MAKALAH ELEKTROFORESIS GEL

Dosen : Untung Gunawan, M.Si, Apt

Disusun oleh :

Aurelia 201806020015

Malvin 201806020008

Kelviyana 201806020009

Jessyca Virginia 201806020019

PROGRAM STUDI FARMAIS

FAKULTAS KEDOKTERAN DAN ILMU KESEHATAN

UNIVERSITAS KATOLIK INDONESIA ATMA JAYA

JAKARTA

2019
Daftar Isi ………………………………………………………………………. 1

BAB I PENDAHULUAN …………………………………………………… 2-3

A. Latar Belakang …………………………………………………….... 2

B. Rumusan Masalah………………………………………………….... 3

C. Tujuan ……….…………………………………………………….... 3

BAB II ISI ……………….………………………………………………...… 4-11

A. Konsep Dasar Elektroforesis …………………………………….. 4-5

B. Mekanisme Pemisahan dalam Elektroforesis (Mobilitas Elektroforetik)
dan Faktor-faktor yang Mempengaruhi
Kualitas Pemisahan …………………………………………..….. 5-10
C. Konsep Analisis Kualitatif dan Semi-Kuantitatif ………………. 10-11
D. Aplikasi Elektroforesis dalam Bidang Farmasi ..………………..… 11

BAB III PENUTUP ……….…………………………………………………... 12

A. Kesimpulan …………………………………...…………………… 12
B. Saran …………………………………………….………………… 12

DAFTAR PUSTAKA ……………………………..……………….……… 13 -14

KONTRIBUSI ANGGOTA KELOMPOK ………………………………… 15

Bab 1
 Pendahuluan

A. Latar Belakang

Metode pemisahan adalah salah satu aspek yang tak terpisahkan dari
ilmu kimia, karena sebagian besar bahan kimia yang kita pakai dalam
kehidupan sehari-hari adalah campuran. Pemisahan dilakukan untuk
memperoleh zat murni dari suatu campuran. Berbagai teknik pemisahan dapat
diterapkan untuk memisahkan campuran. Seiring perkembangan zaman,
banyak ilmu pengetahuan dan teknologi yang dapat digunakan. Salah satu
metode pemisahan yang dikenal adalah elektroforesis. [1]
Elektroforesis adalah teknik pemisahan campuran suatu senyawa
dengan memanfaatkan perbedaan muatan dari tiap komponen suatu campuran
dengan menggunakan medan listrik. Metode ini menanfaatkan kemampuan
melalui medium konduktif sebagai respon adanya suatu medan listik. Secara
teknis, elektroforesis adalah istilah yang diberikan untuk migrasi partikel yang
bermuatan akibat adanya arus listrik searah atau lebih dikenal dengan arus DC
(direct current). [2]
Salah satu teknik elektroforesis adalah elektroforesis gel.
Elektroforesis gel adalah elektroforesis yang menggunakan gel sebagai fase
diam untuk memisahkan molekul yang ingin dipisahkan. Dalam elektroforesis
gel, terdapat dua meteri dasar yang disebut dengan fase gerak dan fase diam.
Fase gerak berfungsi sebagai pembawa yang membawa molekul yang akan
dipisahkan, fase diam berfungsi untuk menyaring objek yang akan dipisah.
Untuk menjaga kestabilan pada fase gerak, biasanya ditambahkan larutan
penyangga. Elektroforesis gel dapat dilakukan secara horizontal maupun
vertical, biasanya digunakan gel poliakrilamid dan gel agarose sebagai
medium pemisahan. [1]

B. Rumusan masalah
 Berdasarkan uraian latar belakang, maka penulis merumuskan
beberapa masalah yang perlu ditelusuri, diantaranya adalah :

1. Bagaimana konsep dasar elektroforesis?

2. Bagaimana mekanisme pemisahan dalam elektroforesis gel?
3. Apa yang memengaruhi kualitas pemisahan?
4. Bagaimana analisis kualitatif dan semi-kuantitatif?
5. Apa saja aplikasi elektroforesis dalam bidang farmasi?

