An Introduction to Metabolism

I. An Organism’s metabolism transform matter and energy subject to the laws

of thermodynamics

Metabolisme adalah kumpulan reaksi kimia yang terjadi dalam suatu

organisme. Enzim mengkatalisis reaksi metabolisme yang terdiri atas
katabolisme dan anabolisme.

 Katabolisme merupakan pemecahan molekul kompleks menjadi lebih

sederhana dan melepaskan energi. Gula glukosa dan bahan bakar organic
dipecah dengan oksigen membentuk karbondioksida dan air.
 Anabolisme disebut juga sebagai proses biosintetik membentuk molekul
komplek dari gabungan beberapa molekul sederhana dan karna proses
pembentukan molekul kompleks maka memerlukan energi.

Katabolisme dan anabolisme merupakan proses “downhill” dan “uphill” dimana

energi yang dihasilkan downhill digunakan untuk menjalankan reaksi uphill
anabolisme.

Energi adalah kapasitas atau daya yang digunakan untuk melakukan suatu
pekerjaan atau kegiatan. Energi dibagi menjadi dua, yaitu :

 Energi kinetik merupakan energi yang berhubungan dengan pergerakan

benda. Contohnya : buah jatuh dari pohon
 Energi potensial merupakan energi yang tersimpan dari suatu benda
karna ketinggiannya dimana dipengaruhi oleh percepatan gravitasi bumi,
ketinggian benda, dan massa benda. Contohnya : ketika buah saat
masih berada di pohon.
 Energi kimia merupakan suatu istilah yang digunakan para ahli biologi
untuk merujuk energi potensial yang siap dilepas untuk digunakan dalam
reaksi kimia.

Termodinamika adalah ilmu yang mempelajari tentang energi dan

transformasinya. Transfor energi pada termodinamika berlandaskan pada
dua hukum, yaitu hukum pertama dan hukum kedua termodinamika.

 Hukum pertama termodinamika, menyatakan bahwa energi di alam

bersifat konstan atau tetap yang mana energi dapat dipindah dan
 diubah tetapi tidak dapat dibuat diciptakan dan dihancurkan. Prinsip
hukum pertama dari termodinamika menyatakan kekekalan energi.
 Hukum kedua termodinamika merupakan hukum yang membatasi
perubahan energi mana yang dapat terjadi dan tidak dapat terjadi.

II. The free-energy change of a reaction tells us whether or not the reaction
occurs spontaneously
Energi bebas adalah bagian dari suatu energi sistem yang dapat
bekerja ketika suhu dan tekanan seragam di seluruh sistem, seperti dalam
kehidupan sel.
Perubahan energi bebas, ΔG, dapat dihitung untuk reaksi kimia
dengan menerapkan persamaan berikut:
∆G = ∆H - T∆S
Dimana ∆H melambangkan perubahan entalpi sistem (dalam sistem
biologis, setara dengan total energi); ∆S adalah perubahan dalam entropi
sistem; dan T adalah suhu absolut dalam satuan Kelvin (K)
∆G < 0 , maka prosesnya akan spontan (itu menguntungkan secara
energik dan akan terjadi tanpa masukan energi)
Persamaan tersebut membuat kita dapat memprediksi jenis
perubahan apa yang bisa terjadi tanpa bantuan energi dari luar. Hal ini
sangat penting dalam studi tentang metabolisme, di mana tujuan utamanya
adalah menentukan reaksi mana yang dapat memasok energi untuk aktifitas
Sel
∆G juga dapat digunakan untuk menentukan kestabilan system,
dimana jika sistem memiliki lebih sedikit energi bebas maka system
cenderung tidak berubah, oleh karena itu system lebih stabil daripada
sebelumnya.
Ini berguna untuk menentukan kecenderungan system berubah
menjadi keadaan yang lebih stabil. System yang memiliki energi bebas besar
cenderung berubah sedemikan rupa menjadi lebih stabil dengan menurunnya
energi bebas.
Contohnya ketika penyelam berada diatas papan lompat, penyelam
tersebut memiliki energi bebas yang besar dan kestabilan yang rendah
karena lebih mudah untuk jatuh daripada didekat permukaan air, begitu juga
dalam reaksi kimia seperti perubahan molekul glukosa yang memiliki
kestabilan rendah karena lebih mudah dipecah daripada molekul sederhana.
 Tiap system akan menuju ke keadaan stabil kecuali ada sesuatu yang
mencegahnya
Istilah lain untuk mendeskripsikan kestabilan maksimum adalah
kesetimbangan. Terdapat hubungan penting antara energi bebas dengan
kesetimbangan, termasuk kesetimbangan kimia. Kebanyakan reaksi kimia
dapat berjalan dua arah dengan kecepatan yang sama. Reaksi ini disebut
kesetimbangan kimia, dimana tidak perubahan lebih lanjut pada konsentrasi
relative dari reaktan dan produk.
Saat reaksi bergerak menuju keseimbangan, energi bebas dari
campuran reaktan dan produk menurun. Energi bebas bertambah ketika
sebuah reaksi didorong menjauhi kesetimbangan, seperti mengurangi
beberapa produk sehingga konsentrasi relative reaktan ikut berubah. System
kesetimbangan memiliki energi bebas yang kecil dalam system. Perubahan
dari keadaan setimbang akan memiliki ∆G >0 sehingga tidak akan terjadi
secara spontan. Oleh karena itu, system tidak akan spontan bergerak
menjauhi kesetimbangan. Proses yang dapat terjadi secara spontan dan dan
dapat digunakan untuk melakukan aktifitas hanya ketika proses itu bergerak
menuju keseimbangan.

