BAB II

PEMBAHASAN

A. Jalur Non-mevalonat (Jalur 2C-metil-D-erythritol-4-fosfat (MEP))

Rute biosintesis non-mevalonat yang baru ditemukan untuk prekursor
isoprenoid adalah jalur metabolisme penting dalam tanaman, parasit
apicomplexan, dan banyak spesies bakteri. Jalur ini bergantung pada
delapan enzim yang memanfaatkan kofaktor yang berbeda dan ion logam.
Data struktural dan mekanistik sekarang ada untuk kebanyakan komponen
jalur meskipun masih ada beberapa celah dalam pengetahuan kami. Enzim
individu mewakili baru, divalidasi target untuk obat antimikroba spektrum luas
dan herbisida pengembangan. Pengetahuan mendetail tentang jalur ini juga
bisa dieksploitasi untuk memodifikasi mikroorganisme dan tumbuhan secara
genetik untuk diproduksin senyawa bunga pertanian dan medis.
Jalur independen-mevalonat hanya ditemukan baru-baru ini (6-8). Jalur
ini disebut non-mevalonate rute atau alternatif, 1-deoksi-D-xylulose-5-fosfat
(DOXP) atau jalur 2C-metil-D-erythritol-4-fosfat (MEP).
Jalur ini terjadi di kloroplas tumbuhan, alga, cyanobacteria, eubacteria,
dan parasit apikompleksan. Karakterisasi jalur DOXP adalah salah satu
contoh terbaik proteomik modern. Para peneliti telah mengeksploitasi
metodologi NMR untuk melacak substrat dan produk, sintesis yang dibantu
enzim untuk memperoleh reagen yang diperlukan untuk mengkarakterisasi
jalur komponen, dan kristalografi untuk memberikan detail struktural yang
melengkapi studi enzimatik. Jalur DOXP terdiri dari delapan reaksi yang
dikatalisis oleh sembilan enzim, tujuh di antaranya dicirikan secara struktural
(Gambar 1 dan 2).
B. Tahap-tahap jalur non mevalonat atau jalur metil etritro fosfat.
Setiap langkah akan dirinci dengan deskripsi struktur enzim dan
reaktivitas. Dorongan utama untuk belajar jalurnya adalah karena peluang
yang ditawarkannya dalam biomedis dan bioteknologi. Ini akan dijelaskan di
bagian akhir. Adapun tahapannya yaitu:
1. Tahap I: 1-Deoxy-D-xylulose-5-fosfat
Synthase Jalur non-mevalonat dimulai dengan kondensasi
piruvat dan gliseraldehida 3-fosfat untuk menghasilkan DOXP, dikatalisasi
oleh 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase (DXS) menggunakan
tiamin pirofosfat sebagai kofaktor. DXS telah bandel untuk studi
kristalografi. Baru-baru ini, dibantu oleh jamur kontaminasi serba guna dan
proteolisis terbatas, memiliki struktur Escherichia coli dan Deinococcus
radiodurans enzim telah dilaporkan (9).
Subunit DXS terbentuk oleh tiga domain, masing-masing mirip
dengan domain yang setara di enzim lain yang bergantung thiamine,
transketolase, yang mengkatalisis reaksi yang sama. Namun, pengaturan
domain berbeda dalam dua enzim. Seperti transketolase, DXS coenzyme
kompleks diharapkan membentuk adisi kovalen antara tiamin pirofosfat
dan C2 piruvat (10). Tidak seperti transketolase di mana situs aktif
terbentuk di antarmuka dimer, situs aktif DXS dibuat dengan kofaktor yang
terkubur di dalam monomer, menempatkan tiazolium di pangkalan dari
rongga kutub. Struktur yang diperlukan untuk mengkonfirmasi aspek
spesifisitas untuk dan pengikatan substrat masih kurang. Namun,
pemodelan, dan studi mutagenesis situs-diarahkan, telah mengajari kami
tentang aktivitas enzim.
 GAMBAR 1. Reaksi dikatalisasi dan struktur enzim yang
berpartisipasi dalam tiga tahap pertama dari jalur DOXP. Enzim
ditampilkan sebagai diagram pita untuk menunjukkan elemen struktur
sekunder.
