A.

Judul
Isolasi DNA
B. Tujuan
1. Untuk mengetahui cara atau metode mengisolasi DNA pada buah
2. Untuk mengetahui keefektifan deterjen dan buah pada percobaan isolasi
DNA.
C. Rumusan Masalah
1. Metode Apa saja yang digunakan dalam melakukan isolasi ( pemisahan)
DNA khususnya pada buah ?
2. Bagaimanakah tahapan tahapan dalam melakukan pengamatan isolasi
DNA ?
3. Apa saja tujuan dari setiap langkah yang dilakukan ?
4. Detergen manakah yang terbukti lebih efektif untuk mengamati DNA buah
?

D. Dasar Teori
DNA merupakan persenyawaan kimia yang paling penting pada makhluk
hidup, yang membawa keterangan genetik dari sel khususnya atau dari makhluk
dalam keseluruhannya dari satu generasi ke generasi berikutnya. Molekul DNA
terdapat pada nukleus, mitokondria, plastida dan sentriol. Molekul DNA pada
nucleus memiliki bentuk sebagai benang lurus dan tidak bercabang, sedangkan
DNA yang terletak pada mitokondria dan plastida berbentuk lingkaran (Suryo,
2012).
DNA (Deoxyribose Nucleic Acid) adalah master molecul (molekul utama)
yang mengkode semua informasi yang dibutuhkan untuk proses metabolisme
dalam setiap organisme (Jamilah, 2005). DNA ini tersusun atas 3 komponen
utama yaitu gula deoksiribosa, basa nitrogen dan fosfat yang tergabung
membentuk nukleotida (Istanti, 1999). Molekul DNA ini terikat membentuk
kromosom, dan ditemukan di nukleus, mitokondria dan kloroplas. DNA yang
menyusun kromosom ini merupakan nukleotida rangkap yang tersusun heliks
ganda (double helix), dimana basa nitrogen dan kedua benang polinukleotida
saling berpasangan dalam pasangan yang tetap melalui ikatan hidrogen dan
antara nukleotida yang satu dengan nukleotida yang lain dihubungkan dengan
ikatan fosfat. DNA terdapat di dalam setiap sel makhluk hidup dan disebut
sebagai cetak biru kehidupan karena molekul ini berperan penting sebagai
 pembawa informasi hereditas yang menentukan struktur protein dan proses
metabolisme lain (Jamilah, 2005).
Isolasi DNA adalah proses pengeluaran DNA dari
tempatnya berada (ekstraksi atau lisis). Biasanya dilakukan
dengan homogenasi dan penambahan buffer ekstraksi atau
buffer lisis untuk mencegah DNA rusak (Yuwono, 2008).
Pada sel eukariotik termasuk tanaman dan hewan bagian
terbesar dari DNA berada pada nukleus yaitu organel yang
dipisahkan dari sitoplasma dengan membran. Nukleus terdiri dari
90 % keseluruhan DNA seluler. Sisa DNA adalah organel lain
seperti mitokondria dan kloroplas. Karena DNA terdapat pada
nukleus, maka perlu adanya metode pelisisan sel sampai
pemanenan sel. Dimana metode tersebut merupakan bagian
dari metode isolasi DNA (Elrod, 2007).
Pemisahan DNA dari materi seluler lainnya merupakan hal
yang signifikan dan mengharuskan penyallinan DNA menjadi RNA
dan translasi RNA menjadi protein berlangsung dalam
kompartemen (ruang) yang berbeda yaitu secara berturut-turut
dalam nucleus dan sitoplasma ( Elrod, 2007 ).
DNA pada makhluk hidup dapat diisolasi secara sederhana.
Pengisolasian DNA secara sederhana dapat dilakukan dengan
memecahkan dinding sel, membran plasma dan membran inti
baik secara mekanik maupun secara kimiawi. Isolasi DNA
merupakan suatu teknik yang digunakan untuk memperoleh DNA
murni, yaitu tanpa protein dan RNA dari suatu sel dalam jaringan.
Pemecahan dinding sel secara mekanik dapat dilakukan dengan
pemblenderan atau penggerus menggunakan mortar dan pistil.
Sedangkan secara kimiawi dapat dilakukan dengan pemberian
detergen. Penambahan sabun cair dan garam dapur adalah
untuk melisiskan membran inti untuk mengeluarkan isi inti sel
yang berisi DNA ( Istanti, 1999). Penghancuran dengan menggunakan
kimiawi seperti penggunaan detergen yang dapat melarutkan lipid pada membran
sel sehingga terjadi destabilisasi membran sel (Surzycki, 2000).
Isolasi DNA dapat dilakukan melalui tahapan-tahapan
antara lain: preparasi ekstrak sel, pemurnian DNA dari ekstrsk sel
dan presipitasi DNA. Meskipun isolasi DNA dapat dilakukan
dengan berbagai cara, akan tetapi pada setiap jenis atau bagian
tanaman dapat memberikan hasil yang berbeda, hal ini
dikarenakan adanya senyawa polifenol dan polisakarida dalam
konsentrasi tinggi yang dapat menghambat pemurnian DNA. Jika
isolasi DNA dilakukan dengan sample buah, maka kadar air pada
masing-masing buah berbeda, dapat memberi hasil yang
berbeda-beda pula. Semakin tinggi kadar air, maka sel yang
