot
mekanisme ini nampaknya tidak terlalu penting karena pada organisme ini sel justru cenderung
merespon sinyal-sinyal yang datang dari dalam tubuh, dan di sisi lain, sistem sirkulasi akan
menjadi penyangga bagi sel terhadap perubahan kondisi lingkungan yang mendadak tersebut.
Pada mekanisme sirkit, produk suatu gen akan menekan transkripsi gen itu sendiri dan sekaligus
memacu transkripsi gen kedua, produk gen kedua akan menekan transkripsi gen kedua dan
memacu transkripsi gen ketiga, demikian seterusnya. Ekspresi gen yang berurutan ini telah
terprogram secara genetik sehingga gen-gen tersebut tidak akan dapat diekspresikan di luar
urutan. Oleh karena urutan ekspresinya berupa sirkit, maka mekanisme tersebut dinamakan sirkit
ekspresi gen.

B. Mengapa Ekspresi Gen Harus Dikontrol

DNA terdiri atas ribuan bahkan ratusan ribu gen tergantung pada jenis organisme apakah
uniseluler atau multiseluler. Tidak semua sel bekerja untuk karakter yang sama walaupun
memiliki gen-gen yang sama karena tidak semua gen diekspresikan pada level yang sama pada
tiap sel. Proses kontrol suatu gen terekspresi atau tidak pada waktu berbeda dan pada kondisi
yang berbeda disebut regulasi ekspresi gen.
Sel meregulasi gen-gen karena banyak alasan. Suatu sel mungkin hanya mengekspresikan gen
yang yang dibutuhkan pada lingkungan tertentu, sel sangat efesien sehingga tidak membuang
energi untuk membuat mRNA yang tidak dibutuhkan pada waktu tersebut. Atau sel dapat

menginaktifkan gen yang menghasilkan produk yang bertentangan/menghambat proses lain yang
berlangsung dalam sel pada waktu tersebut. Sel juga meregulasi gen-gen yang merupakan bagian
dari proses perkembangan sepertii embriogenesis dan sporulasi. Ekspresi gen melalui banyak
tahap, tiap gen memiliki kesempatan diregulasi. Pertama RNA ditranskripsi dari gen (segmen
DNA tertentu). walaupun RNA adalah produk akhir dari gen, molekul RNA tersebut
membutuhkan proses-proses untuk dapat menjadi aktif (pasca transkripsi dan paca translasi).
mRNA akan ditranslasi menjadi protein. Protein kemudian membutuhkan proses atau transpor
untuk dapat melakukan aktifitas biologis secara aktif. Walaupun setelah produk gen telah
disintesis dalam bentuk final, aktivitasnya juga dimodulasi pada kondisi lingkungan yang
sesuai.
Regulasi yang berlangsung pada tahap transkripsi dari gen ke mRNA disebut regulasi
transkripsional. Regulasi atau kontrol transkripsional adalah kontrol sintesis rantai polipeptida
dari cetakan mRNA-nya. Kontrol transkripsional merupakan mekanisme utama dalam pengaturan
ekspresi gen bakteri. Bentuk regulasi ini ini lebih efesien; mRNA yang tidak ditranslasi akan
tidak berguna. Tidak semua gen yang ditranskripsi diregulasi, tidak bersifat ekslusif. Tiap regulasi
yang terjadi setelah transkripsi disebut regulasi postranskripsional. Terdapat banyak tipe regulasi
postranskripsional, yang paling utama adalah regulasi posttranlasi, Jika gen diregulasi pada tahap
translasional, mRNA mungkin dapat dilanjutkan pada tahap transkripsi , tapi translasinya
memungkinkan untuk dihambat.
Kontrol ekspresi gen lebih kompleks pada eukariotik daripada prokariotik. Perbedaan utama
dari kedua regulasi ini adalah adanya membran inti pada eukariotik, yang mencegah transkripsi
dan translasi terjadi secara simultan. Pada eukariotik kontrol inisasi transkripsi adalah titik utama
regulasi sedangkan pada eukarioptik regulasi ekspresi gen dapat dikatakan ekuivalen dari banyak
titik berbeda dari transkripsi sampai posttranslasi. Regulasi gen memungkinkan sel untuk

