EKSPERIMEN WATSON DAN STAHL

Hasil dari tes Watşon dan Crick yang mereplikasi DNA secara semikonservatif diterbitkan
pada tahun 1958 oleh MS Meselson dan FW Stahl. Hasil penelitian menunjukkan bahwa
kromosom dari basil usus besar Escherichia coli direplikasi secara semikonservatif Meselson dan
Stahl menumbuhkan sel-sel colt E selama beberapa generasi dalam suatu medium di mana liotop
nitrogen yang berat, "N, telah digantikan dengan isotop ringan yang normal," basa purin dan
pirimidin dalam DNA mengandung nitrogen, dengan demikian, DNA sel yang tumbuh pada media
yang mengandung memiliki kepadatan yang lebih besar (berat per unit volurne). Karena molekul
dengan kepadatan yang berbeda dapat dipisahkan oleh prosedur yang disebut sentrifugasi gradien
densitas kesetimbangan, Meselson dan Stahl wee membedakan antara tiga mode kemungkinan
replikasi DNA dengan mengikuti perubahan densitas DNA sel yang ditumbuhkan pada media 1N
dan kemudian ditransfer ke "media N untuk berbagai periode waktu (disebut eksperimen transfer
densitas. Kepadatan dari sebagian besar DNA adalah sama dengan kepadatan larutan konsentrasi
dari garam berat seperti sebagai sesium klorida (CsCI). Misalnya, kepadatan 6 M CsCI adalah
sekitar 1,7 g / cm. Escherichia coli DNA con-Watsontaining 'N memiliki kerapatan 1,710 g / cm3
Pergantian molekul I untuk N meningkatkan 8 / kerapatan DNA E. coli menjadi 1,724 / cm Ketika
larutan garam berat seperti 6 M CsCl dititrifikasi pada sangat tinggi kecepatan (30.000-50.000
revo lusi per menit) selama 48-72 jam, gradien kepadatan kesetimbangan terbentuk. Gaya
sentrifugal yang disebabkan oleh pemintalan larutan dengan kecepatan tinggi mengendapkan
garam ke bagian bawah tabung. Difusi, di sisi lain, menghasilkan pergerakan molekul garam
kembali ke atas (konsentrasi garam rendah) dari tabung. Setelah periode yang cukup tinggi
sentrifugasi kecepatan, tercapai keseimbangan antara sedasi menengah dan difusi, di mana saat itu
terdapat gradien linier peningkatan kepadatan dari bagian atas tabung ke botuom tabung jika DNA
hadir dalam gradien seperti itu, ia akan bergerak ke posisi di mana kepadatan larutan garam sama
dengan densitasnya sendiri. Jadi, jika campuran DNA E. coli yang mengandung SN "DNA berat"
dan DNA E. coli yang mengandung "N (" ringan "DNA) dikenai sentrifugasi CsCl equilibrium
densipy-gradlent, molekul DNA akan terpisah menjadi dua" pita, "satu berisi DNA" berat "dan
satu berisi" ringan "DNA. Meselson dan Stahl mengambil sel yang telah tumbuh dalam medium
yang mengandung 1SN selama beberapa generasi (dan dengan demikian mengandung DNA
"berat"), dicuci untuk menghilangkan media yang mengandung 1SN, dan memindahkannya ke
media yang mengandung N. Setelah membiarkan sel-sel untuk tumbuh di hadapan N untuk periode
waktu yang bervariasi, DNA diekstraksi dan dianalisis dalam gradien kepadatan kepadatan CsCl.
Hasil percobaan sebelumnya pada hanya konsisten dengan replikasi serviks semicon 14, tidak
termasuk model konservatif dan dispersif sintesis DNA. Semua DNA dipisahkan dari sel setelah
satu generasi pertumbuhan di concen- medium yang mengandung "N memiliki kepadatan setengah
jalan antara kepadatan" berat "DNA dan" ringan "DNA. Kepadatan menengah ini biasanya disebut
sebagai kepadatan" hibrida ".

