Nama-nama Enzim atau jenis-jenis enzim dalam Sistem Pencernaan makanan.

Sistem
pencernaan merupakan suatu sistem yang berfungsi unrtuk memecah bahan makanan menjadi
struktur yang lebih sederhana sehingga dapat diserap oleh tubuh. Sistem pencernaan yang
mendapat bantuan enzim adalah sistem pencernaan kimiawi. Pencernaan secara kimiawi
merupakan proses pemecahan bahan makanan dengan bantuan enzim-enzim yang berasal dari
kelenjar pencernaan. Berikut ini adalah nama-nama enzim atau jenis-jenis enzim yang berperan
dalam sistem pencernaan makanan dan sumbernya.

Nama-nama dan jenis-jenis Enzim dalam Sistem

Pencernaan
Saluran Nama enzim dan fungsinya
Pencernaan

Mulut (Kelenjar 1. Enzim Ptialin (Amilase) berfungsi

Memecah pati menjadi Maltosa
Ludah / Saliva)
Lambung
(Kelenjar 1. Enzim Renin berfungsi mengubah
Lambung) kaseinogen menjadi kasein

2. Enzim Pepsin berfungsi mengubah protein

menjadi proteosa, pepton dan polipeptida

Pankreas (Saluran
Pankreas) 1. Enzim Karbohidrase Pankreas berfungsi
untuk mencerna amilum menjadi maltosa
atau disakarida lainnya.

2. Enzim Lipase Pankreas berfungsi

mengubah emulsi lemak menjadi asam
lemak dan gliserol.

3. Enzim Tripsin berfungsi untuk mengubah

protein menjadi polipeptida

Usus (Kelenjar 1. Enzim Enterokinase (enzim khusus)

Usus) berfungsi untuk mengubah Tripsinogen
menjadi Tripsin yang digunakan dalam
saluran pangkreas

2. Enzim Maltase berfungsi untuk mengubah

 Maltosa menjadi Glukosa

3. Enzim Laktase berfungsi untuk mengubah

Laktosa menjadi Glukosa dan Galaktosa

4. Enzim Sukrase berfungsi untuk mengubah

Sukrosa menjadi Glukosa dan Fruktosa

5. Enzim Paptidase berfungsi untuk

mengubah polipeptida menjadi asam amino

6. Enzim Lipase berfungsi untuk mengubah

Lemak menjadi asam lemak dan Gliserol

Nama-nama dan Jenis-jenis Enzim dalam sistem pencernaan diatas adalah enzim-enzim yang
mempunyai peranan penting dalam kelancaran proses pencernaan. Jika salah satu saja enzim
tersebut diatas tidak berfungsi dengan baik maka proses pencernaan makanan akan terganggu
sehingga menimbulkan penyakit sistem pencernaan.

Enzim
Dari Wikipedia bahasa Indonesia, ensiklopedia bebas

Langsung ke: navigasi, cari

Model komputer enzim purina nukleosida fosforilase (PNPase)

Diagram energi potensial reaksi kimia organik yang menunjukkan efek katalis pada suatu reaksi
eksotermik hipotetis X + Y = Z.

Enzim adalah biomolekul berupa protein yang berfungsi sebagai katalis (senyawa yang
mempercepat proses reaksi tanpa habis bereaksi) dalam suatu reaksi kimia organik.[1][2] Molekul
awal yang disebut substrat akan dipercepat perubahannya menjadi molekul lain yang disebut
produk. Jenis produk yang akan dihasilkan bergantung pada suatu kondisi/zat, yang disebut
promoter. Semua proses biologis sel memerlukan enzim agar dapat berlangsung dengan cukup
cepat dalam suatu arah lintasan metabolisme yang ditentukan oleh hormon sebagai promoter.

Enzim bekerja dengan cara bereaksi dengan molekul substrat untuk menghasilkan senyawa
intermediat melalui suatu reaksi kimia organik yang membutuhkan energi aktivasi lebih rendah,
sehingga percepatan reaksi kimia terjadi karena reaksi kimia dengan energi aktivasi lebih tinggi
membutuhkan waktu lebih lama. Sebagai contoh:

X + C → XC (1)

Y + XC → XYC (2)

XYC → CZ (3)

CZ → C + Z (4)

Meskipun senyawa katalis dapat berubah pada reaksi awal, pada reaksi akhir molekul katalis
akan kembali ke bentuk semula.

Sebagian besar enzim bekerja secara khas, yang artinya setiap jenis enzim hanya dapat bekerja
pada satu macam senyawa atau reaksi kimia. Hal ini disebabkan perbedaan struktur kimia tiap
enzim yang bersifat tetap. Sebagai contoh, enzim α-amilase hanya dapat digunakan pada proses
perombakan pati menjadi glukosa.

Kerja enzim dipengaruhi oleh beberapa faktor, terutama adalah substrat, suhu, keasaman,
kofaktor dan inhibitor. Tiap enzim memerlukan suhu dan pH (tingkat keasaman) optimum yang
berbeda-beda karena enzim adalah protein, yang dapat mengalami perubahan bentuk jika suhu
dan keasaman berubah. Di luar suhu atau pH yang sesuai, enzim tidak dapat bekerja secara
optimal atau strukturnya akan mengalami kerusakan. Hal ini akan menyebabkan enzim
kehilangan fungsinya sama sekali. Kerja enzim juga dipengaruhi oleh molekul lain. Inhibitor
adalah molekul yang menurunkan aktivitas enzim, sedangkan aktivator adalah yang
meningkatkan aktivitas enzim. Banyak obat dan racun adalah inihibitor enzim.