2. Tahap II: 1-Deoxy-D-xylulose-5-fosfat
Reduktoisomerase Enzim ini sangat penting dalam mempelajari jalur
ini dengan penemuan bahwa itu adalah target untuk fosimidomisin
antimikroba (11, 12). 1-Deoxy-D-xylulose-5-fosfat reduktoisomerase
(IspC) mengubah DOXP menjadi MEP. Struktur pertama (EcIspC)
mengungkapkan homodimer dengan masing-masing subunit terdiri dari
tiga domain, sebuah kofaktor N-terminal yang mengikat domain, domain
sentral yang memuat banyak residu situs aktif, dan segmen fleksibel yang
bertindak sebagai penutup untuk pusat katalitik, dan domain heliks C-
terminal. Struktur-struktur ini tidak lengkap dengan gangguan di dalam dan
di sekitar situs aktif (13, 14).
Tambahan struktur dengan Mn2+ , NADPH, fosmidomisin, dan
Inhibitor lain telah berfungsi untuk mengklarifikasi aspek struktur dan
reaktivitas (15-17). Struktur IspC dari Mycobacterium tuberkulosis dan
Zymomonas mobilis diketahui (18, 19). IspC adalah dehidrogenase kelas B
menggunakan NADPH proS hidrida. Mekanisme ini diperintahkan secara
berurutan dengan kofaktor mengikat pertama. Ada ketergantungan pada
kation divalen mempolarisasi dan mengarahkan substrat dan reaksi
antara. Dua mekanisme telah diusulkan untuk isomerisasi awal yang
mengubah DOXP menjadi metilerythrose intermediate, an α-ketol
rearrangement atau reaksi retro-adol / aldol (11). Itu intermediet kemudian
dikurangi dengan hidrida. Fosmidomisin menghambat dengan
mengoordinasikan logam dan meniru akhir bisnis DOXP.
3. Stadium III: 4-Diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol
Cytidylyltransferase
Di sini derivatif nukleotida diperkenalkan sebagai substrat dan gugus
fosfat menjadi terlibat langsung dalam reaksi. MEP bereaksi dengan CTP
untuk menghasilkan 4-diphosphocytidyl-2Cmethyl-D-erythritol (CDP-ME)
dan melepaskan pirofosfat di reaksi yang dikatalisis oleh IspD. Dari catatan
 adalah diseksi dari Hubungan struktur-mekanisme EcIspD oleh Richard et
al. (20) berdasarkan kombinasi struktur informatif dan kinetik analisis (21).
Enzim subunit adalah domain tunggal? /? struktur dibangun sekitar
lembaran-tujuh beruntai tujuh beruntai di mana disisipkan diperpanjang "? -
arm." Dua asosiasi lengan untuk membentuk antarmuka dimer yang
melibatkan banyak ikatan hidrogen dan jembatan garam. Situs aktif dibuat
pada antarmuka ini oleh tujuh segmen polipeptida, enam dari satu subunit
dan satu dari pasangan. Studi tentang Arabidopsis thaliana IspD
diidentifikasi perubahan dalam penyelarasan subunit sehubungan dengan
masing-masing lainnya (22).
Mekanisme sekuensial yang teratur berlaku dengan CTP, mungkin
sebagai pasangan ion dengan Mg2 ?, mengikat terlebih dahulu. A dasar
situs aktif mengikat empat fosfat dari substrat, dan diresidu lisin tertentu
(Lys-27 dan Lys-213 dalam EcIspD) adalah kunci untuk stabilisasi negara
transisi pentavalen yang dihasilkan mengikuti serangan nukleofilik in-line
oleh MEP fosfat pada? -fosfat CTP. Struktur tambahan dari Thermatoga
maritima, Neisseria gonorrhea IspD, dan Camphylobacter jejuni
bifunctional IspDF sekarang telah diterbitkan (23) atau
di Bank Data Protein.
4. Stadium IV: 4-Diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol
Kinase ATP-dependent IspE adalah anggota dari GHMP kinase
superfamily (24). Penggunaan derivat ATP yang tidak terhidrolisis
memungkinkan kompleks buntu dengan EcIspE dan CDP-ME untuk
menjadi dicirikan (25). Selain itu struktur Thermus thermophilus IspE
diterbitkan (26).