C. Tujuan
Berdasarkan rumusan masalah di atas, maka kami akan memberikan
beberapa tujuan, diantaranya adalah:
1. Dapat menjelaskan konsep dasar elektroforesis
2. Dapat menjelaskan mengenai mekanisme pemisahan dalam elektroforesis gel
3. Dapat menjelaskan factor-faktor yang memengaruhi kualitas pemisahan
4. Dapat menjelaskan konsep analisis kualitatif dan semi-kuantitatif
5. Dapat menjelaskan aplikasi elektroforesis dalam bidang farmasi

BAB 2
 Isi

A. Konsep dasar elektroforesis

Prinsip kerja elektroforesis adalah adanya pergerakan komponen
bermuatan positif pada kutup negatif, dan pergerakan komponen negatif pada
kutup positif. Pergerakan ini disebut elektrokinetik. Hasil yang didapatkan
dari elektroforesis adalah elektroforegram yang memberikan informasi
seberapa cepat perpindahan komponen atau biasa disebut dengan kecepatan
migrasi. [1]
Elektroforesis gel adalah elektroforesis yang menggunakan gel sebagai
fase diam untuk memisahkan molekul. Dalam elektroforesis gel terdapat fase
diam dan fase gerak. Fase diam berfungsi sebagai penyaring objek yang akan
dipisah, sedangkan fase gerak berfungsi untuk membawa objek yang akan
dipisah. Untuk menstabilkan kestabilan fase gerak, biasanya ditambahkan
larutan fase gerak, dan elektroda positif dan negative diletakan pada masing-
masing ujung aparat elektroforesis gel yang apabila diberikan aliran listrik,
zat objek akan bergerak karena terjadi aliran elektron. [2]
Elektroforesis gel dapat dilakukan secara vertikal dan horizontal,
dengan menggunaakn gel agarose dan poliakrilamid sebagai medium pemisah.
Gel biasanya dibuat dengan menuangkan larutan agarose atau poliakrilamid
dan dibiarkan hingga mengeras
Gel agarose serbuk biasanya dipanaskan pada sebuah buffer (air
dengan garam) dan dibiarkan hingga dingin, lalu akan terbentuk gel. Gel
agarose adalah senyawa gelatin dalam agar rumput laut. Gel agarose biasanya
digunakan untuk memisahkan framne yang besar sejutar 500-2000 bp Gel
poliakrilamid dibuat dari polimerisasi antara monomer akliramid dengan
bisakrilamid dengan diinisiasi ammonium persulfate dan TEMED. [4]
Pada level molekular, gel adalah matriks yang disatukan oleh ikatan
hidrogen dan membentuk pori-pori kecil. Sebelum analit ditambahkan, gel
ditempatkan pada kotak gel, dan ujung kotak dihubungkan dengan kutub
negatif dan kutub positif. Bagian utama kotak diisi dengan garam yang dapat
mengalirkan arus listik.
 Setelah itu, analit yang akan diujikan ditransferkan pada suatu tempat
yang disebut wells (tempat dimana analit akan ditempatkan). Setelah itu, arus
listik dinyalakan dan arus listik mulai mengalir pada gel. Molekul pada analit
memiliki muatan negative, sehingga mulai bergerak melalui matriks gel
menuju kutup positif. Ketika arus dihidupkan, dan melewati gel, gel akan
dikatakan sedang berpindah. Saat gel berpindah, analit akan bergerak melalui
pori-pori. [4]