Exergonic adalah adalah suatu reaksi yang melepaskan energi dalam

prosesnya dan berjalan secara spontan
Endergonic adalah suatu reaksi yang menyerap energi dari sekitar
dan berjalan secara tidak spontan

Pada system tertutup akhirnya akan mencapai keseimbangan dan tidak bisa
melakukan kerja.
Reaksi kimia dari metabolisme adalah reaksi yang dapat berjalan dua arah,
dan tidak akan mencapai keseimbangan selama sel tersebut masih hidup, hal ini
menggambarkan keistimewaan dari kehidupan.
Sel hidup tidak bisa mencapai keseimbangan karena terdapat arus masuk
dan keluar material yang menyebabkan terjadinya reaksi dua arah.
Proses katabolisme dalam sel melepaskan energi di setiap reaksi yang terjadi
dan digunakan untuk aktifitas dari sel tersebut, contohnya respirasi sel didalam
mitokondria.
III. ATP powers cellular work by coupling exergonic reactions to endergonic
reaction
ATP mendukung kerja seluler dengan alat penghubung reaksi
eksergonik terhadap reaksi endergonik.
Sel melakukan tiga jenis pekerjaan utama, yaitu pekerjaan kimia,
transportasi dan pekerjaan mekanis. Agar melakukan pekerjaan, sel-sel
mengelola sumber daya energi dengan alat penghubung energi, penggunaan
proses eksergonik untuk menggerakkan endergonik itu sendiri. Kebanyakan
alat penghubung dalam sel dimediasi oleh ATP.
Struktur dan hidrolisis ATP. ATP(Adenosine triphospate) adalah sel
pengantar energi. ATP terdiri dari ribose (gula), adenine(basa nitrogen), dan
kelompok 3 fosfat. Ikatan anatara kelompok fosfat.
 Energi dilepaskan dari ATP ketika ikatan terminal fosfat rusak
 Pelepasan energi ini berasal dari perubahan kimia ke keadaan
bebas yang lebih rendah energi, bukan dari iktan fosfat itu
sendiri.

Bagaimana kerja hidrolisis ATP. Memiliki tiga pekerjaan

seluler(mekanik, trasnportasi dan kimia) didukung oleh hidrolisis ATP. Di
dalam sel, energi dari eksergonik reaksi hidrolisis ATP dapat digunakan untuk
menggerakkan reaksi endergonik. Secara keseluruhan reaksi yang
digabungkan bersifat eksergonik. ATP mendorong reaksi endergonik oleh
fosforilasi, mentrasfer fosfat ke beberapa kelompok molekul seperti reaktan.
Molekul penerima disebut intermediet terfosforilasi.

Regenerasi ATP. ATP merupakan sumber daya terbarukan yang

diregenerasi dengan penambahan kelompok fosfat ke ADP. Energi untuk
memfosfilasi ADP bersumber dari reaksi katabolic dalam sel. Siklus ATP
merupakan perputaran transfer energi dari katabolic kejalur anabolik

