Setelah Malaka jatuh ke tangan Portugis pada tahun 1511, banyak
para pedagang Islam yang berpindah menuju Aceh. Perdagangan di Aceh menjadi ramai dan hal ini membuat Aceh menjadi pusat perdagangan. Hal ini pula dianggap kaum Portugis sebagai ancaman, karena itu Portugis melancarkan serangan ke Aceh dibawah pimpinan Henrigues pada tahun 1523 dan serangan susulan pada tahun 1524 dibawah pimpinan de Sauza.
Sebab umum terjadinya perang Aceh-Portugis adalah: Portugis ingin
menghancurkan perdagangan Aceh yang berkembang pesat guna Portugis dapat memegang kendali dalam perdagangan, khususnya di kawasan Asia Tenggara yang terkenal memiliki berbagai komoditi yang diperlukan di pasaran Eropa.
Sedangkan sebab khusus nya adalah untuk memerangi orang-orang
Islam yang disebut Moor, sebagai lanjutan dari Perang Salib (Perang antara Kristen dan Islam) Portugis menganggap semua orang Islam merupakan musuh mereka.
Proses Peperangan: Kerajaan Aceh berulangkali mencoba melakukan
penyerangan terhadap Portugis di Melaka dan di tempat-tempat lain di kawasan Selat Melaka. Penyerangan pertama terhadap Portugis dilakukan pada tahun 1524 yang pada waktu itu sedang berada di Kerajaan Pasai. Pada tahun 1547 Melaka Portugis menjadi sasaran penyerangan pihak Aceh, namun karena negeri-negeri Melayu seperti Johor yang mengetahui penyerangan ini diam saja, tidak membantu Aceh, malah sebaliknya mereka berpihak kepada Portugis menyebabkan penyerangan ini gagal. Dalam hal ini Portugis berjaya memecah belah antara Johor dengan Aceh. Penyerangan berikutnya dilakukan pihak Aceh pada tahun 1568. Meskipun penyerangan ini dilakukan secara besar-besaran yang dibantu oleh tentara bayaran/sewaan, seperti Turki, Malabar, dan Abbessinia, tetapi Aceh juga tidak mampu mengusir Portugis dari Melaka. Pada tahun 1577 lagi- lagi Aceh menyerang Portugis di Melaka, tetapi juga tidak berhasil. Demikian juga penyerangan yang dilakukan pada tahun 1615 dan penyerangan yang paling besar pada tahun 1629. Kesemuanya tidak berhasil mengusir Portugis dari Melaka. Begitu masa kepemimpinan Sultan Iskandar Muda (1607-1639) Aceh mulai membara untuk mengusir penjajah asing. Dikerahkannya semua tenaga Aceh dengan kapal-kapal besar mengangkut 800 prajurit dan pasukan kavaleri dengan kuda Persia. Pada tahun 1629, Iskandar Muda melancarkan serangan ke Portugis di Malaka. Portugis hampir dalam titik penghabisan ketika mereka harus mengerahkan semua kekuatan untuk bertahan dari serangan Aceh, Namun serangan Aceh kali ini tidak berhasil mengusir Portugis dari Malaka. Yang berhasil mengusir Portugis adalah VOC pada tahun 1641.