TUGAS BIOKIMIA 1

STRUKTUR DAN FUNGSI PERANAN SEL

PROKARIOTIK

FAUZIAH SULAEMAN
1510411037
KELAS C
Prof. Dr. Zulkarnain Chaidir, MS
JURUSAN KIMIA
FMIPA
UNAND
PADANG
2019
 I. PENDAHULUAN

A. Latar Belakang
Organisme prokariotik tersebar di bumi dalam jumlah yang sangat banyak. Mereka dapat
hidup dengan memanfaatkan lebih banyak sumber energy dibandingkan organisme lainnya
dan dapat hidup hampir di semua lingkungan bumi selama ada air. Prokariotik telah
berdiversifikasi besar-besaran dalam waktu yang lama. Metabolisme prokariotik jauh lebih
bervariasi dibandingkan dengan eukariotik, sehingga terdapat banyak tipe prokariotik.
Misalnya, disamping melakukan fotosintesis atau menghasilkan senyawa organik sebagai
energi, prokariotik juga mendapat energi dari senyawa anorganik seperti H2S atau yang
lainnya, sehingga membuat prokariotik bisa bertahan hidup di lingkungan sedingin
permukaan salju Antartika.
Ciri khas sel prokariotik adalah selnya yang tidak memiliki membran inti. Inti sel
organisme ini hanya memiliki satu molekul ADN tanpa membran disebut Nukleoid. Sebagian
besar organisme prokariotik merupakan organisme uniseluler (sel tunggal ). Prokariotik
umumnya tidak memiliki klorofil, hidup bebas atau sebagai parasit. Beberapa sel prokariotik
dapat hidup di tempat yang ekstrem seperti mata air panas, kawah gunung berapi, atau di
lahan gambut. Sedangkan kelompok yang lain bersifat kosmopolit, artinya mampu hidup di
berbagai kondisi lingkungan. Sebagian besar prokariotik memiliki diameter dalam kisaran1-
5 µm. Secara umum organisme sel prokariotik berkembang biak secara vegetatif atau aseksual
dengan cara membelah diri. Dalam makalah ini penulis membahas tentang struktur dan fungsi
sel prokariotik, proses sintesis protein pada sel prokariotik, dan cara reproduksi pada sel
prokariotik.
B. Rumusan Masalah

1. Bagaimanakah struktur dan fungsi sel prokariotik?

2. Bagaimanakah proses sintesis protein pada selprokariotik?

3. Bagaimanakah cara reproduksi pada sel prokariotik?

C. Tujuan

1. Untuk mengetahui tentang struktur dan fungsi sel prokariotik?

2. Untuk mengetahui proses sintesis protein pada selprokariotik?

3. Untuk mengetahui proses reproduksi pada sel prokariotik?

 II. PEMBAHASAN

A. Struktur dan Fungsi Sel Prokariot

a. Dinding Sel

Dinding sel bakteri dan Archae tersusun atas peptidoglikan, lipid, dan protein.
Dinding sel berfungsi sebagai pelindung dan pemberi bentuk yang tetap. Pada dinding
sel terdapat pori-pori sebagai jalan keluar masuknya molekul-molekul.

Gambar 1. Dinding Sel Bakteri.

b. Membran Plasma

Membran sel atau membran plasma tersusun atas molekul lipid dan protein.
Membran plasma berfungsi sebagai pelindung molekular sel terhadap lingkungan di
sekitarnya, dengan jalan mengatur lalu lintas molekul dan ion-ion dari dalam.
 Gambar 2. Membran Sel Bakteri

c. Sitoplasma

Sitoplasma tersusun atas air, protein, lipid, mineral, dan enzim-enzim. Enzim-enzim
digunakan untuk mencerna makanan secara ekstraselular dan untuk melakukan proses
metabolisme sel. Metabolisme sel meliputi proses penyusunan (anabolisme) dan
penguraian (katabolisme) zat-zat.
d. Mesosom