Satu generasi replikasi semikonservatif dari double parental yang ia lengkapi dengan 'N
dalam medium yang hanya mengandung N akan menghasilkan dua heliks ganda progeni yang
keduanya memiliki 1SN dalam satu untai (untai "lama") dan 1N pada untai lainnya (yang' baru '
"strand). Molekul tersebut molekul DNA dengan kepadatan" hibrida ", setelah satu generasi
replikasi konservatif dari DNA" berat "dalam medium" ringan ", setengah dari DNA masih akan"
berat dan separuh lainnya akan menjadi "ringan. " Jika replikasi tersebar, Meselson dan Stahl akan
mengamati pergeseran DNA dari "berat" ke "cahaya" di setiap generasi (yaitu, "setengah berat"
atau "hibrida" setelah satu generasi, "seperempat berat" setelah dua generasi, dll.) Hasil Meselson
dan Stahl jelas tidak konsisten dengan kepadatan "hibrid". Replikasi konservatif tidak akan
menghasilkan apa pun dari kedua kemungkinan ini. Kepadatan menengah ini biasanya disebut
sebagai kepadatan" hibrida ",Setelah dua generasi pertumbuhan dalam medium mengandung. ng"
N, setengah DNA memiliki kerapatan "hibrida" dan separuhnya "ringan". Resi'l ini persis seperti
yang diprediksi oleh modus replikasi semikonservatif Watson dan Crick (Gambar 5.15). Satu
generasi replikasi semikonservatif dari double parental yang ia lengkapi dengan 'N dalam medium
yang hanya mengandung N akan menghasilkan dua heliks ganda progeni yang keduanya memiliki
1SN dalam satu untai (untai "lama") dan 1N pada untai lainnya (yang' baru ' "strand). Molekul
tersebut molekul DNA dengan kepadatan" hibrida ", setelah satu generasi replikasi konservatif
dari DNA" berat "dalam medium" ringan ", setengah dari DNA masih akan" berat dan separuh
lainnya akan menjadi "ringan. " Jika replikasi tersebar, Meselson dan Stahl akan mengamati
pergeseran DNA dari "berat" ke "cahaya" di setiap generasi (yaitu, "setengah berat" atau "hibrida"
setelah satu generasi, "seperempat berat" setelah dua generasi, dll.) Hasil Meselson dan Stahl jelas
tidak konsisten dengan kepadatan "hibrid". Replikasi konservatif tidak akan menghasilkan apa pun
dari kedua kemungkinan ini. Studi selanjutnya telah memverifikasi Meselson dan berguna dalam
mempelajari metabolisme DNA karena DNA dapat secara khusus dilabeli dengan menumbuhkan
sel-sel pada Hjthy midine, deoxyribonucleoside tritiated thymine Thymidine dimasukkan secara
eksklusif ke dalam DNA; tidak ada dalam komponen utama sel lainnya. Cairns menumbuhkan sel
E. coli dalam medium yang mengandung [Phithymidine untuk periode waktu yang berbeda,
melisiskan sel dengan sangat lembut agar tidak merusak kromosom (molekul DNA panjang sangat
peka terhadap geser), dan dengan hati-hati mengumpulkan kromosom pada filter membran. Filter-
filter ini ditempelkan pada slide kaca, dilapisi dengan emulsi yang peka terhadap partikel-ß
(elektron berenergi rendah yang dipancarkan selama peluruhan tritium), dan disimpan dalam gelap
selama periode waktu untuk memungkinkan cukup peluruhan radioaktif. Autoradiograf yang
diamati ketika film dikembangkan (Gambar 5.16) menunjukkan bahwa semikonservatif
kromosom E coll adalah struktur melingkar yang ada sebagai zat antara 6-bentuk selama replikasi.
Autoradiograf ini lebih lanjut menunjukkan bahwa tidak berliku dari dua helai orangtua yang
saling melengkapi diamati (yang diperlukan untuk pemisahan mereka) dan replikasi
semikonservatif mereka terjadi secara bersamaan atau sangat erat. Karena penggandaan heliks
ganda orangtua. harus berputar 360 untuk melepaskan setiap pilin dari heliks, ini mengharuskan
adanya semacam "putar" dalam kromosom. Bukti yang ada menunjukkan bahwa transient single-
strand break (pembelahan satu phos. ikatan phodiester dalam satu helai double helix) Interpretasi
Cairns terhadap autoradiograf adalah bahwa replikasi semikonservatif dilakukan di sebuah situs
pada semua kromosom, yang dia beri nama "asal", dan memberikan sumbu rotasi untuk
memungkinkan gulungan berjalan secara berurutan dan tanpa arah di sekitar struktur lingkaran.
Bukti berikutnya pada satu titik: replikasi sebenarnya menghasilkan bidirecional, bukan tanpa
arah. Setiap struktur berbentuk Y adalah garpu replikasi, dan dua garpu replikasi telah
menunjukkan penafsiran aslinya tidak benar bergerak ke arah yang berlawanan secara berurutan
di sekitar kromosom sirkular.

DNA DISINTESIS OLEH DNA POLYMERASES

Pencarian enzim yang dapat mensintesis DNA dimulai pada tahun 1955 oleh Arthur
Kornberg dan rekannya. Pekerjaan ini mengarah pada pemurnian dan karakterisasi DNA
polimerase dari sel E. coli, enzim polipeptida tunggal yang sekarang disebut DNA polimerase
I (M r 103.000). Jauh kemudian, ditemukan bahwa E. coli mengandung setidaknya dua polimerase
DNA berbeda lainnya, yang akan dijelaskan di bawah ini. Studi terperinci tentang DNA polimerase
I mengungkapkan fitur dari proses sintetik DNA yang telah terbukti umum untuk semua
polimerase DNA. Reaksi mendasar adalah serangan nukleofilik oleh gugus 3'-hidroksil dari
nukleotida pada ujung 3 'dari untai yang tumbuh pada 5'-α-fosfor dari deoxynucleoside 5'-
triphosphate yang masuk.

Pekerjaan awal pada DNA polimerase I mengarah pada definisi dua persyaratan utama
untuk polimerisasi DNA. Pertama, semua DNA polimerase memerlukan template. Reaksi
polimerisasi dipandu oleh untai templat DNA menurut aturan pasangan-pasangan yang diprediksi
oleh Watson dan Crick di mana guanin hadir dalam templat, sitosin ditambahkan ke untai baru,
dan seterusnya. Ini adalah penemuan yang sangat penting, tidak hanya karena memberikan dasar
kimia untuk replikasi DNA semikonservatif, tetapi karena itu merupakan contoh pertama dari
penggunaan templat untuk memandu reaksi biosintetik. Kedua, diperlukan primer . Primer adalah
segmen untai baru (saling melengkapi dengan templat) dengan gugus 3'-hidroksil yang dapat
ditambahkan nukleotida. Ujung 3 'primer disebut terminus primer . Dengan kata lain, bagian dari
untaian baru harus sudah ada; polimerase hanya dapat menambahkan nukleotida ke untai yang
sudah ada sebelumnya. Ini telah terbukti menjadi kasus untuk semua polimerase DNA, dan
penemuan ini memberikan kerutan yang menarik dalam kisah replikasi DNA. Tidak ada enzim
yang mensintesis DNA yang dapat memulai sintesis untai DNA baru, enzim yang mensintesis
RNA memang memiliki kemampuan untuk memulai sintesis, dan sebagai konsekuensinya, primer
sering kali merupakan oligonukleotida RNA.