mengatur struktur dan fungsi yang menjadi dasar dari diferensiasi, morfogenesis dan kemampuan
adaptif setiap organisme.
C. Kontrol Ekspersi Gen Pada Sel Prokariot
Pada bakteria, gen dikat pada satu operon. Operon adalah kelompok gen yang mengkode
protein penting dalam fungsi metabolisme tertentu yang terkoordinasi seperti biosintesis asam
amino tertentu. RNA yang ditranskripsi dari operon prokariotik berisifat polisistrinik yaitu terdiri
atas gen-gen struktural yang mengkode beberapa protein dalam satu kali transkripsi. Operon
bakteri adalah wilayah pada DNA yang meliputi gen-gen cotranskripsi menjadi RNA yang sama
ditambah semua cis-acting sequences yang dibutuhkan untuk mentranskripsi gen-gen ini,
termasuk gen promotor sebagai operator dan sequen lain yang termasuk pada regulasi transkripsi
gen-gen ini. Karena gen-gen dari satu operon semua telah ditranskripsi dari promotor yang sama
dan menggunakan sekuen regulator yang sama, semua gen pada satu operon dapat diregulasi
transkripsinya secara simultan.
Represor dan Aktivator
Regulasi transkripsi bakteri diregulasi oleh produk gen regulator, yang umumnya protein dan
sebut represor atau aktivator. Protein regulatur berikatan dengan operon promotor dan meregulasi
transkripsi daru promotor. Kadang-kadang protein regulator dapat berperan rangkap dan dapat
juga menunjukkan reaksi enzimatis pada jalur yang dikode oleh operon. Karena berikatan dengan
DNA, represor dan aktivator sering memiliki helix-turn-helix motif shared oleh banyak ikatan
DNA protein. (Helix-turn-helix motif of DNA binding proteins : adalah protein yang berikatan
pada DNA termasuk represor dan aktivator, sering membagi motif struktur yang sama ditentukan
oleh interaksi antara protein dan DNA helix. Salah satu motif adalah helix-turn-helix motif).
Represor dan aktivator bekerja berlawanan arah. represor berikatan pada sisi yang disebut
operator dan menginkatifkan promotor, bertujuan mencegah transkripsi dari gen-gen operon.

Aktivator, sebaliknya berikatan pada sisi ikatan dan mengaktifkan promotor, untuk memfasilitasi
proses transkripsi dari gen-gen pada operon.
D. Pengaturan Ekspresi Gen pada Eukariot
Pada eukariot tingkat tinggi gen-gen yang berbeda akan ditranskripsi pada jenis sel yang
berbeda. Hal ini menunjukkan bahwa mekanisme pengaturan pada tahap transkripsi, dan juga
prosesing mRNA, memegang peran yang sangat penting dalam proses diferensiasi sel.
Pada sel eukariot gen yang mengkode protein yang berfungsi bersama-sama biasanya
terletk pada kromosom yang berbeda. Situasi ini berbeda dari bakteri, dimana gen yang
mengkode protein berfungsi bersama-sama berletak berdampingan satu sama lain dalam operan.
operan tidak terdapat pada sel eukariot. Ekspresi gen pada sel eukariot, berlangsung di sejumlah
tahapan yang berbeda yaitu : transkripsi, pasca transkripsi, translasi dan pasca tarnslasi.
1. Pengaturan di tingkat transkripsi
kontrol utama dari ekspresi gen terjadi pada tingkat awal transkripsi. Transkripsi di awali oleh
pada unsur promotor proksimal yang membentuk sekitar 30 nukelotida di hulu dari tempat start
transkripsi. daerah ini mengandung yang disebut sebagai books TATA dengan rangkaian TATA
atau rangkaian yang serupa. Struktur ini mengikat suatu kompleks protein yang dikenal sebagai
faktor books TATA, dalam hal ini termasuk protein-protein pengikatan books TATA (TBP atau
TFIID). Faktor lain seperti TFII, TFIII dan polimerase RNA. Beberapa promotor tidak
mengandung kotak TATA dan mengawali transkripsi melalui faktor-faktor yang sama. Secara
umum faktor-faktor ini diesbut faktor piranti umum dan basal.
Protein lain dapat berikatan dengan faktor basal pada regio promotor dan enhancer DNA
untuk bertindak bersama dengan RNA polimerase untuk dapat mengatur awal transkripsi. Protein
ini disebut sebagai faktor transkripsi.

