Tampaknya sebagai reaksi GPM yang merupkan penyesuaian diri dengan
situasi baru , yakni situasi masyarakat dalam suatu Negara yang baru merdeka . Hal ini disebabkan karena gereja,bertumbuh dan tidak dapat dipisahkan dari dunia sekitar,maka semua peristiwa dan pergolakan yang terjadi didalam masyarakat dan bangsa Indonesia tidak dapat dihindarioleh warga GPM. Isu- isuyang penting sehingga ditimbulkannya Pesan Tobat 1960juga yaitu peristiwa Republik Maluku Selatan (RMS), serta perjuangan pembebasan Irian Barat. Pesan Tobat dikeluarkan oleh Sinode GPM tahun 1960merupakan titik balik dalam sejarah GPM seruan itu dicetuskan oleh pendea Th.P.Pttiasina hampir- hampir berfungsi sebagai pengakuan iman, didalamnya para peserta sinode yang sebelumnya masih terlibat seru dalam perdebatan antar anggota pendeta dan yang bukan pendeta mengaku kelemahan dan kegagalan GPM dalam menghadapi tantangan zaman serta menyatakan bahwa diperlukan pembaharuan gerja yang hanya dapat berlaku oleh Firma Allah dan Roh Kudus. Selama ke-2 dasawarsa berikut pembaharuan memang dilakukan. Dalam hal tata ibadah misalnya “Mazmoer dan Tahlil” karangan Schroder Tupamahu diganti dengan “Mazmur dan nyanyian Rohani” karangan I.S Kijne.Mutu pendidikan Teologi ditingkatkan dengan perubahan sekolah Theologia menjadi akademi Theologia (1960) para calon pendeta diharapkan memiliki pengetahuan umum yang memungknkan mereka mengetahui dan memahami soal-soal kemasyarakatan dan memiliki ilmu theology yang membuat mereka mampu memahami soal-soal itu secara teologis. Tokoh-tokoh yang bukan pendeta diberi kedudukan dalam organisasi gerejapada umumnya GPM menangani pula pembinaan warga jemaat, pengelolaan keuangan gereja diperbaiki semua itu membawa serta penataan organisasi gereja ditingkat sinode salah satunya adalah peningkatan visitator atau pengunjung agar kegiatan-kegiatan baru dari put dapat sampai juga ke klasis dan jemaat terpencil dari semua ini GPM bertolak dari pandangan yang relati baru mengenai hubungan antara gereja dan masyarakat enurut pandangan baru ini kegiatan gereja dibidang kemasyarakatan hanyalah pelengkapatau bahkan sarana pekabaran Injil tetapi merupakan wujud konker pelaksanaan mis gereja yang bersifat menyeluruh. GPM melakukan pembaharuan setetlah dikeluarkannnya Pesan Tobat sbb:
Pembaharuan Liturgis dalam peribadatan jemaat didalamnya diutamakan berita
an kesaksian tentang berkat dan rahmat Allah yang menyelamatkan, pembaharua teologi Alkitabiah dan Homiletik Gereja didalamnya pemberitaan Firman Allah lebih di fokuskan pada pemberitaan anugrah Allah yang menyelamatkan dalam Kristus. Pembaharuan kelembagaan gereja yang didalamnya aspek-aspek organisasi dan administrsi gereja diusahakan menjadi bangunan yang kokoh dan amph untuk memperlancar tugas pemasyuran Injil Kerajaan Allah. Pembaharuan teologi gereja tentang kaum awam dengan menyadari kaum awam adalah jabatan gereja yang terlupakan Peningkatan kualitas hidup bergereja atau berjemaat demi meningkatkan tugas- tugas pelayanan Pembaharuan teologi gereja mengenai Roh Kudus dan realitas pekerjaanNya dalam gereja sepanjang masa Pembaharua pekabaran Injil dalambentuk kepeloporan, misalnya melalui pelakasaan tranmigrasi local yang dilakukan oleh anggota jemaat Pembaharuan penidikan teologi yang mengutamakan kualitas para lulusannya serta upaya mengkontekstualisasikan Firman Allah dalam bentuk yang komunikatif