PROTEIN SYNTHESIS

DNA (Deoxyribonucleic acid)

• DNA menyimpan informasi

genetik yang berupa gen

• Gene mengkode polipeptida

(protein)

• Protein digunakan untuk

membentuk sel dan
metabolisme atau proses
kimia di dalam sel

ANIMATION 2
 STRUKTUR DNA
• Rosalind Franklin melakukan diffraction x-ray photograph
kristal DNA

 Pada tahun 1950-an, Watson & Crick mengembangkan model DNA

pertama kali menggunakan Franklin’s x-rays
 Watson dan Crick memperlihatkan bahwa DNA adalah double helix
3
 STRUKTUR DNA

 DNA dibentuk dari sub unit yang dinamakan nukleotida

 Nukleotida DNA dibentuk oleh phosphate, gula deoxyribose,
dan basa nitrogen
 Basa nitrogen DNA:
Adenine (A)
Thymine (T)
Guanine (G)
Cytosine (C)

 Two strands coil disebut double helix

 Bagian tepi terdiri dari gula pentosa
(Deoxyribosa) yang berikatan dengan
gugus phosphate (PO4) dengan ikatan
phosphodiester
DNA Nucleotide
 Bagian tengah terdiri dari basa nitrogen
yang saling berikatan dengan ikatan
hidrogen yang lemah 4
 CHARGAFF`s Ratios atau CHARGAFF`s Rule
 Erwin Chargaff smenunjukkan jumlah basa nitrogen pada DNA ada 4
(A,T,C,G)

 Pada sel somatik tubuh:

A = 30.3%
T = 30.3%
G = 19.5%
C = 19.9%

Jumlah basa purine = jumlah basa pyrimidine (A+G) = (C+T)

Jumlah basa adenine = jumlah basa thymine A=T
Jumlah basa guanine = jumlah basa cytosine G=C

 Adenine berpasangan Thymine (2 H-bonds)

 Guanine berpasangan Cytosine (3 H-bonds) G C

T A
5
Dua strand DNA bersifat anti-parallel
(arah berlawanan)

6
 Pentose Sugar

• Penomoran karbon 1 sampai 5 searah jarum jam

5
CH2

C4 C1
Basa Nitrogen
Gula
(deoxyribose)
 PURINE cincin ganda C3 C2
Adenine (A) A or G
Guanine (G)

 PYRIMIDINE cincin tunggal

Thymine (T)
Cytosine (C) T or C

7
 Replikasi DNA

Terjaadi ketika duplikasi chromosome (make copies)

kopi/salinan DNA dihasilkan dengan bantuan enzim DNA

polymerase

Ikatan hidrogen diantara basa nitrogen dipecah

Masing-masing pita berperan sebagai template untuk

masing-masing pita baru

Nucleotida baru bergerak membentuk komplementer dengan

bantuan DNA polymerase
Replikasi DNA
Replikasi DNA
(M.S. Meselson dan F.W. Stahl, 1957)

ANIMATION
Dua DNA yang sama dihasilkan dari replikasi DNA 9
 Replikasi DNA

Arah penambahan nukleotida

selama rreplikasi dari ujung 5`
ke 3`

ANIMATION
10
 RNA (Ribonucleic acids)

Perbedaan RNA dan DNA

◊ RNA : ribose

DNA : deoxyribose

◊ RNA : memiliki basa uracil (U)

DNA : thymine (T)

◊ RNA : single-stranded

DNA : double-stranded
 Nukleotida RNA

1- Gula Ribosa
2- Gugus Phosphate
3- Basa 4 tipe nitrogen 4 (all containing nitrogen):
- Adenine
- Uracyl (only in RNA)
- Cytosine
- Guanine

12
 Tipe RNA
.
• Messenger RNA (mRNA) membawa informasi genetik ke ribosom

• Ribosomal RNA (rRNA), bersama dengan protein membentuk

ribosom

• Transfer RNA (tRNA) transfer asam amino ke ribosome tempat

dimana terjadinya sintesis protein

13
 Messenger RNA

• Rantai nukleotida: panjang dan lurus

• Dibuat di dalam Nucleus
• Copies DNA & dikeluarkan melalui nuclear pores
• Memiliki basa Nitrogen: A, G, C, U ( no T )

 Membawa informasi untuk specific protein

 Panjang sekitar 500 - 1000 nucleotida
 Urutan 3 basa dinamakan codon
 AUG – methionine atau start codon
 UAA, UAG, atau UGA – stop codons

