CEMARAN BAKTERI PATOGEN PADA AIR MINUM

Sarlen Sihombing 1) Tri Yahya Budiarso 2)

Fakultas Bioteknologi, Universitas Kristen Duta Wacana
Email: sihombingsarlen18@gmail.com

ABSTRAK

Air merupakan kebutuhan yang sangat mutlak bagi manusia. Air minum yang di konsumsi harus
memiliki standar yang ditetapkan Menteri Kesehatan Republik Indonesia Nomor
492/MENKES/PER/IV/2010. Kriteria air minum sehat, antara lain tidak berbau, tidak berwarna
dan tidak berasa, aman dinilai dari aspek fisika, kimiawi, dan mikrobiologis. Mikroorganisme
patogen yang masuk pada air minum dapat menyebabkan munculnya waterborne disease.
Kontaminasi ini dapat berasal dari alam, aktivitas manusia dan sanitasi yang digunakan.
Makalah ini bertujuan untuk memberikan informasi mengenai jenis-jenis bakteri patogen yang
menyebabkan penyakit beserta metode monitoring bakteri patogen pada air minum. Hasil studi
literatur menunjukkan bahwa bakteri yang mengkontaminasi air minum berasal dari sistem
pencernaan manusia dan hewan seperti Escherchia sp, Citrobacter sp, Edwardsiella sp,
Salmonella sp, Shigella sp, dan Enterobacter sp. Keberadaan kelompok bakteri ini berkaitan
erat dengan waterborne disease yang menyebakan penyakit pada manusia. Pemeriksaan
kualitas air minum dapat dilakukan dengan pengujian MPN (most probable number), uji fisika
dan uji kimia, pengujian secara mikriobiologis dengan metode molekuler menggunakan PCR
(polimerase chain reaction) dan deteksi E. coli O157: H7.

Kata kunci: waterborne disease, Patogen, air minum, Coliform

ABSTRACT
Water is an absolute necessity for human beings. Drinking water consumption must have
standards, drinking water standards set by the Minister of health of the Republic of Indonesia
Number 492/MENKES/PER/IV/2010. Healthy drinking water criteria, among others, is
odourless, colourless and tasteless. Additionally a healthy drinking water have to secure from
the aspect of physical, chemical, and purity. Pathogen microorganisms in drinking water can
cause the emergence of waterborne disease. This contamination can come from nature, human
activity and proses of sanitation. This paper is to provide information about the kinds of
pathogenic bacteria that causes the disease along with methods of monitoring pathogenic
bacteria in drinking water. The results of the study of the literature suggests that the bacteria
that contaminate drinking water comes from the digestive systems of humans and animals like
Escherichia sp, Citrobacter sp, Edwardsiella sp, Salmonella sp, Shigella sp, Enterobacter sp.
and the existence of this group of bacteria closely related to waterborne disease that cause
disease in humans. Examination of the quality of drinking water can be done by testing the MPN
(most probable number), test the physical and chemical test, test microbiologist with molecular
methods using PCR (polymerase chain reaction) and detection of e. coli O157: H7.
Key words: waterborne disease, Pathogen, drinking water, Coliform
PENDAHULUAN minum. Patogen yang sering ditemukan di dalam
air adalah bakteri-bakteri penyebab infeksi
Air merupakan kebutuhan yang sangat
saluran pencernaan seperti, Vibrio
mutlak bagi manusia. Mengingat betapa penting
cholerae penyebab penyakit kolera, Shigella
nya air bagi manusia, air minum yang di
dysenteriae penyebab disenteri
konsumsi harus memiliki standar yang
basiler, Salmonella typosa penyebab tifus dan S.
ditentukan Menteri Kesehatan Republik
paratyphi penyebab paratifus,
Indonesia Nomor 492/MENKES/PER/IV/2010.
Air minum yang dikonsumsi tidak menjadi Pada tahun 2009-2010 di 17 negara bagian
sarana penyebaran penyakit infeksi. Air minum kasus penyakit yang disebabkan oleh air minum,
yang sehat memiliki beberapa kriteria, secara rata-rata 1.040 orang sakit, 85 dirawat di rumah
makroskopis antara lain tidak berbau, tidak sakit (8,2% dari kasus) dan 9 kematian yang
berwarna, tidak berasa. Serta dalam aspek yang disebabkan oleh bakteri patogen pada air
lebih rinci, kriteria air minum dinilai dari aspek minum. Oleh karena itu, dalam penulisan ini
fisika, kimiawi, dan mikrobiologis. bertujuan untuk memberikan informasi jenis-
jenis bakteri patogen yang menyebabkan
Teknologi pengelolahan air modern
penyakit beserta metode monitoring bakteri
meskipun berteknologi tinggi, belum tentu steril
patogen pada air minum.
dan terbebas bakteri, terutama bakteri patogen
penyebab penyakit. Masuknya mikroorganisme 1. Kejadian Luar Biasa Waterborne
patogen pada air minum, terutama bakteri Disease
patogen yang beresiko menyebabkan munculnya
waterborne disease, dapat bersumber dari alam,
aktivitas manusia dan sanitasi yang digunakan.

