Biokimia adalah kimia makhluk hidup.

Biokimiawan mempelajari molekul dan reaksi

kimia terkatalisis oleh enzim yang berlangsung dalam semua organisme. Lihat artikel biologi
molekular untuk diagram dan deskripsi hubungan antara biokimia, biologi molekular,
dan genetika.
Biokimia merupakan ilmu yang mempelajari struktur dan fungsi komponen seluler,
seperti protein, karbohidrat, lipid, asam nukleat, dan biomolekul lainnya. Saat ini biokimia lebih
terfokus secara khusus pada kimia reaksi termediasi enzim dan sifat-sifat protein.
Saat ini, biokimia metabolisme sel telah banyak dipelajari. Bidang lain dalam biokimia di
antaranya sandi genetik (DNA, RNA), sintesis protein, angkutan membran sel, dan transduksi
sinyal.

Daftar isi
[sembunyikan]

1Perkembangan biokimia
2Biomolekul
o 2.1Karbohidrat
o 2.2Lipid
o 2.3Protein
o 2.4Asam nukleat
3Karbohidrat
o 3.1Monosakarida
o 3.2Disakarida
o 3.3Oligosakarida dan polisakarida
o 3.4Penggunaan karbohidat sebagai sumber energi
3.4.1Glikolisis (anaerob)
3.4.2Aerob
3.4.3Glukoneogenesis
4Protein
5Lipid
6Asam nukleat
7Lihat pula
8Pranala keluar
9Referensi

Perkembangan biokimia[sunting | sunting sumber]

Kebangkitan biokimia diawali dengan penemuan pertama molekul enzim, diastase, pada
tahun 1833 oleh Anselme Payen. Tahun 1828, Friedrich Whler menerbitkan sebuah buku
tentang sintesis urea, yang membuktikan bahwa senyawa organik dapat dibuat secara mandiri.
Penemuan ini bertolak belakang dengan pemahaman umum pada waktu itu yang meyakini
bahwa senyawa organik hanya bisa dibuat oleh organisme. Istilah biokimia pertama kali
dikemukakan pada tahun 1903 oleh Karl Neuber, seorang kimiawan Jerman. Sejak saat itu,
biokimia semakin berkembang, terutama sejak pertengahan abad ke-20, dengan ditemukannya
teknik-teknik baru seperti kromatografi, difraksi sinar X, elektroforesis, RMI (nuclear magnetic
resonance, NMR), pelabelan radioisotop, mikroskop elektron, dan simulasi dinamika molekular.
Teknik-teknik ini memungkinkan penemuan dan analisis yang lebih mendalam berbagai molekul
dan jalur metabolik sel, seperti glikolisis dan siklus Krebs. Perkembangan ilmu baru
seperti bioinformatika juga banyak membantu dalam peramalan dan pemodelan struktur molekul
raksasa.
Saat ini, penemuan-penemuan biokimia digunakan di berbagai bidang, mulai
dari genetika hingga biologi molekular dan dari pertanian hingga kedokteran. Penerapan
biokimia yang pertama kali barangkali adalah dalam pembuatan roti menggunakan khamir,
sekitar 5000 tahun yang lalu.
Penemuan penting lain di bidang biokimia adalah penemuan gen dan perannya dalam
mentransfer informasi di dalam sel. Bagian biokimia ini terkadang juga disebut dengan biologi
molekuler. Pada tahun 1950-an, James D. Watson, Francis Crick, Rosalind Franklin,
dan Maurice Wilkins menemukan bagaimana struktur DNA dan mencoba mencari hubungannya
dengan transfer informasi genetik. Pada tahun 1958, George Beadle dan Edward Tatum berhasil
memenangkan Hadiah Nobel akibat penelitian mereka mengenai jamur yang menunjukkan
bahwa satu gen memproduksi satu enzim. Pada tahun 1988, Colin Pitchfork adalah orang
pertama yang terbukti melakukan tindak kriminal melalui bukti DNA. Belum lama ini, Andrew Z.
Fire dan Craig C. Mello memenangkan Hadiah Nobel pada tahun 2006 atas penemuan fungsi
dari RNA interferensi (RNAi).