Enzim menampilkan karakteristik GHMP kinase α/β lipat, disusun ke
dalam kofaktor dan domain pengikatan substrat. Pusat katalitik terletak di
dalam rongga yang dalam di dekat antarmuka dari domain ini. Di sini, di
EcIspE, sepasang lisin-aspartat (Lys-10 dan Asp-141) membentuk ikatan
hidrogen dengan substrat dan mempolarisasi gugus hidroksil O2M (Gbr. 1)
untuk memfasilitasi proton abstraksi dengan Asp-141 bertindak sebagai
basis umum. Dasar lisin berkontribusi pada stabilisasi keadaan transisi. Itu
cofactor? -phosphate menerima serangan nukleofilik dari CDP-ME O2M
dengan mekanisme in-line asosiatif untuk menghasilkan 4-
diphosphocytidyl- 2C-methyl-D-erythritol-2-phosphate (CDP-ME2P) dan
ADP.
Berbeda dengan GHF lainnya, tidak ada bukti untuk ion logam
divalen yang mengikat kofaktor, dan kofaktor purin membentuk interaksi
ikatan hidrogen yang menstabilkan yang kurang orientasi syn umum dari
basis sehubungan dengan glikosidik obligasi.
GAMBAR 2. Reaksi dalam tahap IV hingga VIII. Bola hijau merupakan ion
logam di IspF dan IDI-I. Sebuah tetramer dari subunit IDI-II ditampilkan.
5. Tahap V: 2C-Methyl-D-erythritol-2,4-cyclodiphosphate
Sintase struktur Kristal dari IspF trimerik dari E. coli, Haemophilus
influenzae, Shewanella oneidensis, T. thermophilus, dan ISpDF
bifunctional dari C. jejuni diketahui (23, 27-31).
Subunit EcIspF adalah domain α / β tunggal dan terdiri dari campuran
β -sheet empat-lubang di satu sisi dengan tiga heliks di sisi lainnya. Tiga
subunit membentuk rakitan berbentuk lonceng yang padat, dan luas
permukaan yang setara dengan satu subunit dimakamkan pada
oligomerisasi. Setiap situs aktif dibangun dari resitensi dua subunit yang
berdekatan. Di sini, Zn dengan koordinasi tetrahedral untuk sepasang
residu histidin, aspartat, dan air atau fosfat jika ada substrat, telah
diidentifikasi (27,28).
Kation divalen lain (Mn2 atau di bawah kondisi fisiolog-1 ical Mg2)
dengan koordinasi oktahedral diposisikan antara o dan B-fosfat. Enzim
membutuhkan baik kation untuk katalisis, salah satunya (Zn2 +) selalu
hadir di situs aktif dan yang lain dibawa dengan substrat. Kedua ion logam
berkontribusi pada penyelarasan a-dan B-fosfat dan mempolarisasi
mereka. Mekanisme asosiatif in-line kemungkinan dengan, sebagai
langkah pertama serangan nukleofilik oleh fosfat terminal dari CDP-ME2P
pada B-fosfat (Gambar 2). Ini akan menghasilkan keadaan transisi
dinamika pentacoor, juga distabilkan oleh ion-ion logam, yang
penyimpangan untuk melepaskan CMP dan 2C-methyl-D-erythritol-2,4-
cyclo-diphosphate (MECP).
Tahapan VI dan VIl: 1-Hydroxy-2-methyl-2- (E) -butenyl-4- difosfat
Sintase dan 4 -Hydroxy-3-methyl-2- (E) butenyl-4-difosfat Reduktase Dua
enzim / langkah yang paling dimengerti dijelaskan bersama-sama.
Cyclodiphosphate, dalam dua tahap, mengalami reduksi dan eliminasi
menjadi 4-hydroxy-3-methyl-2- (F) -bute nyl-4-difhosphate dan kemudian
ke IPP dan DMAPP (32). IspG mengubah MECP menjadi 2-metil-2- (E) -
butenil difosfat dalam reduksi dua elektron. IspH kemudian mengkatalisis
 produksi IPP dan beberapa DMAPP. IspG dan IspH keduanya
mengandung gugus besi-belerang, yang menjelaskan sensitivitas oksigen
mereka. Pada kondisi anaerobik, katalisis didukung oleh kombinasi
NADPH, reduktase flavodoksin, dan flavodoksin. Flavodoxin telah terlibat
dalam jalur DOXP dan dapat menjadi pasangan redoks fisiologis untuk
satu atau kedua enzim di sini (33). Sampai sekarang belum ada struktur
untuk enzim-enzim ini, dan penelitian lebih lanjut diperlukan untuk
menggambarkan spesifisitas dan mekanisme.