Etimologi dan Sejarah

Eduard Buchner

Hal-ihwal yang berkaitan dengan enzim dipelajari dalam enzimologi. Dalam dunia pendidikan
tinggi, enzimologi tidak dipelajari tersendiri sebagai satu jurusan tersendiri tetapi sejumlah
program studi memberikan mata kuliah ini. Enzimologi terutama dipelajari dalam kedokteran,
ilmu pangan, teknologi pengolahan pangan, dan cabang-cabang ilmu pertanian.

Pada akhir tahun 1700-an dan awal tahun 1800-an, pencernaan daging oleh sekresi perut[3] dan
konversi pati menjadi gula oleh ekstrak tumbuhan dan ludah telah diketahui. Namun, mekanisme
bagaimana hal ini terjadi belum diidentifikasi.[4]

Pengetahuan tentang enzim telah dirintis oleh Berzelius pada tahun 1837. Ia mengusulkan nama
"katalis" untuk zat-zat yang dapat mempercepat reaksi tetapi zat itu sendiri tidak ikut bereaksi.
Namun, proses kimia yang terjadi dengan pertolongan enzim telah dikenal sejak zaman dahulu
misalnya pembuatan anggur dengan cara fermentasi atau peragian, dan pembuatan asam cuka.
Lois Pasteur salah seorang yang banyak bekerja dalam fermentasi ini dan ketika mengkaji
fermentasi gula menjadi alkohol oleh ragi, Louis Pasteur menyimpulkan bahwa fermentasi ini
dikatalisasi oleh gaya dorong vital yang terdapat dalam sel ragi, disebut sebagai "ferment", dan
diperkirakan hanya berfungsi dalam tubuh organisme hidup. Ia menulis bahwa "fermentasi
alkoholik adalah peristiwa yang berhubungan dengan kehidupan dan organisasi sel ragi, dan
bukannya kematian ataupun putrefaksi sel tersebut."[5]
Pada tahun 1878, ahli fisiologi Jerman Wilhelm Kühne (1837–1900) pertama kali menggunakan
istilah "enzyme", yang berasal dari bahasa Yunani ενζυμον yang berarti "dalam bahan
pengembang" (ragi), untuk menjelaskan proses ini. Kata "enzyme" kemudian digunakan untuk
merujuk pada zat mati seperti pepsin, dan kata ferment digunakan untuk merujuk pada aktivitas
kimiawi yang dihasilkan oleh organisme hidup.

Pada tahun 1897, Eduard Buchner memulai kajiannya mengenai kemampuan ekstrak ragi untuk
memfermentasi gula walaupun ia tidak terdapat pada sel ragi yang hidup. Pada sederet
eksperimen di Universitas Berlin, ia menemukan bahwa gula difermentasi bahkan apabila sel
ragi tidak terdapat pada campuran.[6] Ia menamai enzim yang memfermentasi sukrosa sebagai
"zymase" (zimase).[7] Pada tahun 1907, ia menerima penghargaan Nobel dalam bidang kimia
"atas riset biokimia dan penemuan fermentasi tanpa sel yang dilakukannya". Mengikuti praktek
Buchner, enzim biasanya dinamai sesuai dengan reaksi yang dikatalisasi oleh enzim tersebut.
Umumnya, untuk mendapatkan nama sebuah enzim, akhiran -ase ditambahkan pada nama
substrat enzim tersebut (contohnya: laktase, merupakan enzim yang mengurai laktosa) ataupun
pada jenis reaksi yang dikatalisasi (contoh: DNA polimerase yang menghasilkan polimer DNA).

Penemuan bahwa enzim dapat bekerja diluar sel hidup mendorong penelitian pada sifat-sifat
biokimia enzim tersebut. Banyak peneliti awal menemukan bahwa aktivitas enzim diasosiasikan
dengan protein, namun beberapa ilmuwan seperti Richard Willstätter berargumen bahwa proten
hanyalah bertindak sebagai pembawa enzim dan protein sendiri tidak dapat melakukan katalisis.
Namun, pada tahun 1926, James B. Sumner berhasil mengkristalisasi enzim urease dan
menunjukkan bahwa ia merupakan protein murni. Kesimpulannya adalah bahwa protein murni
dapat berupa enzim dan hal ini secara tuntas dibuktikan oleh Northrop dan Stanley yang meneliti
enzim pencernaan pepsin (1930), tripsin, dan kimotripsin. Ketiga ilmuwan ini meraih
penghargaan Nobel tahun 1946 pada bidang kimia.[8]

Penemuan bahwa enzim dapat dikristalisasi pada akhirnya mengijinkan struktur enzim
ditentukan melalui kristalografi sinar-X. Metode ini pertama kali diterapkan pada lisozim, enzim
yang ditemukan pada air mata, air ludah, dan telur putih, yang mencerna lapisan pelindung
beberapa bakteri. Struktur enzim ini dipecahkan oleh sekelompok ilmuwan yang diketuai oleh
David Chilton Phillips dan dipublikasikan pada tahun 1965.[9] Struktur lisozim dalam resolusi
tinggi ini menandai dimulainya bidang biologi struktural dan usaha untuk memahami bagaimana
enzim bekerja pada tingkat atom.

Konvensi penamaan
Nama enzim sering kali diturunkan dari nama substrat ataupun reaksi kimia yang ia kataliskan
dengan akhiran -ase. Contohnya adalah laktase, alkohol dehidrogenase (mengatalisis
penghilangan hidrogen dari alkohol), dan DNA polimerase.

