LAPORAN

PRAKTIKUM MIKROTEKNIK
ISOLASI DNA PADA BUAH

Nama : Azat sudrajat

NIM. .1157020011
Tgl. Praktikum : 18 april 2016
Tgl. Masuk Laporan : 26 april 2016
Kelompok : Empat (4)
Nama Dosen : Rahmat taufik, M.A. S.Si
Asisten Dosen : Khairiyah fitri

BIOLOGI
FAKULTAS SAINS DAN TEKNOLOGI
UNIVERSITAS ISLAM NEGERI SUNAN GUNUNG DJATI
BANDUNG
2016
BAB I
 PENDAHULUAN
1.1. Tujuan
o Untuk mengetahui cara atau metode mengisolasi DNA pada buah.
o Untuk mengetahui keefektifan deterjen dan buah pada percobaan isolasi DNA.
o Menambah kekayaan ilmu biologi molekuler.
o Sebagai acuan penelitian DNA.
o Mengetahui gen yang terdapat dalam makhluk hidup, guna mempermudah dalam
mempertahankan keanekaragaman hayati dan memperoleh bibit unggul melalui persilangan.

1.2. Dasar Teori

Deoxyribo nucleic acid (DNA) merupakan senyawa kimia yang paling penting dalam
makhluk hidup. DNA merupakan senyawa yang mengandung informasi genetic makhluk hidup
dari satu generasi ke generasi selanjutnya (Suryo, 2004).
DNA (Deoxyribo nucleic acid) adalah molekul utama yang mengode semua informasi
yang dibutuhkan untuk proses metabolism dalam setiap organisme. DNA tersusun atas tiga
komponen utama yaitu gula deoksiribosa, basa nitrogen dan fosfat yang tergabung membentuk
nukleotida. Molekul DNA ini terikat membentuk kromosom, dan ditemukan dinukleus,
mitokondria dan kloroplas pada tumbuhan (Agus dan Sjafraenan, 2014).
Keseluruhan DNA dalam suatu sel akan membentuk genom. Genom meliputi bagian gen
yang fungsional maupun non-fungsional dalam sel organisme. DNA genom meiputi gen dan
intergen (Suryo, 2004).
Studi mengenai eksistensi asam nukleat pertama kali dilakukan oleh Friedrich Miecher
dari jerman yang mengisolasi inti dari sel darah putih pada tahun 1869. Dia menemukan bahwa
didalam inti sel tersebut terdapat senyawa yang mengandung fosfat yang kemudian dinamakan
nuklein. Selanjutnya pada akhir abad ke-19 telah berhasil dilakukan pemisahan antara DNA
(Deoxyribo nucleic acid) yang melekatkan molekul asam nukleat tersebut pada sel. Pada awal
tahun 1930-an, P. levene dan W. Jacobs dan kawan-kawan menunjukan bahwa RNA (Ribo
nucleic acid) tersusun atas satu gugus gula ribose dan empat basa yang mengandung nitrogen,
sementara DNA tersusun atas gula yang berbeda yaitu deoksiribosa (Yuwono, 2005).
Pada sel eukariotik termasuk tanaman dan hewan bagian terbesar dari DNA berada pada
nucleus yaitu organel yang dipisahkan dari sitoplasma dengan membrane. Nucleus terdiri dari 90
% keseluruhan DNA seluler. Sisa DNA adalah organel lain seperti mitokondria dan kloroplas.
Disebabkan DNA terdapat pada nucleus, maka perlu adanya metode peniisan sel sampai
permanen sel. Dimana metode tersebut merupakan bagian dari metode isolasi DNA (Elrod,
2007).
Untai ganda DNA tersusun oleh dua rantai polinukleotida yang berpilin. Keuda rantai
memiliki orientasi yang berlawanan (anti-paralel). Rantai yang satu mempunyai orientasi 5-3,
sedangkan rantai yang lain berorientasi 3-5. Kedua rantai tersebut berikatan dengan adanya
ikatan hydrogen antara basa adenine (A) dengan thymine (T) dan antara guanine (G) dengan
cytosine (C). ikatan antara A-T berupa dua iaktan hydrogen, sedangkan antara G-C berupa tiga
ikatan hidogen sehingga ikatan G-C lebih kuat. Spesifikasi pasangan basa seperti ini disebut
