PENGENDALIAN GEN OLEH CAP ( CATABOLITE ACTIVATOR

PROTEIN )
Nama: Rizki Arasyia
Nim :08121006003
Regulasi Operon lac
Laktosa adalah gula disakarida yang tersusun atas dua molekul gula
sederhana yaitu glukosa dan galaktosa. Dalam proses metabolisme, Laktosa
yang dibawa oleh enzim permease galaktosidase dapat diuraikan menjadi
glukosa dan galaktosa dengan bantuan enzim -galaktosidase.
Pengaturan ekspresi gen disebut juga sistem regulasi ekspresi gen, dan
sistem ini ditemukan pertama kali oleh Jacob dan Monod. Sistem regulasi yang
mereka temukan lebih sering dikenal dengan regulasi operon laktosa (regulasi
operon lac). Sistem regulasi ini merupakan sistem regulasi pada tahap inisiasi
transkripsi atau regulasi pada tingkat promotor. Dalam penjelasannya Jacob
Monod memperkenalkan istilah operon. Pada operon laktosa terdapat tiga
macam gen yaitu lac-Z, lac-Y dan lac-A. Ketiga gen ini masing-masing
menyandikan -galaktosidase, permease dan trans-asetilase. Regulasi operon
laktosa dilakukan oleh suatu protein regulator yang akan berinteraksi dengan
promoter. Protein regulator ini akan menentukan inisiasi translasi. Protein
regulator dihasilkan oleh gen regulator. Dalam kasus operon laktosa terdapat dua
gen regulator yaitu gen Lac-i dan gen crp. Gen Lac-i berhubungan dengan
kehadiran laktosa sedangkan gen crp berhubungan dengan kehadiran glukosa.
Gen yang diatur tersebut disebut dengan gen struktural.
Sistem regulasi operon laktosa ada dua yaitu pengendali negatif dan
pengendali positif. Berikut adalah pembahasan tentang pengendalian positif
operon lac.
Pengendalian Positif Operon Lac
Pengendalian gen diartikan positif hanya ketika suatu molekul aktivator
berinteraksi langsung dengan genom untuk mengubah transkripsi ke keadaan
on. Dalam sistem semacam ini operon lac diaktifkan kembali setelah sebelumnya
ditekan (direpresi) sampai aras paling dasar. Pengendalian positif ini memberikan
keuntungan bagi sel karena operon laktosa tetap dalam keadaan non-aktif
selama masih tersedia glukosa dalam jumlah banyak. Dalam kasus operonlac,
penghilangan represor dari operator tidak cukup untuk mengaktifkan operon
tersebut sehingga dibutuhkan suatu sistem yang bekerja secara positif
(mempercepat) pengaktifan operon. Represi katabolit merupakan kontrol positif
pada operon lac.
Represi katabolit adalah kemampuan intermediet di dalam rangkaian
reaksi katabolik yang dikatalis oleh enzim untuk merepresi sisntesis enzim
katabolik. Efek ini pertama-tama terlihat pada E.coli yang sedang tumbuh pada
media bersumber karbon bukan glukosa. Penambahan glukosa merepresi sintesis
enzim yang berhubungan dengan katabolisme sumber karbon tersebut.
Fenomena ini mula-mula dinamakan sebagai efek glukosa. Istilah represi
katabolit digunakan karena nutrien non glukosa yang dapar dioksidasi juga
menghasilkan efek serupa.
Represi katabolit pada operon lac dilakukan melalui protein regulator yang
dikenal sebagai CAP (catabolite activator protein), dan suatu molekul efektor
yaitu cAMP (Cyclic Adenin Monophosphate). Pada bakteri E.Coli konsentrasi cAMP
yang disintesis oleh enzim adenil siklase, berkebalikan dengan konsentrasi