Kadang-kadang pada tempat tertentu, membran plasma melekuk ke dalam membentuk

bangunan yang disebut mesosom. Mesosom berfungsi sebagai penghasil energi.
Biasanya mesosom terletak dekat dinding sel yang baru terbentuk pada saat
pembelahan biner sel bakteri. Pada membran mesosom terdapat enzim- enzim
pernapasan yang berperan dalam reaksi-reaksi oksidasi untuk menghasilkan energi.
e. Ribosom

Ribosom merupakan organel tempat berlangsungnya sintesis protein. Ukurannya

sangat kecil, berdiameter antara 15–20 nm (1 nanometer = 10 –9 meter). Di dalam sel
E. coli terkandung 15.000 butir ribosom atau sekitar 25% massa total sel bakteri.
Gambar 3. Struktur Rribosom Bakteri
 f. DNA

DNA atau asam deoksiribonukleat merupakan persenyawaan yang tersusun atas gula
deoksiribosa, fosfat, dan basa-basa nitrogen. DNA berfungsi sebagai pembawa
informasi genetik, yaitu sifat-sifat yang harus diwariskan kepada keturunannya. Oleh
sebab itu, DNA disebut pula sebagai materi genetik.
g. RNA
RNA atau asam ribonukleat merupakan persenyawaan hasil transkripsi DNA. Jadi,
bagian tertentu DNA melakukan transkripsi membentuk RNA. RNA membawa kode-
kode genetik sesuai pesanan DNA. Selanjutnya, kode-kode genetik itu akan
diterjemahkan dalam bentuk urutan asam amino dalam proses sintesis protein.
Demikianlah struktur sel prokariotik pada bakteri E.coli. Ternyata, bakteri mempunyai
bagian-bagian sel yang rumit. Setiap bagian sel ini mempunyai peranan yang penting
bagi kelangsungan hidup sebuah sel. Namun, bagian-bagian sel itu tidak dapat berdiri
sendiri dalam menjalankan fungsi sebuah sel, melainkan harus bekerja sama dengan
bagian sel lain membentuk satu kesatuan.

B. Sintesis Protein Sel Prokariotik

Sintesis protein pada sel prokariotik melalui dua tahap yaitu transkripsi dan translasi. Pada sel
prokariotik, translasi terjadi sebelum transkripsi sepenuhnya dirampungkan. Hal ini
dimungkinkan karena pada prokariot molekul mRNA di translasikan berdasarkan arah dari
ujung 5` ke ujung 3`. Selain dari itu, pada prokariot : tidak terdapat membran inti, sehingga
tidak ada yang memisahkan transkripsi dan translasi (sebagaimana yang terjadi pada eukariot)
sehingga translasi dapat segera dilakukan.
Transkripsi (dari bahasa Inggris: transcription) adalah proses penyalinan kode- kode
genetika yang ada pada urutan DNA menjadi molekul RNA. Transkripsi adalah bagian dari
rangkaian ekspresi genetik yang nantinya akan muncul sebagai fenotipe. Urutan nukleotida
pada salah satu untaian molekul DNA digunakan sebagai cetakan untuk sintesis molekul RNA
yang komplementer. Molekul RNA yang disintesis dalam proses transkripsi pada garis
besarnya dapat dibedakan menjadi 3 kelompok molekul RNA, yaitu : mRNA (messenger
RNA), tRNA (transfer RNA), rRNA (ribosomal RNA).
Translasi adalah proses sintesis polipeptida spesifik berdasarkan sandi genetika pada
mRNA. Proses ini adalah bagian kedua dari tahapan biosintesis protein setelah proses
transkripsi. Translasi melibatkan ribosom sebagai tempat penggabungan asam amino-asam
amino menjadi polipeptida dan tRNA sebagai pembawa asam amino ke ribosom dan
penerjemah” sandi genetika mRNA. Antibiotika dapat menghambat atau
menghentikan proses translasi pada biosintesis protein, contohnya : antibiotika anisomycin,
cycloheximide, chloramphenicol, antetracycline. Translasi sangat berhubungan dengan proses
transkripsi, karena kedua tahap tersebut merupakan tahap dalam sinteseis protein dalam sel.