Adanya mikroorganisme dalam air selalu

dikaitkan dengan konsumsi air minum yang
tercemar oleh kotoran manusia dan hewan.
Penyakit infeksi yang disebabkan oleh patogen
yang disebabkan oleh virus, bakteri dan parasit
merupakan resiko kesehatan yang paling umum
ditemui terkait dengan mengkonsumsi air
 Gambar 1 : Angka kasus penyakit yang di Pada tahun 2011-2012 departemen
sebabkan air minum, pada tahun 1971-2012 kesehatan, dari 14 negara bagian melaporkan 32
(CDC ,2015). kasus penyakit akibat air minum. Legionnella
menyebabkan 21 (66% wabah), 111 (26%) kasus
Kasus penyakit akibat air minum sudah penyakit dan 89% rawat inap dan 14 kematian.
dilaporkan sejak tahun 1971. Legionella Terdapat kasus penyakit yang disebabkan oleh
menyebabkan kasus penyakit yang paling umum bakteri selain legionnella yakni E.coli yang
sekitar 57,6% kasus penyakit. Sedangkan bakteri menyababkan 90 (21%) kasus penyakit
selain legionella menyebabkan kasus penyakit termasuk 56 (62%) kasus akibat Escherichia
sekitar 81,8%. coli memproduksi toxin shiga sebagai penyebab
utama wabah diare berdarah . Dua puluh empat
Center for Disease Control and Prevention
persen (24%) kasus penyakit disebabkan oleh
(CDC) melaporkan dalam kurun waktu 2009-
shigella conei dan 13% oleh Pantoea
2012 selalu terjadi kasus waterborne disease.
agromerans.
Dalam waktu empat tahun kasus penyakit yang
disebabkan oleh air yang dilaporkan dari Angka kejadian campylobacteriosis
departemen kesehatan, 17 negara bagian pada pasien penderita diare hampir sama dengan
melaporkan 33 kasus penyakit yang disebabkan kejadian salmonellosis atau shigellosis. Hasil
oleh air minum. Dalam kasus ini terdapat 1.040 penelitian di Amerika menunjukkan angka
orang sakit, 85 dirawat di rumah sakit (8,2% dari kejadian salmonellasis berkisar 30-1500
kasus) dan 9 kematian. Berdasarkan laporan kasus/1000.000 penduduk, infeksi Eschercia
yang diberikan, air minum yang tercemar Coli 30 kasus/tahun dan campylobacteriosis
legionella menyebabkan 19 kasus wabah, 72 1/1000 orang. Laporan dari negara Inggris lebih
kasus penyakit, 58 di rawat inap dan 8 kematian. dari 1% popolasi terinfeksi setiap tahunnya
Campylobacter menyebabkan 812 penyakit, 17 dengan kerugian ekonomi mencapai 12 miliar.
rawat inap dan tidak ada kematian.
Sebagian besar kejadian
Kasus penyakit akibat air minum sudah Campylobacteriosis pada manusia bersifat
dilaporkan sejak tahun 1971. Legionella sporadik. Penyakit ini pada umumnya terjadi
menyebabkan kasus penyakit yang paling umum pada musim semi dan gugur. Konsumsi air yang
sekitar 57,6% kasus penyakit. Sedangkan bakteri terkontaminasi sebagai sumber infeksi pada 30
selain legionella menyebabkan kasus penyakit dari 80 kejadian luar biasa Campyolobacteriosis
sekitar 81,8%. pada manusia, seperti yang dilaporkan oleh
CDC pada tahun 1971 dan 1992. Puncak
Campylobacter terjadi selama musim panas
 Di Amerika et al., 2003). Beberapa bakteri yang
Serikat, Campylobacter umumnya menyerang mengkontaminasi air minum berasal dri sistem
bayi, kurang lebih 14 per 100.000 bayi per tahun pencernaan manusia dan hewan seperti
terjangkit penyakit ini. Semakin bertambah Escherchia sp, Citrobacter sp, Edwardsiella sp,
umur (anak-anak), maka kejadian semakin Salmonella sp, Shigella sp, dan Enterobacter sp.
menurun yaitu 4/100.000 orang per tahun. Keberadaan kelompok baketeri ini berkaitan erat
Namun, kejadian pada orang dewasa meningkat dengan waterborne deases yang menyebakan
lagi yaitu sebesar 8/100.000 orang pertahun. penyakit pda manusia (Madigan et al., 2009)
Diantara umur remaja dan dewasa, diperkirakan
< 3/100.000 orang per tahun. Setiap orang ada Beberapa penyakit yang berhubungan

