ISOLASI DNA

TANAMAN JAGUNG, KEDELAI, DAN KACANG HIJAU

DISUSUN OLEH

AGUS SETIAWAN S.PANE J3G117007

PROGRAM STUDI TEKNOLOGI INDUSTRI BENIH

SEKOLAH VOKASI

INSTITUT PERTANIAN BOGOR

2019
 PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang

Didalam sel terdapat asam nukleat ,yaitu DNA dan RNA. DNA merupakan materi
genatik yang yang mengkode semua informasi yang dibutuhkan untuk proses metabolisme
dalam setiap organisme. Molekul DNA yang terdapat diluar inti sel ini terikat membentuk
kromosom, dan ditemukan di nukleus, mitokondria dan kloroplas.
DNA yang menyusun kromosom ini merupakan nukleotida rangkap yang tersusun
heliks ganda (double helix) DNA akan terurai menjadi untai tunggal (single helix), dimana
basa nitrogen dan kedua ”benang” polinukleotida saling berpasangan dalam pasangan yang
tetap melalui ikatan hidrogen dan antara nukleotida yang satu dengan nukleotida yang lain
dihubungkan dengan ikatan fosfat.
Isolasi DNA adalah suatu tekhnik yang digunakan untuk memperoleh DNA murni,
yaitu tanpa protein dan RNA dari suatu sel dalam jaringan. Pada proses isolasi DNA ini, sel
eukariotik harus dihancurkan terlebih dahulu melalui cara mekanik dan enzimatis. Hal ini
disebabkan membran sel dari membran inti sebagian besar tersusun atas lipida.
Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide (CTAB) merupakan metode yang umum
digunakan dalam ekstraksi DNA genom tanaman yang banyak mengandung polisakarida dan
senyawa polifenol (Lumaret et al. 1998; Jose dan Usha 2000). Ada tiga langkah utama dalam
ekstraksi DNA, yaitu perusakan dinding sel (lisis), pemisahan DNA dari bahan padat seperti
selulosa dan protein, serta pemurnian DNA (Nicholl 1993; Surzycki 2000).
Jagung sampai saat ini masih merupakan komoditi strategis kedua setelah padi karena
di beberapa daerah, jagung masih merupakan bahan makanan pokok kedua setelah
beras. Jagung juga mempunyai arti penting dalam pengembangan industri di Indonesia
maka kebutuhan akan jagung akan semakin meningkat dengan berkembang
industrinya.

Tingkat konsumsi jagung rumah tangga di NTB menurun dari 16,8 kg/kap/thn
pada tahun 1990, menjadi 13,9 kg/kap/thn pada tahun 1998, dan di tingkat nasional
menurun dari 9,72 kg/kap/thn pada tahun 1990, menjadi 6,81 kg/kap/thn pada tahun
1993 (Diperta NTB, 1998, Departemen Pertanian, 1999). Sementara tingkat partisipasi
konsumsi keluarga menurun dari 52,3 persen pada tahun 1993 menjadi 46,3 persen
pada tahun 1996 (Erwidodo,et al. 1998).
 Tanaman merupakan organisme eukariotik tingkat tinggi dan mempunyai DNA yang
berada di inti sel dan sitoplasma. DNA di sitoplasma dikenal sebagai DNA kloroplas dan
mitokondria. Karena jumlah DNA dari mitokondria dan kloroplas relative sedikit, maka DNA
total yang diperoleh dapat digunakan sebagai bahan untuk sintesis atau analisis DNA yang
berada di dalam inti sel (Suharsono, 2000).
Penelitian keragaman genetik tanaman merupakan salah satu kegiatan penting untuk
mendukung pemuliaan tanaman. Perbedaan tanaman dapat dideteksi melalui beberapa
penanda, antara lain dengan pola pita DNA (Lamadji 1998), yang sering disebut sebagai
penanda molekuler. Penanda molekuler berperan penting dalam konservasi dan pengelolaan
sumber daya genetik tanaman (Karp et al. 1997).
Teknik molekuler bervariasi dalam cara pelaksanaan untuk mendapatkan data, baik
tekniknya maupun tingkatan target data yang diinginkan sesuai kemudahan pelaksanaan,
ketersediaan sumber daya manusia, fasilitas, dan dana (Karp et al. 1997). Ekstraksi untuk
mendapatkan DNA berkualitas tinggi merupakan satu kaidah dasar yang harus dipenuhi
dalam studi molekuler, terutama dalam pencandraan sidik jari DNA. Cetyl Trimethyl
Ammonium Bromide (CTAB) merupakan metode yang umum digunakan dalam ekstraksi
DNA genom tanaman yang banyak mengandung polisakarida dan senyawa polifenol
(Lumaret et al. 1998; Jose dan Usha 2000). Ada tiga langkah utama dalam ekstraksi DNA,
yaitu perusakan dinding sel (lisis), pemisahan DNA dari bahan padat seperti selulosa dan
protein, serta pemurnian DNA (Nicholl 1993; Surzycki 2000).
Tanaman pepaya dan jeruk mengandung banyak karbo-hidrat, protein, dan polifenol.
Untuk memudahkan peng-hancuran sampel dari bahan seperti ini, umumnya ekstraksi DNA
menggunakan nitrogen cair. Namun, masalah akan muncul bila lokasi penelitian jauh dari
pusat industri se-hingga sulit mendapatkan nitrogen cair. Oleh karena itu, perlu metode isolasi
DNA yang mudah dan tidak memerlukan nitrogen cair, tetapi dapat menghasilkan DNA yang
ber-kualitas tinggi untuk proses amplifikasi.
Percobaan bertujuan untuk mendapatkan teknik isolasi DNA berkualitas tinggi dari
daun pepaya dan jeruk tanpa menggunakan nitrogen cair.