Transkripsi Pada Prokaryot

Gambar 4 . Transripsi Pada Sel Prokariotik

Transkripsi pada dasarnya adalah proses penyalinan urutan nukleotida yang terdapat
pada molekul DNA. Dalam proses transkripsi, hanya salah satu untaian DNA yang disalin
menjadi urutan nukleotida RNA (transkip RNA). Urutan nukleotida pada transkrip RNA
bersifat komplemeter dengan urutan DNA cetakan (DNA template), tetapi identik dengan
urutan nukleotida DNA pada untaian pengkode (coding DNA strand/nontemplate strand). Hal
ini dapat digambarkan dengan skema sederhana berikut ini: 5’-ATG GTC CTT TAC TTG
TCT GTA TTT -3’ Untaian DNA pengkode dan 3’-TAC CAG GAA ATG AAC AGA CAT
AAA -5’ Untaian DNAcetakan.

Hal-hal yang Berkenaan dengan Transkripsi Pada Prokariot

1. Pada prokariot, gen terdiri atas 3 bagian utama : daerah pengendali (promoter); bagian
structural dan terminator.Promoter merupakan bagian gen yang berperanan
 dalam mengendalikan proses transkripsi dan terletak pada ujung 5’.
Promoter pd prokariot juga terdiri atas operator. Bagian Struktural adalah bagian gen
yang terletak disebelah hilir (downstream) dari promoter. Bagian inilah yang
mengandung urutan DNA spesifik (kode-kode genetik) yang akan ditranskripsi.
Terminator adalah bagian gen yang terletak disebelah hilir dari bagian struktural yang
berperanan dlm pengakhiran (terminasi) proses transkripsi. Fungsi terminator adalah
memberikan sinyal pada enzim RNA polimerase agar menghentikan proses
transkripsi. Proses terminasi transkripsi pada prokariot dapat dikelompokkan menjadi
2 kelas, yaitu terminasi yang ditentukan oleh urutan nukleotida tertentu (rho-
independent) dan diatur oleh suatu protein (faktor rho) atau disebut rho-dependent.

2. Gen pada prokariot diorganisasikan dalam struktur operon. Contoh : operon lac
(operon yang mengendalikan kemampuan metabolisme laktosa pada bakteri
Escherichia coli). Adanya sistim operon karena satu promotor mengendalikan seluruh
gen struktural.

3. Saat ditranskripsi, operon lac menghasilkan satu mRNA yang membawa kode-kode
genetik untuk 3 macam polipeptida yang berbeda : mRNA polisistronik, artinya dalam
satu transkrip dapat terkandung lebih dari satu rangkaian kodon (sistron) untuk
polipeptida yang berbeda. Dengan demikian, masing-masing polipeptida akan
ditranslasi secara independen dari satu untaian mRNA yang sama.

4. Ciri utama gen struktural pada prokariot adalah mulai dari sekuens inisiasi translasi
(ATG) sampai kodon terakhir sebelum titik akhir translasi (kodon STOP yaitu
TAA/TAG/TGA) akan diterjemahkan menjadi rangkaian asam amino. Jadi,
jika gen struktural terdiri atas 900 nukleotida maka gen tersebut akan mengkode 300
asam amino karena satu asam amino dikode oleh tiga sekuens nukleotida yang
berurutan. Jadi, pada prokariot tidak ada intron (sekuens penyisip) kecuali pada
beberapa archaea tertentu.

5. Pada prokariot, RNA polimerase menempel secara langsung pada DNA di daerah
promoter tanpa melalui suatu ikatan dengan protein lain (yang membedakan dengan
eukariot)

6. Pada prokariot, proses transkripsi dan translasi berlangsung hampir secara serentak,
artinya sebelum transkripsi selesai dilakukan, translasi sudah dapat dimulai.