International Union of Biochemistry and Molecular Biology telah mengembangkan suatu

tatanama untuk enzim, yang disebut sebagai nomor EC; tiap-tiap enzim memiliki empat digit
nomor urut sesuai dengan ketentuan klasifikasi yang berlaku. Nomor pertama untuk klasifikasi
teratas enzim didasarkan pada ketentuan berikut:
  EC 1 Oksidoreduktase: mengatalisis reaksi oksidasi/reduksi

 EC 2 Transferase: mentransfer gugus fungsi

 EC 3 Hidrolase: mengatalisis hidrolisis berbagai ikatan

 EC 4 Liase: memutuskan berbagai ikatan kimia selain melalui hidrolisis dan oksidasi

 EC 5 Isomerase: mengatalisis isomerisasi sebuah molekul tunggal

 EC 6 Ligase: menggabungkan dua molekul dengan ikatan kovalen

Tata nama secara lengkap dapat dilihat di http://www.chem.qmul.ac.uk/iubmb/enzyme/ (Bahasa

Inggris).

Struktur dan mekanisme

Lihat pula: Katalisis enzim

Diagram pita yang menunjukkan karbonat anhidrase II. Bola abu-abu adalah kofaktor seng yang berada
pada tapak aktif.

Enzim umumnya merupakan protein globular dan ukurannya berkisar dari hanya 62 asam amino
pada monomer 4-oksalokrotonat tautomerase[10], sampai dengan lebih dari 2.500 residu pada
asam lemak sintase.[11] Terdapat pula sejumlah kecil katalis RNA, dengan yang paling umum
merupakan ribosom; Jenis enzim ini dirujuk sebagai RNA-enzim ataupun ribozim. Aktivitas
enzim ditentukan oleh struktur tiga dimensinya (struktur kuaterner).[12] Walaupun struktur enzim
menentukan fungsinya, prediksi aktivitas enzim baru yang hanya dilihat dari strukturnya adalah
hal yang sangat sulit.[13]

Kebanyakan enzim berukuran lebih besar daripada substratnya, tetapi hanya sebagian kecil asam
amino enzim (sekitar 3–4 asam amino) yang secara langsung terlibat dalam katalisis.[14] Daerah
yang mengandung residu katalitik yang akan mengikat substrat dan kemudian menjalani reaksi
ini dikenal sebagai tapak aktif. Enzim juga dapat mengandung tapak yang mengikat kofaktor
yang diperlukan untuk katalisis. Beberapa enzim juga memiliki tapak ikat untuk molekul kecil,
yang sering kali merupakan produk langsung ataupun tak langsung dari reaksi yang dikatalisasi.
Pengikatan ini dapat meningkatkan ataupun menurunkan aktivitas enzim. Dengan demikian ia
berfungsi sebagai regulasi umpan balik.

Sama seperti protein-protein lainnya, enzim merupakan rantai asam amino yang melipat. Tiap-
tiap urutan asam amino menghasilkan struktur pelipatan dan sifat-sifat kimiawi yang khas.
Rantai protein tunggal kadang-kadang dapat berkumpul bersama dan membentuk kompleks
protein. Kebanyakan enzim dapat mengalami denaturasi (yakni terbuka dari lipatannya dan
menjadi tidak aktif) oleh pemanasan ataupun denaturan kimiawi. Tergantung pada jenis-jenis
enzim, denaturasi dapat bersifat reversibel maupun ireversibel.

Kespesifikan

Enzim biasanya sangat spesifik terhadap reaksi yang ia kataliskan maupun terhadap substrat
yang terlibat dalam reaksi. Bentuk, muatan dan katakteristik hidrofilik/hidrofobik enzim dan
substrat bertanggung jawab terhadap kespesifikan ini. Enzim juga dapat menunjukkan tingkat
stereospesifisitas, regioselektivitas, dan kemoselektivitas yang sangat tinggi.[15]

Beberapa enzim yang menunjukkan akurasi dan kespesifikan tertinggi terlibat dalam pengkopian
dan pengekspresian genom. Enzim-enzim ini memiliki mekanisme "sistem pengecekan ulang".
Enzim seperti DNA polimerase mengatalisasi reaksi pada langkah pertama dan mengecek apakah
produk reaksinya benar pada langkah kedua.[16] Proses dwi-langkah ini menurunkan laju
kesalahan dengan 1 kesalahan untuk setiap 100 juta reaksi pada polimerase mamalia.[17]
Mekanisme yang sama juga dapat ditemukan pada RNA polimerase,[18] aminoasil tRNA
sintetase[19] dan ribosom.[20]

Beberapa enzim yang menghasilkan metabolit sekunder dikatakan sebagai "tidak pilih-pilih",
yakni bahwa ia dapat bekerja pada berbagai jenis substrat yang berbeda-beda. Diajukan bahwa
kespesifikan substrat yang sangat luas ini sangat penting terhadap evolusi lintasan biosintetik
yang baru.[21]

Model "kunci dan gembok"

Enzim sangatlah spesifik. Pada tahun 1894, Emil Fischer mengajukan bahwa hal ini dikarenakan
baik enzim dan substrat memiliki bentuk geometri yang saling memenuhi.[22] Hal ini sering
dirujuk sebagai model "Kunci dan Gembok". Manakala model ini menjelaskan kespesifikan
enzim, ia gagal dalam menjelaskan stabilisasi keadaan transisi yang dicapai oleh enzim. Model
ini telah dibuktikan tidak akurat, dan model ketepatan induksilah yang sekarang paling banyak
diterima.

Model ketepatan induksi

Diagram yang menggambarkan hipotesis ketepatan induksi.