kecenderungan dapat terinfeksi kuman C. jejuni, dengan air telah dikenal sejak lama. Pencemaran

tetapi anak di bawah umur 5 tahun dan orang air minum oleh kotoran manusia (tinja), yang

dewasa (15-29 tahun) merupakan yang paling mengandung organisme yang dapat

rentan terinfeksi kuman ini. menimbulkan penyakit, bakteria patogen, dapat

menyebar dengan cepat ke seluruh sistem
2. Jenis-jenis bakteri Patogen jaringan pelayanan air minum tersebut, serta
Kontaminan Air Minum dapat menyebabkan wabah.

Kontaminasi mikrobiologis air sangat Mikrobia penyakit air juga berdampak di

berhubungan dengan buruknya pemeliharaan negara-negara berkembang. Jenis-jenis bakteri
sumber air sumur dan sanitasi yang digunakan yang sering terjadi wabah akibat mengkonsumsi
sehingga menyebabkan masuknya air minum dapat dilihat pada tabel 2.
mikroorganisme ke dalam sumber air (Howard

Table 2. Bakteri yang umumnya menyalurkan penyakit melalui air minum (Cabral,

2010).

Penyakit Bakteri agen

Cholera Vibrio cholerae, serovarieties O1 and O139
Gastroenteritis yang Mainly Vibrio parahaemolyticus
disebabkan oleh vibrios
Demam Tipes dan Salmonella enterica subsp. enterica serovar Paratyphi
salmonellosis Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi
Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium

Bacillary dysentery or Shigella dysenteriae

shigellosis Shigella flexneri
Shigella boydii
Shigella sonnei
Diare akut dan Escherichia coli, particularly serotypes such as O148, O157 and O124
gastroenteritis
bakteri ini. Penularannya bukan dari manusia ke
Bakteri penyebab pencemaran air bersifat patogen manusia. Penyakit Legionella merupakan penyakit
dan menyebabkan penyakit antara lain sebagai nomor 3 di Amerika. Dilaporkan 15 30% paseien
berikut : yang masuk ke unit gawat darurat dengan gejala
Salmonella adalah enterobactericeae yang seperti pneumonia ternyata menderita
terdistribusi secara luas di dalam lingkungan dan Legionellosis. Legionella juga bisa disebabkan
meliputi lebih dari 2.000 stereotipe. Salmonella karena infeksi. Banyak kasus Legioenlla tidak
merupakan bakteri patogen paling utama yang dapat didiagnosis disebabkan oleh karena gejala
terdapat di air limbah yang dapat menyebabkan klinisnya mirip dengan pneumonia.
demam typus dan gastroenteristis (radang lambung Campylobacter jejuni adalah spesies bakteria
/ perut). Konsentrasi Salmonella di dalam air berbentuk lengkung, batang, non-spora, gram
limbah berkisar dari beberapa sel sampai mencapai negatif dan bersifat motil. Pada umumnya, bakteria
8.000 organisme per 100 ml air limbah. tersebut ditemukan di kotoran hewan, tumbuh pada
Diperkirakan bahwa hampir 0.1% penduduk suhu 37-42C (Carter et al., 2004). Bakteria ini
mengeluarkan Salmonella di dalam tinja. Di bersifat zoonosis dan menyebabkan penyakit yang
Amerika Serikat Salmonellosis terutama disebut dengan campylobacteriosis. Gastroenteritis
disebabkan oleh kontaminasi pada makanan, tetapi pada manusia di dunia salah satunya juga di
pada kontaminasi air minum juga masih menjadi sebabkan oleh bakteria tersebut. Mengkonsumsi air
perhatian yang utama. yang terkontaminasi oleh spesies Campylobacter
Legionellasis adalah penyakit yang di dapat menimbulkan penyakit, tetapi sangat jarang
sebabkan oleh bakteri patogen Legionella. mengakibatkan kematian (Adenkunle et al., 2009).
Penyakit legionella mempunyai sifat gejala klinis Penyakit ini berhubungan dengan Guillain-Barre
berat. Legionella merupakan penyakit yang di syndrome (GBS), yang biasanya berkembang dua
sebabkan oleh lingkungan dimana penularannya sampai tiga bulan setelah infeksi dan berkaitan
dari sumber air atau tanah yang tercemar oleh dengan sistem imun (Carter et al., 2004)
 Gejala yang timbul akibat penyakit ini adalah
berupa sakit kepala, demam, gangguan saluran
pencernaan seperti mual, muntah, sakit perut, dan
diare yang sering disertai dengan darah, bahkan
menyerang otot yang menimbulkan nyeri otot.
Metode Monitoring Bakteri Patogen Pada Air
Minum
Pemeriksaan uji air minum cukup
bervariasi. Mulai dari pengujian MPN (most
probable number), uji biokimia air, dan deteksi
molekuler dengan metode PCR (polimerase chain
reaction) dan deteksi E. coli O157: H7.
1. Uji MPN
Uji mikrobiologis dengan metode MPN
merupakan pemeriksaan sederhana yang dapat
mengidentifikasi bakteri pencemar terhadap air
minum. Metode MPN adalah metode perhitungan
mikroorgnisme yang meggunakan data dari hasil
pertumbuhan mikroorganisme pada medium cair
spesifik dalam seri tabung yang ditanam dari
sampel padat atau cair yang ditanam berdasarkan
jumlah sampel atau diencerkan menurut tingkat
seri tabungnya sehingga dihasilkan kisaran jumlah
mikroorganisme yang diuji dalam nilai MPN atau
satuan volume (masa sampel).
MPN juga dapat diartikan sebagai perkiraan
jumlah individu bakteri dan juga merupakan
metode yang paling sederhana yang digunkan
untuk menguji kualitas air. Satuan yang digunakan
per 100 mL atau per gram. Jadi, misalnya terdapat
nilai MPN 10/g dalam sebuah sampel air, artinya
dalam sampel air tersebut diperkirakan setidaknya
mengandung 10 coliform pada setiap gramnya.
Semakin kecil nilai MPN, maka semakin tinggi
kualitas air minum tersebut dan layak untuk
diminum. Dalam metode MPN digunakan medium
cair didalam tabung reaksi, dalam hal ini
perhitungan dilakukan berdasarkan jumlah tabung
positif. Pengamatan tabung yang positif dapat
dilihat dengan mengamati adanya kekeruhan atau
terbentuknya gas di dalam tabung durham.
Metode MPN melalui 3 tahap, yaitu:
1. Uji Penduga untuk bakteri coliform dan
E.coli (Presumtive Test)
Merupakan tes pendahuluan tentang ada
tidaknya kehadiran bakteri coliform berdasarkan
terbentuknya asam dan gas disebabkan karena
fermentasi laktosa oleh bakteri golongan koli.
Terbentuknya asam dilihat dari kekeruhan pada
media laktosa pada suhu 35C0.5C, dan gas yang
dihasilkan dapat dilihat dalam tabung durham
berupa gelembung udara. Tabung dinyatakan
positif jika terbentuk gas sebanyak 10% atau lebih
dari volume di dalam tabung durham. Lakukan
konsfirmasi test pada semua tabung yang
mengandung gas.
2. Uji Penegasan untuk bakteri coliform
(Confirmation Test)
Hasil uji dugaan dilanjutkan dengan uji
ketetapan/penegasan. Ada 2 cara untuk melakukan
uji ini yaitu : Uji dapat dilakukan seperti
pendugaan, hanya di dalam media perlu
ditambahkan zat warna hijau media BGLB tidak-berspora. Jika pada uji penduga tidak
(Briliant Green Lactose Broth). Pada medium ini menunjukkan adanya coliform maka tidak perlu
kemudian diinokulasikan beberapa ml air yang dilakukan uji pelengkap. Output metode MPN
mengandung bakteri yang menghasilkan gas. adalah nilai MPN. Nilai MPN adalah perkiraan
Untuk membedakan bakteri golongan coli dari jumlah unit tumbuh (growth unit) atau unit
bakteri golongan coli fecal (berasal dari tinja pembentuk-koloni (colonyforming unit) dalam
hewan), pekerjaan dibuat duplo, dimana satu seri sampel. Namun, pada umumnya, nilai MPN juga
diinkubasi pada suhu 37C (untuk golongan coli) diartikan sebagai perkiraan jumlah individu
dan satu diinkubasi pada suhu 44C (untuk bakteri. Satuan yang digunakan, umumnya per 100
golongan coli fecal). Bakteri golongan coli tidak mL atau per gram. Jadi misalnya terdapat nilai
dapat tumbuh dengan baik pada suhu 44C, MPN 10/g dalam sebuah sampel air, artinya dalam
sedangkan golongan coli fecal dapat tumbuh sampel air tersebut diperkirakan setidaknya
dengan baik pada suhu 44C. mengandung 10 coliform pada setiap gramnya.
Makin kecil nilai MPN, maka air tersebut makin
Menginokulasikan air yang menghasilkan gas
tinggi kualitasnya, dan makin layak minum.
ke dalam cawan petri berisi medium yang
Metode MPN memiliki limit kepercayaan 95
mengandung laktose dan methylen blue. Jika dalam
persen sehingga pada setiap nilai MPN, terdapat
24 jam tumbuh koloni-koloni yang mengkilap
jangkauan nilai MPN terendah dan nilai MPN
seperti logam maka tes ini positif.
tertinggi.
3. Uji Pelengkap untuk E.coli (Completed
Uji Biokimia Bakteri
Test)
Uji biokimia bakteri merupakan suatu cara
Pada uji ini diambil inokulum dari suatu
atau perlakuan yang dilakukan untuk
kolon pada cawan petri (uji konfirmasi cara 2).
mengidentifikasi dan mendeterminasi suatu biakan
Inokulum dimasukkan ke dalam medium cair yang
murni bakteri hasil isolasi melalui sifat - sifat
mengandung laktose dan dari inokulum tersebut
fisiologinya. Proses biokimia erat kaitannya
dibuat gesekan pada agar-agar miring. Jika
dengan metabolisme sel, yakni selama reaksi
kemudian timbul gas dalam cairan laktose, pada
kimiawi yang dilakukan oleh sel yang
agar-agar miring ditemukan basil-basil gram
menghasilkan energi maupun yang menggunakan
negatif yang berupa spora maka tes dinyatakan
energi untuk sintesis komponen-komponen sel dan
positif. Uji kelengkapan ini kembali meyakinkan
untuk kegiatan selular, seperti pergerakan. Suatu
hasil tes uji konfirmasi dengan mendeteksi sifat
bakteri tidak dapat dideterminasi hanya
fermentatif dan pengamatan mikroskop terhadap
berdasarkan sifat-sifat morfologinya saja, sehingga
ciri-ciri coliform: berbentuk batang, gram negatif,
perlu diteliti sifat-sifat biokimia dan faktor-faktor
yang mempengaruhi pertumbuhannya.
fisiologi ataupun biokimia merupakan kriteria yang
amat penting di dalam identifikasi spesimen
bakteri yang tidak dikenal karena
morfologis biakan ataupun sel bakteri yang
berbeda dapat tampak serupa, tanpa
pegamatan fisiologis yang memadai mengenai
kandungan organik yang diperiksa maka penentuan
spesiesnya tidak mungkin dilakukan. Karakterisasi
dan klasifikasi sebagian mikroorganisme seperti
bakteri berdasarkan pada reaksi enzimatik maupun
biokimia. Mikroorganisme dapat tumbuh pada
beberapa tipe media yang memproduksi tipe