B. Mekanisme pemisahan dalam elektroforesis (mobilitas elektroforetik)

dan faktor-faktor yang mempengaruhi kualitas pemisahan
Elektroforesis merupakan teknik pemisahan campuran suatu senyawa
dengan memanfaatkan perbedaan muatan dari setiap komponen campuran
dengan menggunakan suatu medan listrik. Teknik pemisahan dalam
elektroforesis terdiri dari elektroforesis gel, elektroforesis kertas dan
elektroforesis kapiler. Pada makalah ini yang akan dibahas lebih lanjut
merupakan elektroforesis gel.
Elektroforesis gel merupakan teknik yang digunakan untuk
memisahkan fragmen DNA atau makromolekul lain yaitu RNA dan protein
tergantung dengan ukuran serta muatannya. [6] Berdasarkan ukuran dan
muatannya, molekul dapat bergerak melalui gel dalam arah yang berbeda atau
kecepatan yang berbeda sehingga, kemungkinan dapat dipisahkan satu sama
lain[5]. Elektroforesis gel melibatkan gel yang terbuat dari polisakarida untuk
pemisahan DNA yang disebut gel agarose. Elektroforesis gel juga dapat
melibatkan gel poliakrilamid.[7]
1. Gel agarose
Merupakan gel berbentuk bubuk yang terbuat dari polisakarida
dan agaropectin (senyawa gelatin dalam agar rumput). Gel agarose
dipanaskan menggunakan oven. Pada keadaan panas gel akan berupa
cairan sehingga dapat mudah dituang ke atas suatu lempeng atau
cetakan. Sebelum dingin, pada ujung gel dibuat lubang-lubang dan
dibiarkan dingin akan membentuk lubang-lubang kecil yang berguna
untuk menempatkan sampel molekul DNA[1][4]. Gel agarose
mempunyai daya pemisahan lebih rendah dengan gel poliakrilamid,
tetapi mempunyai rentang pemisahan lebih besar. DNA dari 200 basa
sampai 50 kilobasa dapat dipisahkan dengan gel agarose dengan
berbagai konsentrasi agarose.[6]
A. Mekanisme pemisahan

Gambar 1. Instrument elektroforesis

 Sebelum sampai DNA ditempatkan, pertama-tama gel

ditempatkan dalam kotak gel. Salah satu ujung kotak
dihubungkan pada elektroda positif sedangkan pada ujung
kotak lainnya dihubungkan ke elektroda negatif. Kotak gel
yang berisikan gel diisi dengan larutan buffer yang
mengandung sedikit garam (pastikan pengisian buffer tidak
menutupi gel), sehingga dapat mengalirkan arus. Pada ujung
gel dengan kolom diposisikan kearah elektroda negatif dan
ujung tanpa kolom diposisikan kearah positif.

 Sampel DNA ditempatkan ke dalam kolom di ujung gel

elektroda negatif. Daya kekuatan gel dihidupkan dan arus
akan mulai mengalir melalui gel. Setelah gel berjalan,
fragmen dapat dipisahkan berdasarkan ukuran sehingga,
fragmen terbesar berada di dekat bagian atas gel elektroda
 negative dan pada fragmen terkecil berada didekat bagian
bawah elektroda positif.

B. Visualisasi Fragmen DNA

 Fragmen DNA dipisahkan dan gel divisualisasi dengan cara
gel diwarnai dengan pewarna pengikat DNA dan ditempatkan
dibawah sinar UV sehingga, fragmen DNA akan bercahaya
yang dapat memungkinkan DNA berada ditempat yang
berbeda di sepanjang gel.

Saat disinari sinar UV, akan tampak berupa pita-pita didalam
gel. Pita-pita tersebut merupakan molekul-molekul DNA yang
bergerak sepanjang sel setelah elektroforesis.[5][7]

2. Gel poliakrilamid
Merupakan gel yang terbuat dari proses polimerisasi radikal
bebas akrilamid. Pembentukan gel poliakrilamid akan membentuk gel
yang memiliki pori-pori kecil yang membentuk lubang yang
memungkinkan molekul bergerak atau bermigrasi. Gel poliakramid
digunakan untuk memisahkan protein berdasarkan ukuran pori-pori
kecil yang dapat memperlambat gerakan molekul. Penggunaan gel
poliakrilamid memiliki keunggulan yaitu tidak menghambat
pergerakan sampel yang dapat memungkinkan pemisahan protein yang
sempurna.[8]
A. Mekanisme pemisahan

Mekanisme pemisahan ini menggunakan metode SDS-PAGE
yang dapat menentukan berat molekul suatu protein
disamping untuk memonitor pemurnian protein (Wilson dan
Walker, 2000). SDS‐PAGE dilakukan terhadap protein tak
larut dengan kekuatan ion rendah dan dapat menentukan
apakah suatu protein termasuk monomerik atau oligomerik,
serta dapat menetapkan berat molekul dan jumlah rantai
polipeptida sebagai subunit atau monomer.[8][9]
  SDS merupakan detergent ionic yang molekulnya dilarutkan
dapat memiliki muatan negative dalam range pH yang luas.
SDS akan dicampur pada larutan protein. Saat arus listrik
diberikan maka molekul dapat bermigrasi atau bergerak
melalui gel poliakrilamid menuju kutub positif (anoda). Pada
molekul yang kecil tersebut akan bergerak lebih cepat
daripada yang besar, sehingga akan terjadi pemisahan.

