1. Sumber energi mikroba selain foton dari cahaya matahari
semua organisme hidup membutuhkan sumber energi. Beberapa bentuk kehidupan, seperti tumbuhan hijau, dapat menggunakan energi pancaran atau cahaya dan dinamakan fototrof. Yang lain, seperti hewan bergantung pada oksidasi atau kehilangan elektron dari suatu atom. Senyawa-senyawa kimia untuk memperoleh energinya. Makhluk –makhluk ini disebut kemotrof. Semua organisme membutuhkan karbon, semua membutuhkan sedikitnya sejumlah kecil karbon dioksida, tetapi kebanyakan diantaranya juga membutuhkan beberapa senyawa karbon organik, seperti gula –gulaan dan karbohidrat lain Semua organisme yang hidup memerlukan nitrogen. Tumbuhan menggunakan nitrogen dalam bentuk garam nitrogen anorganik seperti kalium nitrat (KNO3), sedangkan hewan membutuhkan senyawa nitrogen organik seperti protein dan produk-produk hasil peruraiannya Yaitu peptida dan asam-asam amino tertentu. Semua organisme hidup membutuhkan belerang (sulfur) dan fosfot. Semua organisme hidup membutuhkan beberapa unsur logam, natrium, kalium, kalsium, magnesium, mangan, besi, seng, tembaga dan kobalt untuk pertumbuhannya yang normal. Jasad yang heterotrof tidak mampu mensintesis makanannya sendiri sehingga hidupnya dapat sebagai saprofit dan parasit. Organisme heterotrof memerlukan senyawa organik lebih banyak dari organism lain. Organisme ini tidak dapat mengambil unsur – unsur dari atmosfer, namun apabila diberi persediaan satu substansi organik seperti glukosa untuk karbon, dan energi organisme tersebut dapat menggunakan bahan anorganik untuk keperluan yang lain. Berdasarkan pada penggolongan pola kehidupan tersebut diatas mikroorganisme termasuk dalam heterotrof dan yang lainnya termasuk autotrof. Perbedaan kedua golongan tersebut di atas menjadi kabur setelah diketahui bahwa growth faktor yang khas diperlukan pula oleh jasad-jasad yang menggunakan bahan organik sebagai makanan pokoknya. Jika kebutuhan faktor penumbuh kita pertimbangkan maka jasad-jasad bakteri-bakteri hidup dapat digolongkan berdasarkan sumber energi yang digunakan jasad bakteri tersebut menjadi jasad bakteri yang fotoautotrof dan kemoautotrof. Jasad Bakteri fotoautotrof menggunakan sinar matahari sebagai sumber energi untuk pertumbuhannya, sedangkan jasad bakteri kemoautotrof mendapatkan energi dari hasil-hasil oksidasi reduksi tanpa adanya sinar matahari sebagai contoh dapat ditemukan disini adalah proses nitrifikasi pada amoniak atau garamnya yang terjadi didalam tanah sehingga terbentuklah senyawa nitrit yang dilakukan oleh bakteri nitrit. Disamping nutrisi yang memadai kondisi lain harus dipenuhi untuk menumbuhkan bakteri. Medium harus mempunyai pH yang tepat yaitu tidak boleh terlalu asam atau terlalu basa. Kebanyakan bakteri tidak tumbuh dalam kondisi terlalu basah dengan pengecualian basil kolera (vibrio cholerae) pada dasarnya tidak satupun dapattumbuh baik pada pH lebih dari 8. 2. Sumber energi kimia Bakteri kemoautotrof (chemo = kimia, auto = sendiri, trophein = makanan) adalah bakteri yang dapat membuat makanannya sendiri dengan menggunakan energi kimia. Energi kimia berasal dan reaksi oksidasi senyawa anorganik, misalnya amonia (NH3), nitrit (HNO2), belerang (S), dan FeCO3. Contoh bakteri kemoautotrof, antara lain Thiobacillus ferrooxidans, Cladothrix dan Leptothrix ochracea (mengoksidasi ion besi), Nitrosomonas danNitrosococcus (mengoksidasi amonia), Nitrobacter (mengoksidasi nitrit), Methanomonas(mengoksidasi metana), Hydrogenomonas (mengoksidasi gas hidrogen), dan Thiobacillus thiooxidans (mengoksidasi belerang). Beberapa reaksi kimia yang dilakukan oleh bakteri kemoautotrof adalah sebagai berikut. 1. Bakteri besi (Cladothrix, Leptothrix) mengoksidasi ion ferro (Fe2+) menjadi ion fern (Fe3+). Reaksi: 4FeCO3 + O2 + 6H2O —Cladothrix–> 4Fe(OH)3 + 4C02 + energi 2. Bakteri belerang (Thiobacillus thiooxidans) mengoksidasi sulfur menjadi sulfat. Reaksi: 2S ÷ 2H2O + 3O2 —Thiobacillus thiooxidans–> 2H2SO4 + energi 3. Bakteri nitrit (Nitrosomonas, Nitrosococcus) mengoksidasi amonia menjadi nitrit. Reaksi: 2NH3 + 3O2 — Nitrosomonas –> 2HNO2 ÷ 2H2O + energi amonia asam nitrit 4. Bakteri nitrat (Nitrobacter) mengoksidasi nitrit menjadi nitrat. Reaksi: 2HNO2 + O2 — Nitrobacter —> 2HNO3 + energi asam nitrit asam nitrat Bakteri yang mengoksidasi amonia (Nitrosomonas, Nitrosococcus) dan nitrit (Nitrobacter) disebut bakteri nitrifikasi. Selain bakteri yang telah disebutkan di atas, ada lagi satu golongan bakteri yang termasuk bakteri kemoautotrof, yaitu golongan bakteri denitrifikasi. Bakteri denitrifikasi adalah bakteri yang mereduksi senyawa nitrat menjadi nitrit dan nitrit menjadi amonia. Senyawa nitrit dan amonia merupakan racun bagi tanaman. Proses denitrifikasi dapat terjadi bila sirkulasi udara di dalam tanah kurang lancar. Golongan bakteri denitrifikasi antara lain dari genus Pseudomonas, Microccus, Beggiatoa, dan Bacillus.