6. Tahap VIl: Isopentenil-difosfat Isomerisasi
ikatan IPP C=C untuk membentuk DMAPP menciptakan elektrofob
dieksploitasi dalam reaksi yang menyediakan keragaman hilir dalam rute
biosintesis yang bercabang dari jalur non-mevalonat. Dua isomerase IPP,
IDI-I dan -II, menjaga pasokan DMAPP. IDI-I bergantung pada kation
divalen, dan struktur E. coli dan enzim manusia telah ditentukan (34-37).
IDI-II, yang terbatas pada archaea dan eubacteria, membutuhkan ion
logam, FMN, dan (dalam kondisi aerobik) NADPH. Struktur enzim Bacillus
subtilis dan T. thermophilus diterbitkan (38, 39) IDI-I adalah kompak / B-
protein. Segmen N-terminal yang fleksibel menjadi terstruktur dengan
adanya kation divalen (Mn2 "atau Mg +), membantu membentuk situs aktif
dalam rongga kutub dalam. Pemesanan menciptakan bagian reklamasi alil
dan difosfat dari situs aktif. Tiga residu penting (Cys-67, Tyr-10, dan Glu-
116 dalam EcIDI-I) berpartisipasi dalam protonasi dan deprotonasi dari
isoprenoid. Namun, kontribusi masing-masing residu terhadap mekanisme
masih harus dibuktikan. IDI-II subunit menampilkan isomerase
triosephosphate-jenis lipatan / B dan oligomerisasi ke octamar cagelike.
Meskipun tergantung pada beberapa ligan, kontribusi katalisis.
 Kompartmentasi enzim dapat mempengaruhi jalur, dan kami mencatat
bahwa jalur MVA terjadi di sitosol dan mitokondria tanaman sedangkan jalur
DOXI dalam kloroplas. Gen-gen yang mengkode enzim jalur DOXP adalah
bertahan di seluruh genom tanpa bukti dari regulator transkripsi global.
Namun, ispD dan ispF secara transkripsi digabungkan atau menyatu,
menyandikan enzim bifunctional. IspDF tidak biasa karena, tidak seperti
kebanyakan enzim bifunctional, ia mengkatalisis langkah yang tidak
berurutan.
Pentingnya Jalur Non-mevalonate Enzymes dari jalur DOXP menyajikan
target yang menarik untuk pengembangan obat antimikroba spektrum luas
yang menargetkan penyakit serius, termasuk malaria, tuberkulosis, dan
berbagai kondisi menular seksual.
Jalur DOXP tidak ada pada manusia dan terjadi pada patogen manusia
yang serius, dan enzim komponen telah divalidasi secara genetis sebagai
target obat (44-46) Enzim seperti ini sangat dihargai untuk pengembangan
obat karena mereka secara unik mengkonsumsi sub strate atau
menghasilkan spesifik produk, dan fungsinya tidak dapat dikompensasi oleh
enzim lain (47) Enzim DOXP hadir di semua tahap intraerythrocytic dari
P.falciparum (48) dan dikodekan nuklir tetapi ditransport ke apicoplast,
organel non-fotosintesis khusus. Penemuan ini menunjukkan kloroplas dalam
parasit yang sangat menarik ini menarik karena proses metabolik terhambat
di dalamnya, termasuk biosintesis isoprenoid, berasal dari cya nobacterial
dan absen dari mamalia yang menunjukkan jalan untuk intervensi terapeutik
(49).
Perbandingan menunjukkan bahwa residu kunci untuk mengikat
substrat atau kofaktor dalam enzim DOXP secara ketat dilestarikan di seluruh
spesies (50) dan itu, dengan satu pengecualian, struktur enzim E. coli
mewakili templat untuk dieksploitasi dalam pendekatan berbasis struktur
untuk pengembangan obat.
 Pengecualian adalah IDI-I, yang hadir dalam E.coli dan manusia, Ini
adalah IDI-II, berdasarkan sangat berbeda dari IDI-I manusia, yang mewakili
target terapeutik. Enzim DOXP juga mewakili target untuk pengembangan
herbisida karena penghambatan akan mencegah fungsi kloroplas misalnya.
