Resume 1 Genetika 2

Oleh : Arika Masruroh (120341400032), Lely Mardiyanti (120341421998)

Regulasi Ekspresi Gen pada Prokaryot

Bakteri seperti E.colli adalah mikroorganisme yang tersebar luas di
lingkungan luar pada kondisi apapun yang berdampak langsung terhadap aktivitas
kehidupannya. Namun demikian teori evolusi berlaku dalam menentukan kehidupan
berbagai organisme termasuk E.colli ini. Dan mengakibatkan strai E.colli yang paling
adaptif terhadap perbahan lingkungan inilah yang dapat hidup. Demikian,
disimpulkan bahwa mayoritas organisme prokaryot termasuk E.colli memiliki
kapabilitas atau kemampuan untuk beradaptasi terhadap perubahan lingkungan.
Kemampuan beradaptasi bakteri dan organisme prokariot lain sangat
ditentukan oleh kemampuannya dalam mengaktifkan dan mematikan ekspresi set
gen tertentu sebagai suatu respon spesifik terhadap suatu perubahan tertentu pada
lingkungan ekstraselulernya. Secara singkatnya dapat dinyatakan bahwa organisme
prokaryotic memiliki kemampuan untuk mengatur ekspresi suatu gen tertentu sebagai
respon atas sinyal perubahan lingkungan. Dalam suatu kondisi tertentu, suatu ekspresi
dari gen tertentu akan diaktifkan hanya ketika produk dari ekspresi gen tersebut
diperlukan untuk tumbuh pada lingkungan yang ditempatinya. Kebalikannya adalah
apabila produk dari ekspresi suatu gen spesifik tidak lagi diperlukan untuk tumbuh
pada lingkungan yang ditempatinya, maka ekspresi dari gen tersebut akan dimatikan
(dihentikan). Secara jelas dapat terlihat bahwa kemampuan ini akan sangat
meningkatkan daya tahan hidup dari suatu (koloni) bakteri. Dengan mematikan
ekspresi suatu gen pada saat produk dari ekspresi gen tersebut tidak lagi dibutuhkan,
maka organisme prokaryotic dapat menghemat energi yang dimilikinya serta dapat
mengalokasikan jumlah energi yang hendaknya akan digunakan untuk ekspresi gen
tersebut ke aktivitas seluler lain, misalnya pertumbuhan.
Proses ekspresi suatu gen suatu organisme dapat diatur (diregulasi) dalam
berbagai tingkatan yang berbeda dimana setiap tingkatannya memiliki mekanisme
regulasi yang spesifik juga. Namun, mayoritas proses regulasi genetik pada
organisme prokaryot, diatur menggunakan mode regulasi transkripsi (regulation of
transcription mode). Meskipun demikian tidak menutup adanya mekanisme regulasi
genetik lain yang terjadi pada organisme prokaryot. Maka berdasarkan hal tersebut
setidaknya terdapat dua tipe mekanisme umum yang termasuk dalam mode regulasi
transkripsi (regulation of transcription mode), yakni hidup-mati ekspresi gen sebagai
respon cepat terhadap perubahan lingkungan (rapid turn-on and turn-off of gene
expressions in response to environmental changes) merupakan mekanisme dimana
suatu set protein regulator dapat berperan secara instan sebagai saklar yang
menghidupkan atau mematikan ekspresi suatu gen berdasarkan rangsang kimawi atau
fisis yang diterimanya dari lingkungan ekstraseluler. Dan pra-pemprograman sirkuit
ekspresi gen (preprogrammed circuit of gene expression) dimana produk ekspresi
dari suatu gen secara bergantian saling mematikan dan menyalakan transkripsi gen
yang lain.

