Biosintesis Polinukleotida DNA

Secara singkat proses pembentukan DNA membutuhkan komponenkomponen sebagai berikut : DNA polimerase (enzim yang mengkatalis
perpanjangan rantai nukleotida satu dengan yang lainnya); deoksiribonukleotida
trifosfat (dATP, dTTP, dGTP, dCTP = monomer-monomer penyusun rantai
polinukleotida); protein pembentang dan 20 protein enzim lainnya atau sistem
replikasi DNA atau replisoma (fungsi kompleks); DNA ligase (menyambung
fragmen-fragmenhasil polimerisasi); DNA cetakan (DNA induk untuk sintesis
DNA baru); dan DNA primer (DNA pengawal untuk sintesis DNA baru).
Sintesis ini terjadi secara semi konservatif karena hanya satu untaian induk
DNA dipertahankan pada tiap DNA keturunan. Dengan demikian bila satu
molekul DNA dengan dua rantai antiparalel bereplikasi, mula-mula akan
menghasilkan dua rantai DNA baru, kemudian 4 rantai DNA (yaitu 2 rantai DNA
asli ditambah 2 rantai DNA yang ternbentuk) yang ada bereplikasi lagi menjadi
delapan rantai DNA, delapan rantai ini bereplikasi menjadi enam belas dan
seterusnya. Dan reaksi polimerisasi (pemanjangan rantai nukleotida) mengikuti
arah 5 ke arah 3.
Sintesis molekul DNA pada dasarnya terdiri atas beberapa tahap reaksi,
yaitu

tahap

pembukaan

DNA untai-ganda

superkoli;

tahap

sintesis

oligonukleotida primer; pemanjangan rantai DNA arah 53, pelepasan primer,

penyambungan fragmen DNA baru dan pembentukan ikatan fosfodiester. Proses
tahap awal dikatalis oleh 3 macam enzim yaitu helikase (atau DNA-unwinding
enzyme) yang mengkatalis pembukaan bagian DNA yang kedua untainya terpisah
(garpu replikasi). Enzim heliks-destabilizing protein atau single-sranded DNAbinding protein yang berfungsi menjaga basa-basa pada untai tunggal agar tidak
berpasangan dengan yang lain; dan DNA girase mengkatalis pembukaan heliks
ganda sebelum proses replikasi dimulai. Ketiga enzim ini bekerja sama sehingga
terbentuk DNA untai tunggal.
Tahap selanjutnya menggunakan enzim RNA polimerase spesifik atau
dikenal juga dengan enzim primase atau dnaG dan protein dnaB. Pembentukan

oligonukleotida primer dilakukan pada daerah spesifik DNA sebagai tempat awal
replikasi. RNA polimerase spesifik ini berbeda dengan RNA polimerase untuk
sintesis RNA karena enzim ini bersifat nukleofilik dalam pembentukan ikatan
fosfodiester dari rantai DNA yang tidak berpasangan. dnaB berfungsi mengikat
DNA untai tunggal pada sisi awal replikasi kemudian dnaG membentuk
oligonukleotida primer.
Tahap berikutnya mengguanakan katalis DNA polymerase III dan DNA
polymerase I serta DNA ligase. Proses penumbuhan rantai terjadi dengan
penambahan deoksiribonukleotida pada gugus 3- hidroksi ujung rantai primer
(pertumbuhan rantai 53). Karena kedua rantai DNA bersifat antiparalel satu
terhadap yang lain (53 dan 35) maka replikasi semikonservatif yang terjadi
juga berbeda. Pada satu rantai replikasinya bersifat kontiyu dan menghasilkan
untai penuntun (leading stand). Sedangkan untai yang lain replikasinya bersifat
diskontiyu dan menghasilkan untai potongan atau disebut juga fragmen Okazaki.
Dengan demikian pada tahap ini dihasilkan satu untai utuh DNA anak mengikuti
DNA induk dan satu untai lagi fragmen berupa DNA anak. Fragmen DNA anak
ini kemudian dirangkaikan menjadi satu untai utuh oleh enzim DNA ligase
sehingga akhirnya satu DNA double heliks dan seterusnya. Penyambungan
fragmen Okazaki merupakan pembentukan ikatan fosfodiester antara gugus 3hidroksil residu nukleosida dan ester 5-fosfat residu yang berdekatan. Proses
dengan katalis DNA ligase ini pada E. coli membutuhkan kofaktor NAD dan pada
eukariot menggunakan kofaktor ATP.
Biosintesis Polinukleutida RNA
Proses biosintesis RNA membutuhkan DNA tunggal sebagai cetakan,
RNA polimerase untuk pemanjangan rantai RNA, keempat ribonukleusida 5trifosfat (ATP, GTP, UTP dan P),serta berbagai enzim kompleks. Dalam kompleks
ini terbentuk berbagai jenis RNA dari gen DNA yang ditraskripsi. Gen adalah
bagian tertentu dari DNA yang menyandi satu polipeptida (protein) tertentu.
Proses sintesis RNA menyerupai reaksi pembentukan DNA namun ada
perbedaaan prinsip antara keduanya. Pada proses sintesis DNA seluruh urutan