Transkivator adalah protein yang digabungkan dengan protein lain (koaktivator) ke kompleks
protein yang terikat ke promotor basak books TATA. Apabila terjadi interaksi yang sesuai antara
transkivator, koaktivator, dan kompleks promotor basal, RNA polimerase lebih sering berikatan
dengan promotor basal sehingga kecepatan transkripsi gen meningkat. Interaksi protein pengatur
ini dengan DNA melibatkan gamabaran struktural motif helix-turn-helix atau zink finger. Banyak
dari protein ini membentuk dimer melalui gamabaran struktural misalnya leucine zipper.
Pengaktifan gen spesifik
Ditingkat transkripsi gen spesifik, elemen di dalam urutan DNA (disebut elelemen sis)
berikatan dengan faktor lain yang dikenal sebagai elemen trans (biasanya protein) yang
mendorong atau menghambat pengikatan RNA plimerase ke gen. Senyawa, misalnya hormon
steroid dapat berfungsi sebagai inducer, merangsang pengikatan elemen trans ke elemen sis
DNA. Inducer seperti hormon steroid yang masuk ke dalam sel dan berikatan dengan protein
reseptor. Reseptor ini juga memiliki domain yang mengikat elemen respon spesifik (elemen sis).
Apabila kompleks inducer-reseptor berikatan dengan DNA, gen mungkin menjadi aktif, atau
pada beberapa kasus menjadi tidak aktif.
Hormon polipeptida dan faktor pertumbuhan juga mengatur ekspresi gen, walaupun senyawa
ini tidak masuk ke dalam sel. Senyawa tersebut bereaksi dengan reseptor yang terletak di
permukaan sel, merangsang reaksi yang menghasilkan second messenger di dalam sel, yang
akhirnya mengaktifkan gen. Inducer yang sama dapat mengaktifkan banyak gen yang berbeda
apabila setiap gen tersebut memiliki elemen respon yang umum di regio pengaturnya.
Pada kenyataannya sebuah inducer dapat mengaktifkan serangakaian gen dalam suatu cara
yang terprogram dan teratur. Inducer mula-mula mengaktifkan satu kumpulan gen. Salah satu
protein produk kumpulan gen tersebut kemudian dapat berfungsi sebagai inducer bagi kumpulan
gen yang lain. Aapabila proses ini di ulang-ulang, hasil akhirnya adalah bahwa satu inducer dapat

merangsang serangakain proses yang mengaktifkan banyak kumpulan gen yang berlainan. Selain
serangkain gen yang berespon terhadap hormon, serangakaian gen yang lain, disebut heat shock
genes, berespon terhadap peningkatan suhu, menghasilkan protein yang melindungi sel dari
kerusakan akibat panas.
Dengan demikian masing-masing gen memiliki banyak elemen respon yang berbeda di regio
pengaturnya. Setiap gen tidak memiliki protein khusus yang mengatur transkripsinya. Namun
terdapat sejumlah kecil protein pengatur yang bekerja bersama-sama untuk menghasilkan
berbagai respon dari gen yang berlainan
2.Pengaturan di tingkat pasca transkripsi
Meruapakan pengaturan setelah terbentuknya mRNA dan selama transport RNA dari inti ke
sitoplasma.
a.

Penyuntingan RNA
pada beberapa keadaan, RNA mengalami beberapa perubahan setelah transkripsi. Pada
semua jaringan urutan gen adalah sama. Namun mRNA yang di transkripsikan dari gen
tersebut berbeda. Walaupun belum sepenuhnya di pahami, tampaknya mekanisme yang
digunakan melibatkan perubahan basa, penambahan atau pengurangan sebuah nukleotida
setelah transkrip disintesa.
salah satu contoh penyuntingan RNA terjadi pada pembentukan apoprotein B (apo B)
yang di sintesa di sel hati dan usus dan berfungsi sebbagai lipoprotein yang dihasilkan
oleh jaringan tersebut. Walaupun apoprotein tersebut di kode oleh gen yang sama, versi
protein yang dibentuk di hati (B-100) mengandung 4563 residu asam amino, sedangkan
yang dibentuk di sel usus (B-48) hanya memiliki 2152 asam amino.

b. Transport mRNA

Pada sel eukariot, mRNA harus berpindah dari inti melalui pori-pori inti ke sitoplasma
agar dapat di translasikan. Nuklease menguraikan mRNA, mencegah pembentukan
protein yang di kode oleh mRNA. selama transportasi ini mRNA terikat pada protein yang
membantu penguraiannya.
3. Pengaturan tingkat translasi
Pengaturan pada pembentukan protein. Faktor inisiasi untuk translas, teruta ma faktor inisiasi
eukariotik 2 (elF2) merupakan pusat mekanisme pengatur ini. Kerja elF2 dapat di hambat oleh
fosforilasi. mRNA lain memiliki lengking tajam yang menghambat inisiasi translasi.
4. Pengaturan di tingkat post translasi
Pengaturan setelah terbentuknya protein. Setelah di sintesis, lama hidup protein di atur oleh
degradasi proteolitik. Protein memiliki waktu apruh yang berbeda-beda. sebagian hanya bertahan
beberapa jam atau hari, sementara yang lain menetap sampai beberapa bulan atau tahun. Sebagian
protein mengalami degradasi oleh enzim lisosom sementara protein yang lain di degradasi oleh
protease di dalam sitoplasma. Sebagian protein ini tampaknya mengalami degradasi melalui
pengikatan suatu protein yang dikenal dengan nama ubikuitin. Ubikuitin adalah protein yang
sangat hemat. Urutan asam aminonya hanya memiliki sedikit variasi antara berbagai organisme