Setelah nukleotida ditambahkan ke untai DNA yang tumbuh, DNA polimerase harus
memisahkan atau bergerak di sepanjang cetakan dan menambahkan nukleotida lainnya. Disosiasi
dan reassociation dari polimerase dapat membatasi laju reaksi keseluruhan, sehingga laju
umumnya meningkat jika polimerase menambahkan nukleotida tambahan tanpa dipisahkan dari
template. Jumlah nukleotida yang ditambahkan, rata-rata, sebelum polimerase terdisosiasi
didefinisikan sebagai prosesnya . DNA polimerase sangat bervariasi dalam hal proses, dengan
beberapa menambahkan hanya beberapa nukleotida dan yang lain menambahkan ribuan sebelum
terjadi disosiasi.

REPLIKASI DNA MEMBUTUHKAN BANYAK ENZIM DAN FAKTOR PROTEIN

Kita sekarang tahu bahwa replikasi dalam E. coli tidak hanya membutuhkan satu DNA
polimerase tetapi 20 atau lebih enzim dan protein yang berbeda, masing-masing melakukan tugas
tertentu. Meskipun belum diperoleh sebagai entitas fisik, seluruh kompleks telah disebut sistem
replikasi DNA atau replisome . Kompleksitas enzimatik replikasi mencerminkan persyaratan yang
dikenakan pada proses oleh struktur DNA.Kami akan memperkenalkan beberapa kelas utama
enzim replikasi dengan mempertimbangkan masalah yang mereka atasi.

Untuk mendapatkan akses ke untai DNA yang bertindak sebagai templat, dua untai induk
harus dipisahkan. Ini umumnya dilakukan oleh enzim yang disebut helicases , yang bergerak di
sepanjang DNA dan memisahkan untaian menggunakan energi kimia dari ATP. Pemisahan untai
menciptakan tekanan topologis dalam struktur DNA heliks, yang dihilangkan oleh
aksi topoisomerase. Helai yang dipisahkan distabilkan oleh protein pengikat DNA . Primer harus
ada atau disintesis sebelum DNA polimerase dapat mensintesis DNA. Primer umumnya adalah
segmen pendek RNA yang diletakkan oleh enzim yang disebut primase . Pada akhirnya, primer
RNA harus dihilangkan dan diganti oleh DNA. Dalam E. coli , ini adalah salah satu dari banyak
fungsi DNA polimerase I. Setelah penghapusan segmen RNA dan mengisi celah dengan DNA,
masih ada titik di tulang punggung DNA di mana ikatan fosfodiester rusak. Istirahat ini, yang
disebut torehan, harus disegel oleh enzim yang disebut DNA ligases . Semua proses ini harus
dikoordinasikan dan diatur. Interaksi ini dan enzim lainnya telah ditandai dengan baik dalam
sistem E. coli .

INISIASI REPLIKASI DNA

Replikasi DNA bermula dari satu titik awal sebelum terjadinya polimerisasi yang bermula
dari suatu tempat tertentu di dalam molekul DNA yang dinamakan titik awal replikasi atau origin
of replication (ORl). Pada sel eukariot terdapat ratusan bahkan ribuan ORI sepanjang molekul
DNA raksasa pada setiap kromosomnya. ORI terentang secara lateral sementara replikasi DNA
bergerak ke dua arah pada akhirnya gelembung replikasi (ORI) akan menyatu ke tengah dan
sintesis untai DNA anak pun selesai (bahwa). Replikasi berlangsung bukan setelah dua untai DNA
terpisah atau saling lepas replikasi berlangsung pada banyak tempat membentuk gelembung
replikasi.

PROSES PEMANJANGAN ATAU POLIMERISASI MOLEKUL DNA

Polimerisasi nukleotida pada replikasi DNA untuk seluruh makhluk hidup selalu
berlangsung dalam arah 5’ ke-3’ atau artinya penambahan gugus nukleotida baru, berlangsung
pada gugus -OH dari karbon 3 gula deoksiribosa. Pemanjangan untai DNA dimulai jika tersedia
molekul primer dalam proses replikasi DNA in Vivo primer, berupa molekul yang berukuran 10
sampai 12 nukleotida. Fungsi primer adalah menyediakan ujung 3’ -OH yang akan digunakan
untuk menempelkan molekul DNA pertama dalam proses polimerisasi.

Pemanjangan untai DNA dilakukan

dari ujung primer pada prokarioa, proses
polimerisasi untai DNA baru dikatalis oleh
enzim DNA polimerasi III .Pada eukariot
dilakukan oleh DNA polimerase α (untaian
DNA lambat atau fragmen Okazaki) dan
DNA polimerase ẟ (untaian DNA awal)
bahan baku sintesis DNA ini adalah
deoksiribosa nukleotida RNA primer selanjutnya akan di isi oleh aktivitas Eksonuklease 5'-3' yang ada pada
DNA polimerase I. Bagian RNA yang tardegradasi selanjuinya digantikan dengan molekul DNA oleh
aktivitas polimerase 5'-3' yang dimiliki DNA polimerase I. Adanya 2 untai DNA yang orientasinya
berlawanan, maka terdapat 2 macam sintesis DNA. Pertama sintesis kontinyu (sintesis DNA baru yang
searah dengan pembukaan garpu replikasi) atau disebut leading strand, dan sintesis diskontinu (sintesis
DNA baru yang berlawanan arah dengan arah pembukaan garpu replikasi atau disebut lagging strand.

