Modul 1.

Pengenalan Website Bioinformatika

Instruksi Umum
1. Selama praktikum, ikuti petunjuk pengerjaan yang tertera pada modul dan yang
disampaikan oleh masing-masing asisten
2. Poin a-e merupakan tugas yang harus anda kerjakan pada lembar/template yang
telah diberikan. Lengkapi tugas tersebut dan submit jawaban anda via email ke:
bioinformatika16@gmail.com dengan subjek “BIOINFORMATIKA 1_NAMA_NIM”.
Ganti nama file template dengan identitas anda seperti subjek email.
3. Jika ada perubahan informasi, asisten akan menyampaikannya di kelas atau
melalui perwakilan praktikan (ketua kelas)

Pengenalan NCBI (Gene Bank)

1. Pada browser Anda buka alamat berikut, ​www.ncbi.nlm.nih.gov
2. Pada kotak query ketik kata “​insulin​”, lalu klik *Search
a. Berapa jumlah DATA Pubmed yang Anda peroleh?
b. Berapa jumlah DATA Nucleotida yang Anda peroleh?
c. Berapa jumlah DATA Taxonomy yang Anda peroleh?
3. Klik link hasil DATA [Pubmed]
4. Scroll ke bawah, cari box [Search Details]
d. Bagaimana entrez menginterpretasikan query “​insulin”​ yang Anda masukkan untuk data
Pubmed ini?
5. Scroll ke atas sampai bagian menu search. Pada tombol pull-down, ganti opsi
“PubMed” menjadi opsi “MeSH” (Medical Subject Heading), lalu klik *Search
e. Berapa jumlah DATA Pubmed yang Anda peroleh sekarang?
f. Berbedakah dengan jumlah DATA awal?
6. Scroll ke bawah, lihat box [Search Details]
g. Bagaimana entrez menginterpretasikan query “​insulin”​ Anda sekarang?
7. Kembali ke halaman muka NCBI (klik logo [NCBI] di sudut kiri atas)
8. Pada pull-down menu “search” pilih opsi “Nucleotide”
9. Pada kotak search ketik kata “insulin”, lalu klik *Search
h. Berapa entry yang muncul?
10. ​ ada entry
Buka pada tab baru entry yang pertama (klik Nomor Akses yang di-​highlight p
yang kelima)
i. Berasal dari organisme apakah entry nukleotida tersebut? Berapa pasang basa sekuen
nukleotida pada entry tersebut? ​(Print screen full browser, lingkari bagian informasi)
11. Kembali ke halaman muka NCBI
12. Pada pull-down menu “Search” pilih opsi “Taxonomy” pada kotak query ketik
“Mycobacterium”, klik [Search]

1
j. Berapa jumlah DATA Taxonomy yang muncul?
13. Buka pada tab baru, opsi “nucleotida”
k. Berapakah jumlah DATA Nukleotida yang ada pada genus Mycobacterium?
14. Buka pada tab baru, opsi “protein”
l. Berapakah jumlah DATA Protein yang ada pada genus Mycobacterium?
15. Kembali ke halaman muka NCBI
16. Pada pull-down menu “Search” pilih “Nucleotida”, pada kotak query ketik
“Mycobacterium”, lalu klik [Search]
m. Berapakah jumlah DATA Nukleotida yang diperoleh?
17. Masih pada halaman nucleotide, arahkan kursor ke kiri layar dan klik pilihan *mRNA.
Selanjutnya pilih tab *advance. Pada halaman advanced search builder, klik pilihan
*organisme di pull-down menu, dan ketik Mycobacterium pada row disebelah kanan.
Selanjutnya klik tab [search]
18. Cari box [Search Details]
n. Tulis kembali query yang tertulis pada kotak tersebut!
19. Kembali ke halaman advance search. Pilih “organisme” pada pull-down menu pertama, dan
ketik kembali mycobacterium. Selanjutnya Pilih “And”, dan tambahkan filter “title” pada
pull-down menu kedua. Ketik “polymerase” pada row di sebelah kanan dan terakhir klik
tombol [search]
o. Berapa jumlah DATA yang muncul? Apakah judul hasil subjek pertama? ​(Print screen full
browser, lingkari bagian informasi)

Pengenalan Website Bioinformatika Protein

A. Uniprot
1. Buka ​www.uniprot.org
2. Search in: (UniprotKB) dengan query “PhoR”
a. Ada berapa jumlah data yang muncul?
3. Buka pada tab baru salah satu entry (klik Nomor Akses yang di-​highlight ​pada entry
yang pertama)
b. Tuliskan Accesion Number yang tercantum!
c. Tuliskan nama protein tersebut!
d. Apa Gen Name dari protein tersebut?
e. Berasal dari organisme apakah protein tersebut? ​(Print screen full browser, lingkari bagian
informasi)

B. PDB
1. Buka ​www.pdb.org
2. Pada search engine, ketik “ Caspase”, klik tombol “Go”
a. Ada berapa jumlah data “structure hits” yang muncul?
b. Klik tab “Citations”, Sebutkan judul jurnal pada urutan pertama! ​(Print screen full browser,
lingkari bagian informasi)
c. Berapa nomor ID protein dari jurnal di atas?
3. Klik nomor ID protein artikel tersebut
d. Apa nama molekul tersebut dan berapa panjangnya?
e. Metode apa yang digunakan untuk mendapat gambar molekul tersebut? ​(Print screen full

2
browser, lingkari bagian informasi)