Dari segi perindustrian, mikroba merupakan pabrik zat kimia yang mampu melakukan

perubahan yang dikehendaki. Mikroba merombak bahan mentah dan mengubah bahan mentah
menjadi suatu produk baru. Beberapa prasyarat yang harus dipenuhi dalam proses mikrobiologi
industri, antara lain (Waluyo, 2005):
a. Organisme
Organisme yang akan digunakan harus dapat menghasilkan produk dalam jumlah yang cukup
banyak. Karakteristik penting yang harus dimiliki mikroorganisme industri yaitu harus tumbuh
cepat dan menghasilkan produk yang diharapkan dalam waktu yang relatif singkat, memiliki
sifat-sifat genetik yang stabil, mampu menghasilkan substansi yang menarik, serta dapat
dipelihara dalam periode waktu yang sangat panjang di laboratorium. Mikroba yang digunakan
dalam industri adalah kapang, khamir, bakteri, dan virus.
b. Medium
Substrat yang digunakan oleh organisme untuk membuat produk baru harus murah dan tersedia
dalam jumlah yang banyak. Misalnya, limbah yang banyak mengandung nutrisi dari industri
persusuan dan industri kertas untuk menghasilkan bahan-bahan yang bernilai tinggi.
c. Hasil
Fermentasi industri dilakukan dalam tangki-tangki yang besar kapasitasnya dapat mencapai
200.000 liter. Produk metabolisme mikroba biasanya merupakan campuran heterogen yang
terdiri dari sel-sel mikroorganisme dalam jumlah yang sangat banyak, komponen-komponen
medium yang tidak terpakai, dan produk-produk metabolisme yang tidak dikehendaki. Karena
itu, harus dikembangkan metode-metode yang mudah dilaksanakan dalam skala besar untuk
memisahkan dan memurnikan produk akhir yang diinginkan.
d. Tidak berbahaya bagi manusia, dan secara ekonomik penting bagi hewan dan tumbuhan.
e. Bersifat non-patogen dan bebas toksin, atau jika menghasilkan toksin harus cepat di-inaktifkan.
f. Mudah dipindahkan dari medium biakan. Di laboratorium, sel mikroorganisme pertama kali
dipindahkan dengan sentrifugasi, tetapi sentrifugasi bersifat sulit dan mahal untuk industri skala-
besar.
g. Mikroorganisme lebih disukai jika berukuran besar, karena sel lebih mudah dipindahkan dari
biakan dengan penyaringan (dengan bahan penyaring yang relatif murah). Sehingga, fungi, ragi,
dan bakteri berfilamen lebih disukai. Bakteri unisel, berukuran kecil sehingga sulit dipisahkan
dari biakan cair.
 h. Mikroorganisme industri harus dapat direkayasa secara genetik. Rekayasa genetika pada
mikroba bertujuan untuk meningkatkan efektivitas kerja mikroba tersebut (misalnya mikroba
untuk fermentasi, pengikat nitrogen udara, meningkatkan kesuburan tanah, mempercepat proses
kompos dan pembuatan makanan ternak, mikroba prebiotik untuk makanan olahan), untuk
menghasilkan bahan obat-obatan dan kosmetika, serta Pembuatan insulin manusia dari bakteri
(Sel pankreas yang mempu mensekresi Insulin digunting, potongan DNA itu disisipkan ke dalam
Plasmid bakteri) DNA rekombinan yang terbentuk menyatu dengan Plasmid diinjeksikan lagi ke
vektor, jika hidup segera dikembangbiakkan.