Biomolekul[sunting | sunting sumber]

Ada 4 kelas molekul utama dalam biokimia yaitu: karbohidrat, lipid, protein, dan asam nukleat.
Banyak molekul biologi merupakan "polimer": dalam kasus ini, monomer adalah mikromolekul
yang relatif kecil yang bergabung menjadi satu untuk membentuk makromolekul-makromolekul,
yang kemudian disebut sebagai "polimer". Ketika banyak monomer bergabung untuk
mensintesis sebuah polimer biologis, mereka melalui proses/tahap yang disebut dengan sintesis
dehidrasi.

Karbohidrat[sunting | sunting sumber]

Artikel utama untuk bagian ini adalah: Karbohidrat, Monosakarida, Disakarida,
dan Polisakarida

Sebuah molekul sukrosa (glukosa + fruktosa), sebuah disakarida.

Karbohidrat tersusun dari monomer yang disebut sebagai monosakarida. Contoh dari
monosakarida adalah glukosa (C6H12O6), fruktosa (C6H12O6), dan deoksiribosa (C5H10O4). Ketika
2 monosakarida melalui proses sintesis dehidrasi, maka air akan terbentuk, karena 2
atom hidrogen dan satu atom oksigentelepas dari 2 gugus hidroksil monosakarida.

Lipid[sunting | sunting sumber]

Sebuah trigliserida dengan satu molekul gliserol (kiri) dan 3 molekul asam lemak.

Lipid biasanya terbentuk dari satu molekul gliserol yang bergabung dengan molekul lain.
Di trigliserida, ada satu mol gliserol dan tiga molekul asam lemak. Asam lemak merupakan
monomer disini.
Lipid, terutama fosfolipid, juga digunakan di beberapa produk obat-obatan, misalnya sebagai
bahan pelarut (contohnya di infus parenteral) atau sebagai komponen pembawa obat (contohnya
di liposom atau transfersom).

Protein[sunting | sunting sumber]

Artikel utama untuk bagian ini adalah: Protein dan Asam amino
Struktur umum dari asam -amino, dengan grup amino di sebelah kiri dan grup karboksil di sebelah kanan.

Protein merupakan molekul yang sangat besar-atau makrobiopolimer- yang tersusun dari
monomer yang disebut asam amino. Ada 20 asam amino standar, yang masing-masing terdiri
dari sebuah gugus karboksil, sebuah gugus amino, dan rantai samping (disebut sebagai grup
"R"). Grup "R" ini yang menjadikan setiap asam amino berbeda, dan ciri-ciri dari rantai samping
ini akan berpengaruh keseluruhan terhadap suatu protein. Ketika asam amino bergabung,
mereka membentuk ikatan khusus yang disebut ikatan peptida melalui sintesis dehidrasi, dan
menjadi Polipeptida, atau protein.

Asam nukleat[sunting | sunting sumber]

Artikel utama untuk bagian ini adalah: Asam nukleat, DNA, RNA, dan Nukleotida

Struktur dari asam deoksiribosa nukleat (DNA), gambar ini menunjukkan monomernya diletakkan
bersamaan.

Asam nukleat adalah molekul yang membentuk DNA, substansi yang sangat penting yang
digunakan oleh semua organisme seluler untuk menyimpan informasi genetik. Jenis asam
nukleat yang paling umum adalah asam deoksiribosa nukleat dan asam ribonukleat.
Monomernya disebut nukleotida. Nukleotida yang paling umum
diantaranya Adenin, Sitosin, Guanin, Timin, dan Urasil. Adenin berpasangan dengan timin dan
urasil, timin hanya berpasangan dengan adenin; sitosin dan guanin hanya dapat berpasangan
satu sama lain.

Karbohidrat[sunting | sunting sumber]

Artikel utama untuk bagian ini adalah: Karbohidrat
Fungsi dari karbohidrat adalah sebagai pembangun dan sumber energi. Gula merupakan
karbohidrat, tetapi tidak semua karbohidrat adalah gula. Jumlah karbohidrat di bumi lebih banyak
daripada jumlah biomolekul manapun.

