Mikroba dan kita

1. Aturan penamaan ilmiah

Sistem nomenklatur (penamaan) untuk organisme yang digunakan didirikan pada 1735 oleh Carolus
Linnaeus. nama-nama Ilmiah ini latinisasi karena bahasa Latin adalah bahasa secara tradisional digunakan oleh
para sarjana. Nomenklatur ilmiah memberikan masing-masing organisme dua nama - genus (jamak: genera)
adalah yang pertama nama dan selalu ditulis dengan huruf besar; julukan spesifik (spesies nama) mengikuti dan
tidak dikapitalisasi. Organisme tersebut disebut oleh genus dan julukan spesifik, dan kedua nama digaris bawahi
atau dicetak miring. Menurut kebiasaan, setelah nama ilmiah telah disebutkan sekali, bisa disingkat dengan
inisial dari genus diikuti oleh julukan khusus
Nama-nama ilmiah dapat, antara lain, menggambarkan suatu organisme, menghormati peneliti, atau
mengidentifikasi habitat suatu spesies. Untuk Sebagai contoh, pertimbangkan Staphylococcus aureus, bakteri
yang umum ditemukan di kulit manusia. Staphylo- menggambarkan pengaturan berkerumun sel; -coccus
menunjukkan bahwa mereka berbentuk seperti bola. Julukan khusus, aureus, adalah bahasa Latin untuk emas,
warnanya dari banyak koloni bakteri ini. Genus bakteri Escherichia coli diberi nama untuk seorang dokter,
Theodor Escherich, sedangkan julukan spesifiknya, coli, mengingatkan kita bahwa E. coli hidup di usus besar,
atau usus besar.
Pengucapan Sumber Nama Genus Sumber Julukan
Khusus
Salmonella enterica sal'mō-NEL-lah en-TER- Menghormati Ditemukan di usus
(bacterium) i-kah mikrobiologi kesehatan (entero-)
masyarakat
Daniel Salmon
Streptococcus pyogenes strep'tō-KOK-kus pī-AH- Penampilan sel dalam Bentuk nanah (pyo-)
(bacterium) jen-ēz rantai (strepto-)
Saccharomyces cerevisiae sak'kar-ō-MĪ-sēz se-ri- Jamur (-myces) yang Membuat bir (cerevisia)
(yeast) VIS-ē-ī menggunakan gula
(saccharo-)
Penicillium chrysogenum pen'i-SIL-lē-um krī-SO- Tuftlike atau kuas Menghasilkan pigmen
(jamur) jen-um (penicill-) kuning (chryso-)
penampilan secara
mikroskopis

tri'pa-nō-SŌ-mah Pembuka botol- (trypano- Hormatilah ahli

Trypanosoma cruzi KROOZ-ē , penggerek; soma-, epidemiologi, Oswaldo
(protozoa) tubuh) Cruz

2. karakteristik bakteri

Bakteri (tunggal: bakteri) relatif sederhana, dibilang tunggal organisme (uniseluler). Karena materi
genetik mereka tidak tertutup dalam membran nuklir khusus, bakteri sel-sel disebut prokariota (pro-KAR-e-ok),
dari kata-kata Yunani artinya prenukleus. Prokariota meliputi bakteri dan bakteri archaea.
Sel bakteri umumnya muncul dalam salah satu dari beberapa bentuk. Bacillus (bah-SIL-lus) (seperti
batang), coccus (KOK-kus) (bulat atau bulat telur), dan spiral (pembuka botol atau lengkungan) adalah di
antara bentuk yang paling umum, tetapi beberapa bakteri berbentuk bintang atau bujur sangkar Bakteri individu
dapat membentuk pasangan, rantai, cluster, atau lainnya pengelompokan; formasi seperti itu biasanya
merupakan ciri khas tertentu genus atau spesies bakteri.
Bakteri tertutup di dinding sel yang sebagian besar tersusun dari kompleks karbohidrat dan protein
yang disebut peptidoglikan. (Sebaliknya, selulosa adalah zat utama tanaman dan alga dinding sel.) Bakteri
umumnya bereproduksi dengan membaginya menjadi dua sel yang sama; proses ini disebut pembelahan biner.
Untuk nutrisi, kebanyakan bakteri menggunakan bahan kimia organik, yang secara alami dapat berasal dari
organisme hidup atau mati. Beberapa bakteri dapat memproduksi makanan mereka sendiri melalui fotosintesis,
dan beberapa lainnya dapat memperoleh nutrisi dari zat anorganik. Banyak bakteri bisa "berenang" dengan
menggunakan pelengkap bergerak yang disebut flagella.
Sebelum keberadaan mikroba diketahui, semua organisme dikelompokkan menjadi kerajaan hewan
atau tanaman kerajaan. Ketika organisme mikroskopis dengan karakteristik hewan dan tumbuhan ditemukan
pada akhir abad ketujuh belas, sistem klasifikasi baru diperlukan. Tetap saja, ahli biologi tidak dapat menyetujui
kriteria untuk mengklasifikasikan ini baru organisme sampai akhir 1970-an.
Pada 1978, Carl Woese menyusun sistem berbasis klasifikasi pada organisasi seluler organisme. Ini
mengelompokkan semua organisme dalam tiga domain sebagai berikut:
1. Bakteri (dinding sel mengandung protein-karbohidrat) kompleks yang disebut peptidoglikan)
2. Archaea (dinding sel, jika ada, kekurangan peptidoglikan)
3. Eukarya, yang meliputi:
● Protista (cetakan lendir, protozoa, dan ganggang)
● Jamur (ragi uniseluler, cetakan multiseluler, dan jamur)
● Tumbuhan (lumut, pakis, tumbuhan runjung, dan tanaman berbunga)
● Hewan (spons, cacing, serangga, dan vertebrata)