 Proses elektroforesis dengan SDS dilakukan di dalam gel

poliakrilamid, yang akan membuat molekul protein akan
melewati pori – pori gel, sehingga terjadi kemudahan
pergerakan melalui pori tergantung pada diameter molekul.
Pada molekul yang lebih besar akan tertahan dan dapat
bergerak lebih lambat karena molekul terdenaturasi, sehingga
makin besar diameter molekulnya maka semakin lambat
gerakannya. Oleh karena itu, SDS – PAGE dapat
memisahkan molekul berdasarkan berat molekunya

B. Visualisasi
Gel divisualisasi dengan cara gel diwarnai dengan pewarna
khusus yaitu :
1. Commasie Brilliat Blue yang digunakan untuk mengikat
protein secara spesifik dengan ikatan kovalen
2. Silver Salt Staining.[8]

Faktor-faktor yang mempengaruhi elektroforesis gel :

1. Ukuran Molekul
Molekul yang berukuran lebih kecil akan lebih cepat melewati gel
karena hambatan yang dihadapi tidak lebih banyak dibandingkan molekul
berukuran besar.
2. Konsentrasi Gel
Semakin tinggi konsentrasi agarosa, semakin kaku gel yang dibuat
sehingga sukar untuk dilewati molekul-molekul. Konsentrasi agarosa yang
 lebih tinggi akan memudahkan pemisahan molekul yang berukuran kecil.
Konsentrasi agarosa yang lebih rendah akan memudahkan pemisahan
molekul dengan ukuran yang lebih besar.
3. Bentuk Molekul
Molekul yang memiliki bentuk elips atau fibril akan lebih cepat
bergerak dibandingkan dengan yang berbentuk bulat.
4. Densitas Muatan
Densitas muatan yaitu muatan per unit volume molekul. Molekul
dengan densitas muatan lebih tinggi akan bergerak lebih cepat
dibandingkan molekul dengan densitas muatan yang rendah.
5. Pori-pori Gel
Semakin kecil pori-pori gel yang digunakan, semakin lambat
pergerakan molekul.
6. Voltase
Semakin tinggi tegangan listrik yang diberikan, semakin cepat
pergerakan molekul.
7. Larutan buffer
Buffer dengan kadar ion tinggi akan menaikkan konduktansi listrik
sehingga mempercepat proses migrasi.[10]
C. Konsep analisis Kualitatif dan Semi-Kuantitatif
Metode pemisahan dengan menggunakan elektroforesis memiliki
konsep analisis secara kualitatif, kuantitatif, dan semi-kuantitatif. [11] Konsep
analisis secara kualitatif berguna untuk mengidentifikasi pergerakan atau
mobilitas dari mekanisme pemisahan senyawa tertentu. Salah satu contohnya
adalah, metode PAGE yang digunakan untuk menganalisa campuran protein
secara kualitatif dengan menggunakan SDS-PAGE (Sodium Dodecyl Sulfate
Polyacrilamide Gel Electrophoresis). Metode tersebut, seringkali digunakan
untuk menentukan berat molekul suatu protein serta memonitor kemurnian
protein. Penggunaan poliakrilamida memiliki keuntungan karena tidak
bereaksi dengan sampel dan tidak membentuk matriks dengan sampel,
sehingga tidak menghambat pergerakan sampel dan memungkinkan
terjadinya pemisahan protein secara sempurna.[12]
Konsep analisis secara kuantitatif, dilakukan untuk menghitung
menghitung jarak pemisahan senyawa tertentu setelah di elektroforesis untuk
 dianalisis.[11] Selain itu, kemurnian dari suatu senyawa pun dapat diketahui.
Sebagai contoh, pengukuran kualitas DNA yang diuji menggunakan
elektroforesis gel agarosa 1% secara kuantitatif yang meliputi konsentrasi
dan kemurnian DNA menggunakan alat nanodrop spektrofotometer. [13] Selain
itu, konsep analisis lainnya adalah semi-kuantitatif yang merupakan
penggabungan dari analisis secara kualitatif dan kuantitatif. Penggabungan
kedua konsep analisis tersebut termasuk mengobservasi dan mengamati
sampel disertai dengan adanya perhitungan. Oleh karena itu, konsep analisis
secara kualitatif berguna untuk megobservasi dan mengamati sampel, konsep
analisis secara kuantitatif berguna dalam perhitungan dan konsep analisis
secara semi-kuantitatif merupakan penggabungan dari konsep analisis secara
kualitatif maupun kuantitatif.[11]
D. Aplikasi Elektroforesis dalam Bidang Farmasi
1. Penggunaan metode SDS-PAGE (Sodium Dodecyl Sulphate Poly
Acrylamide Gel Electrophoresis) bertujuan untuk mengidentifikasi
sumber gelatin yang digunakan pada kapsul keras.
 Latar belakang
Cangkang kapsul sendiri merupakan produk farmasi
berbasis gelatin yang pada umumnya diproduksi dari kulit dan
tulang sapi atau babi. Sebagai negara dengan mayoritas
penduduk muslim permasalahan kehalalan suatu produk
merupakan permasalahan yang penting. Permasalahan utama
kehalalan kapsul terletak pada sumber gelatin sebagai bahan
bakunya. Oleh karena itu analisis terhadap sumber asal gelatin
pada kapsul yang beredar di pasaran sangat penting dilakukan.
Salah satu metode analisis yang digunakan adalah metode
SDS-PAGE.[14]
2. Memisahkan makromolekul bermuatan berdasarkan ukuran, muatan
listrik, dan sifat kimia seperti :
1. Pemisahan protein campuran
2. Pemisahan glikoprotein
3. Pemisahan lipid
4. Pemisahan asam nukleat (DNA, RNA)
 5. Pemisahan enzim campuran.[15]