metabolit yang dapat dideteksi dengan reaksi
antara mikroorganisme dengan reagen test yang
dapat menghasilkan perubahan warna reagen
(Cowan, 2004).
Dengan menanamkan bakteri
medium, maka akan diketahui sifat-sifat suatu
koloni bakteri. Sifat-sifat suatu koloni tersebut
ialah sifat-sifat yang memiliki hubungan dengan
bentuk, susunan, permukaan, pengkilatan, dan
sebagainya. Identifikasi bakteri dapat diketahui
dengan menanamkan sampel bakteri dalam media
seperti media gula-gula dan penanaman dalam
IMVIC. Uji IMVIC ini merupakan singkatan dari
uji Indol, Metil Red, Voges Proskauer, dan Citrate.
Berikut beberapa uji Biokimia
digunakan untuk identifikasi bakteri antara lain :
1. Uji Indol
Media yang dipakai adalah pepton 1%. Uji
indol digunakan untuk mengetahui apakah kuman
Ciri mempunyai enzim triptophanase sehingga kuman
tersebut mampu mengoksidasi asam amino
triptophan membentuk indol. Adanya indol dapat
secara diketahui dengan penambahan reagen
Ehrlich/Kovacs yang berisi paradimetil amino
hasil bensaldehid. Interpretasi hasil : negatif (-): Tidak
terbentuk lapisan cincin berwarna merah pada
permukaan biakan, artinya bakteri ini tidak
membentuk indol dari triptophan sebagai sumber
karbon. Positif (+) : Terbentuk lapisan cincin
berwarna merah pada permukaan biakan, artinya
bakteri ini membentuk indol dari triptophan
sebagai sumber karbon (Cowan, 2004).
2. Uji MR (Metil Red)
Media yang digunakan adalah pepton
glukosa phosphat. Uji ini digunakan untuk
mengetahui adanya fermentasi asam campuran
(metilen glikon). Interpretasi hasil: negatif (-):
pada
Tidak terjadi perubahan warna media menjadi
merah setelah ditambah methyl red 1%. Positif
(+) : Terjadi perubahan warna media menjadi
merah setelah ditambahkan methyl red 1%. Artinya
bakteri menghasilkan asam campuran (metilen
glikon) dari proses fermentasi glukosa yang
terkandung dalam media MR (Cowan,2004).
3. Uji Voges-Proskauer
Uji ini digunakan untuk mengidentifikasi
mikroorganisme yang melaksanakan fermentasi
yang 2,3-butanadiol. Bila bakteri memfermentasi
karbohidrat menjadi 2,3-butanadiol sebagai produk
utama, akan terjadi penumpukan bahan tersebut
dalam media pertumbuhan. Penambahan 40%
KOH dan 5% larutan alphanaphtol dalam ethanol
dapat menentukan adanya asetoin (asetil metil
karbonil), suatu senyawa pemuka dalam sintesis
2,3- butanadiol. Pada penambahan KOH, adanya
asetoin ditunjukan adanya perubahan
menjadi merah muda. Perubahan warna ini
diperjelas dengan penambahan larutan alpha-
naphtol.
4. Uji Citrate
Uji citrate digunakan untuk
kemampuan mikroorganisme menggunakan sitrat
sebagai satu-satunya sumber karbon dan energi.
Untuk uji ini dapat digunakan medium sitratkoser
berupa medium cair. Bila mikroorganisme mampu
menggunakan sitrat, maka asam akan dihilangkan
dari medium biakan, sehingga menyebabkan
peningkatan pH dan mengubah warna medium dari
hijau menjadi biru. Perubahan warna dari hijau
menjadi biru menunjukan bahwa mikroorganisme
mampu menggunakan sitrat sebagai satusatunya
sumber karbon. Sedangkan para medium sitrat-
koser kemampuan menggunakan sitrat ditunjukan
oleh kekeruhan yang menandakan
pertumbuhan.
Deteksi Molekuler PCR (polimerase chain
reaction)
Deteksi bakteri patogen pada air sangat
berpengaruh terhadap keamanan sumber
minum. Meskipun bakteri fecal indikator seperti
coliform E.coli rutin digunakan untuk monitoring
dan kontrol regulator, kemajuan peralatan dan
teknik baru memberikan solusi evaluasi dan
karakterisasi patogen pada air. Monitoring
waterborne pathogen langsung, sekarang dapat
dilakukan untuk mikroorganisme yang menjadi
perhatian. Peralatan molekuler dengan metode
warna PCR sudah digunakan sejak tahun 1984 untuk
deteksiwaterborne pathogen dan sampai saat ini
masih terus digunakan untuk meningkatkan
kecepatan proses analisis (Mitchel dan Gu, 2010).
Metode PCR mampu memberikan hasil
melihat dengan tingkat sensitifitas dan spesifitas tinggi
tanpa membutuhkan metode kultivasi kompleks
dan penambahan tahapan konfirmasi. Beberapa
metode molekuler telah diterapkan untuk
mendeteksi keberadaan coliform pada air dan air
minum. Metode ini melibatkan fragmen DNA
target yang diperoleh dari proses ekstraksi DNA