dengan komplementaritas (complementarity) (Yuwono, 2005).
Terdapat organel-organel bermembran ganda didalam sitoplasma, termasuk mitokondria
baik pada tumbuhan maupun hewan. Oleh karena itu, perlu dilakukan isolasi DNA pada
tumbuhan dan hwan untuk mengetahui dan mempelajari DNA tanaman dan hewan tersimpan
dalam nucleus yang terbungkus oleh membrane. Isolasi DNA merupakan langkah tepar untuk
mempelajari DNA (Albert, 1994).
Kerangka gula deoksiribosa dan fosfat yang menyusun DNA terletak dibagian luar
molekul, sedangkan basa putin dan pirimidin terletak disebelah dalam untaian (helix). Basa-basa
purin dan pirimidin yang berpasangan terletak pada bidang antar yang sama dan tegak lurus
terhadap aksis untaian DNA. Untaian DNA mempunyai dua lekukan (groove) eksternal yaitu
lekukan besar (major groove) dan lekukan kecil (minor groove). Kedua lekukan tersebut
mempunyai peranan sebagai tempat melekatnya molekul protein tertentu (Yuwono, 2005).
DNA organisme prokariotik dan eukariotik mempunyai perbedaan bentuk. Organisme
prokariotik memiliki DNA berbentuk sirkular, sedangkan organisme eukariotik mempunyai DNA
berbentuk linear. DNA eukariotik terletak dalam inti sel, sedangkan DNA prokariotik terletak
dalam sitoplasma (Jusuf, 2001).
Komponen nukleotida DNA adalah gula, fosfat, dan basa nitrogen. Komponen gula pada
DNA adalah gula pada DNA adalah gula deoksiribosa, yaitu gula ribose yang kehilangan satu
atom oksigen. Basa yang ada pada DNA ada dua macam, yaitu purin dan pirimidin. Purin terbagi
lagi menjadi dua macam yaitu adenine dan guanine. Pirimidin terdiri dua jenis yaitu timin dan
sitosin (Sadava et all, 2004).
Isolasi DNA dapat dilakukan melalui tahapan antara lain preparasi ekstrak sel, pemurnian
DNA dari ekstrak sel dan presipitasi DNA. Meskipun isolasi DNA dapat dilakukan dengan
berbagai cara, akan tetapi pada setiap jenis atau bagian tanaman dapat memberikan hasil yang
berbeda, hal ini dikarenakan adanya senyawa polifenol dan polisakarida dalam konsentrasi tinggi
yang dapat menghambat pemurniaan DNA. Jika isolasi DNA dilakukan dengan sampel buah,
maka kadar air pada masing-masing buah berbeda dapat mempengaruhi hasil yang berbeda pula.
Semakin tinggi kadar air maka sel yang terlarut didalma ekstrak akan semakin sedikit, sehingga
DNA yang terpretisipasi juga akan sedikit (Jamilah, 2005).
Sentrifugasi merupakan teknik untuk memisahkan campuran berdasarkan berat molekul
komponennya. Molekul yang mempunyai berat molekul besar akan ada dibagian bawah tabung
dan molekul ringan akan berada pada bagian atas tabung. Hasil sentrifugasi akan menunjukan
dua macam fraksi yagn terpisah, yaitu supernatant pada bagian atas dan pellet pada bagian
bawah. Presipitasi merupakan langkah yang dilakukan untuk mengendapkan suatu komponen
danri campuran (Albert, 1994).
 BAB II
METODE KERJA
2.1. Alat dan Bahan
NO Alat Jumlah Bahan Jumlah
1 Beaker glass 1 buah Buah tomat 1 buah
2 Pisau 1 buah Buah papaya 1 buah
3 Pengaduk 1 buah Buah Pisang 1 buah
4 Penyaring (kertas saring) 1 buah Buah Stroberi 1 buah
5 Blender 1 buah Sawi 1 buah
6 Spatula 1 buah Kangkung 1 buah
7 Rak & tabung reaksi 1 buah Deterjen Secukupnya
8 Gelas kimia 1 buah Aquades Secukupnya
9 Pipet tetes 1 buah NaCl Secukupnya
10 Gelas ukur 1 buah Etanol 90% Secukupnya
11 Corong saring 1 buah Es batu secukupnya