Monosakarida[sunting | sunting sumber]

Glukosa, atau juga dikenal dengan gula darah.

Tipe karbohidrat yang paling sederhana adalah monosakarida, yang biasanya terdiri dari
atom karbon, hidrogen, dan oksigen, kebanyakan dengan perbandingan 1:2:1 (formula
umumnya CnH2nOn, dimana npaling kecil adalah 3). Glukosa, salah satu karbohidrat yang paling
penting, merupakan contoh dari monosakarida. Juga termasuk dengan fruktosa, gula yang
biasanya ditemukan dalam manisnya buah-buahan.[1][a] Beberapa karbohidrat (terutama
setelah kondensasi menjadi oligo- dan polisakarida) memiliki jumlah karbon yang relatif lebih
rendah daripada H dan O. Monosakarida dapat dikelompokkan ke aldosa (mempunyai
grup aldehida di akhir rantainya, contohnya glukosa) dan ketosa (mempunyai grup keton di
rantainya, contohnya fruktosa).

Disakarida[sunting | sunting sumber]

Sukrosa: gula tebu dan mungkin karbohidrat yang paling dikenal.

Dua monosakarida dapat bergabung menjadi satu melalui sintesis dehidrasi. Maka, akan
dilepaskan satu atom hidrogen dan satu grup hidroksil (OH-). Atom hidrogen dan hidroksil akan
bergabung dan membentuk molekul air (H-OH atau H2O), maka dari itu disebut "dehidrasi".
Molekul baru ini disebut "disakarida". Reaksinya pun bisa berbalik arah (reaksi pemecahan),
dengan menggunakan satu molekul air untuk memecah satu molekul disakarida, maka akan
memecah ikatan glikosidik pada disakarida. Reaksi inilah yang disebut dengan hidrolisis. Jenis
disakarida yang paling dikenal adalah sukrosa atau yang biasanya kita kenal dengan gula tebu.
Satu molekul sukrosa terdiri dari satu molekul glukosa dan satu molekul fruktosa. Disakarida
yang lain contohnya laktosa, terdiri dari satu molekul glukosa dan satu molekul galaktosa. Di
dalam tubuh, dikenal adanya enzim laktase yang memecah laktosa menjadi glukosa dan
galaktosa. Biasanya, pada orang berusia lanjut, produksi laktase semakin sedikit dan akibatnya
adalah penyakit intoleransi laktosa.

Oligosakarida dan polisakarida[sunting | sunting sumber]

Selulosa sebagai polimer -D-glukosa

Ketika beberapa (sekitar 3-6) monosakarida bergabung menjadi satu, maka akan disebut
sebagai oligosakarida (oligo- artinya "sedikit"). Jika banyak monosakarida bergabung menjadi
satu, maka akan disebut sebagai polisakarida. Monosakarida dapat bergabunf membentuk satu
rantai panjang, atau mungkin bercabang-cabang. 2 jenis polisakarida yang paling dikenal
adalah selulosa dan glikogen, dua-duanya terdiri dari monomer glukosa.