Pada tahun 1958, Daniel Koshland mengajukan modifikasi model kunci dan gembok: oleh
karena enzim memiliki struktur yang fleksibel, tapak aktif secara terus menerus berubah
bentuknya sesuai dengan interaksi antara enzim dan substrat.[23] Akibatnya, substrat tidak
berikatan dengan tapak aktif yang kaku. Orientasi rantai samping asam amino berubah sesuai
dengan substrat dan mengijinkan enzim untuk menjalankan fungsi katalitiknya. Pada beberapa
kasus, misalnya glikosidase, molekul substrat juga berubah sedikit ketika ia memasuki tapak
aktif.[24] Tapak aktif akan terus berubah bentuknya sampai substrat terikat secara sepenuhnya,
yang mana bentuk akhir dan muatan enzim ditentukan.[25]

Mekanisme

Enzim dapat bekerja dengan beberapa cara, yang kesemuaannya menurunkan ΔG‡:[26]

 Menurunkan energi aktivasi dengan menciptakan suatu lingkungan yang mana keadaan transisi
terstabilisasi (contohnya mengubah bentuk substrat menjadi konformasi keadaan transisi ketika
ia terikat dengan enzim.)

 Menurunkan energi keadaan transisi tanpa mengubah bentuk substrat dengan menciptakan
lingkungan yang memiliki distribusi muatan yang berlawanan dengan keadaan transisi.

 Menyediakan lintasan reaksi alternatif. Contohnya bereaksi dengan substrat sementara waktu
untuk membentuk kompleks Enzim-Substrat antara.

 Menurunkan perubahan entropi reaksi dengan menggiring substrat bersama pada orientasi yang
tepat untuk bereaksi. Menariknya, efek entropi ini melibatkan destabilisasi keadaan dasar, [27] dan
kontribusinya terhadap katalis relatif kecil.[28]
Stabilisasi keadaan transisi

Pemahaman asal usul penurunan ΔG‡ memerlukan pengetahuan bagaimana enzim dapat
menghasilkan keadaan transisi reaksi yang lebih stabil dibandingkan dengan stabilitas keadaan
transisi reaksi tanpa katalis. Cara yang paling efektif untuk mencapai stabilisasi yang besar
adalah menggunakan efek elektrostatik, terutama pada lingkungan yang relatif polar yang
diorientasikan ke distribusi muatan keadaan transisi.[29] Lingkungan seperti ini tidak ada dapat
ditemukan pada reaksi tanpa katalis di air.

Dinamika dan fungsi

Dinamika internal enzim berhubungan dengan mekanisme katalis enzim tersebut.[30][31][32]

Dinamika internal enzim adalah pergerakan bahagian struktur enzim, misalnya residu asam
amino tunggal, sekelompok asam amino, ataupun bahwa keseluruhan domain protein.
Pergerakan ini terjadi pada skala waktu yang bervariasi, berkisar dari beberapa femtodetik
sampai dengan beberapa detik. Jaringan residu protein di seluruh struktur enzim dapat
berkontribusi terhadap katalisis melalui gerak dinamik.[33][34][35][36] Gerakan protein sangat vital,
namun apakah vibrasi yang cepat atau lambat maupun pergerakan konformasi yang besar atau
kecil yang lebih penting bergantung pada tipe reaksi yang terlibat. Namun, walaupun gerak ini
sangat penting dalam hal pengikatan dan pelepasan substrat dan produk, adalah tidak jelas jika
gerak ini membantu mempercepat langkah-langkah reaksi reaksi enzimatik ini.[37] Penyingkapan
ini juga memiliki implikasi yang luas dalam pemahaman efek alosterik dan pengembangan obat
baru.

Modulasi alosterik

Enzim alosterik mengubah strukturnya sesuai dengan efektornya. Modulasi ini dapat terjadi
secara langsung, di mana efektor mengikat tapak ikat enzim secara lngsung, ataupun secara tidak
langsung, di mana efektor mengikat protein atau subunit protein lain yang berinteraksi dengan
enzim alosterik, sehingga memengaruhi aktivitas katalitiknya.

Kofaktor dan koenzim

Artikel utama untuk bagian ini adalah: Kofaktor dan Koenzim

Kofaktor

Beberapa enzim tidak memerlukan komponen tambahan untuk mencapai aktivitas penuhnya.
Namun beberapa memerlukan pula molekul non-protein yang disebut kofaktor untuk berikatan
dengan enzim dan menjadi aktif.[38] Kofaktor dapat berupa zat anorganik (contohnya ion logam)
ataupun zat organik (contohnya flavin dan heme). Kofaktor dapat berupa gugus prostetik yang
mengikat dengan kuat, ataupun koenzim, yang akan melepaskan diri dari tapak aktif enzim
semasa reaksi.
Enzim yang memerlukan kofaktor namun tidak terdapat kofaktor yang terikat dengannya disebut
sebagai apoenzim ataupun apoprotein. Apoenzim beserta dengan kofaktornya disebut holoenzim
(bentuk aktif). Kebanyakan kofaktor tidak terikat secara kovalen dengan enzim, tetapi terikat
dengan kuat. Namun, gugus prostetik organik dapat pula terikat secara kovalen (contohnya
tiamina pirofosfat pada enzim piruvat dehidrogenase). Istilah holoenzim juga dapat digunakan
untuk merujuk pada enzim yang mengandung subunit protein berganda, seperti DNA polimerase.
Pada kasus ini, holoenzim adalah kompleks lengkap yang mengandung seluruh subunit yang
diperlukan agar menjadi aktif.