2.2. Cara Kerja

Deterjen
+60 ml aquades
Diaduk perlahan tanpa busa 15 menit
100 gr daging buah
o +100 ml aquades
o Dimasukan dalam blender 40 detik
o Dicampurkan deterjen masing-masing 4ml/4ml
o + 1 spatula NaCl
o Diaduk 10 menit
o Disaring campuran sebanyak 2 kali
o Dimasukkan 6 ml hasil saring pada tabung reaksi
o + 5 ml etanol 96% dingin
o Diamati proses timbul DNA; waktu, bentuk, warna dan kuantitas DNA terbentuk
Hasil
 BAB III
HASIL DAN PEMBAHASAN
3.1. Hasil Pengamatan

N Nama Perlaku Warna Bentuk Waktu

o buah an

1 Pisang 1 Liquid Putih Gumpalan 53 detik

Deterg Putih Serabut 60 detik

en

Krim Emas Serabut 30 detik

(kuning
kecoklatan)

2 Tomat 1 Liquid Putih Serabut 1 menit 26

detik

Deterg Putih Gumpalan 2 detik

en

Krim Putih Serabut 23 detik

3 Pepaya 1 Liquid Putih Gumpalan 1 detik

Deterg Putih Serabut + 5 menit

en gumpalan

Krim Putih Serabut 56 detik

4 Tomat 2 Liquid Putih Gumpalan 3 menit

Deterg Putih tulang Gumpalan 59,2 detik

en

Krim Putih Gumpalan 31,28 detik

5 Pisang 2 Liquid Putih Gumpalan 33,37 detik

 Deterg Putih tulang Serabut 3,56 detik
en

Krim Putih Gumpalan 56,6 detik

6 Pepaya 2 Liquid Tidak gumpalan 27 detik

berwarna

Deterg Putih Gumpalan 39 detik

en

Krim Orange Serabut 31 detik

N Nama Gambar pribadi Gambar No Nama Gambar Gambar
o buah tangan buah pribadi tangan

1 Pisang Liquid 4 Pisang Liquid

1 2

(Dok. Pribadi,
(Dok.pribadi, 2016) 2016)

Detergen Detergen
 (Dok.pribadi, 2016) (Dok. Pribadi,
2016)

Krim Krim

(Dok.pribadi, 2016) (Dok. Pribadi,

2016)

2 Tomat Liquid 5 Tomat 2 Liquid

1

(Dok. Pribadi, 2016)

(Dok. Pribadi,
2016)
 Detergen Detergen

(Dok. Pribadi,
(Dok. Pribadi, 2016)
2016)

Krim Krim

(Dok. Pribadi,
(Dok. Pribadi, 2016)
2016)

3 Pepaya Liquid 6 Pepaya Liquid

1 2

(Dok. Pribadi, 2016)

(Dok. Pribadi,
2016)

Detergen Detergen

(Dok. Pribadi, 2016)

(Dok. Pribadi,
2016)

