JURNAL

PRAKTIKUM DESAIN PENGEMBANGAN OBAT

“PENAMBATAN MOLEKUL (MOLECULAR DOCKING)”

Alamanda Puspita
260110150027
Kelas A 2015
Jumat, 07.00-10.00

FAKULTAS FARMASI
UNIVERSITAS PADJADJARAN
2018
I. TUJUAN
Menentukan besarnya energi bebas (ΔG) dan interaksi yang terjadi
antara kompleks ligan-protein hasil docking.

II. PRINSIP
2.1 Energi Bebas Gibs
Energi bebas Gibbs menunjukkan kestabilan interaksi ligand senyawa uji
terhadap residu pada reseptor. Nilai energi bebas Gibbs yang kecil menunjukkan
bahwa konformasi yang terbentuk adalah stabil, sedangkan nilai energi bebas
Gibbs yang besar menunjukkan kurang stabilnya kompleks yang terbentuk
(Alvarez dan Shoichet, 2005).
2.2 Afinitas Ikatan
Energi bebas ikatan berkaitan dengan afinitas ligan terhadap protein.
Semakin negative nilai yang dihasilkan, maka semakin baik afinitas kompleks
ligan-protein, sehingga diharapkan aktivitasnya pun semakin baik (Kitchen et
al., 2004).
2.3 Ikatan Hidrogen
Ikatan hidrogen adalah gaya tarik antar-molekul yang terjadi antara atom
hidrogen yang terikat dengan atom sangat elektronegatif (N, O, atau F) dan
pasangan elektron bebas dari atom sangat elektronegatif lainnya (McMurry et
al., 2016).
2.4 Interaksi Van Der Waals
Interaksi Van der Waals terjadi akibat interaksi antara molekul-molekul
non polar (GayaLondon), antara molekul-molekul polar (Gaya dipole-dipol) atau
antara molekul non polardengan molekul polar (Gaya dipole-dipol terinduksi).
Ikatan Van Der Waals terdapat antarmolekul zat cair atau padat dan sangat
lemah (Sukardjo, 1985).

III. TEORI DASAR

Biologi komputasi dan bioinformatika berpotensi tinggi dalam ilmu kimia
medisinal, tidak hanya mempercepat proses penemuan obat tetapi juga mengubah
cara penemuan dan perancangan obat. Rational Drug Design (RDD) memfasilitasi
dan mempercepat proses rancangan obat, yang melibatkan berbagai metode untuk
mengidentifikasi senyawa baru. Salah satu contoh metode yang digunakan adalah
penambatan molekul obat dengan reseptor yang sering disebut molecular docking
(Ramya et al., 2011).
Penambatan molekul (molecular docking) adalah suatu metode komputasi
yang digunakan untuk memperoleh suatu perkiraan dan orientasi ikatan ligan dan
afinitas ikatan di dalam interaksi ligan-protein untuk menentukan seberapa baik
interaksi antara ligan dan protein tersebut (Rosenfeld, 2003). Metode penambatan
molekul dapat digunakan untuk melakukan skrining secara in silico (virtual)
terhadap senyawa-senyawa yang diperkirakan memiliki afinitas tinggi terhadap
suatu protein target sebelum senyawa tersebut disintesis dan diuji secara
eksperimental di laboratorium, sehingga dapat mengurangi ketidakefisienan biaya,
waktu dan tenaga yang digunakan (Moitessier et al., 2008). Penambatan molekul
dapat diaplikasikan pada beberapa tingkat dari proses pengembangan obat untuk
tiga tujuan utama, yaitu : memprediksi model ikatan dari ligan yang diketahui
aktif, pencarian ligan baru menggunakan virtual screening dan memprediksi
afinitas ikatan dari beberapa seri senyawa aktif (Leach et al., 2006).
Di dalam penambatan molekul, molekul ligan ditambatkan pada situs aktif
atau situs tambat dari suatu protein yang sedang diam (statik), dengan
menyertakan molekul ko-faktor atau H2O di dalamnya atau tidak. Dari sini,
diperoleh data mengenai posisi dan orientasi ligan-ligan itu di dalam situs aktif
atau situs tambat tersebut. Dari data ini, dapat disimpulkan gugus-gugus
fungsional ligan yang penting untuk interaksinya, sehingga tidak boleh
dihilangkan, dan gugus-gugus fungsionalnya yang dapat ditingkatkan kekuatan
interaksinya. Informasi ini menjadi petunjuk untuk modifikasi ligan tersebut.
Dengan adanya petunjuk tersebut, modifikasi ligan dan uji in-vitro turunan-
turunannya dapat berlangsung secara efisien. Interaksi ligan dengan protein di atas
terjadi hanya apabila terdapat kecocokan (fit) bentuk dan volume di antara
molekul ligan dan situs aktif atau situs tambat protein tersebut (Motiejunas dan
Wade, 2006).
 Menurut tinjauan termodinamika, interaksi ligan dengan reseptor dapat
terjadi apabila kompleks ligan-reseptor yang dihasilkan memiliki energi yang
lebih rendah. Perubahan energi bebas (ΔG) yang menyertai interaksi ligan dengan
reseptor digunakan persamaan Gibbs :