Induksi dan Represi pada Prokaryot

Produk-produk gen tertentu seperti protein ribosomal, rRNA, tRNA, RNA
polimerase, dan enzim-enzim yang mengatalisis berbagai reaksi metabolisme yang
berkaitan dengan fungsi pemeliharaan sel merupakan komponen esensial bagi semua
sel. Gen yang selalu dan secara berkelanjutan terekspresi pada suatu sel ini disebut
sebagai gen penjaga rumah (housekeeping genes).
Peristiwa induksi dapat dikatakan sebagai peristiwa dimana ekspresi suatu gen
diaktifkan sebagai akibat adanya suatu senyawa substrat tertentu pada lingkungan
ekstraseluler, dan akan dimatikan jika substrat dilingkngan eksternalnya telah hilang.
Peristiwa represi adalah peristiwa ekspresi suatu gen diaktifkan sebagai akibat dari
tidak adanya suatu senyawa substrat tertentu pada lingkungan ekstraseluler, demikian
sehingga ekspresi gen tersebut akan dimatikan jika terdapa substrat dilingkungan
eksternalnya.

Model Operon
 Pada tahun 1961, F.Jacob dan J.Monod menemukan suatu set sekuens gen
yang saling berdekatan dan tersusun dalam urutan spesifik serta berfungsi untuk
mengatur ekspresi gen konstitutif. Regulator merupakan sequens gen yang
mengkodekan protein repressor, protein repressor ini jika berikatan dengan operator
dari suatu gen maka proses transkripsi gen tersebut tidak akan terjadi. Hal ini
dikarenakan ikatan antara protein repressor dengan sekuens gen operator akan
menyebabkan RNA Polimerase tidak dapat menempel pada promoter, sehingga RNA
polymerase tidak akan dapat mentraskripsi gen struktural. Operator ini biasanya
terletak diantara promoter dan gen struktural. Secara umum susunan empat sekuens
gen yaknni regulator, promoter, operator, gen structural disebut operon.u gen dit
Ada tidaknya molekul efektor pada lingkungan intra maupun ekstraseluler
akan sangat berpengaruh terhadap aktif tidaknya protein repressor. Ada 2 prinsip
kerja operon yaitu :
1. Operon indusibel : protein repressor hanya mampu berikatan dengan
operator jika dia diketemukan dalam kondisi tidak berikatan dengan
molekul efektor.
2. Operon represibel : protein repressor hanya mampu berikatan dengan
operator jika berikatan dengan molekul efektor.

Operon Lac, Sebuah Operon Indusibel

Jacob dan Monod merumuskan konsep operon berdasarkan penelitian mereka
mengenai operon lac pada E.colli. Operon lac tersusun atas sebuah promoter, sebuha
operator dan tiga buah gen structural yakni gen z, y, dan a, dimana ketiga gen ini
mengkodekan enzim -galaktosidase, -galaktosidase permease dan -galaktosidase
transasetilase. -galaktosidase berfungsi untuk memecah laktosa menjadi glukosa dan
galaktosa, -galaktosidase permese merupakan pompa protein yang memasukkan
laktosa kedalam sel, sedangkan -galaktosidase transasetilase, memiliki fungsi yang
belum diketahui. Operon lac ini memiliki gen regulator yang disebut dengan gen i.
Protein represor dari operon lac yang dikodekan oleh gen I akan menjadi inaktif
apabila berikatan dengan allolactosa sebagai molekul efektornya (induser).
Allolactosa merupakan derivat laktosa yang dihasilkan dari reaksi pemecahan laktosa
oleh enzim -galaktosidase. Saat berikatan dengan alolactosa protein repressor akan
inaktif dan melepaskan ikatannya dengan operator sehingga proses transkripsi gen
structural operon lac dapat dilakukan.

Operon Trp, Sebuah Operon Repressible

Charles Yanofsky dan kolega menjelaskan analisisnya secara detail mengenai
organisasi kelima struktur gen dan regulasi skeuense yang berdekatan dengan trp
operon. Tidak adanya tryptophan, RNA polymerase mengikat daerah promoter dan
mentranskrip strucktural gen dari operon. Jika tryptophan tersedia repressor/co-
repressor akan mengikat daerah operator dan mencegah RNA polimerase mengikat
promoter. Produksi dari struktur gen trp operon akan terus berkurang sampai 10xlipat
dengan penambahan tryptophan ke medium. Pengurangan regulasi trp operon ke level
dua ini disebut attenuation (terjadi oleh tryptophan-mediate berhenti pada transkripsi
trpL daerah di operon.