Contoh enzim yang mengandung kofaktor adalah karbonat anhidrase, dengan kofaktor seng
terikat sebagai bagian dari tapak aktifnya.[39]

Koenzim

Model pengisian ruang koenzim NADH

Koenzim adalah kofaktor berupa molekul organik kecil yang mentranspor gugus kimia atau
elektron dari satu enzim ke enzim lainnya.[38][40][41] Contoh koenzim mencakup NADH, NADPH
dan adenosina trifosfat. Gugus kimiawi yang dibawa mencakup ion hidrida (H–) yang dibawa
oleh NAD atau NADP+, gugus asetil yang dibawa oleh koenzim A, formil, metenil, ataupun
gugus metil yang dibawa oleh asam folat, dan gugus metil yang dibawa oleh S-
adenosilmetionina. Beberapa koenzim seperti riboflavin, tiamina, dan asam folat adalah vitamin.

Oleh karena koenzim secara kimiawi berubah oleh aksi enzim, adalah dapat dikatakan koenzim
merupakan substrat yang khusus, ataupun substrat sekunder. Sebagai contoh, sekitar 700 enzim
diketahui menggunakan koenzim NADH.[42]

Regenerasi serta pemeliharaan konsentrasi koenzim terjadi dalam sel. Contohnya, NADPH
diregenerasi melalui lintasan pentosa fosfat, dan S-adenosilmetionina melalui metionina
adenosiltransferase.

Termodinamika
Tahapan-tahapan energi pada reaksi kimia. Substrat memerlukan energi yang banyak untuk mencapai
keadaan transisi, yang akan kemudian berubah menjadi produk. Enzim menstabilisasi keadaan transisi,
menurunkan energi yang diperlukan untuk menjadi produk.

Artikel utama untuk bagian ini adalah: Energi aktivasi, Kesetimbangan termodinamik, dan
Kesetimbangan kimia

Sebagai katalis, enzim tidak mengubah posisi kesetimbangan reaksi kimia. Biasanya reaksi akan
berjalan ke arah yang sama dengan reaksi tanpa katalis. Perbedaannya adalah, reaksi enzimatik
berjalan lebih cepat. Namun, tanpa keberadaan enzim, reaksi samping yang memungkinkan
dapat terjadi dan menghasilkan produk yang berbeda.

Lebih lanjut, enzim dapat menggabungkan dua atau lebih reaksi, sehingga reaksi yang
difavoritkan secara termodinamik dapat digunakan untuk mendorong reaksi yang tidak
difavoritkan secara termodinamik. Sebagai contoh, hidrolsis ATP sering kali menggunakan
reaksi kimia lainnya untuk mendorong reaksi.

Enzim mengatalisasi reaksi maju dan balik secara seimbang. Enzim tidak mengubah
kesetimbangan reaksi itu sendiri, namun hanya mempercepat reaksi saja. Sebagai contoh,
karbonat anhidrase mengatalisasi reaksinya ke dua arah bergantung pada konsentrasi reaktan.

(dalam jaringan tubuh; konsentrasi CO2 yang

tinggi)

(pada paru-paru; konsentrasi CO2 yang

rendah)
Walaupun demikian, jika kesetimbangan tersebut sangat memfavoritkan satu arah reaksi, yakni
reaksi yang sangat eksergonik, reaksi itu akan menjadi ireversible. Pada kondisi demikian, enzim
akan hanya mengatalisasi reaksi yang diijinkan secara termodinamik.

Kinetika
Artikel utama untuk bagian ini adalah: Kinetika enzim

Mekanisme reaksi enzimatik untuk sebuah subtrat tunggal. Enzim (E) mengikat substrat (S) dan
menghasilkan produk (P).

Kinetika enzim menginvestigasi bagaimana enzim mengikat substrat dengan mengubahnya

menjadi produk. Data laju yang digunakan dalam analisis kinetika didapatkan dari asai enzim.

Pada tahun 1902, Victor Henri[43] mengajukan suatu teori kinetika enzim yang kuantitatif, namun
data eksperimennya tidak berguna karena perhatian pada konsentrasi ion hidrogen pada saat itu
masih belum dititikberatkan. Setelah Peter Lauritz Sørensen menentukan skala pH logaritmik
dan memperkenalkan konsep penyanggaan (buffering) pada tahun 1909[44], kimiawan Jerman
Leonor Michaelis dan murid bimbingan pascadokotoralnya yang berasal dari Kanada, Maud
Leonora Menten, mengulangi eksperimen Henri dan mengkonfirmasi persamaan Henri.
Persamaan ini kemudian dikenal dengan nama Kinetika Henri-Michaelis-Menten (kadang-
kadang juga hanya disebut kinetika Michaelis-Menten).[45] Hasil kerja mereka kemudian
dikembangkan lebih jauh oleh G. E. Briggs dan J. B. S. Haldane. Penurunan persamaan kinetika
yang diturunkan mereka masih digunakan secara meluas sampai sekarang .[46]

Salah satu kontribusi utama Henri pada kinetika enzim adalah memandang reaksi enzim sebagai
dua tahapan. Pada tahap pertama, subtrat terikat ke enzim secara reversible, membentuk
kompleks enzim-substrat. Kompleks ini kadang-kadang disebut sebagai kompleks Michaelis.
Enzim kemudian mengatalisasi reaksi kimia dan melepaskan produk.
Kurva kejenuhan suatu reaksi enzim yang menunjukkan relasi antara konsentrasi substrat (S)
dengan kelajuan (v).