untik diamplifikasikan melalui siklus replikasi.
Replikasi dapat dilakukan secara in vitro ataupun
in situ, meliputi reaksi rantai dikatalis oleh DNA
polimerase dan penggunaan primer
oligunukleotida. Siklus PCR menghasilkan jumlah
target skuen amplifikasi eksponensial dan secara
adanya signifikan meningkatkan probalitas deteksi sekuen
yang uni dengan jumlah target mikroorganisme
dalam jumlah yang kecil pada sampel. Proses
amplifikasi terdiri atas: denaturasi DNA
(annealing) pada temperatur hibridisasi spesifik,
dan elongasi (Rompre et al., 2002).
air Langkah pertama sistem amplifikasi PCR
adalah denaturasi ternal sampel DNA dengan
menaikkan temperatur dalam tube reaksi sampai
95C. Temperatur dipertahankan selama sekitar
satu menit. Pemanasan sampai mendekati titik
didih mendenaturasi DNA target dan membuat
sebuah set template utas tunggal. Pemanasan
meningkatkan energi tersebut lebih besar energi
yang dibutuhkan untuk mempertahankan ikatan
hidrogen di antara pasangan basa, dan DNA utas
untai ganda menjadi utas tunggal.
Pada tahap annealing, penurunan suhu secara
bertahap sampai sekitar 40-60C akan melekatkan
primer ke sekuesn komplementernya pada template
utas tunggal. Temperatur annealing yang optimum
bervaiasi tergantung pada proporsi pasangan AT
dan GC pada sekuens primer. Karena primer yang
ditambahkan berlebih dan pendek, maka primer
akan melekat pada sekuens target yang panjang
sebelum dua utas asli melekat kembali.
Temperatur annealing antara 55-72C
umumnya memberikan hasil yang terbaik. Pada
konsentrasi primer sebesar 0,2 M, proses
pelekatan primer hanya memerlukan waktu
beberapa detik. Peningkatan temperatur annealing
akan meningkatkan seleksi terhadap primer
annealing yang salah serta mengurangi meluasnya
nukleotida yang tidak tepat pada ujung 3 dari
primer. Maka, temperatur annealing yang
meningkat khususnya pada beberapa siklus awal,
akan meningkatkan spesifitas.
Deteksi E. coli O157: H7
Sebagian besar efek merugikan dari kejadian
infeksi Escherichia coli O157:H7 diawali dengan
dihasilkannya salah satu atau kedua jenis toksin
yaitu Shiga Like Toxin-1 (Stx- 1) maupun Shiga
Like Toxin-2 (Stx-2) (Barlow et al., 2006; Centers
for Disease Control and Prevention, 2000). Metode
deteksi yang didasarkan atas polymerase chain
reactin (PCR) merupakan suatu alat yang sangat
membantu karena spesifisitasnya tinggi serta
kesederhanaannya. Gen target untuk deteksi
spesifik dengan teknik PCR biasanya terkait
dengan faktor virulensi dari patogen seperti: gen
E.coli O157:H7 untuk biosintesis antigen O (gen
rfb), gen terkait dengan glukoronidase (gen uidA),
gen terkait dengan verotoksin (gen Shigalike
toxins, stx1 dan stx2) dan gen yang terkait dengan
protein yang berperanan dalam perlekatan (gen
eaeA) (FDA, 2015)
Identifikasi Serotipe E. coli O157
Identifikasi serotipe E. coli O157 mengacu
pada prosedur hasil positif pada media EMBA
yang typical E.coli. Seleksi selanjutnya ditanam
pada media sorbitol MacConkey agar (SMAC)
(Oxoid CM 0813). E.coli O157 bersifat negatif
sorbitol sehingga memberikan tidak berwarna atau
colourless. Isolat terduga O157 kemudian uji
secara serologis menggunakan uji aglutinasi Latex
(Oxoid). Hasil uji positif aglituansi kemudian di
deteksi ada tidaknya gen penghasil shiga toxin
untuk (stx1+, stx2).
Uji Aglutinasi dengan E.coli O157 Latex
Agglutination Test
Koloni yang di tumbuhkan pada media
SMAC diinkubasi pada suhu 37C 1C selama
18-24 jam hasil positif ditandai dengan adanya
warna pucat, netral/abu-abu dan memiliki diameter
1-2 mm. Koloni yang menunjukkan hasil positif
pada media SMAC dan isolat kontrol dikonfirmasi
dengan E.coli O157 Latex agglutination test
(Oxoid DR620 M), dengan cara menginokulasi 2-3
ose biakan pada 1 ml NaCl fisiologis, dipanaskan Selain media TC- SMAC dapat juga
pada suhu 1000 C selama 1 jam, dan digunakan media Rainbow agar O157 atau R&F
mereaksikannya dengan pereaksi lateks (1 tetes E.coli O157:H7 agar, koloni tipe E.coli O157:H7
isolat ditambah 1 tetes pereaksi lateks). Hasil menimbulkan dengan warna hitam atau biru
positif ditandai dengan terbentuknya presipitasi, kehitaman.
sesuai dengan kontrol positif yang tersedia (FDA,
2015)

