Riset Informasi Kesehatan, Vol. 5, No.

2
Juni 2015

Isolasi dan penapisan aktinomiset penghasil senyawa antibakteri

dari lingkungan
1
Nur Antriana
1
Departemen Biologi, Institut Pertanian Bogor
,
ABSTRAK

Latar Belakang: : Aktinomiset merupakan bakteri Gram positif yang memiliki potensi besar untuk
dikembangkan sebagai agen hayati. Aktinomiset memiliki kemampuan menghasilkan senyawa metabolit
sekunder yang berperan sebagai antimikrob. Penelitian ini merupakan penelitian eksplorasi yang
bertujuan untuk menguji kemampuan isolat aktinomiset yang berasal dari rizosper tanaman jeruk (Citrus
aurantifolia) di sekitar pekarangan FPIK IPB Dramaga.
Metode: Metode isolasi pada penelitian ini menggunakan metode cawan sebar dan uji antagonis
dengan bakteri uji yaitu EPEC (Enterophatogenic Escherichia coli) dan Staphylococcus aureus.
Hasil: Enam isolat berhasil diisolasi, keenam isolat kemudian diidentifikasi secara morfologi dan
karakteristik pertumbuhan pada media agar. Dari enam isolat dua diantaranya memiliki kemampuan
dalam menghambat bakteri uji S. aureus dan EPEC. Kedua isolat tersebut yaitu isolat 3 memiliki
diameter zona hambat terhadap bakteri S. Aureus sebesar 1.85 cm dan isolat 1 memiliki zona hambat
terhadap EPEC sebesar 0.65 cm.
Kesimpulan: Isolat 1 dan 3 memiliki kemampuan dalam menghambat pertumbuhan bakteri uji.

Kata Kunci : Aktinomiset, Agen hayati, Staphylococcus aureus, EPEC

PENDAHULUAN satu agen hayati yang memiliki potensi yang

Aktinomiset dikenal sebagai bakteri
yang bersifat saprob dan sangat umum
dijumpai di rizosfer hingga lapisan tanah
dalam. Aktinomiset merupakan kelompok
mikroorganisme dengan distribusi terbesar di
alam khususnya pada tanah1. Tanah rizosfer
adalah tanah yang menempel pada
perakaran tanaman yang banyak terdapat
bakteri, jamur, dan Aktinomiset dibanding
tanah non rizosfer. Mikrob tanah tersebut
merupakan sumber penting antibiotik2.
Aktinomiset merupakan anggota yang
dominan dari populasi mikrob tanah dan
mempunyai kemampuan menghasilkan
antibiotik dengan spektrum luas. Bakteri
aktinomiset dikelompokkan kedalam bakteri
Gram positif dan dibandingkan dengan
kelompok bakteri lain mempunyai perbedaan
yang istimewa yaitu mengalami pembelahan
morfologis yang kompleks.
Pengendalian mikrob patogen
menggunakan antibiotik sedikit demi sedikit
mulai ditinggalkan karena penggunaan
antibiotik yang berlangsung secara terus
menerus dapat menyebabkan resistensi
pada bakteri patogen. Oleh sebab itu
pengendalian mikrob patogen dengan
menggunakan agen hayati menjadi salah
satu pilihan yang sangat menjanjikan, salah
sangat besar diantaranya adalah
aktinomiset. Aktinomiset dapat berperan
sebagai agen pengendali hayati dengan cara
melakukan kompetisi, parasitisme, dan
menghasilkan senyawa metabolit sekunder3.
Aktinomiset merupakan kelompok mikrob
yang paling banyak menghasilkan senyawa
bioaktif antibiotik, antifungi, dan antibakteri4.
Hasil skrining Aktinomiset dari tanah
pertanian di Turki oleh diperoleh 50 isolat
Aktinomiset yang berbeda, 17 isolat
Aktinomiset diantaranya sangat potensial
sebagai antibakteri untuk bakteri Gram
positif maupun Gram negatif1. Aktinomiset
yang berasal dari tanah sawah bersifat
sebagai antibakteri terhadap Staphylococcus
aureus tetapi tidak untuk Escherichia coli5.
Namun Aktinomiset yang berasal dari
rizosper putri malu mampu menghambat
pertumbuhan E.coli.
Banyak aktinomiset yang memiliki
kemampuan untuk mensintesis metabolit
sekunder seperti enzim, herbisida, pestisida,
dan antibiotik lainnya6,7. Aktinomiset memiliki
banyak senyawa bioaktif penting yang
bernilai ekonomi tinggi dan tercatat
merupakan mikroorganisme yang
menghasilkan banyak senyawa bioaktif baru.
Aktinomiset dikenal sebagai bakteri