Gambar Sintesis DNA Berjalan Secara Kontinyu (leading strand)dan Tidak Kontinyu (lagging
strand) Sumber: Gardner.,1991)

Sintesis DNA pada untai yang tidak berjalan kontinyu menghasilkan fragmen teputus-putus, yang
masing-nrasing mempunyai arah 5"—• 3'. Terjadinya sintesis DNA yang tidak kontinyu
sebenarnya disebabkan oleh sifat enzim DNA polimerase yang hanya dapat mensintesis DNA dari
arah 5' ke 3'. Fragmen-fragmen DNA yang dihasilkan dari sintesis yang tidak kontinyu dinamakan
fragmen Okazakki, sesuai dengan nama penemunya. Fragmen-fragmen ini akan disatukan menjadi
sebuah untai DNA yang utuh dengan bantuan enzim DNA ligase.

ROLLING CIRCLE

Sebagian besar fitur dari replikasi cicrle bergulir adalah sama dengan yang dibahas lebih
mudah untuk replikasi melalui lebih umum 0 mata dan struktur berbentuk Y. dalam hal ini struktur
replikasi adalah molekul DNA sirkular dengan ekor beruntai tunggal. replikasi lingkaran bergulir
dimulai ketika urutan aktivitas endonuklease spesifik gen 0X174 fag A protein memotong untai
positif dari RF orangtua pada replikasi asal. Kegiatan nuclease ini adalah khusus situs yang
memotong kromosom 0 X174 hanya pada satu situs asal replikasi. itu menghasilkan 3'OH dan 5'-
fosfat termini di lokasi potongan di untai (+), tegakan (-) tetap utuh. ujung 5 'dari untai (+) terlepas
dan dikupas sementara untai (-) berputar pada porosnya. the phage 0X174 gen A protein adalah
protein kunci dalam replikasi 0 X174. ia memiliki serangkaian kegiatan yang luar biasa. (1) gen A
protein memiliki aktivitas endonuklease spesifik situs yang membelah untai positif di tempat
asalnya. (2) gen A protein kemudian mempertahankan energi dari ikatan fosfodiester yang
terpotong melalui perlekatan kovalen dari terminal 5'-fosforil ke dirinya sendiri. (3) gen A protein
tetap terikat pada ujung 5 'dari untai positif dan ke replikasi garpu sementara garpu melintasi
templat untai minus melingkar ecomplete. (4) ketika untai positif lengkap telah disintesis gen
protein A memotong asal baru, ligate 3'hydroxyl dan valently terkait dengan 5 "terminal untai
positif yang baru dihasilkan.

TRANSFORMASI GENETIK DENGAN TRANSPOSON

Beberapa transposon bakteri misalnya, transposon komposit dan Tn3 membawa gen yang
produknya tidak terkait dengan transposisi. Pengamatan ini menunjukkan bahwa transposon dapat
digunakan untuk memindahkan berbagai jenis gen di dalam genom,efeknya, gen menjadi kargo
transposon. Mungkin juga dimungkinkan untuk menggunakan transposon untuk memindahkan
gen di antara organisme yaitu, untuk mengubah satu organisme dengan DNA yang diperoleh dari
organisme lain.

Ide-ide ini menginspirasi Gerald Rubin dan Allan Spradling untuk melihat apakah
transposon dapat membawa gen hasil kloning ke dalam suatu organisme. Sebagai uji kasus, mereka
memilih satu dari banyak gen yang mengontrol warna mata pada Drosophila. Gen ini, yang disebut
kemerahan (simbol ry), mengkodekan enzim xanthine dehydrogenase. Lalat yang tidak memiliki
enzim ini yaitu, mutan-mutan homozigot memiliki mata berwarna coklat, sedangkan lalat yang
homozigot untuk alel wild type ry memiliki mata merah. Teknik yang dikembangkan Rubin dan
Spradling sekarang secara rutin digunakan untuk mengubah Drosophila dengan DNA kloning.
Elemen P yang tidak lengkap berfungsi sebagai vektor transformasi, dan elemen P lengkap
berfungsi sebagai sumber transposase yang diperlukan untuk memasukkan vektor ke dalam
kromosom dari embrio yang disuntikkan. Vektor Istilah berasal dari kata Latin untuk "pembawa."
Ini digunakan dalam konteks ini karena unsur P yang tidak lengkap membawa fragmen DNA ke
dalam genom. Praktis setiap urutan DNA dapat ditempatkan ke dalam vektor dan akhirnya
dimasukkan ke dalam hewan. Sayangnya, elemen P tidak efektif sebagai vektor transformasi pada
spesies lain. Namun, para ahli genetika telah mengidentifikasi beberapa transposon yang dapat
digunakan sebagai gantinya. Misalnya, transposon piggyBac dari ngengat dapat berfungsi sebagai
vektor transformasi pada banyak spesies yang berbeda, dan transposon Sleeping Beauty dari
salmon bekerja dengan baik pada vertebrata, termasuk manusia, di mana sedang dikembangkan
sebagai agen yang memungkinkan untuk terapi gen.

TRANSPOSON DAN ORGANISASI GEN

Dalam beberapa urutan transposon, daerah genomik sangat kaya. Dalam Drosophila,
misalnya, transposon terkonsentrasi dalam heterokromatin sentris dan dalam heterokromatin
berbatasan dengan euchromatin dari setiap lengan kromosom. Namun, banyak dari transposon ini
telah bermutasi ke titik di mana mereka tidak dapat dimobilisasi; secara genetik, mereka sama
dengan "mati." Heterochromatin tampaknya merupakan sejenis kuburan yang diisi dengan elemen
transposable yang merosot. Beberapa bukti, terutama dari studi Drosophila oleh Johng Lim,
menunjukkan bahwa unsur-unsur transposable berperan dalam evolusi struktur kromosom.
Beberapa transposon Drosophila telah terlibat dalam pembentukan penyusunan ulang kromosom,
dan beberapa tampaknya mengatur ulang kromosom pada frekuensi tinggi. Satu mekanisme
transposing yang dimungkinkan secara homologis terletak pada posisi yang berbeda dalam suatu
kromosom. Jika dua transposon dalam orientasi yang sama berpasangan dan menyeberang, segmen
di antara mereka akan dihapus .