Krim Krim
(Dok. Pribadi, 2016) (Dok. Pribadi,
2016)
 3.2. Pembahasan

Dalam praktikum kali ini mengenai isolasi DNA digunakan tiga

specimen yang berbeda yaitu dengan buah pisang, papaya dan buah tomat.
Ketiga buah tersebut memiliki tingkat kadar air yang masing-masing
berbeda. Sehingga dimungkinkan akan banyak terdapat DNA yang
dikandungnya.
Bagian buah memiliki banyak DNA, disebabkan buah merupakan hasil
dari tumbuhan. Dengan kata lain embrio yang dihasilkan oleh tumbuhan
yaitu buah. Dalam buah terdapat biji yang mengandung komponen embrio
dan pasti memiliki kandungan DNA. Sesuai dengan pendapat Agus dan
Sjafraenan (2014) DNA (Deoxyribo nucleic acid) adalah molekul utama yang mengode semua
informasi yang dibutuhkan untuk proses metabolism dalam setiap organisme. DNA tersusun atas
tiga komponen utama yaitu gula deoksiribosa, basa nitrogen dan fosfat yang tergabung
membentuk nukleotida. Molekul DNA ini terikat membentuk kromosom, dan ditemukan
dinukleus, mitokondria dan kloroplas pada tumbuhan.
Disebabkan pada sel tumbuhan memiliki dinding sel, maka dari itu objek terlebih dahulu
dihaluskan baik dengan cara blender, digerus maupun langsung dihaluskan dengan tangan dalam
plastic. Dinding sel yang terdapat dalam buah tersebut akan hancur sehingga menyebabkan
sitoplasma, nucleus dan organel lain keluar dengan mudah. Dengan demikian DNA pada buah
tersebut dapat diisolasi pada tahap selanjutnya. Sesuai dengan pendapat Agus dan Sjafraenan
(2014) DNA ini terikat membentuk kromosom, dan ditemukan dinukleus, mitokondria dan
kloroplas pada tumbuhan.
Kemudian objek ditambahkan detergen berupa liquid, serbuk maupun krim. Detergen
tersebut dapat mengikat DNA sebab detergen bersifat basa. Dengan demikian detergen berfungsi
untuk menetralkan DNA yang merupakan sifat asam, sehingga akan menghasilkan bentuk
menggumpal maupun serabut.
Namun detergen yang berbeda tersebut menghasilkan bentuk berbeda dalam waktu yang
berbeda pula. Perbedaan tersebut diakibatkan oleh beberapa factor diantaranya ialah konsentrasi
detergen atau kelarutannya dan kadar air yang terkandung pada buah tersebut. Sehingga pada
tiap-tiap specimen akan berbeda hasilnya.
Banyaknya kadar air pada buah menunjukkan banyak pula DNA yang dapat diisolasi
disebabkan berjumlah banyak. Hal ini didasari oleh pendapat Jamilah (2005) jika isolasi DNA
dilakukan dengan sampel buah, maka kadar air pada masing-masing buah berbeda dapat
mempengaruhi hasil yang berbeda pula. Semakin tinggi kadar air maka sel yang terlarut didalam
ekstrak akan semakin sedikit, sehingga DNA yang terpretisipasi juga akan sedikit.
Pada specimen pisang terdapat perbedaan antara pisang objek 1 dan 2 yakni waktu.
Meskipun pada dasarnya konsentrasi detergen yang digunakan sama, namun gumpalan atau
serabut yang terbentuk dalam waktu yang berbeda. Perbedaan tersebut disebabkan pada tingkat
kesempurnaan proses penghalusan. Jika pisang yang dihaluskan telah halus secara merata maka
waktu yang dibutuhkan untuk menghasilkan bentuk DNA semakin kecil.
Perbedaan waktu yang terjadi pada sesama specimen juga dipengaruhi tingkat konsentrasi
dari detergen. Pisang yang ditambahkan liquid keduanya menghasilkan warna dan bentuk yang
sama sedangkan terjadi dalam waktu yang berbeda. Hal ini disebabkan oleh pada pisang 1