3. masa kejayaan mikrobiologi

Pengamatan Pertama
Pada 1665, setelah mengamati sepotong gabus tipis melalui minyak mentah mikroskop, orang Inggris
Robert Hooke melaporkan kehidupan itu unit struktural terkecil adalah "kotak kecil," atau "sel." Menggunakan
Dengan mikroskop yang ditingkatkan, Hooke kemudian melihat sel-sel individual. Penemuan Hooke menandai
awal dari teori sel— teori bahwa semua makhluk hidup terdiri dari sel.
Meskipun mikroskop Hooke mampu menunjukkan besar Sel, itu tidak memiliki resolusi yang akan
memungkinkannya untuk melihat mikroba dengan jelas. Saudagar Belanda dan ilmuwan amatir Anton van
Leeuwenhoek mungkin adalah yang pertama mengamati mikroorganisme hidup melalui lensa pembesar lebih
dari 400 mikroskop yang dibangunnya. Antara 1673 dan 1723, dia menulis tentang "animalcules" yang
dilihatnya melalui singlelensnya yang sederhana mikroskop. Van Leeuwenhoek membuat gambar detail
organisme yang ia temukan di air hujan, kotoran, dan bahan yang diambil gigi.

Zaman Keemasan Mikrobiologi Pertama

Periode 1857 hingga 1914 telah dinamai dengan tepat Zaman Keemasan Mikrobiologi Pertama.
Kemajuan cepat, dipelopori terutama oleh Pasteur dan Robert Koch, dipimpin ke berdirinya mikrobiologi.
Termasuk penemuan baik agen banyak penyakit dan peran imunitas dalam mencegah dan menyembuhkan
penyakit. Selama ini periode produktif, ahli mikrobiologi mempelajari aktivitas kimia dari mikroorganisme,
meningkatkan teknik untuk melakukan mikroskop dan kultur mikroorganisme, dan dikembangkan vaksin dan
teknik bedah.

