Amalia Yushardian Putri

230110170044
Perikanan A

ELEKTROFORESIS HASIL PCR

Elektroforesis merupakan suatu metode pemisahan molekul yang

menggunakan medan listrik (elektro) sebagai penggerak molekul dari matriks
penyangga berpori (foresis). Metode ini sangat umum digunakan untuk
memisahkan molekul yang bermuatan atau dibuat bermuatan (Fatchiyah, 2011).
Teknik ini dapat digunakan untuk memanfaatkan muatan listrik yang ada pada
molekul misalnya DNA yang bersifat negatif. Molekul yang dapat dipisahkan
antara lain DNA, RNA, atau protein. Jika suatu molekul yang bermuatan negatif
dilewatkan melalui suatu medium, misalnya gel agarosa, kemudian dialiri aurs
listrik dari satu kutub ke kutub yang berlawanan muatannya, maka molekul tersebut
akan bergerak dari kutub negatif ke kutub positif (Yuwono, T., 2005).
Elektroforesis DNA umumnya menggunakan metode elektroforesis gel
agarosa (Karp, 2008). Elektroforesis DNA dilakukan misalnya untuk menganalisis
fragmen-fragmen DNA hasil pemotongan dengan enzim restriksi. Fragmen
molekul DNA yang telah dipotong-potong dapat ditentukan ukurannya dengan cara
membuat gel agarosa, yaitu bahan semi-padat berupa polisakarida yang diekstraksi
dari rumput laut. Gel agarosa dibuat dengan melarutkannya dalam suatu buffer.
Agar dapat larut dengan baik, pelarutannya dibantu dengan pemanasan hingga gel
agarosa dalam keadaan cair sehingga mudah dituang ke atas lempeng, dan sebelum
mendingin dibuat sumuran dengan menggunakan perspex menyerupai sisir yang
ditancapkan pada salah satu ujung gel yang masih cair. Sehingga ketika gel
memadat, terbentuklah sumuran-sumuran kecil. Kedalam sumuran inilah nantinya
molekul DNA dimasukkan (Yuwono, T., 2005).
Agarosa merupakan polisakarida yang terdiri dari unit agarobiosa.
Konsentrasi agarosa yang biasa digunakan antara 1-3%. Ukuran pori gel bergantung
pada konsentrasi agarose, semakin tinggi konsentrasi agarosa maka semakin kecil
ukuran pori. Sebaliknya, semakin rendah konsentrasi agarosa maka semakin besar
ukuran pori. Agarosa juga mengandung sulfat, semakin rendah konsentrasi sulfat
maka semakin murni agarosa. Keuntungan menggunakan agarosa adalah agarosa
leleh pada suhu yang rendah (62-65°) (Wilson & Walker, 2010).
Amalia Yushardian Putri
230110170044
Perikanan A

Poliakrilamid terbentuk dari polimerisasi monomer akrilamid dengan

adanya N,N’-metilen-bisakrilamid. Monomer akrilamid terpolimerisasi pada kepala
ke ekor membentuk rantai. Konsentrasi gel akrilamid yang rendah memiliki ukuran
pori yang besar sedangkan konsentrasi gel akrilamid yang tinngu memiliki ukuran
pori yang kecil. Konsentrasi gel akrilamid yang rendah juga digunakan untuk
pemisahan DNA (Wilson & Walker, 2010). Hasil dari elektroforesis dapat diamati
dengan sinar ultraviolet, yang nantinya akan tampak seperti pita-pita pada gel. Pita-
pita tersebut adalah molekul DNA yang bergerak sepanjang gel setelah
dielektroforesis.
Teknik elektroforesis DNA sudah berkembang sehingga analisis molekul
DNA tidak hanya dapat dilakukan dengan prinsip elektroforesis liniear. Bebeapa
teknik yang sudah dikembangkan misalnya teknik pulse field gel electrophoresis
(PFGE), orthogonal field alternation gel electrophoresis (OFAGE), transverse
alternating field eletrophoresis (TAFE), dan lain-lain (Yuwono, T., 2005)
Elektroforesis gel ialah elektroforesis yang menggunakan gel sebagai fase
diam untuk memisahkan molekul-molekul. Awalnya elektoforesis gel dilakukan
dengan medium gel kanji (sebagai fase diam) untuk memisahkan biomolekul yang
lebih besar seperti protein-protein. Kemudian elektroforesis gel berkembang
dengan menjadikan agarosa dan poliakrilamida sebagai gel media. Dalam
elektroforesis gel terdapat dua material dasar yang disebut fase diam danfase
bergerak (eluen). Fase diam berfungsi "menyaring" objek yang akan dipisah,
sementara fase bergerak berfungsi membawa objek yang akan dipisah. Sering kali
ditambahkan larutan penyangga pada fase bergerak untuk menjaga kestabilan objek
elektroforesis gel. Elektroda positif dan negatif diletakkan pada masing-masing
ujungaparat elektroforesis gel. Zat yang akan dielektroforesis dimuat pada kolom
(disebut well) pada sisi elektroda negatif. Apabila aliran listrik diberikan, terjadi
aliran elektron dan zat objekakan bergerak dari elektroda negatif ke arah sisi
elektroda positif. Kecepatan pergerakan ini berbeda-beda tergantung dari muatan
dan berat molekul DNA.
Elektroforesis gel secara luas digunakan untuk memperkirakan ukuran
fragmen DNA, misalnya dalam pemetaan pembatasan DNA kloning. Metode ini
Amalia Yushardian Putri
230110170044
Perikanan A

juga digunakan dalam diagnosis genetika molekuler atau sidik jari genetik melalui
analisis PCR. Elektroforesis gel agarosa juga digunakan untuk menyelesaikan DNA
melingkar dengan perbedaan superkoil topologi, dan untuk menyelesaikan fragmen
yang berbeda karena sintesis DNA. Selain menyediakan media yang tepat untuk
analisis ukuran fragmen, gel memungkinkan pemurnian fragmen DNA.
Amalia Yushardian Putri
230110170044
Perikanan A

DAFTAR PUSTAKA

Degen, H., A. Deufel, D. Eisel, S. Grunewald-Janho, & J. Keesey. 2006. PCR

Application Manual. Third Edition. Roche Diagnotics GmbH, Mannheim.
Germany.
Wilson, K. & John M. W. 1994.Principles and Techniques of Practical
Biochemistry.UK : Cambridge University Press

Yuwono, T. 2005. Biologi Molekuler. Jakarta. Erlangga.