MARKA MOLEKULER

Dr Ir Diny Dinarti, MSi

SEKOLAH VOKASI
IPB UNIVERSITY
 APA ITU MARKA MOLEKULER???
• penanda molekuler.
•  marka genetik
• Marka Fenotip
 PENGERTIAN: Marka Molekuler

• molekuler dalam biologi adalah mengacu pada

materi asam nukleat terutama DNA.
• DNA memiliki sekuens (:urutan) yang terdiri
dari A, T, G, dan C yang memiliki pola tertentu
dalam urutannya.
• Pola-pola sekuens itulah yang nantinya akan
menjadi suatu marka atau penanda dengan
ciri khas dari suatu sekuens DNA (nukleotida).
 Marka Genetik
• adalah sekuen DNA yang dapat
diidentifikasi dengan suatu
metode tertentu yang terdapat
pada lokasi tertentu dalam suatu
genom serta dapat diwariskan
dari satu generasi ke generasi
berikutnya.
 Marka Fenotipe
• Penanda molekular dapat
diekspresikan serta dapat
membentuk karakter fenotip sehingga
dapat digunakan untuk
mengidentifikasi individu atau sel
yang membawa informasi genetik
tersebut.
 Pengertian : Marka Molekuler
• Namun ada juga yang mengatakan Marka
molekular pada umumnya berupa daerah
yang conserve alias daerah yang
perubahannya sangat sedikit atau tidak
mengalami perubahan akibat berbagai
faktor seperti mutasi, insersi, dan seleksi
alam.
 PENGERTIAN : Marka Molekuler
• Karena bersifat conserve, maka
daerah tersebut juga diwariskan
kepada keturunannya.
• Dengan adanya daerah conserve
inilah dapat dilakukan berbagai
macam analisis untuk mengetahui
karakter suatu DNA pada mahkluk
hidup
 FUNGSI : Marka Molekuler
• suatu metode yang bertujuan untuk
menunjukkan keberadaan suatu urutan
DNA pada suatu genom tertentu.

• untuk analisis genom DNA yang terdapat

di nukleus, mitokondria, kloroplas, atau
plasmid (Semagn et al., 2006).
Kelebihan MarkaMolekuler dibanding marka morfologi:

• -bersifat aplikatif karena dapat mendeteksi

bagian genom baik berupa intron, ekson,
maupun daerah regulasi yang lain;
• -tidak dipengaruhi oleh efek epistatis;
• -mampu mendeteksi adanya polimorfisme;
dan
• -beberapa diantaranya bersifat ko-
dominan yakni mampu mendeteski semua
alel pada lokus tertentu.
Kelebihan MarkaMolekuler dibanding marka morfologi:

• -tidak dipengaruhi oleh faktor lingkungan

• - sangat conserve sehingga perubahan
yang terjadi sangatlah sedikit, maka
dapat dijadikan penanda bahwa
organisme tersebut masih dalam satu
kelompok atau tidak dilihat dari marka
tersebut. 
 SIFAT : Marka Molekuler
• Marka ko-dominan adalah salah satu marka
yang dapat mengidentifikasi semua alel yang
ada pada suatu lokus tertentu. (Aa, Ab)
• marka dominan hanya mengungkap alel
dominan tunggal saja tetapi pada lokus yang
sama. Aa -- A
• Data ko-dominan umumnya lebih tepat
daripada data dominan tetapi marka dominan
biasanya membutuhkan waktu lebih cepat dan
lebih mudah mendapatkan data.. 
 JENIS : Marka Molekuler
Berbasis Hibridisasi :
• Southern Blot
• Northern Blot
 JENIS : Marka Molekuler
Berbasis PCR
• RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphisms)
• SSRs (Simple Sequence Repeats-SSRs)
• AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphisms)
• RAPD (Random Amplified Polymorphisms DNA) 
• STS (Sequence-Tagged Sites)
• SCAR (Sequence Characterized Amplified Regions)
• ISSR (Inter-Simple Sequence Repeat)
• ESTs (Expressed Sequence Tags)
• CAPs (Cleaved Amplified Polymorphic Sequences)
• dCAPS (Derived Cleaved Amplified Polymorphic
Sequences)
• MPSS (Massively Parallel Signature Sequencing)
 Marka Molekuler Mikrosatelit atau Simple Sequence Repeats (SSRs)