terlarut di dalam ekstrak akan semakin sedikit, sehingga DNA
yang terpretisipasi juga akan sedikit ( Murray,2009).
Penambahan deterjen dalam isolasi DNA dapat
menyebabkan rusaknya membrane sel, melalui ikatan yang
dibentuk melalui sisi hidrofobik deterjen dengan protein dan
lemak pada membrane membentuk senyawa lipid protein-
deterjen kompleks. Senyawa tersebut dapat terbentuk karena
protein dan lipid memiliki ujung hidrofilik dan hidrofobik,
demikian juga dengan deterjen, sehingga dapat membentuk
suatu ikatan kimia ( Murray,2009).
Prinsip prinsip dalam mengisolasi DNA ( Solomon, 2002).
1. melisis sel secara fisik, dengan cara penggerusan.
2. pemecahan dinding sel.
3. pemecahan membran sel.
4. pemisahan DNA dari bahan yang lain.
Dalam isolasi DNA, bahan yang kita gunakan biasanya
berupa jaringan tumbuhan atau jaringan hewan, untuk itu
langkah pertama yang harus kita lakukan adalah memecahkan
jaringan menjadi sel-sel yang mandiri. Proses dilakukan secara
mekanik atau fisik dengan menumbuk atau menggerus bahan
yang akan kita gunakan dengan mortar atau blender. Kedua
adalah memecahkan dinding sel dan membran sel lapisan
pembungkus DNA. struktur utama pembentuk membran dan
dinding sel adalah lemak, untuk itu kita gunakan deterjen dan
garam dapur. Kedua bahan ini digunakan untuk melubangi dan
merusak sel sehingga isi inti sel (DNA) bisa keluar ( Solomon,
2002).
Tahap selanjutnya adalah pemisahan DNA dari bahan yang
lain. Pemisahan dilakukan dengan menggunakan ethanol/alkohol
dingin berkonsentrasi 90-95%. Ethanol/Alkohol tidak melarutkan
DNA dan berat jenis alkohol yang lebih ringan dari air membuat
DNA naik dan melayang-layang di permukaan ( Solomon, 2002).
CTAB atau Cetyl trimethylammonium bromide merupakan
sejenis deterjen yang dapat mendegradasi dinding sel,
denaturasi protein, memisahkan karbohidrat, merusak membran
sel dan melarutkan DNA. Apabila dinding sel terdegradasi maka
semua isi sel dapat keluar termasuk DNA dan dilepaskan ke
dalam buffer ekstraksi.Dalam proses isolasi DNA tanaman,
penambahan senyawa pereduksi seperti merchaptoetanol dapat
mencegah proses oksidasi senyawa fenolik sehingga
menghambat aktivitas radikal bebas yang dihasilkan oleh
oksidasi fenol terhadap asam nukleat. Merchaptoetanol juga
berfungsi untuk melindungi RNA dari senyawa quinon,
disulphide, peroksida, poliphenoksidase, dan protein. Proses
pemansan pertama bertujuan untuk melarutkan CTAB dan
mercaptoetanol. Sedangkan pemanasan yang kedua bertujuan
untuk memdegradasi protein dan dinding sel ( Solomon, 2002).
Klorofrom dan isoamilalkohol (CIAA) berfungsi untuk
mengekstrak dan dan mengendapkan komponen polisakarida di
dalam buffer ektraksi yang mengkontaminasi larutan DNA.
Pemberian isopropanol dan etanol dilakukan agar terjadi
dehidrasi DNA sehingga terjadi presipitasi. Setelah pemberian
etanol, pellet yang dipeoleh dikeringanginkan. Hal ini bertujuan
untuk mengeringkan pellet dari sisa-sisa buffer maupun
etanol.Tahapan terakhir dari ektraksi ini adalah penambahan
buffer TE. Buffer TE tris electrophoresis berfungsi untuk
melarutkan DNA yang dihasilkan dan menjaga DNA agar tidak
mudah rusak. Dalam buffer TE mengandung EDTA atau Ethylene
Diamine Tetra Acid yang berfungsi sebagai senyawa pengkelat
yang mengikat ion Magnesium, yaitu kofaktor yang diperlukan
untuk altivtas berbagai enzim nuclease. Metode ekstraksi DNA
dengan CTAB akan menghasilkan pita DNA yang berukuran tebal
dan dapat memisahkan DNA dari polisakarida karena adanya
perbedaan karakteristik kelarutan (differensial of solubility).
Disamping deperoleh fragmen DNA, dengan metode CTAB juga
akan diperoleh RNA dengan pita tipis yang terletak jauh berada
di bawah pita DNA. Keberadaan pita RNA tergantung bahan yang
diekstraksi (Asris, 2010).
Metode ini tidak membutuhkan biaya yang lebih mahal
dibandingkan dengan menggunakan kit. Selain itu, kelebihan dari
ektraksi ini adalah pita DNA yangdiproleh lebih tebal bila
dibandinglan dengan ektraksi metode fenol dan tanpa fenol.
Akan tetapi, dari hasil dengan metode ini masih terdapat pita
smear dan DNA yang dihasilkan lebih sedikit daripada ektraksi
dengan menggunakan kit. Kendala yang umum terjadi dalam
ekstraksi CTAB adalah adanya inhibitor pada inang, rendahnya
konsentrasi vius dan pengaruh cara maupun lama waktu
penyimpanan (Asris, 2010).