Selulosa dibuat oleh tumbuhan dan merupakan komponen penting yang membentuk dinding
sel. Manusia tidak bisa membuat ataupun mencerna selulosa.
Glikogen, atau nama lainnya adalah gula otot, digunakan oleh manusia dan hewan sebagai
sumber energi.
Penggunaan karbohidat sebagai sumber energi[sunting | sunting
sumber]
Artikel utama untuk bagian ini adalah: Metabolisme karbohidrat
Glukosa merupakan sumber energi utama bagi makhluk hidup. Contohnya, polisakarida akan
dipecah menjadi monomer-monomernya (fosforilase glikogen akan membuang residu glukosa
dari glikogen). Disakarida seperti laktosa atau sukrosa akan dipecah menjadi 2 komponen
monosakaridanya.
Glikolisis (anaerob)[sunting | sunting sumber]
Glukosa akan dicerna dalam tubuh dalam reaksi respirasi. Tahapan pertama dalam reaksi
respirasi adalah glikolisis. Tahapan glikolisis dimulai dari satu molekul glukosa sampai tahap
akhirnya akan dihasilkan 2 molekul piruvat. Tahap ini juga akan menghasilkan 2 ATP dan
memberikan dua elektron dan satu hidrogen pada NAD+ sehingga menjadi NADH. Tahap ini
tidak membutuhkan oksigen. Jika persediaan oksigen dalam tubuh tidak cukup, maka NADH
akan digunakan untuk mengubah piruvat menjadi asam laktat (dalam tubuh manusia]] atau
menjadi etanol dan karbon dioksida.
Aerob[sunting | sunting sumber]
Dalam respirasi aerob, sel yang mendapat cukup oksigen, piruvat yang dihasilkan dari tahap
glikolisis akan dicerna kembali dan diubah menjadi Asetil Ko-A. Piruvat akan membuang satu
atom karbonnya (menjadi karbon dioksida) dan akan memberikan elektronnya lagi pada
NAD+ sehingga menjadi NADH. 2 molekul Asetil Ko-A akan memasuki tahap siklus Krebs, dan
akan menghasilkan lagi 2 ATP, 6 molekul NADH, dan 2 ubiquinon (FADH2), serta karbon
dioksida. Energi di NADH dan FADH2 nantinya akan digunakan di transpor elektron. Energi ini
dipakai dengan cara dilepaskannya elektron dan H+ dari NADH dan FADH2 secara bertahap
di sistem transpor elektron. Sistem transpor elektron akan memompa H+ keluar dari membran
dalam mitokondria. Konsentrasi H+ di luar membran dalam mitokondria akan menyebabkan
gradien proton, sehingga H+ akan masuk kembali ke membran dalam mitokondria melalui ATP
sintase. Oksigen bertugas sebagai penerima elektron akhir, sehingga proses pembentukan ATP
terus berlanjut. Oksigen yang bergabung dengan H+ akan membentuk air. NAD+ dan FAD akan
digunakan kembali dalam sistem respirasi, seperti yang telah dijelaskan sebelumnya. Hal ini
yang menyebabkan mengapa kita menghirup oksigen dan melepaskan karbon dioksida. Dalam 1
molekul glukosa akan dihasilkan total 36 ATP, dan satu ATP dapat melepaskan 7,3 kilokalori.
Glukoneogenesis[sunting | sunting sumber]
Artikel utama untuk bagian ini adalah: Glukoneogenesis
Dalam tubuh vertebrata, otot lurik yang dipaksa bekerja keras (misalnya selagi angkat beban
atau lari), tidak akan mendapatkan oksigen yang cukup sehingga akan melakukan
metabolisme anaerob, maka akan mengubah glukosa menjadi asam laktat. Organ hati akan
menghasilkan kembali glukosa tersebut, melalui proses yang dinamakan glukoneogenesis.
Proses glukoneogenesis sebenarnya membutuhkan energi 3 kali lebih banyak daripada yang
dihasilkan dalam proses glikolisis (ada 6 ATP yang dibuat, sedangkan glikolisis hanya
menghasilkan 2 ATP).

Protein[sunting | sunting sumber]

Artikel utama untuk bagian ini adalah: Protein
Skema dari hemoglobin. Pita warna merah dan biru adalah protein globin; sedangkan struktur hijau adalah
grup heme.