RETROVIRUS
Retrovirus mempelajari penyebab jenis tumor tertentu pada hewan seperti ayam, kucing,
dan tikus. Dalam kasus virus RNA terlibat dalam produksi tumor. Virus tersebut datang pada tahun
1970 ketika David Baltimore, Howard Temin, dan Satoshi Mizutani menemukan DNA polimerase
yang bergantung pada RNA — yaitu, transkriptase terbalik yang memungkinkan virus ini untuk
menyalin RNA ke dalam DNA. Penemuan ini mengawali penelitian pada proses transkripsi
terbalik dan memberikan gambaran sekilas tentang apa yang mungkin terjadi disebut "dunia-retro"
kumpulan sekuens DNA yang sangat besar yang berasal dari kebalikannya transkripsi. Kita ketahui
bahwa transkripsi balik bertanggung jawab untuk mengisi genom dengan banyak jenis sekuens
DNA, termasuk, tentu saja, retrovirus.
Penemuan reverse transcriptase karena itu membuka pandangan ke komponen genom
yang sebelumnya belum dijelajahi. Berbagai jenis retrovirus telah diisolasi dan diidentifikasi.
Namun, lambangnya adalah human immunodeficiency virus (HIV), yang menyebabkan kekebalan
tubuh didapat sindrom defisiensi, atau AIDS, penyakit yang sekarang menyerang puluhan juta
orang. AIDS pertama kali terdeteksi pada kuartal terakhir abad 20. Hal ini merupakan penyakit
serius dari sistem kekebalan tubuh. Seiring perkembangannya, seseorang kehilangan kemampuan
untuk melawan infeksi oleh bermacam-macam patogen, termasuk organisme yang biasanya jinak.
Tanpa pengobatan, orang yang terinfeksi menyerah pada infeksi ini, dan akhirnya mereka mati.
AIDS ditularkan dari satu orang ke orang lain melalui cairan tubuh seperti darah atau air mani
yang telah terkontaminasi dengan HIV. Gejala awalnya dari penyakit ini seperti flu. Individu yang
terinfeksi mengalami sakit, demam, dan kelelahan. Setelah beberapa minggu, gejala-gejala ini
mereda dan kesehatan tampaknya pulih. Ini keadaan tanpa gejala dapat berlangsung beberapa
tahun. Namun, virus terus bertambah banyak dan menyebar ke seluruh tubuh, menargetkan sel-sel
khusus yang memainkan peran penting sistem kekebalan tubuh. Akhirnya, sel-sel ini sangat
terkuras oleh aksi pembunuhan virus bahwa sistem kekebalan tubuh gagal dan patogen
oportunistik menegaskan diri mereka sendiri. Banyak jenis penyakit, seperti pneumonia, dapat
terjadi. AIDS adalah penyebab utama kematian di antara subpopulasi di banyak negara misalnya,
di antara intravena pengguna narkoba dan pekerja industri seks dan di Afrika sub Sahara, itu adalah
penyebab utama kematian dalam populasi pada umumnya.
1. HIV berlabuh dengan sel target melalui interaksi antara protein virus gp120 dan protein
reseptor CD4 seluler.
2. Selaput virus dan seluler berfusi, memungkinkan inti virus memasuki sel.
3. RNA dan protein terkait dilepaskan dari inti virus.
4. Reverse transcriptase mengkatalisis sintesis DNA virus untai ganda dari RNA virus untai
tunggal dalam sitoplasma.
5. Integrase mengkatalisasi penyisipan DNA virus ke dalam DNA seluler di dalam nukleus.
6. RNA polimerase seluler mentranskripsi DNA virus menjadi RNA virus.
7. Beberapa viral RNA berfungsi sebagai mRNA untuk sintesis protein virus.
8. Beberapa viral RNA membentuk genom virus progeni.
 9. Partikel virus progeni berkumpul di dekat membran sel.
10. Partikel virus progeni diekstrusi dari sel dengan cara pemula.
11. Partikel virus progeni bebas menginfeksi sel lain.
Karena sifatnya yang mematikan dan status pandemi, HIV / AIDS menjadi fokus utama
sejumlah besar penelitian. Salah satu hasil dari upaya ini adalah detail pemahaman tentang siklus
hidup HIV. Virus bola memasuki host sel dengan berinteraksi dengan protein reseptor spesifik,
yang disebut reseptor CD4, yaitu terletak di permukaan sel. Interaksi ini dimediasi oleh
glikoprotein (protein gula yang telah dilampirkan) disebut gp120, yang tertanam di dalam lipid
membran yang mengelilingi partikel virus. Setelah gp120 "berlabuh" dengan CD4 reseptor,
membran virus dan seluler berfusi dan partikel virus diterima sel. Di dalam sel, membran lipid dan
mantel protein yang mengelilingi partikel virus dihapus, dan bahan-bahan di dalam inti virus
dilepaskan ke dalam sitoplasma sel. Inti ini mengandung dua molekul RNA untai tunggal yang
identik genom virus dan sejumlah kecil protein yang memfasilitasi replikasi genom, termasuk dua
molekul dari virus reverse transcriptase, satu terikat pada masing-masing untai RNA virus.
Reverse transcriptase HIV dan reverse transcriptase lainnya juga — bertobat RNA untai
tunggal menjadi DNA untai ganda. Menghasilkan double-stranded Molekul DNA kemudian
dimasukkan pada posisi acak dalam kromosom sel yang terinfeksi, akibatnya mengisi genom sel
itu dengan banyak salinan virus genom. Salinan ini kemudian dapat ditranskripsi oleh RNA
polimerase biasa sel untuk menghasilkan sejumlah besar RNA virus, yang berfungsi untuk
mengarahkan sintesis protein virus dan juga menyediakan RNA genomik untuk perakitan partikel
virus baru. Partikel-partikel ini diekstrusi dari sel dengan proses tunas melalui sel selaput. Partikel
yang diekstrusi kemudian dapat menginfeksi sel lain dengan berinteraksi dengan Reseptor CD4
pada permukaannya. Dengan cara ini, materi genetik HIV direplikasi dan disebarkan melalui
populasi sel imun yang rentan.
Genom HIV, panjangnya sedikit lebih dari 10 kilobase, mengandung beberapa gen. Tiga
dari gen-gen ini, dinyatakan gag, pol, dan env, ditemukan di semua retrovirus lainnya. Gen gag
mengkode protein dari partikel virus; gen pol mengkodekan sebaliknya transkriptase dan enzim