115
 Riset Informasi Kesehatan, Vol. 5, No. 2
Juni 2015
penghasil antibiotik, karena lebih dari 10.000
antibiotik yang telah ditemukan, dua
pertiganya dihasilkan oleh bakteri ini8.
Berdasarkan uraian di atas, eksplorasi
sumber penghasil antibiotik baru yang
berasal dari aktinomiset yang memiliki
aktivitas antimikrob perlu dilakukan.
METODE PENELITIAN
Sampel tanah berasal dari perakaran
tanaman jeruk nipis (Citrus aurantifolia) di
sekitar pekarangan FPIK IPB Dramaga.
Metode yang digunakan adalah
pengenceran berderet yang dilanjutkan
dengan metode cawan sebar. Sebanyak 1 gr
sampel tanah dimasukkan ke dalam 9 mL
H2O dihomogenkan dengan vortex selama
30 menit kemudian membuat pengenceran
bertingkat dengan serial pengenceran 10 -1,
10-2, 10-3, dan 10-4 (duplo) dengan cara
disebarkan dengan batang penyebar steril
sampai benar-benar meresap kedalam
media Humic-acid Vitamin-B agar (HV)
setelah itu diinkubasi selama 7-10 hari pada
suhu ruang di dalam ruang tertutup.
Aktinomiset hasil isolasi kemudian
dimurnikan menggunakan tusuk gigi steril
hingga diperoleh koloni tunggal pada media
agar-agar International Streptomyces Project
No.2 (ISP2) selanjutnya diinkubasi pada
suhu ruang selama 7-10 hari. Aktinomiset
yang telah murni kemudian diamati secara
morfologi dan mikroskopis.
Potensi aktinomiset sebagai
penghasil senyawa antimikrob: uji antagonis
langsung aktinomiset dilakukan dengan cara
sebanyak 0.1 mL biakan bakteri target
dicampur ke dalam media NA lunak (8%)
hangat, kemudian dihomogenkan dan
dituang pada cawan yang telah diisi dengan
media NA steril, media dibiarkan memadat.
Beberapa koloni aktinomiset berumur 7 hari
hasil pemurnian diambil menggunakan
sedotan steril, inokulasi dilakukan terbalik di
atas cawan media yang telah mengandung
media target (1 cawan bakteri berisi 3 koloni
aktinomiset) kemudian diinkubasi selama 24
jam pada suhu ruang. Pengamatan
dilakukan dengan mengukur diameter zona
hambat yang terbentuk. Bakteri target yang
digunakan adalah EPEC (Enterophatogenic
116
Escherichia coli) dan S. aureus yang
berumur 14 jam dalam NA. Bakteri uji yang
digunakan berasal dari koleksi IPB culture
collection Bogor.
HASIL
Hasil isolasi aktinomiset pada media
HV agar diperoleh sebanyak enam isolat.
Koloni tersebut kemudian dimurnikan pada
media ISP2 (Gambar 1). Koloni aktinomiset
yang diperoleh kemudian diamati morfologi
dan pigmentasinya serta karakteristik
pertumbuhan pada media agar.
Aktinomiset dapat dibedakan dari bakteri lain
dengan mudah dengan melihat bentuk
koloninya di medium agar. Koloni
Aktinomiset nampak keras seperti tumbuh
akar di dalam agar-agar (Gambar 1),
Pigmentasi hasil purifikasi koloni aktinomiset
disajikan pada tabel 1.
Karakteristik mikroskopis berupa hifa
aerial secara jelas tampak pada isolat-isolat
hasil purifikasi (Gambar 2) dimana isolat 1
memiliki morfologi mikroskopis berupa hifa
retinaculum apertum (RA) dimana rantai
sporanya memiliki lilitan yang terbuka,
berkait dan memiliki perpanjangan spiral
dengan diameter yang lebar; isolat 2
memiliki morfologi mikroskopis berupa
monoverticillus gelungan terdistribusi secara
vertical pada tangkai hifa tunggal
berlengkung di bagian ujung, dan berfilamen
lurus; isolat 3 memiliki morfologi mikroskopis
berupa rectus atau lurus; isolat 4 memiliki
morfologi mikroskopis berupa flexibilis atau
flexuous; isolat 5 memiliki morfologi
mikroskopis berupa spiral dimana rantai
sporanya sederhana tidak ada percabangan
dan spiralnya terbuka; dan Isolat 6 memiliki
morfologi mikroskopis berupa biverticillus
dimana rantai spora mimiliki hifa dengan
percabangan kompleks dan berbentuk spiral.
Sebanyak 6 isolat kemudian dilakukan
uji antagonis pada dua isolat uji yaitu EPEC
dan S. aureus. Isolat-isolat tersebut
ditumbuhkan pada media yang sebelumnya
telah ditambahkan dengan bakteri uji.
Setelah inkubasi selama 24 jam, dilakukan
pengukuran zona hambat (Tabel 2). Hasil
pengukuran zona hambat menunjukkan
 Riset Informasi Kesehatan, Vol. 5, No. 2
Juni 2015