dimungkinkan kurang halus sehingga menghambat pembentukannya. Argument tersebut pula
serupa terjadi pada perbedaan yang terjadi pada penambahan detergen bubuk yakni perbedaan
dalam bentuk. Karena pada dasarnya DNA yang terbentuk pada pisang semestinya sama saat
ditambahi detergen bubuk. Perbedaan warna yang terjadi saat penambahan krim disebabkan
tidak halus secara sempurna pada specimen pisang 1 sehingga menyebabkan warna asli pada
pisang tetap terjaga.
Hal sama terjadi pada specimen tomat. Tomat 1 mengalami perbedaan waktu terhadapat
tomat 2, hal ini disebabkan ketidak meratanya kehalusan dari tomat 2. Hal ini menyebabkan pada
tomat 2 untuk membentuk DNA tersebut membutuhkan waktu yang lebih lama disbanding
dengan tomat 1. Sedangkan perbedaan waktu pada antar detergen disebabkan konsentrasi
detergen, pada tomat 1 yang paling efektif ialah liquid sedangkan pada tomat 2 ialah krim.
Meskipun demikian, warna pada tomat tersebut tidak mengalami perbedaan.
Pada papaya tidak mengalami perbedaan pada bentuk yang dihasilkan yakni gumpalan.
Gumpalan tersebut menandakan kepositifan keterbentukannya DNA. Hal ini disebabkan papaya
memiliki kadar air yang cukup banyak sehingga dengan mudah bereaksi dengan detergen jenis
apapun. Namun, pada specimen terjadi perbedaan waktu. Tidak jauh berbeda dengan specimen
lainnya, fakto kehalusan yang merata menghambat keterbentukkan DNA tersebut. Dari hasil
tersebut dapat diketahui bahwa detergen liquid sangat efektif untuk mengisolasi DNA pada
papaya.
Bentuk pada masing-masing specimen berbeda-beda. Specimen yang mengalami bentuk
menggumpal menunjukan positif sedangkan bila serabut berarti negative. Gumpalnya DNA
disebabkan karena DNA yang bersifat asam mengalami reaksi dengan kebasa-an dari detergen.
Selain itu, penambahan NaCl mengibatkan mengalami reaksi ionic sehingga menghasilkan
gumpalan.
 BAB IV
PENUTUP
4.1. Kesimpulan
Dalam isolasi DNA specimen terlebih dahulu dihaluskan untuk menghancurkan
dinding sel pada buah.
Kadar air pada masing-masing buah berbeda dapat mempengaruhi hasil yang
berbeda pula. Semakin tinggi kadar air maka sel yang terlarut didalma ekstrak
akan semakin sedikit, sehingga DNA yang terpretisipasi juga akan sedikit. Papaya
merupakan buah yang memilik kadar air paling tinggi disbanding specimen
lainnya sehingga dengan mudah terbentuk gumpalan.
Specimen yang mengalami bentuk menggumpal menunjukan positif dan efektif
untuk pengisolasian DNA sedangkan bila serabut berarti negative.
Keefektivan detergen bersifat relative pada setiap specimen. Namun liquid
merupakan detergen yang paling efektif terutama pada papaya.
DNA terdapat pada sitoplasma, mitokondria dan nucleus.

Daftar Pustaka
Agus Dan Sjafranan. 2014. Penuntun Praktikum Genetika. Makassar: UNM.
Albert, B. 1994. Biologi Molekuler Edisi Kedua. Jakarta: PT. Gramedia Pustaka Utama.
Elrod, S., Stansfield. 2007. Genetika Edisi Ke-4. Jakarta: Erlangga.
Jamilah. 2005. Pengaruh Berbagai Macam Detergen, Penambahan Enzim, Ekstrak Nanas
Terhadap Hasil Isolasi DNA Berbagai Macam Buah. Malang: UNM.
Jusuf. 2001. Genetika 1 Struktur Dan Ekspresi Gen. Jakarta: Sagung Seto.
Sadava, D. 2004. Life: The Science Of Biology 5th Ed. Sinaver: Sinneur Association, Inc.
Suryo. 2004. Genetika Strata 1. Yogyakarta: UGM Press.
Yuwono, T. 2005. Biologi Molekuler. Jakarta: Erlangga.