MODIFIKASI SENYAWA KALKON

I. TUJUAN
Memodifikasi senyawa turunan kalkon untuk meningkatkan aktivitas biologinya
terhadap reseptor Human Estrogen Receptor-α (HER-α).

II. TEORI DASAR

1. Kalkon
Kalkon merupakan senyawa metabolit sekunder yang dapat ditemukan pada
tumbuh-tumbuhan dan termasuk golongan golongan flavonoid. Telah diketahui
bahwa kalkon ini merupakan intermediet dalam sintesis berbagai senyawa
heterosiklik.

Struktur kalkon

Kalkon yang mengandung gugus amino pada cincin A paling poten dan
selektif melawan sel kanker. Urutan imidazole baru telah disintesis dengan
kondensasi Claisen-Schmidt dan dievaluasi untuk aktivitas anti-kankernya pada
berbagai cell line kanker manusia. Senyawa ini terlihat memiliki aktivitas
antiproliferasi yang sedang.

2. Bioisosteres
Bioisosteres adalah substituen atau kelompok dengan sifat fisik atau kimia
yang serupa yang menghasilkan sifat biologis yang sama luasnya dalam senyawa
kimia. Dalam desain obat, tujuan bertukar satu bioisostere dengan yang lain adalah
untuk meningkatkan sifat biologis atau fisik yang diinginkan dari senyawa tanpa
membuat perubahan signifikan dalam struktur kimia.

3. Penambatan Molekul (Molecular Docking)

Penambatan molekul (molecular docking) merupakan suatu metode
komputasi yang digunakan untuk menggambarkan interaksi antara suatu molekul
sebagai ligan dengan suatu reseptor atau protein. Molecular docking sebagai salah
satu metodologi dalam structure-based virtual screening dimulai pada awal tahun
1980-an. Molecular docking digunakan untuk mengetahui bagaimana ligan
berinteraksi dengan reseptornya sehingga dapat diprediksi aktivitasnya. Reseptor
atau target dapat berupa rangkaian susunan asam amino protein seperti DNA, RNA
atau enzim tertentu yang diperoleh dari hasil eksperimen seperti NMR,
Kristalografi Sinar X atau hasil homologi modeling. Ligan biasanya berupa molekul
kecil seperti senyawa hasil sintesis atau senyawa aktif bahan alam dan dapat pula
berupa protein.

4. Farmakofor
Secara sederhana farmakofor dapat diartikan gugus atau bagian dari struktur
senyawa obat yang berinteraksi dengan reseptor. Namun kenyataannya farmakofor
sendiri tidak mewakili molekul ataupun gugus fungsi, tetapi lebih pada konsep
abstrak pada kapasitas interaksi molekuler. Oleh karena itu, definisi farmakofor
menurut IUPAC adalah sekumpulan fitur sterik dan elektronik yang penting untuk
menjamin interaksi sumpramolekular yang optimal dengan struktur target biologis
yang spesifik dan untuk memicu atau menghambat respons biologisnya,
Pemodelan farmakofor telah berkembang dan merupakan salah satu metode
yang sukses dalam penemuan obat dalam beberapa dekade terakhir. Metode ini
sangat penting dalam mendeskripsikan molekul dan sistem biologis yang kompleks
seperti protein atau asam nukleat. Selain itu, konsep yang mendeskripsikan
interaksi molekul obat melalui permodelan farmakofor yang terdiri dari fitur ligan
kimia yang relevan, telah menjadi teknik yang dapat diterima dan digunakan dalam
high-throughput screening (HTS).

III. PROSEDUR
1. Modifikasi Struktur
1. Gambar modifikasi kalkon berdasarkan bioisosteres menggunakan
program ChemDraw
2. Optimasi molekul kalkon menggunakan program Chem3D
3. Tambahkan parameter torsi dan Gasteiger charges menggunakan
program AutoDockTools.
4. Simpan molekul ligand dengan format .pdbqt

2. Penambatan Molekul (Molecular Docking)

A. Persiapan Reseptor
1. Unduh protein HER-α dengan kode 3ERT di Protein Data Bank
www.rscb.org.
2. Pisahkan protein dengan ligand standar (tamoksifen) yang ada di
dalamnya.
3. Perbaiki struktur molekul protein dengan menambahkan atom hidrogen
polar dan Kollman charges menggunakan program AutoDockTools
 4. Simpan molekul protein dengan format .pdbqt

B. Proses Docking
1. Tentukan koordinat dan luas area kantung aktif dari protein HER-α
(3ERT) menggunakan Grid Box pada program AutoDockTools
2. Simpan parameter koordinat dan hasil area kantung aktif dengan format
.txt
3. Lakukan proses docking menggunakan program AutoDock Vina
dengan menjalankannya pada command prompt (cmd).

C. Analisis Hasil Docking

1. Tentukan konformasi yang terbaik dengan melihat energi bebas Gibbs
(∆G) yang dihasilkan
2. Tentukan interaksi apa saja yang terjadi antara molekul ligand dengan
protein menggunakan program AutoDockTools!

3. Penentuan Farmakofor
A. Penentuan Profil Ligand (Menurut Lippinski’s Rule of Five)
1. Pada LigandScout®, klik ligan
2. Kemudian pada bagian kanan bawah, klik Ligand Details
3. Catat berat molekul, cLogP, donor hidrogen, dan akseptor hidrogen.

B. Penentuan farmakofor dari ligand yang terdapat di Protein Data Bank dengan
kode 3ERT.

1. Ketik kode pdb protein yang akan diunduh (3ERT) pada kotak di area
atas sebelah kanan, kemudian tekan tombol Download
2. Protein akan ter-unduh dan ditampilkan dalam mode macromolekul
view, protein digambarkan dalam bentuk ribbon dan ligand berada
dalam kotak yang berwarna kuning.
3. Klik pada kotak yang berwarna kuning yang berada dalam protein,
sehingga molekul ligan akan di zoom, dan informasinya akan tampil di
jendela sebelah kanan
4. Apabila molekul ligand dalam data pdb strukturnya tidak lengkap,
misalnya ada salah satu ikatan yang putus, hal ini dapat diperiksa
dengan cara mengklik ikatan pada tampilan 2D atau pada tampilan 3D,
dan apabila ada yang tidak sesuai, ikatan tersebut dapat diperbaiki
dengan mengklik tombol retype bond atau tombol [1]; [2]; [3].
5. Apabila molekul ligand sudah benar, tekan tombol [Ctrl+F9] untuk
membuat farmakofor
1. Gunakan fiture data ‘use data exchange widget’, pilih ‘add molecule to
alignment view’ untuk menambahkan molekul ke tab alignment, lalu pilih juga
’add pharmacophore to alignment view’. Kemudian langkah ini berlaku untuk
ligan kalkon.
2. Pilih struktur tamoksifen(3ert) sebagai refence dengan mengklik kanan pada
nama strktur.
3. Pilih 2 struktur tamoksifen dan kalkon dengan menekan tombol ‘ctrl’ sembari
mengklik nama kedua molekul tersebut. Lalu tekan ‘Generated shared feature’
sehingga aka nada farmakofor baru dengan nama ‘Shared….’, jadikan
farmakofor tersebut sebagai reference
4. Kemudian tekan tombol ‘ctrl’ dan mengklik struktur tamoksifen, kalkon, dan
shared....
5. Klik ‘align’, dan analisis perbedaan farmakofor diantara dua struktur tersebut.