• kelas terkecil dari sekuen berulang (1-4

nukleotida dengan pengulangan kurang dari
100)
• memiliki keefektifan yang baik untuk proses
pengorganisasian meteri genetik berdasarkan
jarak genetik serta pemetaan gen.
• banyak dipilih karena sifatnya sangat polimorfik
bahkan untuk spesies maupun galur yang
memiliki hubungan kekerabatan yang dekat;
• membutuhkan DNA dalam jumlah kecil;
• dapat dilakukan secara otomatis.
 Kelebihan dari marka SSRs yakni:

• Metode yang digunakan relatif sederhana

serta dapat dikerjakan secara otomatis.
• Memiliki marka yang kebanyakan monolokus
serta mengikuti sistem hereditas Hukum
Mendel.
• Terdapat kandungan informasi yang lebih
mendalam.
• Melimpahnya pasangan primer SSR yang cukup
banyak di pasaran. 
• Biaya lebih efesien pergenotipe dan primernya.
  Marka Molekuler Restriction Fragment
Length Polymorphisms (RFLPs)
• marka (penanda) ko-dominan,
• sangat dapat dipercaya dalam
analisis linkage dan breeding serta
• dapat ditentukan dengan mudah jika karakter terdapat
dalam bentuk homozigot atau heterozigot.
• konsistensi yang tinggi, dapat diulang antar
laboratorium,
• memberikan marka pada lokus yang spesifik,
• tidak memerlukan informasi sekuen,
• relatife mudah dilakukan scoring karena adanya
perbedaan yang cukup besar antar fragmen.
• memerlukan DNA dalam jumlah yang cukup
besar untuk proses pemotongan dengan
enzim restriksi.
• penggunaan digunakan isotop radioaktif
dengan harga yang relatif mahal serta
berbahaya,
• waktu yang diperlukan untuk pengujian juga
cukup lama
 Keterbatasan RFLP
• (1) pada beberapa spesies tingkat
polimorfisme DNA-nya sangat rendah,
• (2) menyita banyak tenaga dan waktu,
• (3) kuantitas dan kualitas DNA yang
diperlukan sangat tinggi,
• (4) prosedur hibridisasinya rumit sehingga
menyulitkan otomatisasi,
• (5) membutuhkan koleksi probe untuk spesies
yang belum pernah dieksplorasi sebelumnya.
  
Marka Molekuler Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs)

• Marka ini merupakan mutasi titik dimana satu

nukleotida disubstitusi oleh nukleotida lain pada
lokus tertentu.
• merupakan tipe yang lebih umum untuk
membedakan sekuen diantara alel,
• Pewarisan bersifat kodominan
• menandakan marka polimorfik dari suatu sumber
yang tidak pernah habis untuk penggunannya
• resolusi tinggi dalam pemetaan genetik suatu
karakter
 Marka Molekuler Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs)

• Kelebihan dari teknik SNP :

• lebih mudah diterapkan jika dibandingkan
dengan teknik SSR maupun AFLP.
• lebih berguna pada beberapa lokus SNP yang
memiliki posisi yang sangat berdekatan yang
dapat mendefinisikan adanya haplotipe dan
pengembangan haplotype tags.
Kekurangan marka molekuler SNP
- membutuhkan informasi sekuen genetik untuk
suatu gen yang menjadi target analisis
- Biaya sekuensing mahal
RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA)

• digunakan untuk untuk mendeteksi adanya suatu

polimorfisme DNA dalam suatu populasi atau
antarpopulasi.
• mendeteksi DNA polimorfik
• Polimorfisme yang dihasilkan dengan teknik PCR
RAPD disebabkan adanya perubahan basa
nukleotida, delesi, dan insersi
• Primer yang digunakan adalah oligonukleotida
yang terdiri dari 5–10 nukleotida.
RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA)

Keunggulan RAPD
• hanya dibutuhkan kuantitas sampel DNA yang
sedikit,
• hemat biaya,
• mudah dipelajari, dan
• primer yang mudah didapatkan.
RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA)

kelemahan RAPD
- tingkat reproduksibilitasnya rendah,
- sensitif terhadap variasi konsentrasi DNA,
- memerlukan optimasi suhu dan primer pada
saat pengujian  
REVIEW
 Materi Minggu ke 10-15
• Embriogenesis Somatik
• Induksi Keragaman Genetik secara In Vitro
• Agrobacterium
• Metoda Transformasi Gen
• Tanaman transgenik dan pengembangannya
dalam pertaniann
• Marka Molekuler