Gambar 1. Hasil purifikasi isolat aktinomiset pada media ISP2

Gambar 2. Pengamatan mikroskopis pada koloni isolat aktinomiset perbesaran 40x

Tabel 1. Keragaman koloni isolat aktinomiset asal tanah perakaran tanaman jeruk nipis
(Citrus aurantifolia)
No Isolat Karakteristik Warna
Miselium aerial Miselium substrat
1 Putih Abu-abu
2 Abu-abu Abu-abu
3 Putih Kuning
4 Perak Abu-abu
5 Putih Perak
6 Putih Abu-abu

Bahwa isolat e memiliki ideks zona hambat
tertinggi pada bakteri uji S (Gambar 3).
Sedangkan isolat 1 memiliki zona hambat
tertinggi pada bakteri uji EPEC. Sementara
itu isolat 3 memiliki zona hambat tertinggi
pada bakteri uji S. Aureus. Isolat 2,4, 5 dan 6
menunjukkan zona hambat yang kecil pada
EPEC dan S. aureus.
PEMBAHASAN
Hasil isolasi pada media HV setelah 7
hari inkubasi pada suhu ruang menghasilkan
beberapa koloni aktinomiset. Media HV agar
merupakan media yang digunakan untuk
mengisolasi aktinomiset. Media ini biasanya
disuplementasi dengan berbagai macam
antibiotik seperti asam nalidiksat untuk
menekan pertumbuhan bakteri gram negatif
dan sikloheksamida untuk menekan
pertumbuhan cendawan.
Keberadaan aktinomiset di dalam
tanah diduga mampu meregulasi komunitas
mikrob akibat berbagai senyawa aktif yang
dihasilkannya, selain pengaruh suhu, pH,
oksigen, dan air. Aktinomiset mewakili 20%
bakteri tanah yang menghasilkan senyawa
metabolit sekunder9. Aktinomiset adalah
salah satu kelas dari filum bacteria, ordo
Actinomycetales dan genusnya dapat
dibedakan menjadi dua kelompok
berdasarkan ciri morfologi dan kandungan
kimiawi dalam dinding selnya yaitu
Streptomyces dan Non-Streptomyces10,11
Aktinomiset secara umum hampir
menyerupai cendawan karena mempunyai
ciri: a) miselium aktinomiset mempunyai
karakter percabangan yang luas; b) seperti

117
 Riset Informasi Kesehatan, Vol. 5, No. 2
Juni 2015

Gambar 3. Hasil uji antagonis 6 isolat aktinomiset terhadap EPEC dan S. aureus

Tabel 2.Indeks zona hambat isolat-isolat aktinomiset terhadap bakteri uji

Bakteri Uji Diameter zona hambat (cm)
1 2 3 4 5 6
S. aureus 0 1.00 1.85 0.10 0.22 0
EPEC 0.65 0 0 0.22 0.33 0.22

umumnya cendawan, aktinomiset dilakukan dengan mengamati morfologi

membentuk miselium udara dan konidia;
c) pertumbuhan aktinomiset pada kultur cair
jarang menghasilkan kekeruhan seperti
umumnya bakteri uniseluler, tetapi
membentuk pelet-pelet seperti cendawan,
berbeda dengan bakteri lain yang koloninya
lunak di atas agar-agar.
Dari hasil penelitian diperoleh enam
isolat aktinomiset. Keenam isolat tersebut
kemudian dimurnikan, setelah dilakukan
pengamatan secara makroskopis dan
mikroskopis diperoleh bahwa isolat tersebut
merupakan genus Streptomyces.
Genus Streptomyces memiliki ciri-ciri
diantaranya adalah berfilamen dengan
diameter 0.5–1 μm, aerob, bakteri Gram
positif dan berproduksi seksual dengan
spora yang dihasilkan miselium aerial10.
Miselium vegetatif merupakan kumpulan hifa
yang tumbuh di dalam substrat. Miselium
aerial merupakan kumpulan hifa yang
tumbuh secara vertikal menembus substrat
dan secara permanen berhubungan dengan
udara. Selain itu, identifikasi koloni
aktinomiset pada genus Streptomyces dapat
rantai sporanya secara mikroskopis12.
Aktinomiset memiliki kemampuan
untuk mensintesis banyak senyawa
metabolit sekunder yang berbeda seperti
antibiotik dan enzim13. Aktinomiset
menghasilkan 60% dari total antibiotik dan
Streptomyces mencakup sekitar 80% dari
aktinomicet14. Penggunaan isolat aktinomiset
berumur 7 hari bertujuan untuk
menghasilkan senyawa metabolit sekunder
dari bakteri Aktinomiset. Metabolit sekunder
dihasilkan pada saat bakteri menjelang fase
stasioner.
Keenam isolat kemudian dilakukan
pengujian sifat antagonis dengan bakteri uji
yaitu EPEC dan S. aureus. Dari hasil
penelitian diperoleh bahwa isolat 3 memiliki
indeks zona hambat tertinggi pada bakteri uji
S. aureus dan isolat 1 memiliki zona hambat
tertinggi pada bakteri uji EPEC. Hal ini
sejalan dengan hasil penelitian yang
melaporkan bahwa aktinomiset mampu
menghambat pertumbuhan patogen pada
manusia diantaranya E. coli dan S. aureus15.
Lestari (2006) juga melaporkan bahwa isolat