Enzim dapat mengatalisasi reaksi dengan kelajuan mencapai jutaan reaksi per detik. Sebagai
contoh, tanpa keberadaan enzim, reaksi yang dikatalisasi oleh enzim orotidina 5'-fosfat
dekarboksilase akan memerlukan waktu 78 juta tahun untuk mengubah 50% substrat menjadi
produk. Namun, apabila enzim tersebut ditambahkan, proses ini hanya memerlukan waktu 25
milidetik.[47] Laju reaksi bergantung pada kondisi larutan dan konsentrasi substrat. Kondisi-
kondisi yang menyebabkan denaturasi protein seperti temperatur tinggi, konsentrasi garam yang
tinggi, dan nilai pH yang terlalu tinggi atau terlalu rendah akan menghilangkan aktivitas enzim.
Sedangkan peningkatan konsentrasi substrat cenderung meningkatkan aktivitasnya. Untuk
menentukan kelajuan maksimum suatu reaksi enzimatik, konsentrasi substrat ditingkatkan
sampai laju pembentukan produk yang terpantau menjadi konstan. Hal ini ditunjukkan oleh
kurva kejenuhan di samping. Kejenuhan terjadi karena seiring dengan meningkatnya konsentrasi
substrat, semakin banyak enzim bebas yang diubah menjadi kompleks substrate-enzim ES. Pada
kelajuan yang maksimum (Vmax), semua tapak aktif enzim akan berikatan dengan substrat, dan
jumlah kompleks ES adalah sama dengan jumlah total enzim yang ada. Namun, Vmax hanyalah
salah satu konstanta kinetika enzim. Jumlah substrat yang diperlukan untuk mencapai nilai
kelajuan reaksi tertentu jugalah penting. Hal ini diekspresikan oleh konstanta Michaelis-Menten
(Km), yang merupakan konsentrasi substrat yang diperlukan oleh suatu enzim untuk mencapai
setengah kelajuan maksimumnya. Setiap enzim memiliki nilai Km yang berbeda-beda untuk suatu
subtrat, dan ini dapat menunjukkan seberapa kuatnya pengikatan substrat ke enzim. Konstanta
lainnya yang juga berguna adalah kcat, yang merupakan jumlah molekul substrat yang dapat
ditangani oleh satu tapak aktif per detik.

Efisiensi suatu enzim diekspresikan oleh kcat/Km. Ia juga disebut sebagai konstanta kespesifikan
dan memasukkan tetapan kelajuan semua langkah reaksi. Karena konstanta kespesifikan
mencermikan kemampuan katalitik dan afinitas, ia dapat digunakan untuk membandingkan
enzim yang satu dengan enzim yang lain, ataupun enzim yang sama dengan substrat yang
berbeda. Konstanta kespesifikan maksimum teoritis disebut limit difusi dan nilainya sekitar 108
sampai 109 (M-1 s-1). Pada titik ini, setiap penumbukkan enzim dengan substratnya akan
menyebabkan katalisis, dan laju pembentukan produk tidak dibatasi oleh laju reaksi, melainkan
oleh laju difusi. Enzim dengan sifat demikian disebut secara katalitik sempurna ataupun secara
kinetika sempurna. Contoh enzim yang memiliki sifat seperti ini adalah karbonat anhidrase,
asetilkolinesterase, katalase, fumarase, β-laktamase, dan superoksida dismutase.

Kinetika Michaelis-Menten bergantung pada hukum aksi massa, yang diturunkan berdasarkan
asumsi difusi bebas dan pertumbukan acak yang didorong secara termodinamik. Namun, banyak
proses-proses biokimia dan selular yang menyimpang dari kondisi ideal ini, disebabkan oleh
kesesakan makromolekuler (macromolecular crowding), perpisahan fase enzim/substrat/produk,
dan pergerakan molekul secara satu atau dua dimensi.[48] Pada situasi seperti ini, kinetika
Michaelis-Menten fraktal dapat diterapkan.[49][50][51][52]

Beberapa enzim beroperasi dengan kinetika yang lebih cepat daripada laju difusi. Hal ini
tampaknya sangat tidak mungkin. Beberapa mekanisme telah diajukan untuk menjelaskan
fenomena ini. Beberapa protein dipercayai mempercepat katalisis dengan menarik substratnya
dan melakukan pra-orientasi substrat menggunakan medan listrik dipolar. Model lainnya
menggunakan penjelasan penerowongan kuantum mekanika, walaupun penjelasan ini masih
kontroversial.[53][54] Penerowongan kuantum untuk proton telah terpantau pada triptamina.[55]

Inhibisi

Inhibitor kompetitif mengikat enzim secara reversibel, menghalangi pengikatan substrat. Di lain
pihak, pengikatn substrat juga menghalangi pengikatan inhibitor. Substrat dan inhibitor
berkompetisi satu sama lainnya.
Jenis-jenis inihibisi. Klasifikasi ini diperkenalkan oleh W.W. Cleland.[56]
Artikel utama untuk bagian ini adalah: Inhibitor enzim

Laju reaksi enzim dapat diturunkan menggunakan berbagai jenis inhibitor enzim.

Inhibisi kompetitif

Pada inihibisi kompetitif, inhibitor dan substrat berkompetisi untuk berikatan dengan enzim.
Seringkali inhibitor kompetitif memiliki struktur yang sangat mirip dengan substrat asli enzim.
Sebagai contoh, metotreksat adalah inihibitor kompetitif untuk enzim dihidrofolat reduktase.
Kemiripan antara struktur asam folat dengan obat ini ditunjukkan oleh gambar di samping
bawah. Perhatikan bahwa pengikatan inhibitor tidaklah perlu terjadi pada tapak pengikatan
substrat apabila pengikatan inihibitor mengubah konformasi enzim, sehingga menghalangi
pengikatan substrat. Pada inhibisi kompetitif, kelajuan maksimal reaksi tidak berubah, namun
memerlukan konsentrasi substrat yang lebih tinggi untuk mencapai kelajuan maksimal tersebut,
sehingga meningkatkan Km.
Inhibisi tak kompetitif

Pada inhibisi tak kompetitif, inhibitor tidak dapat berikatan dengan enzim bebas, namun hanya
dapat dengan komples ES. Kompleks EIS yang terbentuk kemudian menjadi tidak aktif. Jenis
inhibisi ini sangat jarang, namun dapat terjadi pada enzim-enzim multimerik.

