Etiologi utama gastroenteritis adalah virus, khususnya rotavirus, namun gastroenteritis juga dapat

disebabkan oleh bakteri, parasit, infeksi nosokomial, penyebab non-infeksius, serta penyebab lainnya.

Virus

Etiologi yang paling umum adalah virus, secara global yang sering menyebabkan diare dan kematian
pada bayi dan anak-anak adalah jenis rotavirus. Virus lain yang umum menyebabkan diare adalah
norovirus, astrovirus, enteric adenovirus, dan sapovirus.

Rotavirus adalah virus berlapis tiga bersegmen RNA double-stranded (dsRNA) dan masuk ke dalam famili
Reoviridae. Ukuran virus ini termasuk paku (spike) adalah 100 nm. Genom virus memiliki 11 segmen ,
yang mengkode 6 protein struktural dan 5-6 protein non-struktural.

Replikasi rotavirus dimulai dari perlekatan virus ke permukaan sel menggunakan virus protein 4 atau 8
(VP 4 atau VP8) yang akan membelah menjadi VP5. Kemudian, virus akan masuk ke dalam sel melalui 3
kemungkinan, yaitu receptor-mediated endositosis, masuk secara langsung, ataupun berfusi. Setelah itu,
konsentrasi kalsium intrasel menurun dan memicu uncoating VP7 serta hilangnya kapsid luar. Kemudian
double-layered particle (DLP) dilepaskan ke dalam sitosol.

Transkripsi dan translasi terjadi di sitoplasma sel. Kompleks polimerase internal mulai mentranskripsikan
capped (+)RNA dari masing-masing sebelas segmen dsRNA. NSP2 dan NSP5 berinteraksi untuk
membentuk viroplasma, dimana replikasi dan perakitas partikel sub-virus berlangsung. DLP dibentuk
dalam viroplasma. Proses perakitan kapsid luar tidak sepenuhnya dipahami tetapi diperkirakan bahwa
transmembran protein NSP4 merekrut DLP dan protein kapsid luar VP4 ke sisi sitosol dari membran
retikulum endoplasma. NSP4/VP4/DLP-complex kemudian beralih ke retikulum endoplasma.
Penghilangan membran retikulum endoplasma dan NSP4 terjadi di retikulum endoplasma melalui
interaksi dengan ER-residen VP7 dan triple-layered particle (TLP) pun terbentuk.

Pelepasan virus dari sel yang terinfeksi adalah melalui lisis sel atau Golgi-independent nonclassical
vesicular transport. Di saluran pencernaan, virion akan terpapar dengan trypsin-like protease, yang akan
membantu pembelahan VP4 menjadi VP5 dan VP8, sehingga menghasilkan virion yang infektif.

Bakteri
Penyebab umum gastroenteritis bakterial adalah Escherichia coli, Campylobacter species, Salmonella
species, Shigella species, dan Yersinia enterocolitica.

Nosokomial Enterokolitis

Infeksi nosokomial yang menyebabkan gastroenteritis paling sering disebabkan oleh Clostridium difficile.

Parasit

Contoh parasit yang dapat menyebabkan gastroenteritis adalah cryptosporidium, giardia, dan
entamoeba histolytica.

Etiologi Non-Infeksius

Etiologi non-infeksius yang bisa menyebabkan gastroenteritis adalah :

Jamur beracun

Celiac disease, dimana makanan dengan kandungan gluten akan menyebabkan gastroenteritis

Obat-obatan, contohnya kemoterapi, obat anti inflamasi non-steroid (OAINS), atau antibiotika tertentu

Keracunan zat-zat kimia, contohnya racun yang bersifat antikolinergik, logam berat, atau zat-zat dari
tanaman yang bersifat beracun

Keganasan (malignancy)

Adanya penyakit yang mendasari, seperti penyakit Crohn atau ischemic bowel disease

Faktor Risiko

Faktor risiko yang meningkatkan kemungkinan seseorang terkena gastroenteritis adalah :

Bayi dan batita

Pada bayi dan batita, sistem imun tubuh masih belum sempurna untuk melawan patogen
gastrointestinal. Selain itu, anak-anak batita cenderung melakukan risk-taking-behaviour, seperti
menggunakan tangan dan kaki dalam mengeksplorasi benda-benda yang kurang higienis, dan secara
insidental dapat memasukkannya ke dalam mulutnya. Bayi dan anak juga rentan mengalami dehidrasi
bilamana terkena gastroenteritis.

Gangguan kekebalan tubuh seperti diakibatkan oleh infeksi HIV

Konsumsi penghambat asam lambung seperti ranitidin, omeprazole, lansoprazole

Anak-anak yang tidak menerima vaksinasi rotavirus

Masa penyapihan

Bepergian ke area yang tinggi insidensi gastroenteritis