118
 Riset Informasi Kesehatan, Vol. 5, No. 2
Juni 2015

Streptomyces spp. yang diisolasi dari tanah 7. Lestari Y. Identification of indigenous

di daerah Sukabumi, Kepulauan Seribu, streptomyces spp. Producing
Cipanas, dan Kalimantan Timur mampu antibacterial compounds. Journal
menghasilkan senyawa antibakteri yang Mikrobiology Indonesia. 2006; 11(2): 99-
mampu menghambat pertumbuhan bakteri 101.
patogen seperti Bacillus subtilis, dan 8. Miyadoh S, Misa. Workshop on isolation
Xanthomonas axonopodis7. Kemampuan methods and classification of
aktinomiset dalam menghasilkan senyawa actinomycetes. Bogor: Biotechnology
antibiotik sangat ditentukan oleh sumber Center, Indonesian Institute of Sciences;
nutrisi yang tersedia16. 2004.
9. Schmidt A, et al. Heavy metal resistance
KESIMPULAN mechanisms in actinobacteria for
Sebanyak 6 isolat aktinomiset survival in amd contaminated soils.
berhasil diisolasi dari tanah asal perakaran Chemie der Erde Geochemistry. 2005;
tanaman jeruk nipis (Citrus aurantifolia) di 65: 131–144.
sekitar pekarangan FPIK IPB Dramaga. 10. Holt JG, et al. Bergey’s manual of
Hasil uji antagonis terhadap bakteri patogen, determinative bacteriology. Ed ke-9.
isolat 3 menghasilkan zona bening tertinggi Baltimore: Williams and Wilkins
terhadap bakteri uji S. aureus sedangkan Company; 1994.
isolat 1 menghasilkan zona bening tertinggi 11. Madigan MT, et al. Brock, biology of
terhadap E. coli. microorganism. Ed ke-9. New Jersey:
Prentice-Hall; 2000.
DAFTAR PUSTAKA 12. Shirling EB, Gottlieb D. Methods for
1. Oskay M, et al. Antibacterial activity of characterization of streptomyces
some actinomycetes isolated from species. International Journal of
farming soils of turkey. African J Systematic Bacteriology. 1996; 16(3):
Biotechnol. 2004; 3(9): 441-446. 313-340.
2. Puryatiningsih RA. Isolasi streptomyces 13. Moncheva P, et al. Characteristics of soil
dari rizosfer familia poaceae yang actinomycetes from Antarctica. J Culture
berpotensi menghasilkan antibiotik Collections. 2002; 3: 3-14.
terhadap Escherichia coli. Skripsi. 14. Arifuzzaman., et al. Isolation and
Fakultas Farmasi Universitas screening of actinomycetes from
Muhammadiyah Surakarta; 2009. sundarbans soil for antibacterial activity.
3. Barreto TR, et al. Population densities African J Biotechnol. 2010; 9(29): 4615-
and genetic diversity of actinomycetes 4619.
associated to the rhizosphere of 15. Rakshanya U, et al. Antagonistic activity
theobroma cacao. Brazil J Microbiol. of actinomycetes isolates against human
2008; 39(3):464–470. pathogen. J Microbiol Biotechnol
4. Atlas R. 1998. Principle of microbiology. Research. 2011; (2): 74-79.
USA: Brown Publisher. 16. Gesheva V. Rhizosphere microflora of
5. Ambarwati, Gama A. Isolasi some citrus as a source of antagonistic
actinomycetes dari tanah sawah sebagai actinomycetes. European J Soil Biol.
penghasil antibiotik. J Penelitian Sains 2005; 38:85-88.
dan Teknol. 2009; 10 (2):110-111.
6. Cross T. Actinomycetes: A Continuing
Sources of New Metabolites. Inggris:
Invitation ONR Lecture. Postgraduate
School of Studies in Biological Science,
University of Bradford; 1998.

119