lain yang disebut integrase, yang mengkatalisis penyisipan Bentuk DNA dari genom HIV ke dalam
kromosom sel inang mengkodekan glikoprotein yang tertanam dalam amplop lipid virus.
Proses replikasi genom, dikatalisasi oleh reverse transcriptase, dimulai dengan sintesis
DNA tunggal untai komplementer dengan RNA untai tunggal dari genom virus. Itu prima oleh
tRNA yang melengkapi urutan yang disebut PBS (situs pengikatan primer) terletak di sebelah kiri
pusat dalam RNA HIV (langkah 1 pada Gambar 17.12). TRNA ini Dikemas sudah terikat dengan
PBS di inti HIV. Setelah membalikkan transkriptase mengkatalisasi sintesis 3 ujung DNA virus,
ribonuklease H (RNase H) mendegradasi RNA genomik dalam dupleks RNA-DNA (langkah 2).
Degradasi ini meninggalkan urutan berulang (R) dari untai DNA yang baru lahir bebas untuk
hibridisasi dengan urutan R pada ujung 3 RNA HIV. Hasil bersihnya adalah bahwa wilayah R dari
untai DNA yang baru lahir “melompat” dari 5 ujung RNA HIV ke ujung 3 RNA HIV (langkah 3).
Reverse transcriptase selanjutnya memperluas salinan DNA dengan menggunakan 5 wilayah RNA
HIV sebagai templat (langkah 4).
Pada langkah 5, RNaseH mendegradasi semua RNA dalam dupleks RNA-DNA kecuali
yang kecil wilayah, saluran polipurin (PPT), yang sebagian besar terdiri dari purin adenin dan
guanin. Saluran polipurin ini digunakan untuk mengunggulkan sintesis DNA untaian kedua bagian
dari genom HIV (langkah 6). Setelah tRNA dan RNA genom hadir dupleks RNA-DNA
dihilangkan (langkah 7), "lompatan" DNA kedua terjadi selama dimana PBS pada ujung 5 untai
DNA kedua berhibridisasi dengan PBS komplementer pada ujung 5 untai DNA pertama (langkah
8). 3-hidroksil termini dari dua untai DNA kemudian digunakan untuk sintesis DNA utama untuk
menyelesaikan sintesis DNA HIV untai ganda (langkah 9). Perhatikan bahwa konversi virus RNA
ke DNA virus menghasilkan urutan tanda tangan di kedua ujung molekul DNA. Urutan ini, disebut
long terminal repeats (LTRs), diperlukan untuk integrasi genom virus ke dalam DNA sel inang.
Integrasi DNA virus dikatalisis oleh enzim integrase, yang memiliki aktivitas
endonuklease. Integrase pertama kali menghasilkan 3 ujung tersembunyi di Internet DNA HIV
dengan membuat potongan beruntai tunggal di dekat ujung kedua LTR (langkah 1). Ini ujung yang
tersembunyi selanjutnya digunakan untuk serangan yang dikatalisis integrase pada ikatan
fosfodiester dalam urutan target dalam DNA sel inang. Proses ini menghasilkan pembentukan
hubungan fosfodiester baru antara 3 ujung DNA HIV dan 5 fosfat dalam DNA inang (langkah 2).
Pada tahap akhir integrasi, enzim perbaikan DNA sel inang mengisi celah untai tunggal untuk
menghasilkan genom DNA HIV secara kovalen
RETROVIRUS
Retrovirus mempelajari penyebab jenis tumor tertentu pada hewan seperti ayam, kucing,
dan tikus. Dalam kasus virus RNA terlibat dalam produksi tumor. Virus tersebut datang pada tahun
1970 ketika David Baltimore, Howard Temin, dan Satoshi Mizutani menemukan DNA polimerase
yang bergantung pada RNA — yaitu, transkriptase terbalik yang memungkinkan virus ini untuk
menyalin RNA ke dalam DNA. Penemuan ini mengawali penelitian pada proses transkripsi
terbalik dan memberikan gambaran sekilas tentang apa yang mungkin terjadi disebut "dunia-retro"
kumpulan sekuens DNA yang sangat besar yang berasal dari kebalikannya transkripsi. Kita ketahui
bahwa transkripsi balik bertanggung jawab untuk mengisi genom dengan banyak jenis sekuens
DNA, termasuk, tentu saja, retrovirus.
Penemuan reverse transcriptase karena itu membuka pandangan ke komponen genom
yang sebelumnya belum dijelajahi. Berbagai jenis retrovirus telah diisolasi dan diidentifikasi.
Namun, lambangnya adalah human immunodeficiency virus (HIV), yang menyebabkan kekebalan
tubuh didapat sindrom defisiensi, atau AIDS, penyakit yang sekarang menyerang puluhan juta
orang. AIDS pertama kali terdeteksi pada kuartal terakhir abad 20. Hal ini merupakan penyakit
serius dari sistem kekebalan tubuh. Seiring perkembangannya, seseorang kehilangan kemampuan
untuk melawan infeksi oleh bermacam-macam patogen, termasuk organisme yang biasanya jinak.
Tanpa pengobatan, orang yang terinfeksi menyerah pada infeksi ini, dan akhirnya mereka mati.
AIDS ditularkan dari satu orang ke orang lain melalui cairan tubuh seperti darah atau air mani
yang telah terkontaminasi dengan HIV. Gejala awalnya dari penyakit ini seperti flu. Individu yang
terinfeksi mengalami sakit, demam, dan kelelahan. Setelah beberapa minggu, gejala-gejala ini
mereda dan kesehatan tampaknya pulih. Ini keadaan tanpa gejala dapat berlangsung beberapa
tahun. Namun, virus terus bertambah banyak dan menyebar ke seluruh tubuh, menargetkan sel-sel
khusus yang memainkan peran penting sistem kekebalan tubuh. Akhirnya, sel-sel ini sangat
terkuras oleh aksi pembunuhan virus bahwa sistem kekebalan tubuh gagal dan patogen
oportunistik menegaskan diri mereka sendiri. Banyak jenis penyakit, seperti pneumonia, dapat
terjadi. AIDS adalah penyebab utama kematian di antara subpopulasi di banyak negara —
misalnya, di antara intravena pengguna narkoba dan pekerja industri seks — dan di Afrika sub
Sahara, itu adalah penyebab utama kematian dalam populasi pada umumnya.
1. HIV berlabuh dengan sel target melalui interaksi antara protein virus gp120 dan protein
reseptor CD4 seluler.
2. Selaput virus dan seluler berfusi, memungkinkan inti virus memasuki sel.
3. RNA dan protein terkait dilepaskan dari inti virus.
