Atresia anal dapat dibagi menjadi tipe tinggi dan tipe rendah tergantung pada hubungan

antara kantong rektal distal dan otot puborektalis. Diagnosis prenatal atresia anal sangat
menantang. Temuan tidak langsung meliputi segmen usus distal yang membesar dan mekonium
intraluminal kalsifikasi pada trimester kedua dan ketiga. Temuan langsung termasuk tidak ada
PAMC (otot perianal kompleks) dan tidak ada tanda target (hypoechoic anal sphincter dan
mukosa anal echogenic). PAMC utuh dalam atresia rendah, PAMC tidak hanya dapat diterapkan
pada atresia tinggi. Sebuah mukosa dubur echogenic terlihat tidak mencakup semua kasus atresia
tinggi dan kebanyakan kasus atresia rendah, dengan pengecualian dari kasus yang paling ringan
dengan hanya membran tipis yang menutupi pembukaan anus.

PAMC adalah struktur seperti cincin hypoechoic sekitarnya mukosa dubur echogenic.
PAMC utuh dalam atresia rendah, sehingga mendiagnosis atresia anal dengan mendeteksi PAMC
hanya dapat diterapkan pada atresia tinggi. Ketika mencoba mencari "tanda target", penting untuk
memastikan untuk memindai pada tingkat di mana tulang panggul dan kepala femur tidak harus
terlihat. Tuberositas iskia dapat didiagnosis secara salah sebagai mukosa dubur di bawah pesawat
pemindaian yang salah. Sebuah mukosa dubur echogenic yang terlihat tidak mencakup semua
kasus atresia tinggi dan kebanyakan kasus atresia rendah, dengan pengecualian kasus paling
ringan dengan hanya membran tipis yang menutupi pembukaan anus.