Zaman Keemasan Mikrobiologi Kedua

Setelah hubungan antara mikroorganisme dan penyakit didirikan, ahli mikrobiologi medis selanjutnya
berfokus pada mencari zat yang dapat menghancurkan mikroorganisme patogen tanpa merusak hewan atau
manusia yang terinfeksi.
Pengobatan penyakit dengan menggunakan zat kimia disebut kemoterapi. (Istilah ini juga biasanya
mengacu pada kimia pengobatan penyakit tidak menular, seperti kanker.) Bahan kimia diproduksi secara alami
oleh bakteri dan jamur yang bertindak melawan mikroorganisme lain disebut antibiotik. Kemoterapi agen yang
dibuat dari bahan kimia di laboratorium disebut obat-obatan sintetis. Keberhasilan kemoterapi didasarkan pada
fakta bahwa beberapa bahan kimia lebih beracun bagi mikroorganisme dari pada host yang terinfeksi oleh
mikroba.
Zaman Keemasan Mikrobiologi Ketiga
Stephen Jay Gould mengatakan kita sekarang hidup di "zaman bakteri." Bakteri bukan hal baru, tetapi
pemahaman kita tentang pentingnya bakteri untuk Bumi dan untuk kesehatan kita. Alat pengurutan DNA baru
dan komputer memungkinkan peneliti untuk mempelajari semua DNA dalam suatu organisme, membantu
mereka mengidentifikasi gen dan fungsinya. Terlebih lagi, melalui genomik, studi tentang semua organisme
gen, para ilmuwan mampu mengklasifikasikan bakteri dan jamur menurut hubungan genetik mereka dengan
bakteri lain,jamur, dan protozoa. Mikroorganisme ini awalnya diklasifikasikan menurut sejumlah karakteristik
yang terlihat.
Alat genomik digunakan untuk mengidentifikasi mikroba di laut, di daun, dan di manusia, banyak di
antaranya baru ditemukan dan belum tumbuh di laboratorium. Setelah Mikroba ditemukan, langkah selanjutnya
adalah mencari tahu apa yang mereka miliki.
Mikroorganisme sekarang dapat dimodifikasi secara genetik untuk memproduksi sejumlah besar
hormon manusia dan zat medis lain yang sangat dibutuhkan. Perkembangan ini berawal pada akhir 1960-an,
ketika Paul Berg menunjukkan bahwa fragmen DNA manusia atau hewan (gen) yang mengkode protein penting
dapat dilampirkan pada DNA bakteri. Hibrida yang dihasilkan adalah contoh pertama dari DNA rekombinan.
Teknologi DNA rekombinan (rDNA) memasukkan DNA rekombinan ke dalam bakteri (atau mikroba lain)
untuk membuat sejumlah besar protein yang diinginkan. Perkembangan teknologi DNA rekombinan telah
merevolusi penelitian dan aplikasi praktis di semua bidang mikrobiologi.

Debat tentang Generasi Spontan

Setelah van Leeuwenhoek menemukan yang sebelumnya "tidak terlihat" dunia mikroorganisme,
komunitas ilmiah menjadi tertarik pada asal usul makhluk hidup mungil ini. Sampai paruh kedua abad
kesembilan belas, banyak ilmuwan dan filsuf percaya bahwa beberapa bentuk kehidupan dapat muncul secara
spontan dari benda mati; mereka menyebutnya hipotetis proses generasi spontan. Tidak lebih dari itu 100 tahun
yang lalu, orang umumnya percaya bahwa katak, ular, dan tikus bisa lahir dari tanah yang lembab; bahwa lalat
bisa muncul dari kotoran; dan belatung itu (yang sekarang kita tahu adalah belatung) larva lalat) dapat muncul
dari mayat yang membusuk.
Dokter Francesco Redi berangkat tahun 1668 untuk menunjukkan belatung itu tidak muncul secara
spontan. Redi mengisi dua stoples dengan daging yang membusuk. Yang pertama dibiarkan tanpa segel,
memungkinkan terbang untuk bertelur di atas daging, yang berkembang menjadi larva. Guci kedua disegel, dan
karena lalat tidak bisa mendapatkannya di dalam, tidak ada belatung muncul. Tetap saja, antagonis Redi adalah
tidak meyakinkan; mereka mengklaim bahwa udara segar diperlukan generasi spontan. Jadi Redi membuat
percobaan kedua, di mana ia menutupi stoples dengan jala halus alih-alih menyegelnya. Tidak ada larva yang
muncul di toples yang ditutupi kain kasa, meskipun udara hadir.
Hasil Redi mengenai kepercayaan yang telah lama dianut bahwa bentuk-bentuk kehidupan yang besar
dapat muncul dari non-kehidupan. Namun, banyak ilmuwan masih percaya bahwa organisme kecil, seperti van
"Animalcules" Leeuwenhoek, cukup sederhana untuk dihasilkan dari bahan tidak hidup.
Kasus untuk pembentukan mikroorganisme secara spontan tampaknya diperkuat pada tahun 1745,
ketika John Needham ditemukan bahkan setelah dia memanaskan kaldu ayam dan kaldu jagung sebelumnya
menuangkannya ke dalam labu tertutup, solusi yang dingin adalah segera dipenuhi mikroorganisme. Needham
mengklaim itu mikroba berkembang secara spontan dari cairan. Dua puluh tahun kemudian, Lazzaro
Spallanzani menyarankan mikroorganisme itu dari udara mungkin memasuki solusi Needham setelah mereka
direbus. Spallanzani menunjukkan bahwa cairan nutrisi dipanaskan setelah disegel dalam labu tidak
mengembangkan pertumbuhan mikroba. Needham merespons dengan mengklaim "kekuatan vital" yang
diperlukan untuk generasi spontan telah dihancurkan oleh panas dan dijauhkan dari labu oleh segel.