1) Bakteri
Ada berbagai macam bakteri yang berperan penting dalam industri khususnya proses
fermentasi, antara lain sebagai berikut (Anonim, 2010):
1. Acetobacter acetii
Bakteri ini penting dalam produksi asam asetat yang mengoksidasi alkohol sehingga
menjadi asam asetat. Banyak terdapat pada ragi tapai, yang menyebabkan tapai yang melewati 2
hari fermentasi akan menjadi berasa asam.
2. Acetobacter xylinum
Bakteri ini digunakan dalam pembuatan nata de coco. Acetobacter xylinummampu
mensintesis selulosa dari gula yang dikonsumsi. Nata yang dihasilkan berupa pelikel yang
mengambang di permukaan substrat. Bakteri ini juga terdapat produk kombucha yaitu fermentasi
dari teh.
3. Bacillus sp.
Bacillus sp. merupakan genus dengan kemampuan yang paling luas. Pada mulanya hanya
digunakan untuk menghasilkan enzim amilase. Namun kini berkembang untuk bioinsektisida
yang diwakili Bacillus thuringiensis maupun untuk penanganan limbahBacillus
subtilis dan Bacillus megaterium. Melalui rekayasa genetika, kini bakteri ini juga digunakan
untuk produksi bahan baku plastik ramah lingkungan.
4. Bividobacterium sp.
Bakteri ini bersifat anaerob dan digunakan sebagai mikroba probiotik. Produk probiotik
dari bakteri ini biasanya berbentuk padat.
5. Lactobacillus sp.
Bakteri ini cukup populer karena selain dapat digunakan dalam produksi asam lakat juga
berperan dalam fermentasi pangan seperti yogurt, saurkeraut dan juga produk probiotik yang saat
ini banyak diminati masyarakat. Probiotik merupakan mikrobia yang dikonsumsi untuk mengatur
flora usus. Asam laktat dari bakteri ini dapat dibuat poli asam laktat sebagai bahan baku plastik
ramah lingkungan.

2) Khamir
 Khamir ada yang yang bermanfaat dan ada pula yang membahayakan manusia. Khamir
banyak dimanfaatkan dalam bidang industri yaitu proses fermentasi pada pembuatan roti, bir,
wine, vinegar dan sebagainya. Khamir yang tidak diinginkan adalah yang ada pada makanan dan
menyebabkan kerusakan pada saurkraut, jus buah, sirup, molase, madu, jelly, daging dan
sebagainya.
Khamir yang memiliki peranan yang menguntungkan diantaranya sebagai berikut (Black,
2002):
1. Saccharomyces cerevisiae, merupakan khamir yang paling populer dalam pengolahan makanan.
Khamir ini telah lama digunakan dalam industri wine dan bir. Dalam industri pangan, khamir
digunakan dalam pengembang adonan roti dan dikenal sebagai ragi roti.
2. Saccharomyces roxii, adalah khamir yang digunakan dalam pembuatan kecap dan berkontribusi
pada pembentukan aroma.

3) Jamur
Jamur yang memiliki peranan yang menguntungkan diantaranya sebagai berikut (Pelczar, 1988):
1. Aspergillus niger. Jamur ini digunakan dalam pembuatan asam sitrat. Asam sitrat merupakan
salah satu asam organik yang banyak digunakan dalam bidang industri pangan misalnya pada
pembuatan permen dan minuman kemasan. Jamur ini sering mengontaminasi makanan misalnya
roti tawar.
2. Rhizopus oryzae. Jamur ini penting pada pembuatan tempe. Aktivitas jamur Rhizopus oryzae
menjadikan nutrisi pada tempe siap dikonsumsi manusia. Aktivitas enzim yang dihasilkan
menjadikan protein terlarut meningkat. Produk tempe kini juga telah dikembngkan menjadi
isoflavon yang penting bagi kesehatan.
3. Neurospora sitophila. Jamur ini merupakan sumber beta karoten pada fermentasi tradisional.
Produk oncom yang dikenal di Jawa Barat adalah hasil fermentasi yang dilakukan Neurospora
sitophila. Produksi spora untuk sumber beta karoten yang dapat disubstitusikan pada makanan
juga telah diteliti. Selain mampu memberikan asupan, beta karoten juga merupakan sumber
warna yang cukup menarik.
4. Monascus purpureus. Jamur ini dikalangan mikrobiolog jarang dikenal karena produk yang
dihasilkan. Mula pertama jamur ini ditemukan di Jawa namun menjadi produk utama Cina
dengan nama angkak. Angkak adalah fermentasi pada beras. Jamur ini menghasilkan pewarna
alami yang umumnya digunakan pada masakan Cina. Saat ini telah ditemukan adanya zat aktif
pada ngkak yang dapat membantu kesehatan dan telah dikemas dalam bentuk kapsul.
5. Penicillium sp. Jamur ini paling terkenal karena kemampuannya menghasilkan antibiotika yang
disebut pensilin. Sejak pertama kali dikenal terus digunakan sampai sekarang. Jamur pengasil
antibiotika saat ini telah banyak diketahui sehingga ragam antibiotik pun semakin banyak. Selain
itu pembuatan antibiotika, spesies yang lain juga digunakan dalam pembuatan keju khusus.