Terdapat dua hipotesis untuk menjelaskan terjadinya lesi inflamasi pada dermatitis atopic.

Yang
pertama berupa adanya ketidakseimbangan sel T khususnya sel T helper. Pada kasus dermatitis
atopik akut, sel T CD4 berdeferensiasi menjadi Th2 yang dapat memicu peningkatan interleukin
(IL) . Pada tahap awal, IL4, IL5, dan IL13 meningkat, diikuti dengan peningkatan level IgE.
Diferensiasi sel Th1 dihambat pada proses ini.
Hipotesis kedua menyebutkan berkaitan dengan destruksi barier kulit. Hipotesis ini
menyebutkan adanya mutasi gen fillagrin pada individu memicu munculnya dermatitis atopik.
Fillagrin berfungsi untuk mengode protein struktural dari stratum korneum. Selain itu, gen
fillagrin juga mengode protein yang berkaitan dengan stratum granulosum yang dapat menjadi
penguhubung antara keratinosit. Semua faktor ini berkaitan dengan barier kulit dan proses
humidifikasi. Sehingga jika ada defek pada gen ini akan mengganggu struktur barier kulit yang
menyebabkan kulit menjadi kering dan terjadi peningkatan permeabilitas terhadap alergen dan
pada akhirnya akan timbul tanda-tanda eksim.