7. Urutan nukleotida RNA hasil sintesis adalah urutan nukleotida komplementer dengan
cetakannya. Misal : urutan ATG pada DNA, maka hasil transkripsinya adalah UAC.
Molekul DNA yang ditranskripsi adalah untai ganda, namun yang berperanan sebagai
cetakan, hanya salah satu untaiannya
8. Tahapan transkripsi pada prokariot meliputi:

 Inisiasi transkripsi (terbentuk gelembung transkripsi),

 Pemanjangan

 Terminasi (tergantung faktor rho dan tidak tergantung faktor rho),(Dewi,2013)

Translasi dapat berlangsung memerlukan 3 komponen:

1. Molekul mRNA merupakan transkrip (salinan) urutan DNA yang menyusun suatu gen
dalam bentuk ORF (open reading frame, kerangka baca terbuka), didalamnya terdapat
rangkaian kodon-kodon yang akan diterjemahkan.
2. Molekul tRNA merupakan pembawa asam-asam amino yang akan disambungkan
menjadi rantai polipeptida, tRNA sebagai penterjemah, yang membawa antikodon.
3. Ribosom merupakan tempat penterjemahan berlangsung/proses translasi, disusun oleh
molekul rRNA dan beberapa macam protein, ribosom tersebar diseluruh bagian sel.
 Translasi Pada Prokariot

Gambar 5 . Translasi Pada Prokariot

Translasi terdiri dari 3 tahap :

Inisiasi (initiation)

Tahap pertama pada inisiasi dimulai dengan disosiasi/pemisahan ribosom 70S menjadi
subunit besar (50S) dan sub unit kecil (30S) dengan menggunakan faktor IF-1, kemudian
pada tahapan inisiasi ini sub unit ribosom 30S terbebas dari ikatan dengan sub unit 50S
melalui interaksinya dengan protein IF-3, kemudian terjadinya penggabungan mRNA,
sub unit 30S, dan formilmetionil-tRNAf (fMet-tRNAf) membentuk kompleks inisiasi 30S
dengan membutuhkan GTP (guanosin triphosphat) dan beberapa protein/faktor inisiasi
 (IF-1, IF-2, IF-3) yang dilakukan oleh IF-2, IF-3. IF-3tersebut akan mengikat pada sub unit
30S (ribosom kecil), setelah kompleks inisiasi 30S terbentuk selanjutnya subunit 50S
(ribosom besar) bergabung dan membentuk kompleks inisiasi 70S dengan menggunakan
energi hasil hidrolisis GTP yang terjadi pada waktu IF-1, IF-2dan IF-3terlepas dari
kompleks, kompleks inisiasi 70S yang siap melakukan proses pemanjangan polipeptida.

Gambar 6. Proses Inisiasi Translasi pada Prokariot

Pemanjangan (elongation)

Proses pemanjangan polipeptida secara umum mempunyai mekanisme 3 tahapan: 1)

pengikatan aminoasil –tRNA pada sisi A yang ada di ribosom, 2) pemindahan rantai
polipeptida yang tumbuh dari tRNA yang ada pada sisi P ke arah sisi A dengan membentuk
ikatan peptide, 4) translokasi ribosom sepanjang mRNA ke posisi kodon selanjutnya yang ada
di sisi A.
Di dalam kompleks ribosom, molekul fMet-tRNAfMet menempati sisi P (peptidil), sisi
yang lain pada ribosom, yaitu sisi A (aminoasil), masih kosong pada saat awal sintesis protein.
Berpasangannya triplet kodon inisiasi (AUG/GUG) pada mRNA dengan antikodon pada
metionil-tRNAfMet di tapak P menentukan urutan triplet kodon dan aminoasil-tRNAfMet
berikutnya yang akan masuk ke tapak A. Pengikatan amino asil-
 Met
tRNA berikutnya,
f misalnya alanil- tRNA ala, ke tapak A memerlukan protein-protein
elongasi EF-Ts dan EF-Tu. Pembentukan ikatan peptida antara gugus karboksil pada metionil-
Met
tRNA di tapak Pf dan gugus amino pada alanil-tRNA ala di tapak A dikatalisis oleh enzim
peptidil transferase, suatu enzim yang terikat pada sub unit ribosom 50S. Reaksi ini
menghasilkan dipeptida yang terdiri atas f-metionin dan alanin yang terikat pada tRNA ala di
tapak A. Langkah berikutnya adalah translokasi, yang melibatkan (1) perpindahan f-met-ala-
tRNA ala dari tapak A ke tapak P dan (2) pergeseran posisi mRNA pada ribosom sepanjang
tiga basa sehingga triplet kodon yang semula berada di tapak A masuk ke tapak P. Dalam
contoh ini triplet kodon yang bergeser dari tapak A ke P tersebut adalah triplet kodon untuk
alanin. Triplet kodon berikutnya, misalnya penyandi serin, akan masuk ke tapak A dan proses
seperti di atas hingga translokasi akan terulang kembali. Translokasi memerlukan aktivitas
faktor elongasi berupa enzim yang biasa dilambangkan dengan EF-G. Pemanjangan atau
elongasi rantai polipeptida akan terus berlangsung hingga suatu tripet kodon yang menyandi
terminasi memasuki tapak A, Sebelum suatu rantai polipeptida selesai disintesis terlebih
dahulu terjadi deformilisasi pada f-metionin menjadi metionin, pada proses terminasi.