4. Reverse transcriptase mengkatalisis sintesis DNA virus untai ganda dari RNA virus untai
tunggal dalam sitoplasma.
 5. Integrase mengkatalisasi penyisipan DNA virus ke dalam DNA seluler di dalam nukleus.
6. RNA polimerase seluler mentranskripsi DNA virus menjadi RNA virus.
7. Beberapa viral RNA berfungsi sebagai mRNA untuk sintesis protein virus.
8. Beberapa viral RNA membentuk genom virus progeni.
9. Partikel virus progeni berkumpul di dekat membran sel.
10. Partikel virus progeni diekstrusi dari sel dengan cara pemula.
11. Partikel virus progeni bebas menginfeksi sel lain.
Karena sifatnya yang mematikan dan status pandemi, HIV / AIDS menjadi fokus utama
sejumlah besar penelitian. Salah satu hasil dari upaya ini adalah detail pemahaman tentang siklus
hidup HIV. Virus bola memasuki host sel dengan berinteraksi dengan protein reseptor spesifik,
yang disebut reseptor CD4, yaitu terletak di permukaan sel. Interaksi ini dimediasi oleh
glikoprotein (protein gula yang telah dilampirkan) disebut gp120, yang tertanam di dalam lipid
membran yang mengelilingi partikel virus. Setelah gp120 "berlabuh" dengan CD4 reseptor,
membran virus dan seluler berfusi dan partikel virus diterima sel. Di dalam sel, membran lipid dan
mantel protein yang mengelilingi partikel virus dihapus, dan bahan-bahan di dalam inti virus
dilepaskan ke dalam sitoplasma sel. Inti ini mengandung dua molekul RNA untai tunggal yang
identik genom virus dan sejumlah kecil protein yang memfasilitasi replikasi genom, termasuk dua
molekul dari virus reverse transcriptase, satu terikat pada masing-masing untai RNA virus.
Reverse transcriptase HIV dan reverse transcriptase lainnya juga — bertobat RNA untai
tunggal menjadi DNA untai ganda. Menghasilkan double-stranded Molekul DNA kemudian
dimasukkan pada posisi acak dalam kromosom sel yang terinfeksi, akibatnya mengisi genom sel
itu dengan banyak salinan virus genom. Salinan ini kemudian dapat ditranskripsi oleh RNA
polimerase biasa sel untuk menghasilkan sejumlah besar RNA virus, yang berfungsi untuk
mengarahkan sintesis protein virus dan juga menyediakan RNA genomik untuk perakitan partikel
virus baru. Partikel-partikel ini diekstrusi dari sel dengan proses tunas melalui sel selaput. Partikel
yang diekstrusi kemudian dapat menginfeksi sel lain dengan berinteraksi dengan Reseptor CD4
pada permukaannya. Dengan cara ini, materi genetik HIV direplikasi dan disebarkan melalui
populasi sel imun yang rentan.
Genom HIV, panjangnya sedikit lebih dari 10 kilobase, mengandung beberapa gen. Tiga
dari gen-gen ini, dinyatakan gag, pol, dan env, ditemukan di semua retrovirus lainnya. Gen gag
mengkode protein dari partikel virus; gen pol mengkodekan sebaliknya transkriptase dan enzim
lain yang disebut integrase, yang mengkatalisis penyisipan Bentuk DNA dari genom HIV ke dalam
kromosom sel inang mengkodekan glikoprotein yang tertanam dalam amplop lipid virus.
Proses replikasi genom, dikatalisasi oleh reverse transcriptase, dimulai dengan sintesis
DNA tunggal untai komplementer dengan RNA untai tunggal dari genom virus. Itu prima oleh
tRNA yang melengkapi urutan yang disebut PBS (situs pengikatan primer) terletak di sebelah kiri
pusat dalam RNA HIV (langkah 1 pada Gambar 17.12). TRNA ini Dikemas sudah terikat dengan
PBS di inti HIV. Setelah membalikkan transkriptase mengkatalisasi sintesis 3 ujung DNA virus,
ribonuklease H (RNase H) mendegradasi RNA genomik dalam dupleks RNA-DNA (langkah 2).
Degradasi ini meninggalkan urutan berulang (R) dari untai DNA yang baru lahir bebas untuk
hibridisasi dengan urutan R pada ujung 3 RNA HIV. Hasil bersihnya adalah bahwa wilayah R dari
untai DNA yang baru lahir “melompat” dari 5 ujung RNA HIV ke ujung 3 RNA HIV (langkah 3).
Reverse transcriptase selanjutnya memperluas salinan DNA dengan menggunakan 5 wilayah RNA
HIV sebagai templat (langkah 4).
Pada langkah 5, RNaseH mendegradasi semua RNA dalam dupleks RNA-DNA kecuali
yang kecil wilayah, saluran polipurin (PPT), yang sebagian besar terdiri dari purin adenin dan
guanin. Saluran polipurin ini digunakan untuk mengunggulkan sintesis DNA untaian kedua bagian
dari genom HIV (langkah 6). Setelah tRNA dan RNA genom hadir dupleks RNA-DNA
dihilangkan (langkah 7), "lompatan" DNA kedua terjadi selama dimana PBS pada ujung 5 untai
DNA kedua berhibridisasi dengan PBS komplementer pada ujung 5 untai DNA pertama (langkah
8). 3-hidroksil termini dari dua untai DNA kemudian digunakan untuk sintesis DNA utama untuk
menyelesaikan sintesis DNA HIV untai ganda (langkah 9). Perhatikan bahwa konversi virus RNA
ke DNA virus menghasilkan urutan tanda tangan di kedua ujung molekul DNA. Urutan ini, disebut
long terminal repeats (LTRs), diperlukan untuk integrasi genom virus ke dalam DNA sel inang.
Integrasi DNA virus dikatalisis oleh enzim integrase, yang memiliki aktivitas
endonuklease. Integrase pertama kali menghasilkan 3 ujung tersembunyi di Internet DNA HIV
dengan membuat potongan beruntai tunggal di dekat ujung kedua LTR (langkah 1). Ini ujung yang
tersembunyi selanjutnya digunakan untuk serangan yang dikatalisis integrase pada ikatan
fosfodiester dalam urutan target dalam DNA sel inang. Proses ini menghasilkan pembentukan
hubungan fosfodiester baru antara 3 ujung DNA HIV dan 5 fosfat dalam DNA inang (langkah 2).
Pada tahap akhir integrasi, enzim perbaikan DNA sel inang mengisi celah untai tunggal untuk
menghasilkan genom DNA HIV secara kovalen.
POIN PENTING :

