ISOLASI DNA SEDERHANA PADA BUAH DAN SAYURAN

ZUNNUR RAHMI
1605123296, KELAS VI A
PENDIDIKAN BIOLOGI
FAKULTAS KEGURUAN DAN ILMU PENGETAHUAN
A. Pendahuluan
DNA (Deoxyribose Nucleic Acid) adalah molekul utama yang mengkode
semua informasi yang dibutuhkan untuk proses metabolisme dalam setiap
organisme. DNA ini tersusun atas 3 komponen utama yaitu gula deoksiribosa,
basa nitrogen dan fosfat yang tergabung membentuk nukleotida. Molekul DNA
ini terikat membentuk kromosom, dan ditemukan di nukleus, mitokondria dan
kloroplas. DNA yang menyusun kromosom ini merupakan nukleotida rangkap
yang tersusun heliks ganda (double helix), dimana basa nitrogen dan kedua
”benang” polinukleotida saling berpasangan dalam pasangan yang tetap melalui
ikatan hidrogen dan antara nukleotida yang satu dengan nukleotida yang lain
dihubungkan dengan ikatan fosfat. DNA terdapat di dalam setiap sel makhluk
hidup dan disebut sebagai ”cetak biru kehidupan” karena molekul ini berperan
penting sebagai pembawa informasi hereditas yang menentukan struktur protein
dan proses metabolisme lain (Ihwan Fauzi Saputra, 2015)
Piccolo Sandra Lo et al, (2012) untuk mendapatkan DNA murni dari suatu sel
dalam jaringan tubuh makhluk hidup dapat dilakukan suatu teknik isolasi DNA.
Menyatakan bahwa isolasi DNA dapat dilakukan dengan berbagai cara, akan tetapi
pada setiap jenis maupun bagian tanaman dapat menimbulkan masalah berbeda,
antara lain karena adanya senyawa polifenol dan polisakarida dalam konsentrasi tinggi
yang dapat menghambat pemurnian DNA dan juga mempengaruhi enzim-enzim seperti
polimerase, ligase, endonuklease restriksi, atau enzim untuk kegiatan molekuler
lain yang dapat menyebabkan DNA tidak dapat digunakan untuk aplikasi
penelitian.
Amaranthus tricolor adalah tanaman C4 dikotil yang digunakan untuk
sayuran dan tanaman hias, dan banyak dibudidayakan di dunia (Yuling ., et al,
2001). Bayam (Amaranthus sp.) termasuk sel eukariotik (Bayu, 2005). Sel
eukariotik memiliki inti sejati (karion atau nukleus) yang mengandung DNA,
juga terdapat organel seperti kloroplas dan mitokondria yang mengandung DNA,
namun terdapat beberapa perbedaan bagian antara sel hewan dan sel tumbuhan
seperti kloroplas yang ada pada sel tumbuhan dan tidak dimiliki oleh sel hewan.
DNA pada tanaman terdapat di dalam inti sel, mitokondria dan kloroplas
(Campbell et al., dalam Hapsari 2015).
B. Bahan dan Metode
1. Alat dan bahan
a. Alat yang digunakan
1) Baskom
2) Gelas beker
3) Sendok makan
4) Sendok teh
5) Pipet tetes
6) Tabung reaksi
 7) Mortal dan pasle
8) Hot plate
9) Pipet kaca
b. Bahan yang digunakan
1) Air
2) Garam dapur
3) Sabun cuci piring cair
4) Sabun Fixal
5) Sayuran atau buah
6) Es batu
7) Kertas saring
8) Alkohol
9) Tusuk gigi
2. Metode
Metode yang digunakan pada praktikum ini adalah metode eksperimen
dan studi literature.
Prosedur Kerja:
a. Siapkan larutan ekstraksi dengan memasukkan 100 ml air ke
dalam gelas, tambahkan satu sendok makan penuh garam dapur,
satu sendok makan sabun cuci piring cair dan 10 tetes sabun Fixal
(sabun untuk membersihkan flek-flek) sebagai
biokatalisator/enzim untuk menghancurkan protein
b. Masukkan 10 ml larutan ekstraksi ke dalam tabung reaksi.
c. Haluskan bahan-bahan sayuran atau buah.
d. Kemudian ambil sebanyak 3 sendok teh, masukkan ke dalam
larutan ekstraksi.
e. Panaskan larutan dalam air bersuhu 60oC selama 15 menit
(membran sel hancur dan DNA lepas dari inti sel).
f. Dinginkan larutan dalam es selama 10 menit.
g. Saring larutan dengan menggunakan kertas saring.
h. Masukkan alkohol (etanol, lebih bagus bila ada isopropanol) secara
hati-hati melalui dinding tabung reaksi ke dalam cairan hasil
penyaringan (DNA tidak larut dalam alkohol dan mengalami
presipitasi)
i. DNA akan muncul kepermukaan berwarna keputihan dan bisa
diambil hati-hati dengan tusuk gigi atau pipet kaca yang ujungnya
dibengkokkan.