Inhibisi non-kompetitif

Inhibitor non-kompetitif dapat mengikat enzim pada saat yang sama substrat berikatan dengan
enzim. Baik kompleks EI dan EIS tidak aktif. Karena inhibitor tidak dapat dilawan dengan
peningkatan konsentrasi substrat, Vmax reaksi berubah. Namun, karena substrat masih dapat
mengikat enzim, Km tetaplah sama.

Inhibisi campuran

Inhibisis jenis ini mirip dengan inhibisi non-kompetitif, kecuali kompleks EIS memiliki aktivitas
enzimatik residual.

Pada banyak organisme, inhibitor dapat merupakan bagian dari mekanisme umpan balik. Jika
enzim memproduksi terlalu banyak produk, produk tersebut dapat berperan sebagai inhibitor
bagi enzim tersebut. Hal ini akan menyebabkan produksi produk melambat atau berhenti. Bentuk
umpan balik ini adalah umpan balik negatif. Enzim memiliki bentuk regulasi seperti ini sering
kali multimerik dan mempunyai tapak ikat alosterik. Kurva substrat/kelajuan enzim ini tidak
berbentuk hiperbola melainkan berbentuk S.

Koenzim asam folat (kiri) dan obat anti kanker metotreksat (kanan) memiliki struktur yang
sangat mirip. Oleh sebab itu, metotreksat adalah inhibitor kompetitif bagi enzim yang
menggunukan folat.

Inhibitor ireversibel bereaksi dengan enzim dan membentuk aduk dengan protein. Inaktivasi ini
bersifat ireversible. Inhibitor seperti ini contohnya efloritina, obat yang digunakan untuk
mengobati penyakit yang disebabkan oleh protozoa African trypanosomiasis.[57] Penisilin dan
Aspirin juga bekerja dengan cara yang sama. Senyawa obat ini terikat pada tapak aktif, dan
enzim kemudian mengubah inhibitor menjadi bentuk aktif yang bereaksi secara ireversibel
dengan satu atau lebih residu asam amino.

Kegunaan inhibitor
Oleh karena inhibitor menghambat fungsi enzim, inhibitor sering digunakan sebagai obat.
Contohnya adalah inhibitor yang digunakan sebagai obat aspirin. Aspirin menginhibisi enzim
COX-1 dan COX-2 yang memproduksi pembawa pesan peradangan prostaglandin, sehingga ia
dapat menekan peradangan dan rasa sakit. Namun, banyak pula inhibitor enzim lainnya yang
beracun. Sebagai contohnya, sianida yang merupakan inhibitor enzim ireversibel, akan
bergabung dengan tembaga dan besi pada tapak aktif enzim sitokrom c oksidase dan memblok
pernapasan sel.[58]

Fungsi biologis
Enzim mempunyai berbagai fungsi bioligis dalam tubuh organisme hidup. Enzim berperan dalam
transduksi signal dan regulasi sel, seringkali melalui enzim kinase dan fosfatase.[59] Enzim juga
berperan dalam menghasilkan pergerakan tubuh, dengan miosin menghidrolisis ATP untuk
menghasilkan kontraksi otot.[60] ATPase lainnya dalam membran sel umumnya adalah pompa ion
yang terlibat dalam transpor aktif. Enzim juga terlibat dalam fungs-fungsi yang khas, seperti
lusiferase yang menghasilkan cahaya pada kunang-kunang.[61] Virus juga mengandung enzim
yang dapat menyerang sel, misalnya HIV integrase dan transkriptase balik.

Salah satu fungsi penting enzim adalah pada sistem pencernaan hewan. Enzim seperti amilase
dan protease memecah molekul yang besar (seperti pati dan protein) menjadi molekul yang kecil,
sehingga dapat diserap oleh usus. Molekul pati, sebagai contohnya, terlalu besar untuk diserap
oleh usus, namun enzim akan menghidrolisis rantai pati menjadi molekul kecil seperti maltosa,
yang akan dihidrolisis lebih jauh menjadi glukosa, sehingga dapat diserap. Enzim-enzim yang
berbeda, mencerna zat-zat makanan yang berbeda pula. Pada hewan pemamah biak,
mikroorganisme dalam perut hewan tersebut menghasilkan enzim selulase yang dapat mengurai
sel dinding selulosa tanaman.[62]

Beberapa enzim dapat bekerja bersama dalam urutan tertentu, dan menghasilan lintasan
metabolisme. Dalam lintasan metabolisme, satu enzim akan membawa produk enzim lainnya
sebagai substrat. Setelah reaksi katalitik terjadi, produk kemudian dihantarkan ke enzim lainnya.
Kadang-kadang lebih dari satu enzim dapat mengatalisasi reaksi yang sama secara bersamaan.

