Langkah berikunya yaitu binding DNA, pelet sel bakteri diresuspensi dan dilisis

menggunakan 400 uL TLS dan 25 uL Proteinase K lalu di vortek selama 5 detik dan inkubasi
dalam suhu 50 oC bertujuan untuk menetralisasi lisat agar menghasilkan kondisi pengikatan
DNA ke membrane silica pada kolom spin. TLS dan Proteinaase K diendapkan melalui
sentrifugasi, lalu supernatant yang mengandung DNA dituang ke dalam membrane pada
kolom spin. DNA yang teradsorpsi dicuci untuk menghilangkan kontaminan, lalu DNA
tersebut dielusi menggunakan Elution Buffer. Pengikatan DNA untuk silika tampaknya
didorong oleh dehidrasi dan ikatan hidrogen formasi, yang bersaing dengan lemah tolakan
elektrostatis. Oleh karena itu, konsentrasi garam yang tinggi akan membantu mendorong
adsorpsi DNA ke silika, dan konsentrasi rendah akan melepaskan DNA. Namun, DNA bukan
satu-satunya molekul yang dapat menyerap sinar UV pada 260 nm. Sejak RNA juga memiliki
absorbansi yang besar pada 260 nm, dan asam amino aromatik hadir dalam protein menyerap
pada 280 nm