IV. Enzymes speed up metabolic reactions by lowering energy barriers

Enzim adalah suatu makromolekul yang bertindak sebagai suatu
katalis, sebagai agen kimia yang mempercepat suatu reaksi tanpa ikut
bereaksi.
Contohnya saat hidrolisis sukrosa menjadi glukosa dan fruktosa
merupakan reaksi eksegonik, terjadi secara spontan dengan pelepasan
energi bebas. Suatu larutan sukrosa terurai dalam air steril selama 6 tahun
dalam suhu ruangan dengan jumlah yang kecil. Tetapi, apabila kita
menambahkan sejumlah kecil enzim sukrase kedalam larutan maka semua
sukrosa akan terhidrolisis dalam waktu beberapa detik, seperti yang
ditunjukkan dibawah ini.
Agar suatu reaksi dapat terjadi reaktan harus menyerap energi dari
sekitar untuk menuju ke tahap transisi dimana molekul yang terlibat sangat
tidak stabil sehingga dapat terjadi pemutusan ikatan lalu reaktan akan menuju
ke keadaan stabil dengan membentuk ikatan baru dengan melepas energi
panas kesekitar.
Suatu enzim mengkatalis suatu reaksi dengan menurunkan energi
aktivasi, membiarkan reaktan untuk menyerap cukup energi untuk mencapai
keadaan transisi dalam temperature yang cukup. Suatu enzim tidak dapat
merubah delta G dari suatu reaksi tetapi hanya mempercepat reaksi yang
pasti terjadi fungsi ini memungkinkan sel untuk melakukan metabolism secara
dinamik. Dan karena enzim sangat spesifik dalam mengakatalis suatu reaksi
hal itu menentukan proses kimia yang mana yang akan berjalan pada sel
dalam waktu tertentu.
Kekhususan substrat dari suatu enzim, reaktan pada suatu enzim
yang bekerja disebut enzim substrat. Suatu enzim yang mengikat substratnya
akan membentuk suatu enzim substrat yang kompleks kemudian terjadi aksi
katalitik mengubah substrat menjadi produk. Contohnya enzim sukrase
mengkatalisis hidrolisis sukrosa disakarida menjadi 2monosakarida, glukosa
dan fruktosa.
Katalisis in the enzyme active site.
Dalam reaksi enzimatik, substrat berikatan pada situs aktif dari enzim
Situs aktif dapat mengurangi energi aktivasi dengan
Alkil pada beberapa asam amino menjadi situs aktif yang mengkatalis
konversi dari substrat ke produk, lalu produk terlepas dari situs aktif.
Kemudian enzim bebas untuk mengikat substrat lain pada situs aktif. Hal ini
menyebabkan perputaran yang sangat cepat dari satu enzim molekul khusus
yang mengkatalis ratusan substrat tiap detik. Seperti gambar dibawah
Pengaruh kondisi lokal pada aktivitas enzim. Aktivitas enzim
dipengaruhi oleh
 Faktor lingkungan umum, seperti suhu dan Ph
 Bahan kimia yang secara khusus mempengaruhi enzim

Efek suhu dan ph.

 Setiap enzim memiliki suhu optimal yang dapat berfungsi

  Setiap enzim memiliki ph optimal dimana bisa berfungsi
 Kondisi optimal mendukung bentuk yang paling aktif untuk
molekul enzim
Kofaktor adalah pembantu enzim non protein. Kofaktor mungkin an
organic (seperti logam dalam bentuk ionik) atau organik. Kofaktor organik
disebut koenzim, dan koenzim termasuk vitamin.
Inhibitor enzim
Terdapat 2 jenis inhibitor enzim, yaitu :
 Kompetitif inhibitor, berikatan dengan situs aktif pada enzim
menggantikan substrat.
 Non kompetitif inhibitor, berikatan dengan bagian lain dari
enzim menyebabkan enzim berubah bentuk dan membuat
situs aktif enzim kurang efektif,

Contoh dari inhibitor enzim seperti toksin, racun, pestisida, dan

antibiotik.

Enzim adalah protein yang disusun oleh gen. perubahan dalam gen
dikenal sebagai mutasi, mutasi dalam gen menyebabkan pembentukan asam
amino yang merupakan penyusun dari suatu enzim. Perubahan asam amino
menjadi enzim dapat merubah kekhususan substrat. Dalam kondisi
lingkungan baru suatu bentuk baru suatu enzim akan lebih disukai.

V. Regulation of enzyme activity helps controlmetabolism

Kekacauan kimia akan terjadi jika sel tidak diatur dengan ketat.
Allosteric Regulation merupakan gambaran fugsi protein d suatu tempat
dipengaruhi oleh pengikatan molekul dan mempengaruhi fungsi protein di
tempat lain..Hal ini dapat menghambat, atau justru menstimulan aktivitas
enzim.

Allosteric aktivasi dan inhibisi dibangun dari dua atau lebih subunit,
pada masing-masing subunit terdiri dari rantai polipetida dengan tempat
aktifnya tersendiri. Pada tiap tiap enzim memiliki bagian aktif dan tidak
aktifnya. Pada pengikatan suatu activator akan menstabilkan bentuk aktif dari
enzim, sedangkan pengikatan pada inhibitor akan menstabilkan bentuk enzim
yang tidak aktif. Regulas allosteric terdapat mekanisme yang dapat
memperkuat enzim yang di sebut kooperatifitas. Bekerja mnguatkan enzim ke
subtract. Bersifat pesis seperti Allosteric di mana terikat oleh a subtract aktif
yang mempengaruhi katais di subtract aktif lainnya.
 Pada penghambatan umpan balik jalur metabolism dinonaktifkan oleh
pengikatan penghambatan produk akhirnya ke enzim itu.