Control Positif Operon Laktosa Oleh CAP dan AMP Siklis (CAMP)
Represi katabolisme (efek glukosa) adalah fenomena glukosa yang mencegah
induksi operon laktosa seperti operon lain mengontrol enzim yang terlibat dalam
katabolime karbohidrat. Represi katabolisme operon laktosa dikenal sebagai media
control positif transkripsi oleh protein regulator yang dinamakan CAP dan molekul
efektor kecil yang dinamakan AMP siklis (Adenosine-3, 5-phosphat). CAP disebut
juga sebagai protein reseptor AMP siklik (CAMP). Kompleks CAP-CAMP harus
berikatan pada promoter laktosa agar operon dapat terinduksi. Mereka merupakan
control positif dari transkripsi operon laktosa. CAP berfungsi sebagai dimer seperti
repressor laktosa yang multimerik pada daerah fungsionalnya. CAMP berperan
sebagai molekul efektor yang menggabungkan CAP pada promoter laktosa saat
transkripsi operon laktosa. Konsentrasi tinggi glukosa dapat menurubkan konsentrasi
intraselular CAMP. Kemungkinan hal tersebut dikarenakan glukosa menghambat
aktivitas adenylcyclase (enzim yang mengkatalisis perubahan CAMP dari ATP). Saat
CAP dan promoter laktosa tidak membentuk ikatan, maka RNA polymerase tidak
dapat berikatan dengan promoter laktosa.
Regulasi Komplek Operon Arabinosa
Pada operon laktosa dan tryptophan, produk gen regulator yaitu repressor
berfungsi negative atau menonaktifkan transkripsi operon. Protein regulator utama
pada operon arabinose berperan sebagai regulator positif dan negative transkripsi gen
structural. Elemen yang mengontrol transkripsi operon arabinose berperan sebagai
perantara 200 pasang nukleotida dengan promoter. Operon arabinose E. coli memiliki
tiga gen structural yaitu araB, araA dan araD yang mengkode tiga enzim dalam
katabolisme arabinose. Tiga gen itu tidak terdapat dalam satu mRNA yang dikenal
sebagai Promotor (PBAD: transport aktif arabinose ke dalam sel yang dibawa oleh
produk gen araE, araF dan araG). Protein regulator utama dari operon arabinose
(protein araC) dihasilkan dari transkripsi yang diinisiasi pada promotor Pc. Protein
araC berperan sebagai regulator negative (repressor) dalam transkripsi gen struktural
araB, araA dan araD dari promotor PBAD saat arabinose dan CAMP tidak ada. Protein
araC juga berperan sebagai regulator positif (activator) transkripsi tiga gen structural
tersebut dari promotor PBAD saat arabinose dan CAMP ada. Jadi, Protein araC akan
menjadi regulator positif dan negative bergantung pada ada atau tidaknya arabinose
dan CAMP. Induksi operon arabinose terjadi saat dalam keadaan regulasi positif.
Tempat araC protein berikatan dengan kompleks CAMP-CAP berada di daerah
araI. Represi operon arabinose pada ikatan protein araC di tempat yang dinamakan
araO2 (Operator arabinose kedua), sekitar 211 pasang nukleotida dari ikatan protein
araC di araI. Operator araO1 yaitu operator arabinose pertama yang mengontrol
transkripsi gen regulator araC yang diinisiasi pada Pc. Saat represi operon arabinose,
protein araC harus berikatan membentuk dimer pata daerah araI dan daerah araO2,
kemudian protein tersebut saling berikatan membentuk sebuah loop DNA. Terbukti
jika adanya insersi atau delesi lima pasang nukleotida di daerah antara araI dan araO2,
maka represi normal operon tidak dapat terjadi. Ketika struktur loop terbentuk, maka
ikatan dengan RNA polymerase pada PBAD operon tidak boleh terjadi. kehadiran
arabinose dan CAMP akan menginduksi operon arabinose. Protein araC merupakan
aktifator transkripsi operon. Kompleks arabinose-protein araC dan kompleks CAMP-
CAP membuka loop dengan ikatan pada area araI. Hal tersebut berlangsung setelah
RNA polymerase berikatan pada daerah PBAD dan inisiasi transkripsi gen structural
arabinose terjadi.

