Perkembangan sistem klasifikasi yang ada hingga DNA
menjadi rujukan sistem klasifikasi dan filogeni saat ini.
Sistem klasifikasi makhluk hidup selalu berkembang menurut
jamannya, dan mengalami proses perubahan, perombakan, pembaharuan, perbaikan, bahkan akan diganti ketika diperoleh data-data baru, bukti dan pengetahuan baru. Perkembangan dan kemajuan teknologi yang ada mempengaruhi corak dan sistem klasifikasi yang dianut pada masa-masa tertentu.
Sistem klasifikasi yang awal muncul adalah sistem klasifikasi
alami yang dikembangkan oleh Aristoteles, dimana organisme di bumi dikelompokan menjadi 2 kingdom, yaitu hewan dan tumbuhan. Dasar yang digunakan adalah adanya persamaan sifat morfologi. Kemudian digantikan dengan sistem klasifikasi buatan yang dikemukakan oleh Carolus Linnaeus, diamana ia menggelompokkan tumbuhan berdasarkan alat reproduksinya seksualnya (bunga) dan memberikan nama kelompok Mammalia berdasarkan keberadaan kelenjar susu (mammae). Menurut Linnaeus yang dimaksud dengan spesies adalah sekelompok organisme yang mempunyai bentuk tubuh, susunan alat gerak, dan susunan organ dalam yang sama.
Setelah munculnya teori evolusi, maka klasifikasi dilakukan tidak
hanya berdasarkan persamaan strukturnya saja, tetapi juga berdasarkan atas asumsi bagaimana suatu bentuk kehidupan itu berasal atau berevolusi dari bentuk kehidupan sebelumnya. Di dalam teori evolusi sebenarnya telah termaktub suatu gagasan bahwa organisme yang mempunyai struktur yang sama mempunyai hubungan kekerabatan yang erat. Jadi persamaan struktur tetap dipergunakan sebagai dasar pengelompokkan. Perbedaannya adalah sekarang ini orang menginterprestasikan persamaan tersebut berdasarkan teori evolusi. Klasifikasi yang memasukkan teori evolusi ini disebut klasifikasi filogeni.
Pada perkembangkan sistem klasifikasi selanjutnya hubungan
kekerabatan organisme (filogenetik) tidak hanya didasarkan pada ciri-ciri morfologi, struktur anatomi, fisiologi, etologi, tetapi juga didasarkan pada struktur molekuler dari organisme yang diklasifikasikan. Urutan nukleotida dalam DNA diwariskan, dan memprogram urutan asam amino dalam protein. Suatu spesies memisah ketika terdapat perubahan/perbedaan yang terjadi pada basa nukleotida, dan masing-masing spesies mendapat kumpulan mutasi genetiknya sendiri. Dengan demikian, kita dapat memperkirakan bahwa spesies yang secara filogenik masih berkerabat dekat akan memiliki banyak urutan nukleotida yang sama dalam asam nukleatnya dan lebih banyak asam amino yang sama dalam proteinnya dibandingkan dengan spesies yang hubungan kekerabatannya lebih jauh.
Penggunaan data molekuler untuk sistem klasifikasi sering
dianggap lebih baik karena beberapa alasan, antara lain:
1. Sekuen protein dan DNA umumnya berevolusi lebih teratur
sehingga memudahkan dalam membuat model matematika untuk pengolahan datanya;
2. Data molekuler lebih sesuai dengan perlakuan kuantitatif;
3. Karena sekuen DNA dan RNA terdiri dari empat macam
nukleotida maka jumlah data molekuler lebih melimpah;
4. Data molekuler merupakan data genetik yang lebih baik
untuk analisa kekerabatan; dan
5. Data molekuler terbuka untuk berbagai macam organisme
sehingga dapat digunakan untuk membandingkan organisme pada tingkat kekerabatan jauh atau antara organisme dengan karakter morfologi yang sangat berbeda.
6. Teknik molekuler memungkinkan dapat diperolehnya data
rincian fosil sebagai pembanding karakter makhluk hidup yang masih hidup dengan fosil yang diduga sebagai nenek moyangnya.
Manfaat ilmu taksonomi atau biosistematika dalam
kehidupan manusia
1. Intensifikasi yaitu dengan memberikan saran dalam memilih
tumbuhan antar varietas atau antar jenis yang hendak disilangkan untuk memperoleh bibit unggul. 2. Diversifikasi (pembudidayaan berbagai jenis tanaman) yaitu taksonomi tumbuhan dapat membantu memilih jenis-jenis tumbuhan yang cocok untuk tujuan budidaya. 3. Ekstensifikasi (perluasan areal) yaitu taksonomi dapat memilih jenis tumbuhan yang dapat digunakan sebagai indikator tanah. 4. Taksonomi dapat mengungkapkan nilai ekonomi tumbuhan. Dibantu dengan ilmu botani ekonomi, kita bisa mengetahui tanaman-tanaman bernilai yang memenuhi kebutuhan manusia. 5. Di sektor pertanian, kita bisa melakukan penyilangan padi yang memiliki karakter kuat terhadap penyakit dengan padi yang memiliki masa panen cepat sehingga diperoleh bibit unggul yang kuat terhadap penyakit dan memiliki masa panen yang cepat. 6. Di sektor kesehatan, biasanya kita mengobati penyakit yang diderita dengan obat x yang sulit diperoleh di sekitar kita, dengan adanya taksonomi kita bisa mengetahui tanaman apa yang mengandung kandungan obat yang sama yang ada di sekitar kita. 7. Taksonomi tumbuhan juga bisa membantu manusia untuk bisa memilih makanan apa saja yang bisa dimanfaatkan sebagai makanan sehat yang mengenyangkan, beracun, atau juga sebagai obat. 8. Kayu jati, kayu sengon, glugu (batang pohon kelapa) dapat digunakan untuk bahan konstruksi bangunan. Karena jenis- jenis kayu ini memenuhi syarat sebagai bahan konstruksi bangunan daripada menggunakan jenis kayu randu, batang pohon pisang, batang pohon pepaya dan lain-lain yang memiliki jenis batang herbaceous