Diskusi

1. Apa yang dimaksud dengan isolasi DNA?

Jawab: Isolasi DNA adalah proses pemisahan molekul DNA dari molekul-molekul
lain di inti sel, seperti protein, lemak, dan karbohidrat. Prosedur ini memiliki
beberapa tujuan analisis yaitu visualisasi DNA, peninjauan pola fragmentasi DNA,
pembuatan pustaka genomik, rekayasa gen, dan amplifikasi DNA. Prisnsip utama
dalam isolasi DNA ada tiga yakni penghancuran (lisis), ektraksi atau pemisahan
DNA dari bahan padat seperti selulosa dan protein, serta pemurnian DNA (Corkill
dan Rapley, 2008; Dolphin, 2008). Menurut Surzycki (2000), ada beberapa hal
yang perlu diperhatikan dalam proses isolasi DNA antara lain harus menghasilkan
DNA tanpa adanya kontaminan seperti protein dan RNA; metodenya harus efektif
dan bisa dilakukan untuk semua spesies metode yang dilakukan tidak boleh
mengubah struktur dan fungsi molekul DNA; dan metodenya harus sederhana dan
cepat. pemisahan terhadap protein dapat dilakukan dengan protease) dan RNA
dengan RNAse.
2. Apakah fungsi penambahan detergen?
Jawab: Fungsi penambahan detergen dalam isolasi DNA dapat dilakukan karena
deterjen dapat menyebabkan rusaknya membran sel, melalui ikatan yang dibentuk
melalui sisi hidrofobik deterjen dengan protein dan lemak pada membran
membentuk senyawa ”lipid protein-deterjen kompleks”. Senyawa tersebut dapat
terbentuk karena protein dan lipid memiliki ujung hidrofilik dan hidrofobik,
demikian juga dengan deterjen, sehingga dapat membentuk suatu ikatan kimia
(Machmud, 2006)
3. Apakah fungsi penambahan garam?
Jawab: Pemberian garam memiliki fungsi yang sama dengan SDS pada isolasi
DNA genom sel darah putih, yaitu untuk memberikan kondisi ionik, sehingga
reaksi berjalan lebih stabil. (Harley 2005: 410). Garam juga dapat digunakan untuk
melarutkan DNA, karena ion Na+ yang dikandung oleh garam mampu membentuk
ikatan dengan kutub negative fosfat DNA. Kutub ini dapat menyebabkan molekul-
molekul saling tolak menolak satu sama lain sehingga pada saat ikatan ion Na+
terbentuk dengan ikatan kutub negative fosfat DNA, maka DNA tersebut akan
terkumpul (Dollard, 1994 dalam Jamilah, 2005:21). Jadi dapat disimpulkan bahwa
 garam dapat digunakan sebagai penghilang protein dan karbohidrat, menjaga
kesetabilan pH lysing buffer, garam juga membantu proses pemekatan DNA.
4. Apakah fungsi penambahan alkohol? Mengapa alkohol yang ditambahkan harus
dalam keadaan dingin?
Jawab: Penggunaan alkohol ini berfungsi untuk pengikatan strand DNA yang telah
terkumpul karena pemekatan oleh garam. Alkohol yang ditambahkan harus dalam
kondisi dingin dengan adanya garam (kation kovalen seperti Na+) dan pada suhu di
bawah 20 0C atau kurang, ethanol absolut akan mempresipitasikan asam nukleat
polimerik dengan baik. Selain itu disebutkan juga bahwa semakin dingin ethanol,
DNA yang terpresipitasi semakin pekat. Dari pernyataan-pernyataan tersebut dapat
diketahui bahwa semakin dingin alkohol, maka konsentrasi DNA yang akan terikat
oleh alkohol tersebut akan semakin pekat atau tinggi sehingga DNA yang terisolasi
dapat terlihat dengan jelas (Jamilah, 2005: 14).
5. Mengapa pengadukan campuran setelah ditambahkan detergen tidak boleh sampai
berbusa?
Jawab: Karena akan menyebabkan terhambatnya isolasi DNA. Dengan adanya buih
maka DNA akan sulit diamati karena terhalangnya penyatuan DNA di daerah atas
antara alkohol dengan campuran ekstrak buah, detergent dan garam akibat adanya
rongga udara yang ditimbukan oleh adanya buih.
6. Mengapa pada macam detergen yang berbeda diperoleh kuantitas DNA dan waktu
pembentukan yang berbeda?
Jawab: Karena kandungan dalam sutatu detergen berbeda produk satu dengan
produk yang lain, sehingga kecepatan pembentukan DNA berbeda karena
kecepatan pemecah sel juga berbeda.
7. Mengapa pada macam buah yang berbeda kuantitas DNA dan waktu pembentukan
yang berbeda?
Jawab: Karena pada buah terdapat perbedaan pigmen yang masih berikatan dengan
DNA, dimana pigmen ini memiliki ukuran kemampuan yang berbeda dalam
melepaskan diri dengan DNA pada setiap deterjen, sehingga perbedaan waktu
terpisahnya DNA dari sel tersebut juga menunjukkan bahwa kemampuan setiap
detergent dalam merusak membran sel tidak sama.
Daftar rujukan
Surzycki, S. 2000. Basic techniques in molecular biology.
Dolphin, W. D. 2008. Biological Investigations.
Corkill, G., Rapley, R. (2008). The Manipulation of Nucleic Acids: Basic Tools &
Techiques in Molecular Biomethods Handbook Second Edition. Ed: Walker,
J.M., Rapley, R. Humana Press, NJ,USA.
Machmud, Wildan. 2006. Penentuan LC 50 48 Jam Detergen dan Pengaruhnya
Terhadap Mortalitas Larva Ikan Mas (Cyprus Corpio) Ras Punten dengan tipe
Ploidi Yang Berbeda. Skripsi tidak diterbitkan. Malang: Program Sarjana
Biologi.
Harley, J.T. 2005. Regulatory exercises in microbiology. Boston : McGraw-Hill
Company
Jamilah. 2005. Pengaruh Berbagai Macam Detergen, Penambahan Enzim, dan
Ekstrak Nanas (Ananas comusus (L) Merr) Terhadap Hasil Isolasi DNA
Berbagai Macam Buah Sebagai Topik Praktikum Matakuliah Genetika. Skripsi
tidak diterbitkan. Malang: Universitas Negeri Malang