E. Alat dan Bahan

Alat:
1. Blender
2. Tabung reaksi
3. Gelas beaker
4. Corong
5. Pengaduk
6. Saringan kain
7. Pisau
8. Spatula
9. Rak tabung reaksi
10. Gelas ukur
11. Pipet tetes
12.
 13. Bahan:
1. Buah semangka, jeruk, melon
2. Kertas saring
3. NaCl
4. Detergen bubuk, krim, cair
5. Alkohol dingin
14.
15.
16.
F. Prosedur Kerja
 1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.
G. Hasil Pengamatan
1. 2. Buah 3. D 4. 5. Kuanti 6. Ket
N e Wa tatif era
t DNA nga
e n

DDiissalapnkdgnrbouutheemmgkaas,dnlondo(2j0eerbugk)yakm3ilainpd(2np0otr)gg-akemumdienjadisklpctl.ybrhgniuades20mlntkgespbrudamhing-kcr3sampel,iuntgkjroha.yUduipeskjlrandisgtukaljemdinhaslpyrgdimasuknel3gasbkerming-as30ml.
r
g
e
n
7. 8. Seman 9. B 10. 11. +++ 12. Kab
1 gka u 14 ut

PDiatdukcmp-5rnleNsCblkghiuarotmenudgNh,Cali-lsut.trdkmbphin1a.tue nbk,laedut hkan

b
u
k
13. 14. 15. C 16. 17. + 18. Kap
a 64 as
i
r

Ditambhkr5ndloetigasmp,dn eralkuiygnbtedars pbny-k10smleidahtpbungrksiycaebumdp.lnDNAyagdisolecrbamndihtugwkyandibuthsejakpn lohsampiterbnukyaci.