nukleutida DNA digandakan seperti DNA induk. Sedangkan pada proses

pembentukan RNA tidak semua DNA ditranskripsi menjadi RNA, hanya gen atau
kelompok gen yang ditranskripsi. Reaksi polimerisasi RNA berlangsung
mengikuti arah ribonukleosida 5-trifosfat ke ribonukleosida 3-fosfat. Produk yang
terbentuk dari proses ini adalah RNA dengan komplemen dengan salah satu rantai
DNA dupleks dengan salah satu cetakan. Semua produk RNA nya berbagai jenis
berantai tunggal.
Secara umum proses RNA terbagi dalam empat tahap. Tahap pertama,
RNA polimerase mengikat urutan tanda pemulaan yaitu rangkaian 10 nukleutida
yang kaya primidin. Pengikatan ini menyebabkan terbentuknya heliks ganda DNA
dengan panjang tertentu. RNA polimerase pada bakteri menghasilkan tiga jenis
RNA. Sementara pada sel mamalia memerlukan RNA polimerase berbeda-beda
untuk mensintesis ketiga jenis RNA.
Tahap kedua, RNA polimerase mengkatalisis pemanjangan ikatan
fosfodieter antara ribonukleosi dan trifosfat 3-fosfat melalui cara seperti DNA
polimerase . Proses pemanjangan ini disertai dengan hidrolisis pirofosfat untuk
membantu menyediakan gaya pendorong untuk reaksi tersebut. Substrat reaksi
RNA polimerase adalah ATP, GTP, UTP, dan CTP. Sesuai dengan koplemennya
dengan urutan DNA.
Tehap ketiga koplemen DNA-RNA (hybrid DNA-RNA) yang dihasilakan
membuka ddengan melepaskan RNA yang terbentuk, diikuti hibridasi ulang rantai
DNA dan membentuk untai DNA ganda. Pada ujung gen, terdapat urutan
penghenti yang yang menyebabkan proses transkripsi terhenti. Keadaan ini diikuti
dengan pelepasan RNA polimerase dari DNA.
Tahap keempat atau tahap terakhir transkripsi, terjadi pengubahan secara
kimia RNA yang terbentuk. Biasanya setelah proses pembentukan RNA, terjadi
proses lanjutan untuk membuat RNA tersebut menjadi aktif. rRNA dan tRNA
dibuat dalam bentuk prekursor yang lebih panjang, kemudian dimodifiksasi dan
dipecah untuk menghasilkan berbagai produk akhir. Demikian juga mRNA
eukariot (pada prokariot tidak diolah lagi). Pengolahan prekursor mRNA dalam

eukariot sangat kompleks. Secara keseluruhan reaksi pembentukan RNA pada sel
makhluk hidup dapat diringkas dengan persamaan reaksi sebagai berikut :