Jamur juga berperan sangat penting dalam fermentasi makanan dan obat –
obatan. Sebagai contoh, jamur yang termasuk kelompok Zygomycota,
misalnya Rhizopus dapat digunakan secara komersial pada pembuatan
tempe.
Beberapa jenis lain juga dimanfaatkan dalam industri alkohol dan untuk
mengempukkan daging. Ada pula jenis lain yang mampu memproduksi
pigmen kuning yang digunakan untuk memberi warna pada margarin.