Bagi banyak orang, kata-kata kuman dan mikroba mengingatkan sekelompok makhluk kecil

yang tidak cukup masuk ke dalam salah satu dari kategori dalam pertanyaan lama itu,
“Apakah itu binatang, sayuran, atau mineral? "Germ sebenarnya berasal dari kata Latin
germen, artinya menyemburkan dari, atau berkecambah. Pikirkan bibit gandum, itu embrio
tanaman tempat tanaman itu tumbuh. Ini pertama kali digunakan di Sehubungan dengan
mikroba di abad kesembilan belas untuk menjelaskan sel yang tumbuh dengan cepat
menyebabkan penyakit. Mikroba, juga disebut mikroorganisme, adalah makhluk hidup kecil
yang secara individual biasanya terlalu kecil untuk dilihat dengan mata tanpa bantuan. Grup
termasuk bakteri, jamur (ragi dan kapang), protozoa, dan ganggang mikroskopis. Ini juga
termasuk virus, yang nonseluler entitas kadang-kadang dianggap mengangkangi perbatasan
antara hidup dan non-hidup (Bab 11, 12, dan 13, masing-masing).
Kita cenderung mengasosiasikan organisme kecil ini hanya dengan infeksi dan
ketidaknyamanan seperti makanan busuk. Namun demikian Sebagian besar mikroorganisme
sebenarnya membantu menjaga keseimbangan kehidupan di lingkungan kita.
Mikroorganisme laut dan air tawar membentuk dasar rantai makanan di lautan, danau, dan
sungai. Mikroba tanah memecah limbah dan memasukkan gas nitrogen dari udara ke dalam
senyawa organik, sehingga dapat didaur ulang elemen kimia di antara tanah, air, organisme
hidup, dan udara. Mikroba tertentu memainkan peran penting dalam fotosintesis, proses
penghasil makanan dan oksigen yang sangat penting bagi kehidupan di Bumi.
Mikroorganisme juga memiliki banyak aplikasi komersial. Mereka digunakan dalam sintesis
produk kimia seperti vitamin, asam organik, enzim, alkohol, dan banyak obat. Untuk
Misalnya, mikroba digunakan untuk menghasilkan aseton dan butanol, dan vitamin B2
(riboflavin) dan B12 (cobalamin) dibuat secara biokimia. Proses dimana mikroba
menghasilkan aseton dan butanol ditemukan pada tahun 1914 oleh Chaim Weizmann, Ahli
kimia kelahiran Rusia yang bekerja di Inggris. Dengan wabah Perang Dunia I pada bulan
Agustus tahun itu, produksi aseton menjadi sangat penting untuk membuat cordite (bentuk
tanpa asap bubuk mesiu digunakan dalam amunisi). Penemuan Weizmann memainkan
peran penting dalam menentukan hasil perang. Industri makanan juga menggunakan mikroba
dalam memproduksi, untuk misalnya, cuka, asinan kubis, acar, kecap, keju, yogurt, roti, dan
minuman beralkohol. Selain itu, enzim dari mikroba sekarang dapat dimanipulasi untuk
menyebabkan mikroba menghasilkan zat yang biasanya tidak disintesis, termasuk selulosa,
insulin manusia, dan protein untuk vaksin. The Microbiome Manusia dewasa terdiri dari
sekitar 30 triliun sel tubuh dan menampung 40 triliun sel bakteri lainnya. Mikroba itu hidup
stabil di dalam dan di tubuh manusia disebut microbiome manusia, atau microbiota. Manusia
dan banyak binatang lainnya bergantung pada mikroba ini untuk menjaga kesehatan. Bakteri
di usus kita, termasuk E. coli, membantu pencernaan (lihat Menjelajahi Microbiome di
halaman 3) dan bahkan mensintesis beberapa vitamin yang dibutuhkan tubuh kita, termasuk
vitamin B untuk metabolisme dan vitamin K untuk pembekuan darah. Mereka juga mencegah
pertumbuhan spesies patogen (penyebab penyakit) yang mungkin sebaliknya
mengambil tempat tinggal, dan mereka tampaknya memiliki peran dalam pelatihan kami
sistem kekebalan untuk mengetahui penyerbu asing mana yang harus diserang dan yang pergi
sendirian. (Lihat Bab 14 untuk detail lebih lanjut tentang hubungan antara mikrobiota normal
dan tuan rumah.) Bahkan sebelum kelahiran, tubuh kita mulai dipenuhi bakteri. Sebagai bayi
baru lahir, kami mendapatkan virus, jamur, dan bakteri (Gambar 1.1). Misalnya, E. coli dan
bakteri lain diperoleh dari makanan tinggal di usus besar. Banyak faktor yang memengaruhi
di mana dan apakah mikroba dapat tanpa batas menjajah tubuh sebagai mikrobiota normal
jinak atau hanya anggota singkat dari komunitasnya (dikenal sebagai sementara mikrobiota).
Mikroba hanya dapat menjajah situs-situs tubuh itu dapat memasok nutrisi yang sesuai. Suhu,
pH, dan ada atau tidak adanya senyawa kimia adalah beberapa faktor yang mempengaruhi
jenis-jenis mikroba apa yang dapat berkembang. Untuk menentukan susunan mikrobiota khas
berbagai area tubuh, dan untuk memahami hubungan antara perubahan dalam microbiome
dan penyakit manusia, adalah tujuan dari Proyek Microbiome Manusia, yang dimulai pada
tahun 2007. Demikian juga, National Microbiome Initiative (NMI) diluncurkan pada 2016
untuk memperluas pemahaman kita tentang peran mikroba dalam ekosistem yang berbeda,
termasuk tanah, tanaman, lingkungan air, dan tubuh manusia. Di seluruh buku, cari cerita
yang berkaitan dengan microbiome manusia, disorot dalam
Menjelajahi kotak fitur Microbiome. Kesadaran kami bahwa beberapa mikroba tidak hanya
berbahaya manusia, tetapi juga sebenarnya penting, mewakili perubahan besar dari
pandangan tradisional bahwa satu-satunya mikroba yang baik adalah mati satu. Faktanya,
hanya sebagian kecil dari mikroorganisme yang patogenik
manusia. Meskipun siapa pun yang berencana memasuki profesi perawatan kesehatan perlu
tahu cara mencegah penularan dan penyebarannya mikroba patogen, juga penting untuk
mengetahui bahwa patogen hanyalah salah satu aspek dari hubungan penuh kita dengan
mikroba. Hari ini kita memahami bahwa mikroorganisme ditemukan hampir dimana mana.
Namun belum lama ini, sebelum penemuan mikroskop, mikroba tidak diketahui para
ilmuwan. Selanjutnya kita akan melihat pada kelompok utama mikroba dan bagaimana
mereka dinamai dan rahasia. Setelah itu, kami akan memeriksa beberapa tonggak bersejarah
di mikrobiologi yang telah mengubah hidup kita.

