Indel kecil paling sering digunakan untuk mengganggu kapasitas pengkodean

protein dari lokus dengan mengenalkan alel framehift yang dihasilkan dari sifat rawan
kesalahan akhir homolog yang tidak homolog mengikuti NH9J setelah istirahat DsDNA yang
dimediasi oleh Cam9. Untuk ini, semua yang dibutuhkan adalah Cas9 dan gRNA. Jelas
bahwa teknik ini bisa sangat kuat, dengan efisiensi mendekati 100% mungkin, dan banyak
kelompok (misalnya Shalem et al [1], Wang et al [2], dan Parnas dkk [3]) telah melakukan
genom Seluruh layar fungsi hilang dengan pendekatan ini. Bila menggunakan S. pyogenes
Cas9, situs target potensial keduanya [5'-20nt-NGG] dan [5'-CCN-20nt], karena sama-sama
berkhasiat untuk menargetkan untai pengkodean atau non-coding DNA. Jadi, untuk gangguan
gen pengkode protein, lokasi target potensial terjadi ~ 1 setiap 8 nukleotida, dan dengan
demikian sebagian besar gen memiliki sejumlah besar gRNA yang dapat dipilih. Perubahan
spesifik, seperti penyisipan tag fluoresen atau pengenalan Mutasi tertentu, bergantung pada
perbaikan diarahkan homologi (HDR) untuk menggabungkan urutan baru ke lokasi target
DNA, dan dengan demikian juga memerlukan template eksogen. HDR, bagaimanapun, masih
merupakan proses efisiensi yang sangat rendah, dan biasanya melibatkan kebutuhan akan
kloning sel tunggal dan skrining selanjutnya untuk suntingan yang berhasil. Ini adalah proses
yang sangat memakan waktu dan tidak boleh dilakukan dengan enteng! Saat menargetkan
break dsDNA untuk HDR, pilihan situs target jauh lebih dibatasi oleh lokasi penyisipan yang
diinginkan; Efisiensi berkurang secara dramatis ketika situs yang dipotong> 30nt dari ujung
proksimal dari template perbaikan. Ini berarti bahwa, untuk pengeditan gen, seringkali ada
potensi gRNA yang jauh lebih sedikit.