Enzim menentukan langkah-langkah apa saja yang terjadi dalam lintasan metabolisme ini. Tanpa
enzim, metabolisme tidak akan berjalan melalui langkah yang teratur ataupun tidak akan berjalan
dengan cukup cepat untuk memenuhi kebutuhan sel. Dan sebenarnya, lintasan metabolisme
seperti glikolisis tidak akan dapat terjadi tanpa enzim. Glukosa, contohnya, dapat bereaksi secara
langsung dengan ATP, dan menjadi terfosforliasi pada karbon-karbonnya secara acak. Tanpa
keberadaan enzim, proses ini berjalan dengan sangat lambat. Namun, jika heksokinase
ditambahkan, reaksi ini tetap berjalan, namun fosforilasi pada karbon 6 akan terjadi dengan
sangat cepat, sedemikiannya produk glukosa-6-fosfat ditemukan sebagai produk utama. Oleh
karena itu, jaringan lintasan metabolisme dalam tiap-tiap sel bergantung pada kumpulan enzim
fungsional yang terdapat dalam sel tersebut.

Kontrol aktivitas
Terdapat lima cara utama aktivitas enzim dikontrol dalam sel.

1. Produksi enzim (transkripsi dan translasi gen enzim) dapat ditingkatkan atau diturunkan
bergantung pada respon sel terhadap perubahan lingkungan. Bentuk regulase gen ini
disebut induksi dan inhibisi enzim. Sebagai contohnya, bakteri dapat menjadi resistan
terhadap antibiotik seperti penisilin karena enzim yang disebut beta-laktamase
menginduksi hidrolisis cincin beta-laktam penisilin. Contoh lainnya adalah enzim dalam
hati yang disebut sitokrom P450 oksidase yang penting dalam metabolisme obat. Induksi
atau inhibisi enzim ini dapat mengakibatkan interaksi obat.

2. Enzim dapat dikompartemenkan, dengan lintasan metabolisme yang berbeda-beda yang

terjadi dalam kompartemen sel yang berbeda. Sebagai contoh, asam lemak disintesis oleh
sekelompok enzim dalam sitosol, retikulum endoplasma, dan aparat golgi, dan digunakan
oleh sekelompok enzim lainnya sebagai sumber energi dalam mitokondria melalui β-
oksidasi.[63]

3. Enzim dapat diregulasi oleh inhibitor dan aktivator. Contohnya, produk akhir lintasan
metabolisme seringkali merupakan inhibitor enzim pertama yang terlibat dalam lintasan
metabolisme, sehingga ia dapat meregulasi jumlah produk akhir lintasan metabolisme
tersebut. Mekanisme regulasi seperti ini disebut umpan balik negatif karena jumlah
produk akhir diatur oleh konsentrasi produk itu sendiri. Mekanisme umpan balik negatif
dapat secara efektif mengatur laju sintesis zat antara metabolit tergantung pada kebutuhan
sel. Hal ini membantu alokasi bahan zat dan energi secara ekonomis dan menghindari
pembuatan produk akhir yang berlebihan. Kontrol aksi enzimatik membantu menjaga
homeostasis organisme hidup.

4. Enzim dapat diregulasi melalui modifikasi pasca-translasional. Ia dapat meliputi

fosforilasi, miristoilasi, dan glikosilasi. Contohnya, sebagai respon terhadap insulin,
fosforilasi banyak enzim termasuk glikogen sintase membantu mengontrol sintesis
ataupun degradasi glikogen dan mengijinkan sel merespon terhadap perubahan kadar gula
dalam darah.[64] Contoh lain modifikasi pasca-translasional adalah pembelahan rantai
polipeptida. Kimotripsin yang merupakan protease pencernaan diproduksi dalam keadaan
tidak aktif sebagai kimotripsinogen di pankreas. Ia kemudian ditranspor ke dalam perut di
mana ia diaktivasi. Hal ini menghalangi enzim mencerna pankreas dan jaringan lainnya
sebelum ia memasuki perut. Jenis prekursor tak aktif ini dikenal sebagai zimogen.

5. Beberapa enzim dapat menjadi aktif ketika berada pada lingkungan yang berbeda.
Contohnya, hemaglutinin pada virus influenza menjadi aktif dikarenakan kondisi asam
lingkungan. Hal ini terjadi ketika virus terbawa ke dalam sel inang dan memasuki
lisosom.[65]

Keterlibatan dalam penyakit

Fenilalanina hidroksilase. Sumber: PDB 1KW0

Oleh karena kontrol aktivitas enzim yang ketat diperlukan untuk menjaga homeostasis,
malafungsi (mutasi, kelebihan produksi, kekurangan produksi ataupun delesi) enzim tunggal
yang penting dapat menyebabkan penyakit genetik. Pentingnya enzim ditunjukkan oleh fakta
bahwa penyakit-penyakit mematikan dapat disebabkan oleh hanya mala fungsi satu enzim dari
ribuan enzim yang ada dalam tubuh kita.

Salah satu contohnya adalah fenilketonuria. Mutasi asam amino tunggal pada enzim fenilalania
hidroksilase yang mengatalisis langkah pertama degradasi fenilalanina mengakibatkan
penumpukkan fenilalanina dan senyawa terkait. Hal ini dapat menyebabkan keterbelakangan
mental jika ia tidak diobati.[66]

Contoh lainnya adalah mutasi silsilah nutfah (germline mutation) pada gen yang mengkode
enzim reparasi DNA. Ia dapat menyebakan sindrom penyakit kanker keturunan seperti
xeroderma pigmentosum. Kerusakan ada enzim ini dapat menyebabkan kanker karena
kemampuan tubuh memperbaiki mutasi pada genom menjadi berkurang. Hal ini menyebabkan
akumulasi mutasi dan mengakibatkan berkembangnya berbagai jenis kanker pada penderita.