14
 Ribosomal RNA (rRNA)

• rRNA: single strand panjang 100

- 3000 nucleotida
• Bentuk Globular
• Dibuat di dalam nucleus
• Berasosiasi dengan protein
membentuk ribosome

Transfer RNA (tRNA)

 Bentuk Clover-leaf
 Panjang sekitar 75 to 80 nucleotida
 Single strand dengan ujung yang mengikat
asam amino
 Opposite end memiliki 3 basa nucleotida
yang disebut anticodon 15
 Gen & Protein
 Protein dibentuk oleh asam amino yang saling berikatan dengan
ikatan peptida
 Rantai asam amino dinamakan polipeptida
 Terdapat 20 macam asam amino yang berbeda
 Ruas DNA yang mengkode sequence (urutan) asam amino pada
protein disebut gen

Polypeptides

Amino Acid Structure

16
 DNA
• DNA berada di dalam nucleus
• Protein, disintesis di dalam sitoplasma sel oleh ribosome
• Ribosome ada yang bebas dalam sitosol atau berada di
permukaan rough ER (retikulum endoplasma)

Sintesis Protein
 Sintesis/produksi rantai polipeptida chains (protein)
 Dua tahap:
Transkripsi & Translasi
 mRNA sebelum translasi, dikeluarkan dari nucleus pada sel
eukariotik
17
Replikasi, Transkripsi & Translasi
Replikasi, Transkripsi & Translasi

19
Replikasi, Transkrisi, Translasi
MAKING DNA
Making a copy of the genetic material = Replication
When you think “replication” think “duplication”

Pada sel prokariot dan eukariot, dimanakah replikasi terjadi ?

MAKING RNA
Transferring genetic code (DNA) to RNA = Transcription
Pada sel prokariot dan eukariot, dimanakah transkripsi terjadi ?

MAKING PROTEINS
Making proteins = translation
Informasi DNA diterjemahkan menjadi protein
 Transkripsi

Transkripsi adalah sintesis RNA dari

DNA template

Transfer informasi genetk dari DNA ke

RNA.

mirip replikasi tapi yang dibuat RNA

Merupakan proses awal sebelum translasi

kode genetik menjadi polipeptida atau
protein
 Steps in Transcription

 Transfer informasi di dalam nucleus dari molekul DNA ke molekul

RNA
 Hanya 1 strand DNA yang berfungsi sebagai template
 Dimulai pada promoter DNA (TATA box)
 Diakhiri pada terminator DNA (stop)
 Ketika selesai, molekul pre-RNA molekul dilepaskan

22
 mRNA Processing

• Terjadi di dalam nucleus

• Pre-mRNA terbentuk dari segment yang dinamakan introns & exons
• Exons code for proteins, while introns do NOT!
• Introns spliced out by splicesome-enzyme and exons re-join
• End product is a mRNA molecule that leaves the nucleus to the
cytoplasm

pre-RNA molecule

exon intron exon intron exon

intron intron

exon exon exon

splicesome splicesome

exon exon exon

mRNA molecule 23
 Messenger RNA (mRNA)

start
codon
A U G G G C U C C A U C G G C G C A U A A
mRNA

codon 1 codon 2 codon 3 codon 4 codon 5 codon 6 codon 7

protein methionine glycine serine isoleucine glycine alanine stop

codon

Primary structure of a protein

aa1 aa2 aa3 aa4 aa5 aa6

peptide bonds
24
 RNA Polymerase

 Enzyme found in the nucleus

 Separates the two DNA strands by breaking the hydrogen
bonds between the bases
 Then moves along one of the DNA strands and links RNA
nucleotides together

25
 Translation
 Proteins synthesis in the cytoplasm

 Involves the following:

1. mRNA (codons)
2. tRNA (anticodons)
3. ribosomes
4. amino acids

 Translation is the process of

decoding the mRNA into a
polypeptide chain

 Ribosomes read mRNA three bases

or 1 codon at a time and
construct the proteins
DNA  RNA  Protein

DNA

Transcription

mRNA

Ribosome

Translation

Protein

Prokaryotic Cell 27
 DNA  RNA  Protein
Nuclear
DNA membrane

Transcription
Pre-mRNA
Eukaryotic RNA Processing
Cell mRNA

Ribosome

Translation

Protein
28
 The Genetic Code

• A codon designates an
amino acid

• An amino acid may have

more than one codon

• There are 20 amino

acids, but 64 possible
codons

• Some codons tell the

ribosome to stop
translating

• The code is nearly

universal among living
organisms 29
THANK YOU

30