Kelompok 3/ Offering A

1. Lelly Luckitasari (150341600339)

2. Ruri Indarti (150341600730)

Plasmid dan Episome

Sebelumnya, telah diketahui bahwa materi genetic bakteri tersimpan dalam

kromosom utama dan pada ekstrakromosom/minikromosom yang disebut
plasmid. Plasmid mampu melakukan replikasi sendiri tanpa dipengaruhi
kromosom pusat atau bersifat otonom. Plasmid memiliki peran penting pada: (1)
penyebaran antibiotic dan obat-obatan melawan bakteri pathogen dan (2) industry
mikroorganisme yang tidak stabil. Pada streptococcus lactis dan bakteri lain yang
terlibat dalam industry pembuatan keju, plasmid diidentifikasi membawa kode
genetic untuk mengaktifkan enzim penting dalam proses fermentasi. Ada 3 tipe
plasmid, diantaranya adalah :

1. F & F1 plasmid (mempengaruhi fertilitas/ factor fertilisasi konjugasi)

2. R plasmid (RTF/Resistance transfer factors), plasmid yang membawa gen
untuk melawan antibiotic dan obat antibacterial lain
3. Col plasmid , menghasilkan protein colicin untuk membunuh bakteri tertentu
misalnya E.coli

Berdasarkan mampu tidaknya memediasi peristiwa konjugasi, plasmid dibedakan

menjadi :

1. Plasmid konjugatif, plasmid F (Fertility konjugative factors), sebagian plasmid

R dan plasmid col
2. Plasmid non konjugatif, plasmid R dan plasmid col

Beberapa plasmid, misalnya factor F juga memenuhi definisi elemen genetic

yang disebut episome. Episome adalah elemen genetic yang dapat melakukan
replikasi dalam 2 keadaan, yaitu :

1. Sebagai bagian yang terintegrasi ke plasmid inang

2. Mereplikasi dirinya sendiri sebagai bagian yang otonomus

Plasmid bukan merupakan sinonim dari episome. Insertion sequences (IS)

merupakan rangkaian pendek rantai DNA yang juga terdapat pada kromosom
utama. Panjangnya sekitar 800-1400 nukleotida bersifat transposable yang berarti
mereka bisa berpindah tempat dari kromosom satu ke kromosom lain. IS
memediasi rekombinasi antara pada protein homolog dan non homolog yang
mereka singgahi.

Transposable Genetic Elements

Pada 1940an, peneliti menemukan bahwa beberapa rantai DNA dapat berpindah
tempat. Kemampuan ini disebut transposable genetic elements atau transposon.

Genetic instability and the discovery of transposable elements

Transposable elements ditemukan oleh B.McClintock melalui analisis

ketidakstabilan genetic pada jagung. McClintock menggunakan penanda untuk
mengontrol penurunan pigmentasi pada aleuron, lapisan terluar endospermae biji
jagung. Endospermae bersifat triploid karena merupakan hasil fertilisasi 2
maternal nucleus dan 1 paternal nucleus. Sebuah allel dari locus C pada
kromosom 9. Sementara allel C1 adalah inhibitor untuk pigmentasi aleuron.
Fertilisasi dilakukan pada CC dan pollen C 1 menghasilkan endospermae C1CC,
ditemukan warna aleuron ungun kecoklatan. McClintock berpendapat bahwa
inhibitor C1 allel dapat menghilang selama perkembangan endospermae,
membimbing clone of tissue yang mampu memproduksi pigmen. Genotifnya
menjadi CC. Allel menghilang selama chromosome breakage. McClintock
menemukan bahwa ada factor yang mempengaruhi pemutusan rantai yaitu Ds
(Dissociation). Dalam penelitian, kromosom yang membawa allel C 1 juga
membawa factor Ds jadi factor Ds dapat mempengaruhi terjadinya chromosome
breakage. Selanjutnya, McClintock juga menemukan bahwa Ds diaktifkan oleh
factor lain yaitu Ac (Activator). Ac dan ds merupakan transposable elements.
Perbedaan dari kedua elemen tersebut adalah bahwa Ac dapat mengaktifkan
dirinya sendiri tapi Ds tidak dapat melakukannya. Transposon dapat mengatifkan
dirinya sendiri (functionally autonomous), apabila elemen tersebut tidak dapat
mengaktifkan diri sendiri maka disebut nonautonomous.

Transposable elements in bacteria

Ketidakstabilan genetic juga ditemukan pada bakteri. Bakteri transposon paling
sederhana adalah insertion sequences (IS elements) yang terdiri dari kurang dari
1500 nukleotida. Dua IS homolog bergabung dengan gen lain membentuk
composite transposon (Tn) yang mengandung gen yang tidak dibutuhkan untuk
transposisi. Bacteriophage juga transposable elements karena bisa memasukkan
diri sendiri ke kromosom bakteri.

Is elements adalah pembawa kode sederhana dengan rantai pendek dan identik
atau hampir identik antara kedua ujungnya. Ujung rantai selalu merupakan
pengulangan (inverted terminal repeats). Saat Is element masuk kromosom/
plasmid , mereka akan menciptakan duplikat DNA di tempat yang disisiinya.
Duplikasi terletak di dekat element (target site duplications) dan menyiapkan
pemutusan double strand DNA. Proses ini melibatkan rekombinasi IS episome
dan kromosom. Composite transposision terjadi apabila dua IS masuk berdekatan,
maka rantai di antara mereka akan ditranspos oleh aksi gabungan flanking
elements.

Family Tn3 memiliki inverted terminal repeats sekitar 30-40 pasang nukleotida
dan memproduksi target site duplications 5 pasang nukleotida. Tn3 mengandung
gen asesori yang dibutuhkan untuk transposisi. Ada 3 gen, (1) tnpA, a transposase
(2) tnpR, a resolvase/repressor, dan (3) bla, beta lactamase (resisten terhadap
antibiotic ampicillin). Transposisi Tn3 terdiri atas 2 tahap, pertama yaitu
transposisi mediasi fusi dari 2 molekul membentuk kointegrasi, kedua yaitu tnpR
memediasi spesifik rekombinasi antara 2 Tn3 yang terjadi di resolution site.

Pertanyaan

1.