Represi Prophage Lamda Selama Lysogenic

Ketika bagkeriofag seperti lambda muncul pada profag sel lisogenik, gen
pengkode produk yang terlibat dalam jalur litik seperti gen pengontrol replikasi DNA
fag, morfogenesis fag dan gen yang mengontrol pelisisan sel inang tidak
diekspresikan. Gen C1 fag lambda mengkode repressor yang berikatan dengan dua
daerah operator yang mengontrol transkripsi gen lambda pada pertumbuhan litik. Dua
daerah operator itu adalah OL (untuk transkripsi ke kanan) dan OR (untuk transkripsi
ke kiri). Mereka overlap dengan sequence promotor pada mengikat RNA polymerase
dan menginisiasi transkripsi gen pengontrol pembentukan litik. Dengan terikatnya
repressor pada dua operator membuat RNA polymerase tidak dapat berikatan dengan
dua promotor dan inisiasi transkripsi tidak dapat terjadi. dengan begitu, gen fag tetap
terepresi dan membuat profag dorman beralih dari sel inang parental menuju sel anak
dari generasi ke generasi. Operator fag lambda memiliki tiga lokasi ikatan repressor
yang serupa namun tidak identic. Interaksi repressor lambda dengan sequence DNA
OLPL dan QRPR memungkinkan pemutusan anatar permentukan litik atau lisogenik
pasca menginfeksi E. coli.

Kontrol Operon Tryptophan Dengan Pelemahan/penipisan

Represi dan derepresi dapat mengubah tingkat ekspresi gen structural operon
tryptophan sekitar 70 kali lipat. Muatan trpR tidak bisa membuat repressor.
Penambahan tryptophan akan membantu pertumbuhan sel. Sedangkan ketiadaan
tryptophan menyebabkan pengurangan 8-10 kali sintesis enzim untuk biosintesis
tryptophan. Delesi pada daerah trpL meningkatkan ekspresi operon tryptophan. Tahap
kedua regulasi operon tryptophan dinamakan pelemahan/penipisan. Dan sequence
tanpa trpL yang mengontrol fenomena tersebut adalah pelemah. Pelemahan terjadi
dengan mengontrol terminasi dan transkripsi pada daerah dekat ujung sequence
leader mRNA. Sinyal terminasi transkripsi menghasilkan RNA yang berpotensi
membentuk ikatan hydrogen (hairpin). Sequence leader mRNA operon tryptophan
sepanjang 162 nukleotida terdiri atas sequence-sequence yang dapat dipasangkan
pada bentuk alternative struktur sekunder. Dua bentuk sequence itu dikenali sebagai
transkripsi terminasi hairpin. Hairpin dibentuk oleh pasangan nukleotida sequence
144-121 dan 126-134. Struktur sekunder merupakan pasangan leader sequence 74-85
dan 108-119. Jika sequence 74-85 dan 108-119 dipasangkan, pelemah transkripsi-
terminasi hairpin tidak dapat terbentuk.

Feedback Inhibisi dan Enzim Allosteric

Feedback inhibisi atau inhibisi produk akhir adalah fenomena dimana produk
akhir seperti tryptophan dan histidine akan menghibisi enzim pertama dari jalur
biosistetis. Produk akhir atau tempat ikatan regulator merupakan subunit (polipeptida)
yang berbeda dari tempat substrat. Produk akhir yang berikatan dengan enzim akan
membuat suatu perubahan yang dinamakan transisi allosteric yang mengurangi
aftinitas substratnya. Protein yang mengalami perubahan biasanya disebut sebagai
protein allosteric.

Sequence Temporal Ekspresi Gen Selama infeksi Fag

Satu set gen fag biasanya disebut sebagai gen awal yang diekspresikan segera
setelah infeksi. Produk dari gen awal dapat menonaktifkan ekspresi gen awal dan
mengaktifkan ekspresi set gen berikutnya. Regulasi ekspresi gen sequensial selama
infeksi fag terjadi selama tahap transkripsi. Misalnya pada fag T7 yang menginfeksi
E. coli. Gen awalnya yang mengkode T7 RNA polymerase, mentranskripsi semua
gen setelahnya.