Seperti karbohidrat, beberapa protein juga memiliki fungsi vital dalam tubuh. Contohnya,
pergerakan dari protein aktin dan miosin sangat berperan bagi kontraksi otot lurik. Salah satu ciri
dari kebanyakan protein adalah mereka hanya dapat mengikat secara spesifik, hanya satu
molekul tertentu atau satu grup molekul, sehingga sangat selektif. Antibodi adalah satu contoh
protein yang hanya dapat mengikat satu tipe molekul saja. Salah satu jenis protein yang paling
penting adalah enzim. Molekul enzim hanya dapat mengenali satu jenis molekul reaktan saja,
reaktan ini disebut sebagai substrat. Enzim akan mengkatalis reaksi, sehingga energi aktivasi
akan menurun, dan kecepatan reaksi dapat berlangsung lebih cepat sampai 1011 kalinya.
Sebuah reaksi mungkin akan memakan waktu 3.000 tahun untuk betul-betul selesai, tetapi
dengan enzim mungkin menjadi kurang dari satu detik. Enzim sendiri tidak digunakan dalam
proses reaksinya, sehingga akan langsung mengkatalis substrat lainnya.
Pada dasarnya, protein terdiri dari rantai asam amino. Sebuah asam amino terdiri dari satu atom
karbon yang berikatan dengan 4 grup. Grup pertama dalah gugus amino, NH2, grup kedua
adalah asam karboksilik, COOH (meskipun eksisnya sebagai NH3+ dan COO dalam
kondisi fisiologis). Grup yang ketiga adalah atom hidrogen. Grup yang keempat biasanya
disingkat sebagai "R", dan grup inilah yang membedakan antar asam amino. Ada 20 macam
asam amino standar. Beberapa dari mereka mempunyai fungsi sendiri-sendiri, misalnya, fungsi
glutamat adalah sebagai neurotransmiter.

Asam amino (1) dalam bentuk netral, (2) dalam bentuk fisiologis, dan (3) dalam bentuk gabungan bersama
sebagai dipeptida.

Asam amino dapat bergabung melalui ikatan peptida. Dalam sintesis dehidrasi ini, sebuah
molekul air akan dilepaskan dan ikatan peptida akan menghubungkan atom nitrogen dari asam
amino yang satu dengan atom karbon dari gugus asam karboksil lain. Maka, hasilnya
adalah dipeptida. Rangkaian beberapa asam amino (biasanya lebih kecil dari 30) disebut
polipeptida. Untuk rangkaian yang lebih panjang, biasanya disebut sebagai protein. Sebagai
contoh, protein albumin pada plasma darah terdiri dari 585 residu asam amino.
Struktur dari protein bisa dijelaskan melalui empat tingkatan. Struktur primer dari protein terdiri
dari rangkaian linear asam amino, misalnya, "alanin-glisin-triptofan-serin-glutamat-asparagin-
glisin-lisin-". Struktur sekunder lebih kepada morfologi lokal. Beberapa kombinasi dari asam
amino akan cenderung membentuk gulungan yang disebut dengan -helix atau menjadi
lembaran yang disebut dengan -sheet. Struktur tersier adalah bentuk 3 dimensi protein tersebut
secara keseluruha. Bentuk ini akan ditentukan oleh urutan asam amino. Jika ada satu perubahan
saja maka akan mengubah keseluruhan struktur. Rantai alfa hemoglobin terdiri dari 146 residu
asam amino, jika residu glutamat di posisi ke-6 digantikan dengan valin, maka akan mengubah
sifat hemoglobin tersebut, dan mengakibatkan penyakit anemia sel sabit. Struktur kuartener lebih
memfokuskan pada struktur dari protein dengan beberapa subunit peptida. Contohnya,
hemoglobin dengan keempat subunitnya. Tidak semua protein memiliki lebih dari satu subunit.
Protein yang masuk ke dalam tubuh akan dipecah menjadi asam amino atau dipeptida di
dalam usus halus, baru kemudian bisa diserap oleh tubuh. Nantinya, asam amino ini dapat
bergabung kembali untuk membentuk protein yang baru. Produk antara dari glikolisis, siklus
asam sitrat, dan jalur fosfat pentosa dapat digunakan untuk membentuk kedua puluh macam
asam amino. Manusia dan mamalia lainnya hanya dapat mensintesa separuh dari ke-20 macam
amino tersebut. Tubuh manusia tidak dapat
mensintesa isoleusin, leusin, lisin, metionin, fenilalanin, treonin, triptofan, dan valin. Asam amino
ini merupakan asam amino esensial, karena penting bagi tubuh. Mamalia dapat mensintesa
asam amino non esensial,
yaitu alanin, asparagin, aspartat, sistein, glutamat, glutamin, glisin, prolin, serin,
dan tirosin. Arginin dan histidin juga dapat disintesa mamalia, tetapi hanya dapat diproduksi
dalam jumlah terbatas, sehingga terkadang juga disebut sebagai asam amino esensial.
Jika gugus amino dilepaskan dari sebuah asam amino, maka akan menyisakan asam keto-.
Enzim transaminase akan mudah memindahkan gugus amino yang lepas ini ke asam keto-
lainnya. Hal ini penting di dalam biosintesis dari asam amino, seperti dalam banyak jalur, zat
antara dari jalur biokimia lainnya akan diubah menjadi asam keto-, lalu sebuah gugus amino
ditambahkan lewat transaminasi. Maka, asam amino dapat digabung-gabungkan untuk
membentuk protein.
Proses yang mirip digunakan untuk memecah protein. Pertama-tama, protein akan terhidrolisa
menjadi komponen-komponennya, yaitu asam amino. Amonia bebas (NH3), berada dalam
bentuk ion amonium (NH4+) di dalam darah, akan berbahaya bagi tubuh, maka harus
dikeluarkan. Organisme uniseluler hanya tinggal melepaskan saja amonia ini keluar tubuh. Di
dalam tubuh mamalia, amonia akan diubah menjadi urea, lewat siklus urea.