 Transposon digunakan dalam penelitian genetik untuk menginduksi mutasi.

 Transposon digunakan sebagai vektor untuk memindahkan DNA di dalam dan di antara
genom.
 Persilangan antar transposon berpasangan dapat membuat pengaturan ulang kromosom.
 Retrovirus manusia menginfeksi sel-sel sistem kekebalan tubuh dan menyebabkan
penyakit AIDS yang mengancam jiwa.

Pertanyaan:

1. Mengapa DNA polimerase tidak dapat memulai sintesis DNA tanpa 3'-OH , tetapi RNA
polimerase dapat melakukan ini? (MIA)

Jawab : DNAP hanya dapat mengkatalisasi serangan nukelofilik SN2 dari 3 'OH ke alfa
fosfat dari nukleotida komplementer yang masuk. Jadi dibutuhkan persimpangan primer-
template untuk mulai menambahkan dNTP(deoxyribonucleotide triphosphate) ke untai
baru. Tetapi, ia tidak dapat menambahkan nukleotida pertama di mana ia harus berpegang
pada dNTP serumpun dan kemudian menambahkan nukleotida berikutnya ke
dalamnya. Sedangkan, RNAP mengambil NTP pertama (yang tetap sebagai NTP karena
tidak ada serangan nukleofilik di atasnya) berpegang padanya dan kemudian
menambahkan ke-2 dan kemudian semua nukleotida ke dalamnya. Perbedaan ini membuat
DNAP enzim yang sangat spesifik yang hanya dapat mempolimerisasi atau
memperpanjang rantai yang ada. Ini mungkin memberi DNAP keuntungan evolusioner,
karena sebagian besar misincorporation nukleotida cenderung terjadi pada tahap awal di
mana pasangan basa antara untai baru dan untai templat lebih sedikit, jadi jika awalnya ada
RNA primer, yang cukup panjang, maka ada kemungkinan lebih sedikit
misincorporation. Kemudian primer digantikan oleh DNAP I. Tetapi untuk sintesis RNA,
kesetiaan yang tinggi tidak diperlukan, jadi RNAP diizinkan untuk memulai de novo.Tetapi
setiap kesalahan oleh DNAP pada tahap awal akan memperlambat perkembangan replikasi,
yang dihindari oleh primer digabungkan oleh primase dan kemudian digantikan dengan
hati-hati oleh DNAP. Saya pikir ini bisa menjadi salah satu alasan mengapa DNAP tidak
dapat memulai sintesis de novo sementara RNAP bisa.
2. Apakah bahan baku sintesis DNA?

Jawab: bahan baku sintesis DNA ini adalah deoksiribosa nukleotida RNA primer
selanjutnya akan di isi oleh aktivitas Eksonuklease 5'-3' yang ada pada DNA polimerase I.
Bagian RNA yang tardegradasi selanjuinya digantikan dengan molekul DNA oleh aktivitas
polimerase 5'-3' yang dimiliki DNA polimerase I. Adanya 2 untai DNA yang orientasinya
berlawanan, maka terdapat 2 macam sintesis DNA. Pertama sintesis kontinyu (sintesis
DNA baru yang searah dengan pembukaan garpu replikasi) atau disebut leading strand,
dan sintesis diskontinu (sintesis DNA baru yang berlawanan arah dengan arah pembukaan
garpu replikasi atau disebut lagging strand.