glukosa dalam sel. Hal ini berarti jika konsentrasi glukosa rendah, maka
konsentrasi cAMP meningkat. Pada saat konsentrasi cAMP meningkat, yaitu saat
konsentrasi glukosa rendah, cAMP akan berikatan dengan CAP dan mengaktifkan
operon lac.
Pengikatan CAP-cAMP diduga dapat membantu pengikatan RNA
polimerase pada promoter pada operon. Kompleks CAP-cAMP dan RNA
polimerase yang saling bersentuhan disebabkan karena keduanya melekat pada
sisi yang berdekatan di promoter. Kedekatan ikatan antara CAP-cAMP dengan
RNA polimerase menyebabkan ikatan RNA polimerase menjadi lebih kuat
Berdasarkan reaksi dapat dijelaskan bahwa pengikatan CAP-cAMP pada
promoter menyebabkan RNA polimerase dapat terikat pada promoter
membentuk kompleks promoter tertutup yang selanjutnya akan menjadi
kompleks promoter terbuka yang siap melakukan transkripsi. Pengikatan RNA
polimerase tersebut dapat difasilitasi oleh CAP-cAMP melalui interaksi proteinprotein, pembengkokan DNA atau keduanya.
Katabolit Aktivator Protein (CAP)
Katabolit aktivator protein (CAP), juga dikenal sebagai reseptor protein
AMP siklik (CRP), diaktifkan oleh AMP siklik dan merangsang sintesis dari enzim
yang memecah molekul makanan non-glukosa. Hal ini terdiri dari dua subunit
identik, ditampilkan di sini dengan warna biru. Ketika siklik AMP (ditampilkan
dalam warna ungu) mengikat, mengubah konformasi dari protein yang sedikit,
sehingga cocok untuk mengikat DNA (yang ditampilkan di sini dalam warna
merah). CAP mengikat urutan DNA spesifik, yang ditemukan di sebelah gen yang
diaktifkan
CAP merupakan umpan polimerase RNA yang dekat dengan DNA, merangsang
transkripsi gen yang berada di dekatnya. Polimerase RNA, ditampilkan dalam
warna kuning, memiliki subunit yang mencapai dan berinteraksi dengan CAP dan
DNA. Dalam struktur RNA polimerase , hanya setengah dari subunit ini terlihat
yang mengungkapkan bagaimana setengah lainnya mengikat untuk kedua CAP
(biru), dan DNA (merah). Kedua bagian dari subunit ini terhubung melalui linker
yang fleksibel, yang ditunjukkan dengan titik-titik kuning kecil. Perhatikan bahwa
hanya sepotong kecil DNA yang ditampilkan di sini, di dalam sel DNA adalah
bagian dari untai panjang yang berkesinambungan. Linker fleksibel
memungkinkan RNA polimerase untuk mencapai daerah-daerah tetangga DNA
dan mulai melakukan transkripsi.
Langkah 1

Langkah 2

Langkah 3

CAP dapat mengaktifkan transkripsi di lebih dari 100 katabolit-sensitif operon.

Di hadapan cAMP, CAP mengikat ke situs tertentu pada DNA dalam rangka untuk
mempromosikan mengikat dan fungsi RNAP.
CAP tergantung promotor telah
dibagi menjadi tiga kelas, berdasarkan mekanisme kerja CAP pada promotor
masing-masing.
Langkah I : CAP tergantung promotor aktivasi: CAP dimer berinteraksi dengan
sebuah CTD dari RNAP, yang juga terdiri dari subunit dan .

Sebuah dimer CAP mengikat ke arah DNA tunggal dari daerah promoter RNAP
mengikat (yang melibatkan situs DNA pada posisi -35 dan -10 dari situs awal
transkripsi).
Wilayah AR1 CAP (ditampilkan sebagai lingkaran rusak dalam
diagram di atas) berinteraksi dengan sebuah CTD dari RNAP, yang memfasilitasi
pengikatan RNAP ke DNA promotor untuk membentuk RNAP-promotor tertutup
kompleks, mengakibatkan peningkatan dalam inisiasi transkripsi .
Setelah
RNAP-promotor ditutup kompleks terbentuk, kehadiran CAP tidak lagi diperlukan
.
Langkah II : CAP tergantung promotor aktivasi: CAP dimer berinteraksi dengan
sebuah CTD dan NTD dari RNAP
Transkripsi aktivasi di langkah II-CAP tergantung promotor juga melibatkan
pengikatan CAP ke situs DNA tunggal, tetapi tumpang tindih situs ini dengan
daerah promotor RNAP-mengikat, berbeda dengan langkah I promotor yang
mengikat CAP hulu dari mana RNAP mengikat.
Kelas aktivasi transkripsi II
melibatkan dua interaksi dengan subunit RNAP: AR1 dari subunit hulu dimer
CAP mengikat suatu CTD dari RNAP dalam rangka untuk mempromosikan RNAPpromotor ditutup pembentukan kompleks, AR2 dari subunit hilir dimer CAP
mengikat NTD RNAP, yang mempromosikan isomerisasi dari ditutup RNAP
promotor-kompleks untuk sebuah kompleks terbuka.
Dalam beberapa kasus,
wilayah AR3 CAP juga terlibat dalam aktivasi gen promotor di langkah II: AR3
berinteraksi dengan subunit 70 dari RNAP, mempengaruhi tingkat isomerisasi
RNAP-promotor ditutup kompleks untuk membuka kompleks.
Langkah III : CAP tergantung promotor aktivasi: dimer CAP dua berinteraksi
dengan sebuah CTD dari RNAP.