ΔG = ΔH – TΔS

Berdasarkan persamaan tersebut, perubahan energi bebas dipengaruhi oleh

perubahan entalpi (ΔH) dan perubahan entropi (ΔS). Perubahan entalpi
berhubungan dengan gaya molekuler yang terlibat dalam interaksi ligan dengan
reseptor seperti ikatan hidrogen, interaksionik, interaksi aromatik, dan interaksi
Van der Walls. Perubahan entropi berhubungan dengan perubahan derajat bebas
dari suatu sistem molekul. Pada perubahan entropi tanda negatif menunjukkan
bahwa interaksi ligan dengan reseptor pada umunya diikuti dengan peningkatan
entropi (Kitchen et al., 2004). Pada saat kecocokan ligan-protein tercapai, maka
konformasi molekul ligan dinamakan konformasi bioaktif (Schneider dan
Baringhaus, 2008). Sedangkan rangkaian posisi gugus fungsional yang penting
dari ligan pada konformasi bioaktif itu dinamakan farmakofor (Alvarez dan
Shoichet, 2005).

IV. ALAT DAN BAHAN

4.1 Alat
1. AutoDock Tools
2. AutoDock Vina
3. Chem3D
4. ChemDraw
5. Seperangkat Komputer
6. SPDB viewer
4.2 Bahan
1. Protein target Uridine 5-monophosphate syntethase (2QCF) (Diunduh
pada pdb.org)
V. DATA PENGAMATAN
No Prosedur Hasil
5.1 Persiapan Reseptor
1 Unduh protein Uridine 5-monophosphate
syntethase (2QCF) di www.rscb.org
2 Pisahkan protein dengan ligand standar 5-
Fluoro-Uridine-5-Monophosphate (5FU)
dengan SPDB Viewer
3 Perbaiki struktur protein dengan
menambahkan atom hidrogen polar dan
Kollman charges dengan program
AutoDockTools
4 Simpan molekul protein dengan format
.pdbqt
5.2 Persiapan Ligand
1 Gambar molekul kuersetin dengan
menggunakan program ChemDraw
2 Optimasi molekul dengan program
Chem3D
3 Tambahkan parameter torsi dan Gasteiger
charges menggunakan AutoDockTools
4 Simpan molekul dengan format .pdbqt
5.3 Proses Docking
1 Tentukan koordinat dan luas area kantung
aktif dari protein target Uridine 5-
monophosphate syntethase (2QCF) dengan
menggunakan GridBox pada program
AutoDockTools.
2 Simpan parameter koordinat dan luas area
kantung aktif dengan format .txt
 3 Lakukan proses docking menggunakan
AutoDock Vina dengan menjalankannya
pada command prompt (cmd).
5.4 Analisis Hasil Docking
1 Tentukan konformasi yang terbaik dengan
melihat energi Gibbs (ΔG) terkecil
2 Tentukan interaksi apa saja yang terjadi
dengan program AutoDockTools

VI. SIMPULAN
 DAFTAR PUSTAKA

Alvarez, J., dan Shoichet, B (Eds). 2005. Virtual Screening in Drug Discovery.
Boca Raton : Taylor and Francis Group.
Kitchen, D., Decornez, H., dkk. 2004. Docking and Scoring in Virtual Screening
for Drug Discovery : Methods and Application. Nat Rev. Vol (4), pages
935-949.
Leach, A., Shoicet, B., dkk. 2006. Docking and Scoring. Journal of Medicinal
Chemistry, 49 (20), pages 5851-5855.
McMurry., John E., Fay, Robert C., and Robinson, Jill K. 2016. Chemistry 7th
edition. New Jersey: Pearson Education, Inc.
Moitessier, N., Englebiene,p., dkk. 2008. Towards The Development of
Universal, Fast, and Highly Accurate Docking/Scoring Methods : A Long
Wat To Go, Br. J. Pharmacol. Vol (153), pages 7-26.
Motiejunas, D., Wade, R. 2006. Structural, Energetics, and Dynamic Aspects of
Ligand-Receptor Interactions. In J. B. Taylor & D. J. Triggle (Eds.),
Comprehensive Medicinal Chemistry II Volume 4: Computer-Assisted
Drug Design (Vol. 4, pp. 193–214). Elsevier.
Ramya T. Sri, V. Sathyanathan, Kumar D. P., Chowdhari M. 2011. Docking
Studies on Synthesis Quinazoline Compounds Against Androgen Receptor.
Int. J. Pharm & Ind. Res 01 (04) : 266 – 269.
Rosenfeld, R. J. 2003/ Automated Docking of Ligands to An Artificial Active Site
: Augmenting Crystallographic Analysis With Computer Modelling.
Journal Computational Aided Molecular. Vol (17), pages 525-536.
Schneider, G., Baringhaus, K. H. 2008. Molecular Design : Concepts and
Applications. Wiley.
Sukardjo. 1985. Ikatan Kimia. Yogyakarta: Rineka Cipta.