Molekul selalu bergerak dan bertumbukan satu dengan yang lain.

Jika
suatu molekul substrat menumbuk molekul enzim yang tepat, substrat
akan menempel pada enzim. Tempat menempelnya molekul substrat pada
enzim disebut dengan sisi aktif. Kemudian terjadi reaksi dan terbentuk
molekul produk.
Banyak enzim yang dapat bekerja bolak-balik (reversible). Enzim dapat
mengubah substrat menjadi hasil akhir dan juga dapat mengubah hasil
akhir menjadi substrat jika lingkungannya berubah. Misalnya, enzim lipase
dapat berfungsi katalisator dalam perubahan lemak menjadi asam lemak
dan glilserol. Enzim lipase juga dapat mengubah kembali asam lemak dan
gliserol menjadi lemak (lipid).
Enzim juga bekerja secara spesifik, artinya enzim mempunyai fungsi yang
khusus. Jika enzim berbeda maka hasilnya akan berbeda pula. Misalnya,
pemecahan rafinosa (suatu trisakarida). Jika dilakukan oleh enzim sukrase
rafinosa akan terurai menjadi melibiosa dan fruktosa, sedangkan jika
dilakukan dengan oleh enzim emulsion rafinosa akan terurai menjadi
sukrosa dan galaktosa.
Ada dua teori mengenai mekanisme kerja enzim, yaitu lock and key
theory dan induced fit theory.
1) Lock and Key Theory (Teori Gembok dan Kunci)
Teori ini dikemukakan oleh Fischer (1988). Menurutnya, enzim
diumpamakan sebagai gembok karena memiliki sebuah bagian kecil yang
dapat berikatan dengan substrat yang disebut dengan sisi aktif,
sedangkan substrat sebagai kunci karena dapat berikatan secara pas
dengan sisi aktif enzim.
Substrat dapat berikatan dengan enzim jika sesuai dengan sisi aktif
enzim. Sisi aktif enzim mempunyai bentuk tertentu yang hanya sesuai
untuk satu jenis substrat saja, hal itu menyebabkan enzim bekerja secara
spesifik. Substrat yang mempunyai bentuk ruang yang sesuai dengan sisi
aktif enzim akan berikatan dan membentuk kompleks transisi enzim-
substrat. Senyawa transisi ini tidak stabil sehingga pembentukan produk
berlangsung dengan sendirinya. Jika enzim mengalami denaturasi (rusak)
karena panas, bentuk sisi aktif akan berubah sehingga substrat tidak
sesuai lagi. Perubahan pH juga mempunyai pengaruh yang sama.
2) Induced Fit Theory (Teori Ketepatan Induksi)
Teori ini dikemukakan oleh Daniel Koshland. Menurutnya, sisi aktif enzim
bersifat fleksibel. Akibatnya, sisi aktif enzim dapat berubah bentuk
menyesuaikan bentuk substrat. Teori ini sesuai dengan mekanisme kerja
enzim yangt sesungguhnya.
Reaksi antara substrat dengan enzim berlangsung karena adanya induksi
molekul substrat terhadap molekul enzim. Menurut teori ini, sisi aktif
enzim bersifat fleksibel dalam menyesuaikan stuktur sesuai dengan
struktur substrat. Ketika substrat memasuki sisi aktif enzim, maka enzim
akan terinduksi dan kemudian mengubah bentuknya sedikit sehingga
mengakibatkan perubahan sisi aktif yang semula tidak cocok menjadi
cocok (fit). Kemudian terjadi pengikatan substrat oleh enzim yang
selanjutnya substrat diubah menjadi produk. Produk kemudian dilepaskan
dan enzim kembali pada keadaan semula dan siap untuk mengikat
substrat baru.