Yang juga penting adalah potensi mengeksploitasi jalur dalam biosintesis
yang dirancang.
Jalur DOXP menyediakan rute ke sebagian besar tumbuhan terpes
(7,53), termasuk metabolit sekunder yang berkontribusi terhadap interaksi
dengan organisme lain selama penyerbukan atau penyebaran biji atau
 BAB III
KESIMPULAN DAN SARAN
A. Kesimpulan
Jalur independen-mevalonat disebut rute non-mevalonat atau
alternatif, jalur 1-deoksi-D-xylulose-5-fosfat (DOXP) atau 2C-metil-D-
erythritol-4-fosfat (MEP). Jalur ini terjadi pada kloroplas tanaman, alga,
cyanobacteria, eubacteria, dan parasit apikompleksan. Karakterisasi jalur
DOXP adalah salah satu contoh terbaik proteomik modern. Jalur DOXP
terdiri dari delapan reaksi yang dikatalisasi oleh sembilan enzim, tujuh di
antaranya dicirikan secara struktural. Tahapan dalam jalur non-mevalonate
adalah:
1. Tahap I:
1-Deoxy-D-xylulose-5-fosfat Synthase, dimana Jalur non mevalonat
dimulai dengan kondensasi piruvat dan gliseraldehida 3-fosfat untuk
menghasilkan DOXP, dilambangkan oleh Sintase 1-deoksi-D-xylulose-
5-fosfat (DXS).
2. Tahap II:
Sintase 1-deoksi-D-xylulose-5-fosfat 1-Deoxy-D-xylulose-5-fosfat
reduktoisomerase (IspC) mengubah DOXP menjadi MEP.
3. Tahap III
4-Diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritolCytidylyltransferase MEP
bereaksi dengan CTP untuk menghasilkan 4-diphosphocytidyl-
2Cmethyl-D-erythritol (CDP-ME) dan melepaskan pirofosfat dalam
reaksi yang dikatalisis oleh IspD.
4. Tahap IV
4-Diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol Kinase, Enzim ini
bertanggung jawab untuk menghasilkan 4-diphosphocytidyl-2C-methyl-
D-erythritol-2-phosphate (CDP-ME2P).
 5. Tahap V dan VI
2C-Methyl-D-erythritol-2,4-cyclodiphosphate Synthase, Enzim
membutuhkan kedua kation untuk katalisis, salah satunya (Zn2 +) selalu
hadir di situs aktif dan yang lain mungkin dibawa dengan substrat.
Kedua ion logam berkontribusi pada penyelarasan dari fosfat dan dan
mempolarisasi mereka. Mekanisme asosiatif in-line kemungkinan
dengan, sebagai langkah pertama, serangan nukleofilik oleh fosfat
terminal dari CDP-ME2P pada fosfat. Ini akan menghasilkan keadaan
transisi parakoordinat, juga distabilkan oleh ion logam, yang runtuh
untuk melepaskan CMP dan 2C-methyl-D-erythritol-2,4-
cyclodiphosphate (MECP).
6. Tahapan VII dan VIII
1-Hidroksi-2-metil-2- (E) -butenil-4-difosfat Sintase dan 4-Hidroksi-3-
metil-2- (E) -butenil-4-difosfat Reduktase, Dua enzim/langkah yang
paling dimengerti dijelaskan bersama. Cyclodiphosphate, dalam dua
tahap, mengalami reduksi dan eliminasi menjadi 4-hidroksi-3-metil-2-
(E)-butenil-4-difosfat dan kemudian ke IPP dan DMAPP (32). IspG
mengubah MECP menjadi 2-metil-2-(E)-butenil difosfat dalam reduksi
dua elektron. IspH kemudian mengkatalisis produksi IPP dan beberapa
DMAPP.
B. Saran
 DAFTAR PUSTAKA

William N. Hunter., 2007. “The Non-mevalonate Pathway of Isoprenoid

Precursor Biosynthesis”. From the Division of Biological Chemistry and
Drug Discovery, College of Life Sciences, University of Dundee, DD1
5EH, Scotland, United Kingdom. The journal of biological chemistry Vol.
282, NO. 30, pp. 21573–21577, July 27, 2007 by The American Society
for Biochemistry and Molecular Biology, Inc. Printed in the U.S.A.