Gambar 7. Skema Proses Translasi

 Gambar 8. Skema Proses Translasi (lanjutan)

Pengakhiran (termination)

Translasi akan berakhir pada waktu salah satu dari ketiga kodon terminasi
(UAA,UGA,UAG) yang ada pada mRNA mencapai posisi A pada ribosom. Dimana RF1 yang
mengenali kodon UAA atau UAG sehingga rantai kodon tersebut akan terlepas, kemudian RF2
akan mengenali kodon UAA atau UGA sehingga rantai kodon tersebut terlepas. Proses
terminasi ditandai oleh terlepasnya mRNA, tRNA di tapak P, dan rantai polipeptida dari
ribosom. Selain itu kedua subunit ribosompun memisah, pada terminasi diperlukan aktivitas
dua protein yang berperan sebagai faktor pelepas atau releasing factors, yaitu RF-1dan RF-
2yang bekerja sama dengan RF-3.
 Gambar 9. Terminasi Translasi

C. Reproduksi Sel Prokariotik

Bakteri tidak mengalami mitosis dan meiosis. Hal ini merupakan perbedaan penting
antara bakteri (prokariot) dengan sel eukariot. Reproduksi bakteri mengadakan reproduksi
dengan dua cara, yaitu secara aseksual dan seksual. Reproduksi secara aseksual dilakukan
dengan pembelahan, sedangkan reproduksi seksual dilakukan dengan cara transformasi,
transduksi, dan konjugasi. Namun, proses reproduksi cara seksual berbeda dengan eukariota
lainnya. Sebab, dalam proses tersebut tidak ada penyatuan inti sel sebagaimana biasanya pada
eukarion, yang terjadi hanya berupa pertukaran materi genetika (rekombinasi genetik). Berikut
ini beberapa cara reproduksi bakteri dengan cara rekombinasi genetik dan membelah diri.
a. Rekombinasi Genetik

Adalah pemindahan secara langsung bahan genetic (DNA) di antara dua sel bakteri
melalui proses berikut:
1. Transformasi

Transformasi adalah perpindahan materi genetik berupa DNA dari sel bakteri yang
satu ke sel bakteri yang lain. Pada proses transformasi tersebut ADN bebas sel
bakteri donor akan mengganti sebagian dari sel bakteri penerima, tetapi tidak
terjadi melalui kontak langsung. Cara transformasi ini hanya terjadi pada beberapa
spesies saja, . Contohnya : Streptococcus pnemoniaeu, Haemophillus, Bacillus,
Neisseria, dan Pseudomonas. Diguga transformasi ini merupakan cara bakteri
menularkan sifatnya ke bakteri lain. Misalnya pada bakteri Pneumococci yang
menyebabkan Pneumonia dan pada bakteri patogen yang semula tidak kebal
antibiotik dapat berubah menjadi kebal antibiotik karena transformasi. Proses ini
pertama kali ditemukan oleh Frederick Grifith tahun1982.
2. Transduksi