BAB 3

Penutup

A. Kesimpulan
Elektroforesis adalah teknik pemisahan campuran suatu senyawa
dengan memanfaatkan perbedaan muatan dari tiap komponen suatu campuran
dengan menggunakan medan listrik. Metode ini menanfaatkan kemampuan
melalui medium konduktif sebagai respon adanya suatu medan listik.
Salah satu teknik elektroforesis adalah elektroforesis gel.
Elektroforesis gel adalah elektroforesis yang menggunakan gel sebagai fase
diam untuk memisahkan molekul. Dalam elektroforesis gel terdapat fase diam
dan fase gerak. Fase diam berfungsi sebagai penyaring objek yang akan
dipisah, sedangkan fase gerak berfungsi untuk membawa objek yang akan
dipisah.

B. Saran
Dalam praktikum ini, digunakan suatu alat berupa elektroforesis.
Sebelum menggunakan alat ini, diperlukan penjelasan tentang bagaimana cara
menginstrumentasikan alat tersebut. Sehingga kami dapat mengerti bagaimana
prinsip kerja alat tersebut.
 DAFTAR PUSTAKA

1. Mengenal Metode Elektroforesis [Internet]. Oseanografi.lipi.go.id. 2001 [cited

24 May 2019]. Available from:
http://oseanografi.lipi.go.id/dokumen/oseana_xxvi(1)25-31.pdf
2. makalah elektroforesis [Internet]. Academia. [cited 24 May 2019]. Available
from: https://www.academia.edu/9068128/makalah_elektroforesis
3. makalah elektroforesis [Internet]. Academia. [cited 24 May 2019]. Available
from: https://www.academia.edu/9068128/makalah_elektroforesis
4. Gel electrophoresis [Internet]. Khan Academy. [cited 24 May 2019]. Available
from: https://www.khanacademy.org/science/biology/biotech-dna-
technology/dna-sequencing-pcr-electrophoresis/a/gel-electrophoresis?
utm_account=Grant&utm_campaignname=Grant_Science_Dynamic&gclid=
Cj0KCQjwz6PnBRCPARIsANOtC
5. Polymerase chain reaction (PCR) [Internet]. Khan Academy. 2019 [cited 25
May 2019]. Available from:
https://www.khanacademy.org/science/biology/biotech-dna-technology/dna-
sequencing-pcr-electrophoresis/a/polymerase-chain-reaction-pcr
6. [Internet]. Eprints.umm.ac.id. [cited 25 May 2019]. Available from:
http://eprints.umm.ac.id/35357/3/jiptummpp-gdl-larasprata-49075-3-babii.pdf
7. Biologi Molekular [Internet]. Google Books. [cited 25 May 2019]. Available
from: https://books.google.co.id/books?
 id=zosAg6HQAF4C&pg=PA35&dq=elektroforesis&hl=id&sa=X&ved=0ahU
KEwjBzO6-
nLTiAhU58XMBHQVqClkQ6AEIHDAA#v=onepage&q=elektroforesis&f=f