19. 20. 21. K 22. 23. ++ 24. Ben
r 41 ang
i
m
25. 26. Melon 27. B 28. 29. +++ 30. Kab
2 (kel. 2) u 27 ut
b
u
 k
31. 32. 33. C 34. 35. ++ 36. Kab
a 14 ut
i
r
37. 38. 39. K 40. 41. + 42. Kab
r 14 ut
i
m
43. 44. Jeruk 45. B 46. 47. + 48. Ben
3 (kel. 4) u 80 ang
b
u
k
49. 50. 51. C 52. 53. ++ 54. Ben
a 11 ang
i
r
55. 56. 57. K 58. 59. +++ 60. Ben
r 5 ang
i
m
61.
H. Aalisis Data
1. Praktikum ini dilakukan untuk mengetahui cara atau metode mengisolasi
DNA pada buah serta untuk mengetahui keefektifan deterjen dan buah
pada percobaan isolasi DNA. Buah yang digunakan dalam proses isolasi
DNA ini adalah buah semangka, melon dan jeruk. Sedangkan jenis
deterjen yang dipakai adalah deterjen bubuk, krim dan cair. Sumber DNA
ini diblender, selanjutnya ekstrak buah semangka dan melon disaring
sebanyak tiga kali, untuk ekstrak jeruk disaring satu kali. Kemudian
ditambah detergen 1 spatula, lalu ditambah garam dapur dan ditambah
alkohol dingin.
 2. Untuk semua jenis buah waktu pembentukan benang-benang DNA
yang menggunakan detergen krim relatif paling cepat diantara yang lainnya. Pada
buah semangka, waktu yang dibutuhkan untuk pembentukan benang-benang pada
larutan ini adalah menggunakan detergen bubuk 147 s dengan bentuk kabut yang
ketebalannya tiggi, detergen cair 64 s dengan bentuk kapas yang ketebalannya
rendah, detergen krim 61 s dengan bentuk benang yang ketebalannya sedang.
Untuk buah melon, waktu yang dibutuhkan untuk pembentukan benang-benang
pada larutan ini adalah menggunakan detergen bubuk 27 s dengan bentuk kabut
yang ketebalannya tinggi, detergen cair 14 s dengan bentuk kabut yang
ketebalannya sedang, detergen krim 14 s dengan bentuk kabut yang ketebalannya
rendah. Untuk buah jeruk, waktu yang dibutuhkan untuk pembentukan benang-
benang pada larutan ini adalah menggunakan detergen bubuk 80 s dengan bentuk
benang yang ketebalannya rendah, detergen cair 11 s dengan bentuk benang yang
ketebalannya sedang, detergen krim 5 s dengan bentuk benang yang ketebalannya
tinggi.
3. Dari analisis di atas dapat dilihat jika masing-masing sumber DNA
menghasilkan DNA yang berbeda-beda. Bahkan untuk ketiganya dengan detergen
yang berbeda memiliki waktu pembentukan benang-benang DNA yang beragam.
Bentuk DNA yang dihasilkan pada pengamatan kali ini adalah berupa benang,
kabut, dan kapas DNA yang berwarna putih. Perbedaan waktu ini dapat
dipengaruhi oleh kekurang ketelitiannya praktikan dalam mengamati DNA yang
terbentuk.
4.
I. Pembahasan
J. Kesimpulan
K. Saran
L. Diskusi
1. Apakah yang dimaksud isolasi DNA?
2. Apa fungsi penambahan detergen?
3. Apakah fungsi dari penambahan garam?
4. Apakah fungsi penambahan alkohol? Mengapa alkohol yang
ditambahkan harus dalam kedaan dingin?
5. Mengapa pengadukan campuran setelah ditambahkan detergen tidak
boleh sampai berbusa?
6. Apakah kecepatan penggabungan DNA pada masing-masing buah dan
masing-masing detergen berbeda? Mengapa?
7. Apakah kesimpulan dari praktikum isolasi DNA?