Transduksi adalah pemindahan materi genetik bakteri ke bakteri lain dengan

perantaraan virus. Selama transduksi, kepingan ganda ADN dipisahkan dari sel
bakteri donor ke sel bakteri penerima oleh bakteriofage (virus bakteri). Bila virus –
virus baru sudah terbentuk dan akhirnya menyebabkan lisis pada bakteri,
bakteriofage yang non virulen (menimbulakan respon lisogen) memindahkan ADN
dan bersatu dengan ADN inangnya, Virus dapat menyambungkan materi
genetiknya ke DNA bakteri dan membentuk profag. Ketika terbentuk virus baru, di
dalam DNA virus sering terbawa sepenggal DNA bakteri yang diinfeksinya. Virus
yang terbentuk memiliki dua macam DNA yang dikenal dengan partikel transduksi
(transducing particle). Proses inilah yang dinamakan Transduksi. Cara ini
dikemukakan oleh Norton Zinder dan Jashua Lederberg pada tahun 1952.
3. Konjugasi

Konjugasi adalah bergabungnya dua bakteri (+dan –) dengan membentuk jembatan

untuk pemindahan materi genetik. Artinya, terjadi transfer ADN dari sel bakteri
donor ke sel bakteri penerima melalui ujung pilus. Ujung pilus akan melekat pada
sel peneima dan ADN dipindahkan melalui pilus tersebut. Kemampuan sel donor
memindahkan ADN dikontrol oleh faktor pemindahan (transfer faktor = faktorF).
 (from Redfield, Nat. Rev. Genet. 2001

Gambar 10. Reproduksi Sel Prokariotik (Bakteri)

b. Pembelahan Biner

Pada pembelahan ini, sifat sel anak yang dihasilkan sama dengan sifat sel induknya.

Gambar 11. Pembelahan Biner Pada Sel Prokariotik

Pembelahan biner mirip mitosis pada sel eukariot. Badanya, pembelahan biner pada sel bakteri
tidak melibatkan serabut spindle dan kromosom. Pembelahan Biner dapat dibagi atas tiga fase,
yaitu sebagai berikut:

1. Fase pertama, sitoplasma terbelah oleh sekat yang tumbuh tegaklurus.

2. Fase kedua, tumbuhnya sekat akan diikuti oleh dinding melintang.

3. Fase ketiga, terpisahnya kedua sel anak yang identik. Ada bakteri yang segera berpisah
dan terlepas sama sekali. Sebaliknya, ada pula bakteri yang tetap bergandengan setelah
pembelahan, bakteri demikian merupakan bentuk koloni.
Pada keadaan normal bakteri dapat mengadakan pembelahan setiap 20 menit sekali. Jika
pembelahan berlangsung satu jam, maka akan dihasilkan delapan anakan sel. Tetapi
pembelahan bakteri mempunyai faktor pembatas misalnya kekurangan makanan, suhu tidak
sesuai, hasil eksresi yang meracuni bakteri, dan adanya organisme pemangsa bakteri. Jika hal
ini tidak terjadi, maka bumi akan dipenuhi bakteri.
 III. PENUTUP

1. Struktur sel prokariotik memiliki dinding sel, membran plasma, sitoplasma, mesosom,
ribosom, dan asam nukleat.

2. Sintesis protein pada sel prokariotik terdiri dari tahap transkripsi dantranslasi

3. Reproduksi pada bakteri bisa secara aseksual dan seksual. Secara aseksual dengan
pembelahan biner, dan secara seksual dengan cara transformasi, transduksi, dan
konjugasi.
 DAFTAR PUSTAKA

Dewi S.R. 2013. Proses Transkripsi pada Prokariotik dan Eukariotik. Universitas
Brawijaya. Malang.

http://www.biologionline.info/2013/08/struktur-sel-prokariotik.html

http://kamriantiramli.wordpress.com/2011/05/07/331/

http ://educorolla2.blogspot.com/2009/03/reproduksi-bakteri.html