alse
8. [Internet]. Google.com. [cited 25 May 2019]. Available from:
https://www.google.com/url?
sa=t&source=web&rct=j&url=http://repository.uinjkt.ac.id/dspace/bitstream/1
23456789/25720/1/FAHRUR%2520RAHMAN
%2520SAPUTRA.pdf&ved=2ahUKEwiavvGFuLjiAhUbWCsKHWmFDdIQ
FjABegQIBxAB&usg=AOvVaw2k6xg1cg1i2c5qGnxfF4rE
9. [Internet]. Google.com. [cited 25 May 2019]. Available from:
https://www.google.com/url?
sa=t&source=web&rct=j&url=http://ibcraja4.org/assets/file/Buletin5Oktober2
012.pdf&ved=2ahUKEwiNoIyNvbjiAhW74XMBHSX2DVAQFjAGegQIBB
AB&usg=AOvVaw3vGVe4v7P2_bT7cVfgu6qu
10. Wolfe, S.L. 1993. Molecular and Cellular Biology. Belmont : Wadsworth
Publishing Company
11. Magdeldin S. Gel electrophoresis. Rijeka, Crotia: InTech; 2012.
12. Lap._Praktikum_isolasi_DNA,_Protein_dan_Elektroforesis.pdf
[Internet]. [cited 24 May 2019] Available from: https://s3-us-west-
2.amazonaws.com/oww-files-
public/8/8f/Lap._Praktikum_isolasi_DNA,_Protein_dan_Elektroforesis.p
df
13. Putri R. Hasil Uji Kuantitatif dan Kualitatif DNA [Internet]. 2017 [cited
24 May 2019]. Available from:
http://repository.umy.ac.id/bitstream/handle/123456789/15365/h.
%20BAB%20IV.pdf?sequence=8&isAllowed=y
14. Hermanto S, Saputra F. Aplikasi Metode SDS-PAGE (Sodium Dodecyl
Sulphate Poly Acrylamide Gel Electrophoresis) untuk Mengidentifikasi
Sumber Asal Gelatin pada Kapsul Keras [Internet]. journal.uinjkt.ac.id. 2016
[cited 24 May 2019]. Available from:
http://journal.uinjkt.ac.id/index.php/valensi/article/view/3150
15. Mayangsari Y. ELECTROPHORESIS [Internet]. ugm.ac.id. 2014 [cited 24
May 2019]. Available from: https://www.google.com/url?
sa=t&source=web&rct=j&url=http://elisa.ugm.ac.id/user/archive/download/1
29812/825dcaa060e6d95625dd18d46cff3919&ved=2ahUKEwip4OOz7rTiAh
UPA3IKHQs0CJE4ChAWMAR6BAgFEAE&usg=AOvVaw1XBek9fIKkS_I
TD8OciH_E
Kontribusi masing-masing anggota kelompok :

1. Aurelia (201806020015) : Konsep analisis kualitatif dan semi-kuantitatif ,

kesimpulan , editor
2. Malvin (201806020008) : Konsep dasar elektroforesis, latar belakang
3. Kelviyana (201806020009) : Mekanisme pemisahan dalam elektroforesis
(mobilitas elektroforetik), editor, rumusan masalah, tujuan
4. Jessyca Virginia (201806020019) : Faktor-faktor yang mempengaruhi kualitas
pemisahan, aplikasi elektroforesis dalam bidang farmasi, saran