C. Hasil dan Pembahasan
DNA dapat diisolasi dari berbagai sel atau jaringan baik hewan, tumbuhan
maupun manusia Isolasi DNA dari sel maupun jaringan eukariotik, misalnya dari
jaringan tumbuhan maupun hewan dilakukan melalui tahap penghancuran sel (lisis),
penghilangan RNA dan protein serta pemurnian DNA. isolasi DNA ini
membutuhkan alat-alat canggih dan bahan-bahan yang cukup mahal, misalnya
EDTA ( Etilendiamin tetra asetat ) yang berfungsi sebagai merusak sel dengan
cara mengikat ion Magnesium yang berfungsi mempertahankan integritas sel, SDS (
Sodium dodesil sulfat ) yang dapat melarutkan membrane sel, mendenaturasi
 protein, enzim proteinase K yang mendegradasi protein, RNAse mendegradasi
RNA serta NaCl dan chloroform untuk memurnikan DNA. . Teknik/ metode isolasi
DNA yang sangat sederhana adalah metode Kitchen Preparation. Metode isolasi
ini memanfaatkan bahan- bahan yang biasanya digunakan ibu rumah tangga yaitu
sabun cuci untuk menggantikan bahan utama yang berfungsi untuk melisis sel,
serta garam dapur dan fixal.
Berdasarkan Praktikum yang telah kami lakukan, diperoleh hasil sesuai pada
tabel berikut :
Hasil pengamatan
NO Jenis Perlakuan
Warna Bentuk Jumlah
1 cm Putih +++
1. Bayam Awan
2 cm kekuningan ++++
1 cm Putih Kapas +
2. Selada
2 cm kekuningan transparan ++
1 cm Putih Serat dan ++++
3. Kangkung
2 cm kekuningan benang ++++
1 cm Kapas ++
4. Apel Bening
2 cm transparan +
1 cm ++
5. Pisang Putih Awan benang
2 cm +++
1 cm Kapas +
6. Mangga Bening
2 cm transparan +++
Keterangan: + + + + + : Sangat banyak
+ + + + : Banyak
+ + + : Sedang
++ : Sedikit
+ : Tidak ada
Berdasarkan tabel diatas dapat dilihat bahwa bayam memiliki jumlah
DNA yang banyak, DNA pada bayam berbentuk awan dengan warna putih
kekuningan yang terkumpul diatas permukaan larutan karena masa jenis alkohol
lebih kecil dari pada masa jenis air. Alkohol yang digunakan dalam kondisi
dingin untuk menyempurnakan presipitasi, karena temperatur yang rendah, akan
menurunkan aktivitas molekul air yang dapat menyebabkan pengendapan DNA
lebih efektif (Aristya et al., 2013). Isolasi DNA pada tanaman bayam merupakan
DNA yang berasal dari bagian organel sel yaitu nukleus, mitokondria, dan
kloroplas. Seperti yang diungkapkan oleh Bayu (2005) bahwa di kloroplas
terdapat DNA, RNA, ribosom dan berbagai enzim. Semua molekul tersebut
tepatnya terletak pada bagian stroma yaitu tempat berlangsungnya transkripsi
dan translasi, itulah yang menyebabkan banyaknya terdapat molekul DNA pada
tanaman bayam yang telah dilakukan isolasi. DNA kloroplas (genom) terdapat
50 atau lebih lingkaran jalur ganda melilit dalam tiap plastida. DNA kloroplas
dapat diperoleh dari suatu jenis tanaman hijau, dari alga sampai tumbuhan
angiospermae (Campbell et al., 2012).
Bahan yang mengandung banyak air sulit untuk ditemukan DNA nya,
sedangkan bahan dengan banyak serat sedikit air dapat ditemukan banyak DNA.
Hal ini sesuai dengan pernyataan bahwa Konsentrasi DNA yang terpresipitasi
 tergantung dari beberapa hal, antara lain: keenceran sumber DNA yang digunakan dan
suhu ethanol. Semakin encer filtrat, maka DNA yang terpresipitasi akan semakin
sedikit. Sementara semakin dingin ethanol, DNA yang terpresipitasi semakin pekat.
menambahkan bahwa semakin encer filtrat, maka DNA yang terpresipitasi akan
semakin sedikit. Berdasarkan hasil praktikum yang telah dilakukan, dapat dilihat
bahwa buah- buahan memiliki jumlah DNA yang sedikit sampa sedang dengan
bentuk seperti awan transfaran maupun serabut berwarna putih bening,
sedangkan untuk sayuran jumlah DNA nya cenderung banyak kecuali pada
selada yang jumlah DNA nya cenderung sedang.