4. Menyangkal Generasi Spontan

- Pasteur terlebih dahulu menuang daging sapi kaldu ke dalam labu berleher panjang.  Mikroorganisme
adalah hadir dalam kaldu.
- Selanjutnya ia memanaskan leher labu dan menekuknya menjadi bentuk S; lalu dia menggulung kaldu selama
beberapa menit.  Mikroorganisme adalah tidak ada dalam kaldu setelah mendidih.
- Mikroorganisme tidak muncul dalam solusi didinginkan, bahkan setelah periode yang lama. Tikungan
dicegah mikroba dari memasuki labu.  Mikroorganisme adalah bahkan tidak ada setelah waktu yang lama. 
Beberapa dari kapal asli ini masih menyala
ditampilkan di Institut Pasteur di Paris. Mereka telah disegel tetapi tidak menunjukkan tanda-tanda kontaminasi
lebih dari 100 tahun kemudian.

5. manfaat mikrobiologi
- Daur Ulang elemen penting
- Treatment rumput laut: menggunakan mikroba untuk daur ulang air
-Bioremediasi: Menggunakan Mikroba untuk membersihkan polutan
- kontrol hama serangga oleh mikroba
- Bioteknologi dan Teknologi Rekombinan DNA

Klasifikasi mikroba
1. Hirarki Taksonomi

Semua organisme dapat dikelompokkan ke dalam serangkaian subdivisi itu membuat hierarki taksonomi.
Linnaeus mengembangkan hierarki ini untuk klasifikasi tumbuhan dan hewan. Eukariotik Spesies adalah
kelompok organisme terkait erat yang berkembang biak di antara diri. (Spesies bakteri akan dibahas segera.)
Genus terdiri dari spesies yang berbeda satu sama lain dengan cara tertentu tetapi terkait dengan keturunan.
Misalnya, Quercus (KWER-kus), sang nama genus untuk ek, terdiri dari semua jenis pohon ek (white oak, red
oak, bur oak, oak beludru, dan sebagainya). Padahal masing-masing spesies ek berbeda dari setiap spesies lain,
mereka semua terkait secara genetik. Sama seperti sejumlah spesies membuat genus, terkait genera membentuk
keluarga. Sekelompok keluarga yang sama merupakan pesanan, dan sekelompok pesanan serupa membentuk
kelas. Terkait kelas, pada gilirannya, membentuk sebuah filum. Jadi, suatu organisme tertentu (atau spesies)
memiliki nama genus dan julukan khusus dan termasuk untuk keluarga, ketertiban, kelas, dan filum. Semua
filum yang saling terkait membentuk kerajaan, dan kerajaan terkait dikelompokkan ke dalam domain

2. Karakteristik morfologi
Karakteristik morfologis (struktural) telah membantu para ahli taksonomi mengklasifikasikan
organisme selama 200 tahun. Organisme yang lebih tinggi seringkali diklasifikasikan menurut detail anatomi
yang diamati. Tapi banyak mikroorganisme terlihat terlalu mirip untuk dikelompokkan menurut mereka struktur
saja. Organisme yang mungkin berbeda dalam metabolisme atau sifat fisiologisnya mungkin mirip di bawah
mikroskop. Secara harfiah ratusan spesies bakteri adalah batang kecil atau kokus kecil. Ukuran yang lebih besar
dan keberadaan struktur intraseluler tidak selalu berarti klasifikasi yang mudah. Pneumocystis pneumonia
adalah infeksi oportunistik yang paling umum pada AIDS dan pasien immunocompromised lainnya. Sampai
Epidemi AIDS, agen penyebab infeksi ini, P. jirovecii [sebelumnya “P. carinii ” jarang terlihat pada manusia.
Pneumocystis tidak memiliki struktur yang mudah digunakan untuk identifikasi dan taksonominya
Posisi telah tidak pasti sejak ditemukan pada tahun 1909. Itu Mawalnya diklasifikasikan sebagai
protozoa; Namun, pada tahun 1988 Rrna sequencing menunjukkan bahwa Pneumocystis sebenarnya adalah
anggota Jamur Kerajaan. Perawatan baru sedang diselidiki sebagai peneliti memperhitungkan keterkaitan
organisme ini dengan jamur. Morfologi sel sedikit memberi tahu kita tentang hubungan filogenetik. Namun,
karakteristik morfologis masih berguna dalam mengidentifikasi bakteri. Misalnya, perbedaan struktur seperti itu
sebagai endospora atau flagela dapat membantu.