LP 43(F)
Gambar 2: Penampakkan tipe E.coli (5ATCCTATTCCCGGGAGTTACG-3)
strain O157:H7 pada media TC-SMAC, dan
Rainbow Agar O157 dan media agar LP 44(R)

R&F E.coli O157:H7 (FDA, 2015). (5GCGTCATCGTATACACAGGAGC-

3)
Deteksi Gen Shiga Like Toxin (stx) dengan
Untuk deteksi gen stx2 (produk PCR 584 bp)
Polymerase Chain Reaction (PCR)
seperti yang dilaporkan oleh Moon et al.,
Deteksi keberadaan gen shiga
(2004). Reaksi PCR untuk deteksi gen stx1 dan
like toxin dilakukan menggunakan
stx2 dilakukan pada total volume 41 l yang
primer:
mengandung 1,5 l DNA template, 36,5 l PCR
LP30(F)
SuprRmix 2x dan 1,5 l masing-masing primer.
(5CAGTTAATGTGGTGGCGAAGG-
Amplifikasi dilakukan pada mesin
3)
LP 31 (R) Thermalcycler Model TC25/H dengan kondisi

(5CACCAGACAATGTAACCGCTG- predenaturasi pada suhu 94C selama 7 menit,

3) diikuti 35 siklus dengan kondisi reaksi

Untuk deteksi gen stxl (produk PCR 348 denaturasi 94C selama 1 menit, annealing pada
bp) 50C selama 35 detik, dan polimerisasi pada
suhu 72C selama 2 menit. Pada bagian akhir
ditambahkan dengan polimerisasi pada suhu
72C selama 5 menit.
KESIMPULAN
1.Bakteri patogen yang mengkontaminasi air
minum umumnya berasal dari kelompok bakteri
penghuni sistem pencernaan manusia dan hewan
seperti Escherchia sp, Citrobacter
Edwardsiella sp, Salmonella sp, Shigella sp, dan
Enterobacter sp. Keberadaan kelompok bakteri
ini berkaitan erat dengan muculnya waterborne
disease yang menyebakan penyakit
manusia.
2.Uji kualitas mikrobiologis air minum dapat
dilakukan dengan beberapa metode, seperti
pengujian MPN (most probable number) uji
penduga untuk bakteri coliform dan E.coli
(Presumtive Test) uji penegasan untuk bakteri
coliform (Confirmation Test) uji pelengkap
untuk E.coli (Completed Test) yang terdiri dari
uji indol, uji MR (Methyl Red), uji Voges-
Proskauer, uji Citrate, uji biokimia yang terdiri
dari uji indol, uji MR (Methyl Red), uji Voges-
Proskauer, uji Citrate, deteksi molekuler dengan
metode PCR (polimerase chain reaction) dan
deteksi E. coli O157: H7.
DAFTAR PUSTAKA
Bridson EY. 1998. The Oxoid Manual. 8thEd.
Cabral, JPS. 2010. Bacterial pathogens dan
water microbiology. Water. Int.
Environ. Res. Public Health 7:3657-
3703.
Centers for Disease Control and Prevention.
2000. Escherichia coli O157:H7. http/
www.cdc.gov/ncidod/dmd/disease info/
escherichiacoli.g.htm.
Cowan, S.T and Steel, K.J 1993. Manual for
Identification of Medical Bacteria.
Edition III. Cambrige University Press.
New York. Cambrige. Hall 42-45.
sp,
Feng, P., R. Lum, and G. Chang. 1991.
Identification of uidA gene sequences in
beta-D-glucuronidase (-) Escherichia
coli. Appl. Environ. Microbiol. 57:320-
pada
323.
Food & Drug Testing Methodologies for E. coli
O157:H7 and Salmonella species in
Spent Sprout Irrigation Water (or
Sprouts)
http://www.fda.gov/downloads/food/foo
dscienceresearch/laboratorymethods/uc
m467055.pdf.
Food & Drug. 1998. Fish and Fisheries Products
Hazards and Control Guide. 2nd ed.
Office of Seafood, CFSAN, U.S. FDA,
Public Health Service, Dept. Health and
Human Services, Washington DC.
Howard, G., Pedley, S., Barret, M., Nalubega,
M,. Johal, K.2003. Risk faktors
contributing to microbiological
contamination of shallow groundwater
in Kampala, Ugdana. G. Howard et al./
Water Res. 37:3421-3429.
Madigan, MT., Martinko, JM., Dunlap, PV.,
Clark, DP. 2009. Brock : Biology of
J.
microorganisme. Edisi 12. Prentice Hall.
Mitchel, R., Gu, J-D. 2010. Environmental
Microbiology. Second Edition. Willey-
 Blackwell: A Jhon Willey dan Sons. Inc.
Publicatoin, 57-61.
Rompre, A., Servais, P., Baudart, J., de-Roubin, emerging approaches. J. Microbiol.
Marie-Renee., Laurent, P 2002. Methods 49 : 31 - 54
Detection and enumeration of coliforms
in drinking wat.er: current methods and