Ada beberapa teori yang mengemukakan untuk delignifikasi, teori pertama

menyatakan bahwa permukaan serat bagian dalam berlaku sebagai membran semi
permeabel, dimana tekanan osmosis terjadi akibat melarutnya rantai-rantai lignin
dalam pelarut. Teori lain menyatakan bahwa penurunan berat terjadi penolakan
elektrolisis antara partikel-partikel lignin. Melarutnya bahan-bahan lignin oleh
pelarut (NH4OH, NaOH, MnSO4, dan Cadoxen) disebabkan terjadinya proses
penyabunan dari group-group ester. Larutan pengembang tersebut secara kimia
dapat memutuskan ikatan hidrogen dari molekul glukosa yang berdekatan dalam
jaringan lignin.
Menurut Darwis et al., (1995) melaporkan bahwa pengecilan ukuran tongkol
jagung dan dilanjutkan dengan proses delignifikasi dengan NH4OH seperti yang
dilakukan dengan penelitian ini, merupakan salah satu upaya untuk meningkatkan
efektivitas hidrolisis selulosa dalam proses delignifikasi. Peningkatan efektivitas hidrolisis
selulosa pada akhirnya akan meningkatkan produktivitas
mikroorganisme dalam memproduksi selulosa.
Pengecilan ukuran dan delignifikasi menyebabkan terputusnya rantai polimer
yang panjang menjadi rantai polimer yang lebih pendek, meningkatkan daerah
amorf dengan kata lain (menurunkan derajat kristalinitas) dan memisahkan bagian
lignin dari selulosa. Perlakuan yang efisien harus dapat membebaskan struktur
Kristal dengan memperluas daerah amorfnya serta membebaskan juga lapisan
ligninnya.