3. aturan penamaan ilmiah

Di dunia yang dihuni jutaan organisme hidup, ahli biologi harus yakin mereka tahu persis organisme
mana yang sedang dibahas. Kami tidak dapat menggunakan nama umum, karena hal yang sama nama sering
digunakan untuk berbagai organisme dalam berbagai jenis lokal Misalnya, ada dua organisme yang berbeda
dengan nama lumut Spanyol umum, dan tidak ada yang benar-benar a lumut. Plus, nama-nama umum dapat
menyesatkan dan berbeda bahasa. Sistem nama ilmiah dikembangkan untuk mengatasi masalah ini.
Setiap organisme diberi dua nama, atau binomial. Nama-nama ini adalah nama genus dan
julukan khusus (spesies), dan kedua nama dicetak bergaris bawah atau dicetak miring. Nama genus selalu
ditulis dengan huruf kapital dan selalu kata benda. Nama spesies adalah huruf kecil dan biasanya merupakan
kata sifat. Karena sistem ini memberikan dua nama untuk setiap organisme, sistem ini disebut nomenklatur
binomial.
contoh. Genus kita sendiri dan spesifik julukannya adalah Homo sapiens Genus artinya pria; julukan
khusus berarti bijaksana. Cetakan yang mencemari roti disebut Rhizopus stolonifer Rimpang (root)
menggambarkan struktur mirip akar pada jamur; stolo- (menembak) menggambarkan hifa panjang.
Binomial digunakan oleh para ilmuwan di seluruh dunia, terlepas dari bahasa ibu mereka Nomenklatur
ini memungkinkan mereka untuk berbagi pengetahuan secara efisien dan akurat. Beberapa entitas ilmiah
bertanggung jawab untuk membuat aturan yang mengatur penamaan organisme. Nama ilmiah diambil dari
bahasa Latin (genus nama dapat diambil dari bahasa Yunani) atau dinamai dengan penambahan akhiran yang
sesuai. Sufiks untuk keteraturan dan keluarga adalah –dijual dan -aceae, masing-masing.
Seperti teknik laboratorium baru membuat penokohan lebih rinci dari mikroba mungkin, dua genera
dapat direklasifikasi sebagai genus tunggal, atau genus dapat dibagi menjadi dua atau lebih banyak genera.
Misalnya, analisis rRNA diindikasikan bahwa "Streptococcus faecalis" hanya terkait jarak jauh untuk spesies
streptokokus lainnya; akibatnya, genus baru disebut Enterococcus telah dibuat, dan spesies ini dinamai kembali
E. faecalis. Membuat transisi ke nama baru bisa membingungkan, jadi nama lama sering ditulis dalam tanda
kurung. Untuk Misalnya, seorang dokter mencari informasi tentang penyebabnya gejala seperti pneumonia
pasien (melioidosis) akan temukan nama bakteri Burkholderia (Pseudomonas) pseudomallei.

4. identifikasi bakteri
Domain Filum Kelas catatan

BAKTERI Proteobacteria • Alphaproteobacteria Termasuk Ehrlichia dan

(Gram-Negatif) • Betaproteobacteria Rickettsia
• Gammaproteobacteria Termasuk Bordetella dan
• Deltaproteobacteria Burkholderia
• Epsilonproteobacteria Termasuk Vibrio,
Salmonella, Helicobacter,
dan Escherichia
Termasuk Bdellovibrio
Campylobacter dan
Helicobacter

Cyanobacteria Bakteri fotosintesis

• Cyanobacteria
Chlorobi oksigen
• Chlorobia
Chloroflexi Fotosintesis; anoksigenik;
• Chloroflexi
bakteri sulfur hijau
Sertakan nonsulfur hijau
anoksigenik, fotosintesis,
berfilamen
bakteri

Tumbuh hanya di sel

Chlamydiae • Chlamydiae inang eukariotik
Planctomycetes • Planctomycetacia Bakteri air; ada yang
Bacteroidetes • Bacteroidetes menguntit
Fusobacteria • Fusobacteria Anggota filum termasuk
Spirochaetes • Spirochaetes patogen oportunistik
 Deinococcus-Thermus • Deinococci Anaerob; beberapa
menyebabkan nekrosis
jaringan dan septikemia
pada manusia
Kelas termasuk patogen
yang menyebabkan sifilis
dan penyakit Lyme
Deinococcus dan
Thermus

BAKTERI Firmicutes • Bacilli Batang + cocci positif G

(Gram-Positif) • Clostridia + C gram rendah

• Mycoplasmas Bakteri tanpa dinding G +

Tenericutes • Actinobacteria C rendah
Actinobacteria Bakteri gram positif G +
C tinggi