Lipid[sunting | sunting sumber]

Artikel utama untuk bagian ini adalah: Lipid
Kata lipid merujuk kepada suatu kelompok molekul yang beragam, termasuk juga kelompok
molekul yang sulit larut dalam air (contohnya malam, asam lemak, dan turunan asam lemak
seperti fosfolipid, sfingolipid, glikolipid, dan terpenoid. Beberapa lipid merupakan
molekul alifatik linear, tetapi ada juga yang mempunyai struktur cincin. Beberapa juga
molekul aromatik, dan beberapa juga lunak.
Beberapa lipid mempunyaii sifat polar meskipun kebanyakan dari mereka merupakan
nonpolar/hidrofobik ("takut air"). Tapi ada beberapa bagian dari strukturnya
bersifat hidrofilik("suka-air"), sehingga membuat molekul ini menjadi amfifilik (mempunyai sifat
hidrofobik dan hidrofilik). Dalam kasus kolesterol, gugus polarnya hanya -OH (hidroksil atau
alkohol). Dalam kasus fosfolipid, gugus polarnya lebih besar sehingga dianggap polar.
Lipid merupakan salah satu unsur penting dalm tubuh. Kebanyakan produk minyak dan produk
susu yang kita gunakan untuk masak dan makan seperti mentega, keju, dan minyak samin terdiri
dari lemak. Makanan yang mengandung lemak, jika dicerna dalam tubuh maka akan dipecah
menjadi asam lemak dan gliserol.

Asam nukleat[sunting | sunting sumber]

Artikel utama untuk bagian ini adalah: Asam nukleat
Asam nukleat merupakan makromolekul biokimia yang kompleks, terdiri dari rantai-rantai
nukleotida yang menyimpan informasi genetik. Jenis asam nukleat yang paling umum adalah
asam deoksiribonukleat (DNA) dan asam ribonukleat (RNA). Asam nukleat ditemukan di segala
jenis sel makhluk hidup dan virus. Disamping sebagai penyimpan informasi genetik, asam
nukleat juga berperan dalam penyampai pesan kedua, serta pembentuk molekul dasar
untuk adenosin trifosfat.
Monomer dari asam nukleat disebut nukleotida, dan tiap nukleotida terdiri dari 3 komponen: basa
nitrogen (purin dan pirimidin), gula pentosa/senyawa gula karbon-5, dan gugus fosfat.
Perbedaan tipe asam nukleat dapat ditemukan di jenis gula pada rantainya (contohnya, DNA
terdiri dari 2 deoksiribosa). Juga, jenis basa nitrogen yang mungkin ada di asam nukleat juga
bisa berbeda: adenin, sitosin, dan guanin bisa ada di RNA dan DNA, timin hanya pada DNA, dan
urasil hanya pada RNA.

Lihat pula[sunting | sunting sumber]

 Portal Kimia

Daftar topik biokimia

Biologi molekular
Daftar biomolekul
Ekologi kimia
Biofisika
Metabolom
Metabolomika
Obat-obatan molekular
Biokimia tanaman
Biologi struktural
Stoikiometri
Molekul kecil
Kedokteran hewan