Ditinjau dari faktor penambahan garam ke dalam larutan detergen pada
proses isolasi DNA, garam digunakan untuk melarutkan DNA, karena ion Na+
yang dikandung oleh garam mampu memblokir (membentuk ikatan) dengan kutub
negatif fosfat DNA, yaitu kutub yang bisa menyebabkan molekul-molekul saling tolak
mnolak satu sama lain sehinggga pada saat ion Na+ membentuk ikatan dengan
kutub negatif fosfat DNA, DNA akan terkumpul (Rejeki Siti Ferniah dan Sri
Pujiyanto, 2013). Jadi dapat disimpulkan bahwa garam dapat digunakan sebagai
penghilang protein dan karbohidrat, menjaga kesetabilan pH lysing buffer, garam
juga membantu proses pemekatan DNA. Penggunaan deterjen tersebut berfungsi
sebagai pelisis barrier (penghalang) sel secara kimia sebagai pengganti senyawa
kimia yang mampu merusak dinding dan membran sel.
Pencampuran antara garam dan deterjen ini dimaksudkan untuk
memperbesar pergerakan partikel sel dan detergen agar reaksi berlangsung cepat,
karena detergent merupakan bahan yang dapat merusak membran sel. Pada
pengadukan ini harus dilakukan dengan hati hati agar tidak menimbulkan buih.
Apabila terdapat buih maka akan menyebabkan penghambatan pada isolasi DNA.
DNA akan sulit diamati karena terhalangnya penyatuan DNA di daerah atas antara
alkohol dengan campuran ekstrak buah, detergent dan garam akibat adanya
rongga udara yang ditimbukan oleh adanya buih.
D. Kesimpulan
DNA dapat diisolasikan dari sumber DNA berupa buah dan sayur dengan
penambahan larutan deterjen dan etanol/alkohol serta garam untuk membantu
presipitasi DNA. Adanya DNA ditandai dengan munculnya partikel putih
menyerupai kabut, serbuk, atau kapas pada larutan uji. Perbedaan jumlah DNA
yang dihasilkan dalam proses isolasi disebabkan oleh jenis deterjen yang
digunakan serta macam buah dan sayur yang dipakai sebagai sumber DNA. Dari
hasil praktikum disimpulkan bahwa pada sayuran jumlah DNA nya lebih banyak
dan buah jumlah DNA nya cenderung lebih sedikit.
E. Daftar Pustaka
Ari Indriana Hapsari. 2015. Isolasi Dna Tanaman Bayam (Amaranthus Sp.) Dan
Ikan Lele (Clarias Sp.) Sebagai Kajian Dalam Biologi Molekuler. Jurnal
DIDAKTIKA 13(2): 23-30
Arikunto, Aristya, G.R. Agriansyah, A. Daryono, B.S. 2013. Deteksi dan
Skrining Pewarisan Sifat Ketahanan Penyakit Powdery Mildew pada
Generasi Backross Tanaman Melon (Cucumis melo L.) Var Tacapa. https://
repository.ugm.ac.id/96999/1/RT- 2013-0229.pdf
Bayu, E.S. 2005. Genom Kloroplas. E-USU Repsoitori
Campbell, N.A. Reece, J.B & Michell, L.G. 2012. Biologi. Edisi 8 jilid 1. terj.
Erlangga. Jakarta
Ihwan Fauzi Saputra. 2015. Ekstrasi Dna (Isolasi dan Elektroforesis DNA) Pada
Buah Strowberry (Fragaria virginiana). Journal of Biology Education
Randen Fatah.
Jamilah. 2005. Pengaruh Berbagai Macam Detergen, Penambahan Enzim, dan
Ekstrak Nanas (Ananas comusus (L) Merr) Terhadap Hasil Isolasi DNA
Berbagai Macam Buah Sebagai Topik Praktikum Matakuliah Genetika.
Skripsi tidak diterbitkan. Malang: Universitas Negeri Malang.
Machmud, Wildan. 2006. Penentuan LC 50 48 Jam Detergen dan Pengaruhnya
Terhadap Mortalitas Larva Ikan Mas (Cyprus Corpio) Ras Punten dengan
tipe Ploidi Yang Berbeda. Skripsi tidak diterbitkan. Malang: Program
Sarjana Biologi.
Piccolo Sandra Lo, Alfonzo Antonio, Conigliaro Gaetano, Moschetti Giancarlo,
Burruano Santella and Barone Amalia. 2012. A simple and rapid DNA
extraction method from leaves of grapevine suitable for polymerase
chain reaction analysis. African Journal of Biotechnology 11(45): 10305-
10309.
Rejeki Siti Ferniah dan Sri Pujiyanto. 2013. Optimasi Isolasi DNA Cabai
(Capsicum annuum L.) Berdasar Perbedaan Kualitas dan Kuantitas Daun
serta Teknik Penggerusan. Jurnal BIOMA 156(1): 14-19
Veronika Stefunoval, Veronika Lancikova, Milan Bezol, Jana Ziarovskal,
Katarina Raznal, Martin Teren. 2013. The effect of DNA isolation and its
applicability in the the PCR analysis of Lettuce (Lactuca sativa L.). Journal
Agriobiology and Food Resources 16(4): 99-102