MENJELAJAHI MICROBIOME Bagaimana Microbiome Anda Bertumbuh?

ia ciri spesifik mikroba yang berada di usus manusia dapat sangat bervariasi bahkan di dalam
spesies mikroba yang sama. Mengambil Bacteroides, bakteri yang biasa ditemukan dalam
saluran pencernaan manusia di seluruh dunia. Ketegangan berada di Jepang orang memiliki
enzim khusus yang pecah Di bawah nori, ganggang merah digunakan sebagai pembungkus
komponen sushi. Enzim ini adalah absen dari Bacteroides ditemukan di saluran pencernaan
orang Amerika Utara. Bagaimana Bacteroides Jepang memperoleh kemampuan untuk
mencerna alga? Nya pikir keterampilan itu berasal dari Zobellia galactanivorans, bakteri laut
itu hidup di ganggang ini. Tidak mengherankan, Zobellia siap memecah utama ganggang
karbohidrat dengan enzim. Sejak orang tinggal di Jepang mengkonsumsi ganggang secara
teratur, Zobellia secara rutin bertemu dengan Bacteroides yang hidup di usus manusia.
Bakteri dapat bertukar gen dengan spesies lain proses yang disebut transfer gen horizontal—
dan pada titik tertentu, Zobellia pasti memberi Bacteroides gen untuk menghasilkan enzim
pencernaan alga. (Untuk lebih lanjut tentang horisontal transfer gen, lihat Bab 8).
Di negara pulau tempat ganggang berada komponen diet yang penting, kemampuan untuk
mengekstrak lebih banyak nutrisi dari ganggang Karbohidrat akan memberikan usus mikroba
merupakan keunggulan kompetitif dibandingkan yang lain yang tidak bisa menggunakannya
sebagai sumber makanan. Lebih waktu, strain Bacteroides ini menjadi yang dominan
ditemukan di dalam saluran cerna risalah orang yang tinggal di Jepang. Anda mungkin
bertanya-tanya apakah Utara Pemakan sushi Amerika bisa mengharapkan mereka
Bacteroides sendiri untuk beralih ke pemakan ganggang variasi juga. Para peneliti
mengatakan ini tidak mungkin. Makanan tradisional Jepang termasuk mentah ganggang, yang
memungkinkan Zobellia hidup untuk mencapai usus besar. Sebaliknya, ganggang yang
digunakan dalam makanan saat ini biasanya dipanggang atau dikeringkan; proses ini
membunuh bakteri apa pun yang mungkin ada di permukaan.